论文摘要
高通量测序技术的发展衍生出一系列微生物组(microbiome)研究技术,如扩增子、宏基因组、宏转录组等,快速推动了微生物组领域的发展。微生物组数据分析涉及的基础知识、软件和数据库较多,对于同领域研究者开展学习和选择合适的分析方法具有一定困难。本文系统概述了微生物组数据分析的基本思想和基础知识,详细总结比较了扩增子和宏基因组分析中的常用软件和数据库,并对高通量数据下游分析中常用的几种方法,包括统计和可视化、网络分析、进化分析、机器学习和关联分析等,从可用性、软件选择以及应用等几个方面进行了概述。本文拟通过对当前微生物组主流分析方法的整理和总结,为同领域研究者更方便、灵活的开展数据分析,快速选择研究分析工具,高效挖掘数据背后的生物学意义提供参考,进一步推动微生物组研究在生物学领域的发展。
论文目录
文章来源
类型: 期刊论文
作者: 刘永鑫,秦媛,郭晓璇,白洋
关键词: 微生物组,数据分析,扩增子,宏基因组,分析流程
来源: 遗传 2019年09期
年度: 2019
分类: 基础科学
专业: 生物学
单位: 中国科学院遗传与发育生物学研究所植物基因组学国家重点实验室,中国科学院遗传与发育生物学研究所中国科学院–英国约翰英纳斯中心植物和微生物科学联合研究中心,中国科学院大学现代农学院
基金: 中国科学院前沿科学重点研究项目(编号：QYZDB-SSW-SMC021),中国科学院重点部署项目(编号：KFZD-SW-219)资助,国家自然科学基金面上项目(编号：31772400)~~
分类号: Q93
DOI: 10.16288/j.yczz.19-222
页码: 845-862
总页数: 18
文件大小: 1126K
下载量: 1498
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