导读:本文包含了剪切位点论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:遗传性球形红细胞增多症,ANK1基因突变,表型差异
剪切位点论文文献综述
丁红珂,潘小英,吴新华,张彦,吴菁[1]（2019）在《遗传性球形红细胞增多症家系ANK1基因新发剪切位点突变的不典型表型及表型差异探讨》一文中研究指出目的对疑似遗传性球形红细胞增多症家系进行基因检测,探讨家系成员的不典型表型及表型差异。方法利用核心家系医学外显子测序进行基因突变检测,一代测序验证结果。根据家系检测发现的基因突变情况,充分知情同意后行第二胎产前诊断。结果外显子测序发现先证者ANK1基因存在一个剪切位点c.4381+1delG杂合突变,遗传自父亲。该位点在物种间高度保守,生物信息学软件预测提示c.4381+1delG可能影响剪切,本实验室参考人群(2000人)外显子数据中未发现此突变位点,提示人群频率低。产前诊断结果提示胎儿遗传了父亲的基因突变。结论在遗传性球形红细胞增多症家系中首次发现ANK1基因c.4381+1delG杂合突变,数据库中未见报道,丰富了ANK1基因突变谱。先证者及父亲携带基因突变,但没有典型的临床表现且表型存在差异,可能是因为该突变未导致锚蛋白功能全部丧失,红细胞膜损伤程度较低,并且不同个体间存在遗传背景差异所致。胎儿遗传了父亲突变位点,为胎儿今后的发病风险提供遗传咨询信息。(本文来源于《中国产前诊断杂志(电子版)》期刊2019年03期）
杭柏林,宁春妹,张炜,张慧辉,徐彦召[2]（2019）在《鸡抗菌肽NK-lysin的B细胞表位、剪切位点、疏水性及进化分析》一文中研究指出为了解鸡抗菌肽NK-lysin的B细胞表位、剪切位点、疏水性、同源性及进化等内容,试验选择鸡抗菌肽NK-lysin的氨基酸序列通过网络在线软件IEDB Analysis Resource、PeptideCutter、ProtScale、BLAST、DNAStar进行分析。结果表明:鸡抗菌肽NK-lysin存在5个B细胞表位,可被20种酶和化学物质剪切,亲水性大于疏水性,与鸡颗粒溶素的同源性为100%,在进化上与珍珠鸡类皂化蛋白C最为接近。说明鸡抗菌肽NK-lysin为亲水性蛋白,具有抗原性,有很多剪切位点,与珍珠鸡类皂化蛋白C有较高的亲缘关系。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2019年15期）
张楠[3]（2019）在《杆状病毒AcMNPV口服感染因子P74的剪切位点鉴定》一文中研究指出杆状病毒是一类具有囊膜的双链环状DNA病毒,在其生活史中,产生两种不同类型的病毒粒子:出芽型病毒粒子(budded virus,BV)和包埋型病毒粒子(occlusion-derived virus,ODV)。ODV负责病毒对中肠初始的口服感染,而BV则介导虫体其他组织之间的系统感染。在ODV囊膜表面分布着至少10个与口服感染相关的蛋白,被称为口服感染因子(per os infectivity factors,PIFs)。P74作为首个被报导的口服感染因子,也被称为PIF0,它在ODV感染中肠的过程中经历两次顺序剪切:第一次剪切发生于ODV从多角体(occlusion body,OB)碱解释放的过程中;第二次剪切发生于ODV感染中肠上皮细胞的过程中。目前,对于P74第一次剪切的具体位点及其对口服感染的影响尚不明确。本论文对ODV囊膜蛋白P74的剪切现象进行了深入分析研究,同时还探究了ODV囊膜表面口服感染因子间的相互作用,为深入揭示杆状病毒口服感染的机制奠定了基础。第一章介绍了研究背景,包括杆状病毒的生活史及口服感染的详细过程。同时对口服感染因子,特别是P74的研究现状进行总结分析。第二章对苜蓿银纹夜蛾核多角体病毒(Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus,AcMNPV)P74蛋白的剪切进行了研究。使用感染细胞样品和虫体来源的ODV样品进行Western blot检测,发现P74在细胞中不发生剪切,而在ODV样品中发生剪切。随后使用特异性抑制胰酶活性的大豆胰蛋白酶抑制剂(soybean trypsin inhibitor,SBTI)进行OB碱解的时相实验,发现SBTI加入时间越晚,P74剪切后的蛋白量越多,由此我们认为P74第一次剪切的可能是由胰蛋白酶或是类胰蛋白酶介导的。随后,根据剪切条带的大小及生物信息学分析,推测了四个保守的精氨酸位点可能为剪切位点,并通过Bac-to-Bac系统构建了缺失p74,回复p74及七种预测剪切位点单、多点组合突变的重组病毒。我们对重组病毒进行扫描电镜及透射电镜观察,发现p74缺失及点突变不影响OB的外部形态及内部ODV的包埋。我们将重组病毒的ODV纯化后进行Western blot检测,发现点突变R325Q/R334Q能够部分抑制P74剪切,四点突变R319Q/R323Q/R325Q/R334Q能够完全抑制P74的剪切,而其他的突变体不能,表明P74发生第一次剪切的位点是第319、323、325和334位的精氨酸。第叁章对AcMNPV ODV囊膜表面10个口服感染因子之间的相互作用进行了探究。该实验通过酵母双杂交的方法双向验证各个PIF之间的相互作用,除去PIF5和VP91存在自激活现象无法研究外,共发现了8对双向互作的蛋白,分别是:P74-PIF4、PIF1-PIF2、PIF1-PIF3、PIF1-PIF4、PIF2-PIF3、PIF2-PIF4、PIF3-PIF4、PIF4-Ac110。该实验提示PIFs之间存在着广泛的相互作用,支持了PIF以复合物形式发挥功能这一发现,并为探究各个PIF蛋白在PIF复合物中可能的排布方式提供了重要数据。第四章为总结和展望,对本文的研究进行了总结归纳。(本文来源于《中国科学院大学(中国科学院武汉病毒研究所)》期刊2019-06-01）
王凤琦,魏晓楠,邵翠华,刘文淼,刘世国[4]（2018）在《Shwachman Diamond综合征的剪切位点突变及表型分析》一文中研究指出目的分析1例Shwachman Diamond综合征(SDS)病人遗传学改变,探讨其与基因型表型的关系。方法提取1例SDS病儿的外周血全基因组DNA,纯化后经PCR扩增,利用二代测序技术对血液系统相关候选基因的全部编码区和侧翼剪切位点区域进行突变筛查,与人类基因组突变数据库中标准序列比对,寻找可疑突变位点,确定存在SBDS基因突变后,对病儿父母进行相同位点测序并进行一代测序验证。结果病儿15岁出现血常规异常,经骨髓穿刺诊断为骨髓增生异常综合征(MDS),染色体G显带核型分析示46,XX,del20q-,后于16岁出现肾功能异常。二代测序结果显示病儿SBDS基因第2外显子剪切位点纯合突变:c.258+2T>C,为纯合突变,其父母此位点均为杂合突变。此位点突变引起病儿SBDS基因mRNA在第2和第3外显子之间出现剪切错误,导致SBDS序列提前终止。结论本研究发现1例SDS病儿SBDS热点突变合并染色体20q-,为丰富基因型表型关系提供了依据。(本文来源于《青岛大学学报(医学版)》期刊2018年06期）
王炫[5]（2018）在《遗传性皮肤病基因突变位点筛查及体外实验预测内含子突变对基因剪切的影响》一文中研究指出目的1、针对已经收集到的4个遗传性皮肤病患者,包括卟啉病1例,结节性硬化症1例,交界性大疱性表皮松解症1例及少汗型外胚层发育不良1例,进行基因筛查,确定各患者可能的致病基因突变位点,为该患者提供遗传咨询和产前诊断。2、设计体外实验验证已发现的少汗型外胚层发育不良患者所携带的EDA基因c.925-14T>A突变会引起了剪切位点变化。方法1、提取临床拟诊断患者及其亲属外周血DNA,通过聚合酶链式反应扩增目的基因外显子及其侧翼序列,利用Sanger法及第二代测序方法来筛查突变位点。2、利用质粒载体及逆转录方法,通过体外实验检测并验证ED4基因c.925-14T>A突变对转录过程中剪切位点的影响。结果1、对拟诊断4个患者进行基因序列分析,发现了 3个新发突变位点。结节性硬化患者携带TSC2基因c.5130-5131insT体细胞镶嵌突变,交界性大疱性表皮松解症患者LAMA3基因发生大片段缺失,少汗型外胚层发育不良患者携带EDA基因c.925-14T>A内含子突变,且患儿母亲和姨母均为该突变的携带者。2、体外实验验证患者EDA基因内含子突变位点导致基因剪切位点发生明显改变。最终导致在合成的EDA-A1蛋白Glu308和Va1309中加插入4个多余的氨基酸。结论1、利用第二代测序及聚合酶链式反应方法可以筛查出可能参与引起患者相应的临床表型的基因突变位点,为了明确新发突变位点的致病性则需进一步设计实验研究。2、TSC2基因发生体细胞镶嵌突变c.5130_5131insT是导致该患者较轻结节性硬化症表型的原因。体细胞镶嵌突变的存在很可能是导致结节性硬化症基因筛查检出率低的一个重要原因。3、EDA基因内含子发生c.925-14T>A突变为致病性突变,导致剪切位点改变,且该种剪切方式恰好导致在Glu308和Va1309中加插入4个多余的氨基酸,严重影响了外胚层发育不良素A的功能。(本文来源于《南昌大学》期刊2018-06-01）
谢彦舒,钟京梓,廖海霞,官红林,蓝丹[6]（2018）在《Ⅰ型Bartter综合征新发剪切位点突变分析及文献复习》一文中研究指出目的:对Ⅰ型Bartter综合征家系剪切位点纯合突变的临床特点及基因检测结果进行分析,从基因水平上明确该病诊断,并探讨该病的致病机制。方法:收集1例Ⅰ型Bartter综合征患儿及家系临床资料,通过二代基因测序检测含SLC12A1、KCNJ1、CLCNKB、BSND、CASR、SLC12A3等基因在内270个相关基因,用Sanger测序对筛查出来的可能致病突变位点进行家系验证,通过软件及查阅文献对突变位点致病性进行分析。结果:先证者临床表现为消瘦乏力、多饮多尿、生长发育落后、低血钾、代谢性碱中毒及高醛固酮血症,测序结果显示:SLC12A1基因c.1786+2T>C剪切位点纯合突变,其父为无症状杂合突变携带者,其母和哥哥未发现变异。查阅文献发现先证者临床表现符合Bartter综合征且SLC12A1基因为Ⅰ型Bartter综合征的致病基因,检索db SNP数据库、Clin Var数据库、HGMD数据库、Pubmed、中国知网等国内外文献数据库均未发现该突变位点报道。同时,Poly Phen-2、SIFT和MutationTaster 5软件分析预测该突变可能为致病性突变。综合分析临床表型和基因结果该先证者可诊断为Ⅰ型Bartter综合征,且其c.1786+2T>C剪切位点纯合突变为新发致病性突变。结论:本文首次报道c.1786+2T>C突变为新发致病性剪切位点纯合突变,扩展了SLC12A1基因突变谱,为Bartter综合征的临床诊断和遗传咨询提供帮助,并为进一步探索其致病机制提供一定的理论基础。(本文来源于《广西医科大学学报》期刊2018年02期）
李斌,况耀鋆,卞文君,邵传兴,周鹏[7]（2017）在《Dravet综合征患者SCN1A基因剪切位点突变对剪切影响的体外分析》一文中研究指出目的热性惊厥相关癫痫是涵盖了由一系列由轻到重表型的复杂癫痫谱系,其中Dravet综合征(Dravet syndorme,DS)表型最为严重。SCN1A基因与热性惊厥相关癫痫密切相关,编码I型电压门控钠通道α亚基,其突变后使神经系统兴奋性增加,进而导致癫痫、偏头痛、孤独症等疾病。SCN1A基因突变形式包括错义突变、截短突变、剪切位点突变,缺失突变等,其中错义突变、截短突变占绝大多数。错义突变的致(本文来源于《第七届CAAE国际癫痫论坛论文汇编》期刊2017-10-27）
简文静,邵康,肖瑜,曹博洋,谢欣彤[8]（2017）在《MUTYH c.892-2A>G剪切位点突变在家族性乳腺癌中的意义》一文中研究指出背景与目的:MUTYH基因变异与结直肠癌患癌风险升高有关,但其突变与乳腺癌发生的相关性尚不明确,该研究探讨MUTYH c.892-2A>G剪切位点突变在中国家族性乳腺癌中的意义。方法:采用二代测序(next generation sequencing,NGS)方法检测95个家族性乳腺癌患者及亲属MUTYH基因突变情况,并与BRCA1、BRCA2基因突变情况进行比较。结果:95个家系224名受试者中有4个家系共7名受试者检出MUTYHc.892-2A>G突变,突变率为3.1%,其中只有1例先证者检出MUTYH c.892-2A>G突变。95个家系中也只有1例先证者检出携带BRCA1突变;5个家系中共9名受试者检出携带BRCA2突变,突变率为4.0%。MUTYH c.892-2A>G突变人数分别与BRCA2、BRCA1突变人数相比较,不存在基因共突变现象。结论:MUTYH c.892-2A>G突变虽然在有乳腺癌家族史的高危正常人群中突变率较高,但很可能是低外显的乳腺癌发生相关的致病位点。(本文来源于《中国癌症杂志》期刊2017年07期）
于声,杨玲凤,姜伯劲,张安文,陈美琳[9]（2017）在《靶向剪切AAVS1位点CRISPR/Cas9腺病毒系统的构建》一文中研究指出本研究拟使用腺病毒介导的CRISPR/Cas9系统靶向剪切AAVS1位点,为实现AAVS1位点基因定点插入奠定基础。设计针对AAVS1位点的gRNA序列,连接到pENTRY-U6-h EF1a-Cas9载体,通过Gateway技术重组到腺病毒骨架质粒pAD,转染293A细胞包装腺病毒。腺病毒感染Hela细胞系,使用T7E1酶切及测序检测AAVS1位点的打靶效率。T7EI酶切结果显示腺病毒介导的CRISPR/Cas9系统剪切效率达到28.5%。腺病毒介导的CRISPR/Cas9系统对AAVS1位点成功实施了剪切,为下一步在Hela细胞内进行基因定点敲入及基因治疗奠定了基础。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2017年04期）
王天祺[10]（2016）在《用于预测剪切位点的一种改进字符串核函数研究》一文中研究指出随着基因测序技术的进步,基因组序列的信息量呈现爆炸增长的趋势。人们迫切需要对这些信息进行分析处理的工具,而要对基因序列进行分析首先需要识别出DNA编码区也就是最终表达为蛋白质的DNA片段,这一步骤称为基因识别或基因预测。基因预测的难点是真核生物的基因识别算法,与原核生物相比,真核生物的一个主要不同是只有外显子部分才会最终编码成蛋白质。外显子与内含子的边界称为剪切位点,因此剪切位点的预测成为了基因识别的一个关键问题。这一问题可以转换成碱基序列文本的二分类问题。目前,支持向量机模型以及核函数方法在剪切位点识别算法的研究中受到了广泛的关注。在生物信息学问题中常用的核函数有两种,一种方法是基于特征空间的核函数,另一种是直接根据序列信息计算序列的相似性,也就是字符串核函数。目前字符串核函数在识别剪切位点问题上的性能已经达到了研究的前沿水平。在已经提出的用于剪切位点预测的字符串核函数中,Weighted Degree(WD)核是其中性能最好的一种。本文在分析WD核函数有效性的基础上,提出了WD核函数的准确率与碱基保守性的分布位置有关的假设以及验证该假设的实验方案。本文定义叁个变量描述在某一位置上组成DNA的四种核苷酸碱基A、G、C和T分别在正例数据和反例数据上的分布以及其分布的差异,使用这叁个变量定义关键因子的概念,用于表示该位置上的碱基对于区分正例和反例的重要程度。并使用这个概念在公共数据集上进行实验从而选出了可能会在分类时有重要作用的“关键位置”。通过在计算核函数时分别去除或保留这些位置上的碱基信息,证明了碱基所在位置这一信息对WD核函数预测剪切位点性能有着重要影响并且某一位置对应的关键因子可以用于描述该位置上的碱基在分类时的重要程度。在证明了WD核函数的性能与碱基所在位置有关后,本文对碱基位置的重要性进行扩展,即可能存在会对WD核函数性能造成不良影响的“迷惑位置”,并提出了迷惑因子的概念用于找出这种位置。基于找到的关键位置和迷惑位置,对每个位置分别按其对WD核函数的影响程度的不同赋予相应权值,并在计算核函数时使用。本文将这种基于位置重要性赋予权值的改进WD核函数方法称为Adaptive WD核函数,实验证明,在两个剪切位点公共数据集上,Adaptive WD核函数均能取得优于WD核函数的性能。随后为得到更好的分类效果,本文提出使用以Adaptive WD核为核函数的支持向量机分类器作为基分类器,分别应用Bagging和Adaboost两种集成学习方法提升预测效果。实验结果表明使用两种集成学习方法后,分类器的性能均能提升2%左右,证明了使用集成学习方法有着良好的提升效果。(本文来源于《哈尔滨工业大学》期刊2016-12-01）
剪切位点论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
为了解鸡抗菌肽NK-lysin的B细胞表位、剪切位点、疏水性、同源性及进化等内容,试验选择鸡抗菌肽NK-lysin的氨基酸序列通过网络在线软件IEDB Analysis Resource、PeptideCutter、ProtScale、BLAST、DNAStar进行分析。结果表明:鸡抗菌肽NK-lysin存在5个B细胞表位,可被20种酶和化学物质剪切,亲水性大于疏水性,与鸡颗粒溶素的同源性为100%,在进化上与珍珠鸡类皂化蛋白C最为接近。说明鸡抗菌肽NK-lysin为亲水性蛋白,具有抗原性,有很多剪切位点,与珍珠鸡类皂化蛋白C有较高的亲缘关系。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
剪切位点论文参考文献
[1].丁红珂,潘小英,吴新华,张彦,吴菁.遗传性球形红细胞增多症家系ANK1基因新发剪切位点突变的不典型表型及表型差异探讨[J].中国产前诊断杂志(电子版).2019
[2].杭柏林,宁春妹,张炜,张慧辉,徐彦召.鸡抗菌肽NK-lysin的B细胞表位、剪切位点、疏水性及进化分析[J].黑龙江畜牧兽医.2019
[3].张楠.杆状病毒AcMNPV口服感染因子P74的剪切位点鉴定[D].中国科学院大学(中国科学院武汉病毒研究所).2019
[4].王凤琦,魏晓楠,邵翠华,刘文淼,刘世国.ShwachmanDiamond综合征的剪切位点突变及表型分析[J].青岛大学学报(医学版).2018
[5].王炫.遗传性皮肤病基因突变位点筛查及体外实验预测内含子突变对基因剪切的影响[D].南昌大学.2018
[6].谢彦舒,钟京梓,廖海霞,官红林,蓝丹.Ⅰ型Bartter综合征新发剪切位点突变分析及文献复习[J].广西医科大学学报.2018
[7].李斌,况耀鋆,卞文君,邵传兴,周鹏.Dravet综合征患者SCN1A基因剪切位点突变对剪切影响的体外分析[C].第七届CAAE国际癫痫论坛论文汇编.2017
[8].简文静,邵康,肖瑜,曹博洋,谢欣彤.MUTYHc.892-2A>G剪切位点突变在家族性乳腺癌中的意义[J].中国癌症杂志.2017
[9].于声,杨玲凤,姜伯劲,张安文,陈美琳.靶向剪切AAVS1位点CRISPR/Cas9腺病毒系统的构建[J].基因组学与应用生物学.2017
[10].王天祺.用于预测剪切位点的一种改进字符串核函数研究[D].哈尔滨工业大学.2016
标签：遗传性球形红细胞增多症; ANK1基因突变; 表型差异;