基于复杂网络的胃癌关键基因筛选与分析

论文摘要

运用复杂网络理论,对TCGA胃癌数据进行了筛选与降维,筛选出275个胃癌相关的基因,获得样本容量为40的胃癌ⅡB期样本组和样本容量为36的胃癌ⅢA期样本组。通过分析胃癌ⅡB期样本组与胃癌ⅢA期样本组的基因变化率,建立节点(基因)间的连边关系,从而构建了胃癌恶化过程的基因表达网络。引入综合中心性指标对网络进行分析,筛选出17个综合中心指数较高的基因。应用复杂网络的相关理论对胃癌基因网络进行社区划分,发现17个综合中心指数较高的基因全部落在一个规模较大的连通的子网络中,此拓扑结构与胃癌基因表达网络的关键节点一致。通过综合分析获取了胃癌恶化过程中的关键基因,提供了良好的胃癌恶化早期的预警信号。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 王晓曼,刘文奇

关键词: 复杂网络,胃癌,基因,中心性

来源: 数据采集与处理 2019年05期

年度: 2019

分类: 信息科技,基础科学,医药卫生科技

专业: 数学,肿瘤学

单位: 昆明理工大学理学院

基金: 国家自然科学基金（61573173）资助项目

分类号: R735.2;O157.5

DOI: 10.16337/j.1004-9037.2019.05.010

页码: 854-862

总页数: 9

文件大小: 1458K

下载量: 148

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标签：复杂网络论文;  胃癌论文;  基因论文;  中心性论文;