基于生物信息学技术对结直肠癌相关lncRNA、miRNA和mRNA的筛选及其部分生物学功能的分析

论文摘要

目的:筛选TCGA数据库中结直肠癌（CRC）差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA,探讨其与CRC预后的关系及相关生物学功能。方法:从TCGA数据库中下载CRC样本的RNA测序（RNA-Seq）数据及miRNA-Seq数据并进行分析,利用R程序筛选出差异表达的lncRNA、miRNA和m RNA。通过miRcode、TargetScan和miRTarbase 3个数据库对差异表达的RNA之间的关系进行分析整合,构建CRC中的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络。用Kaplan-Meier法分析ceRNA网络中的lncRNA、miRNA和mRNA表达量与患者生存预后的关系,后用GSEA功能富集分析软件分析出参与CRC发生发展的信号通路。结果:共鉴定出CRC中614个差异表达的lncRNA、244个差异表达的miRNA、12 672个差异表达的mRNA;构建了由139个lncRNA、37个miRNA和228个mRNA组成的ceRNA网络;发现有58个lncRNA、23个miRNA、150个mRNA与CRC的预后相关。GSEA富集分析结果显示,mRNA主要参与Notch、Hedgehog和TGF-β等信号通路。结论:成功构建CRC相关ce RNA网络,并筛选出与CRC预后相关的lncRNA、miRNA和mRNA,为后续深入开展CRC的临床研究及基础实验研究提供有价值的前期基础。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 丁婷婷,张红,罗杰,刘晓曦,马虎

关键词: 结直肠癌,竞争性内源网络,数据库,功能富集分析,预后分析

来源: 中国肿瘤生物治疗杂志 2019年10期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,肿瘤学

单位: 遵义医科大学附属医院肿瘤医院肿瘤科

基金: 国家自然科学基金资助项目（No.81560407）,贵州省肿瘤学研究生工作站专项[No.黔教研合GZZ字（2016)06]~~

分类号: R735.3;Q811.4

页码: 1128-1133

总页数: 6

文件大小: 1956K

下载量: 629

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标签：结直肠癌论文;  竞争性内源网络论文;  数据库论文;  功能富集分析论文;  预后分析论文;