马铃薯CBL家族基因的鉴定及序列分析

论文摘要

植物CBL家族基因在逆境胁迫应答中具有重要功能,但在马铃薯中鲜有报道。本研究通过生物信息学方法在马铃薯基因组中筛选出13个CBL基因,并鉴定了这些基因的染色体分布、理化性质、遗传进化、序列结构和顺式作用元件等。结果发现,马铃薯CBL基因在染色体上的分布是不均匀的,编码区长度在642～774 bp之间,外显子数除了StCBL1只含有一个以外,其余CBLs的外显子数多为7～9个;在遗传进化上,马铃薯CBL可分为两大组,且多与番茄CBL同源;通过对其编码蛋白序列进行比对,发现每个CBL均具有4个变异程度不等的EF-hand结构域;其含有的作用位点类型也有所差异,StCBL2/StCBL8/StCBL9的N端不含有常规的豆蔻酰化位点,其C端的核心基序FPSV中,缺失了可被CIPK磷酸化的关键丝氨酸残基;在马铃薯CBL基因的上游序列中发现了可以响应不同植物激素以及逆境胁迫的顺式作用元件。本研究对马铃薯CBL家族进行了鉴定与初步分析,可为进一步研究马铃薯CBL基因功能提供理论依据。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 蔡诚诚,王伟莉,张杰,邓孟胜,黄涛,余丽萍,李立芹,王西瑶

关键词: 马铃薯,基因家族,逆境胁迫,生物信息学

来源: 分子植物育种 2019年09期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,农作物

单位: 四川农业大学农学院马铃薯研究与开发中心,四川农业大学作物科学国家级实验教学示范中心

基金: 现代农业产业技术体系四川薯类创新团队项目(川农业函(2014)91号)资助

分类号: S532;Q943.2

DOI: 10.13271/j.mpb.017.002778

页码: 2778-2784

总页数: 7

文件大小: 1465K

下载量: 280

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