糙皮侧耳的AFLP分析及多态性片段的鉴定

糙皮侧耳的AFLP分析及多态性片段的鉴定

孟宇[1]2003年在《糙皮侧耳的AFLP分析及多态性片段的鉴定》文中进行了进一步梳理侧耳(Pleurotus)属于白腐真菌类,除了具有食用价值外,因其可以通过分泌木质素降解酶、漆酶等从而有效地氧化木质素和芳香族污染物,最终将其矿化为二氧化碳和水,因此在生物制浆,纸浆生物漂白,环境保护,节约能源等方面有重要的研究意义和应用价值。糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)为侧耳属的模式种,代表着该属的主要形态特征。目前本实验室已经进行了有关于侧耳菌产生木质素降解酶的活性及产量等的研究,并筛选出了相应的木质素降解酶高产菌株。 本论文开展了以下几方面进行了研究并获得了相应结果:1.为了在较短时间内获得大量菌丝体以提取总DNA,对糙皮侧耳的不同培养条件进行了对比。初步确定了该真菌的最佳液体培养条件为CMA液体培养,最适培养温度为25℃。2.对糙皮侧耳的AFLP分析条件进行了筛选和优化,发现E-3/M-3引物组合扩增获得的片段数量最多,清晰度高,片段大小分布也较均匀,其中又以引物对E-AGC/M-CAT和E-AGC/M-ACC得到的扩增效果最好,是最适合做糙皮侧耳AFLP分析的引物组合。3.制作了糙皮侧耳的AFLP指纹图谱,对其中的多态性片段进行了统计和分析,发现菌株P17和杂3相似性程度最高,达到了81%;菌株侧5与其它糙皮侧耳菌株亲缘关系相对最远。4.回收并克隆了部分菌株的多态性片段,完成了其中两条片段的序列测定和分析,两条片段的大小分别为1099bp和679bp。确定大小为1099bp的片段上具有一个阅读框。将这两条片段用BLAST与本实验室已有的木质素降解模式菌—黄孢原毛平革菌全基因组进行序列比对,未发现有同源性的片段:再输入GeneBank,用BLAST做序列比对,也未发现有与之同源性较高的其它物种的片段。5.对AFLP聚类分析所得到的相似性结果与常规从形态结构、生理特点等表型性状分类的方法进行了印证。

吴丹丹[2]2012年在《侧耳属栽培菌株遗传多样性及其附生菌对生态因子响应》文中指出侧耳属真菌种类繁多,与人类关系密切,是一种具有较高营养价值、重要经济价值和药用价值的食用、药用真菌,但菌种市场一直比较混乱,菌种管理相对滞后,同物异名或同种异物较多,不仅给生产环节带来不便,也给食用菌的科学研究和学术交流造成障碍。随着现代生物技术的发展,一些新的方法和技术不断出现,本研究利用LSU rDNA序列、ITS序列、SSR分子标记相结合的方式对侧耳属主要栽培菌株进行鉴定和遗传多样性分析,为该属真菌的生产利用与科学研究提供参考,有利于其种质资源的保护。采用PCR产物直接测序获得侧耳属54个菌株的ITS序列和核糖体DNA大亚基(LSU rDNA)序列,于GenBank中侧耳属的6个生物学种相关序列比对,得到除2个白灵侧耳(Pleurotus nebrodensis)菌株外的52个菌株与6个生物学种的系统发育树,结果表明:与ITS序列分析相比,LSU rDNA序列进行侧耳属物种的鉴定更方便、稳定、可靠。52个栽培的侧耳属菌株被分为两个种,即糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)与肺形侧耳(Pleurotus pulmonarius)。通过AFLP快速富集重复序列的方法构建侧耳属基因组微卫星富集文库,根据分离的微卫星DNA序列设计引物,结果筛选出18个多态性微卫星标记,共产生396个条带,建立系统发育树并进行遗传多样性分析,开发出侧耳属菌株鉴定和遗传分析的技术。结果表明:每对引物检测等位基因4-32个,SSR引物的PIC介于0.35到0.94,UPGMA方法聚类分析表明:供试材料间遗传相似系数变幅为0.755到0.9995,在80%的相似系数上,54个菌株分为3大类,包括糙皮侧耳、肺形侧耳和白灵侧耳。该结果和ITS与LSU rDNA序列鉴定一致。在系统发育树中同一个种不同菌株聚为同一个分支,为鉴定其种类,借助于出菇实验、拮抗实验和ISSR分子标记等方法,表明ACCC50618、ACCC50866和ACCC50915为同物异名菌株;ACCC50249与ACCC50476为同物异名菌株,其结果与SSR分析一致。为了测定侧耳属真菌附生菌与生态因子之间的相互关系,本研究河北寿县、天津蓟县和实验室菇房的白灵侧耳为材料,通过16SrDNA序列分析,对其附生菌多样性进行了分析。结果表明,附生菌主要由节杆菌属和假单胞菌属类群组成,且温度对附生菌的数量和组成具有一定的影响,出菇温度较高将导致附生菌多样性越丰富。该结果为探索通过人为手段或环境的控制来改变附生菌的种类、最大程度发挥有益生物自控作用、防治病害提供理论基础。

高山, 张金霞, 边银丙[3]2008年在《DNA分子标记在侧耳属真菌研究中的应用》文中提出介绍了目前已在侧耳属真菌中广泛使用的DNA分子标记技术(RFLP、RAPD、AFLP、ISSR、ITS、IGS标记)以及这些标记技术在侧耳属真菌系统发育和分类研究、菌种和菌株鉴定、遗传多样性和亲缘关系分析、遗传图谱构建和基因定位等方面的应用,展望了一些新分子标记技术在侧耳属真菌中的应用前景。

刘鑫[4]2011年在《糙皮侧耳菌丝体与子实体原基抑制消减文库的构建及分析》文中进行了进一步梳理糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)为侧耳属(Pleurotus)的模式物种,是世界上四大栽培食用菌之一,以其鲜美的风味及良好的营养、药用、经济价值受到人们的青睐。糙皮侧耳的生活史由担孢子(basidiospore)、菌丝体(mycelium)、原基(primordium)和子实体(fruiting body)等阶段构成,在双核菌丝纽结发育为原基的过程中,形态上的改变最为明显,可能是通过酶活性与离子浓度的改变来影响菌丝的生理代谢,也可能是通过调节细胞内的基因表达来影响糙皮侧耳的生长发育,目前对于糙皮侧耳发育过程中的分子机理研究较少。研究糙皮侧耳分化发育过程中菌丝体和子实体原基的差异表达基因,对研究糙皮侧耳分化发育分子机理及分子育种有重要意义。本课题以实验室保藏菌株Po739为试验菌株,其培养所得到的菌丝体M739和子实体原基P739作为实验材料,应用抑制性消减杂交技术,构建了以菌丝体为检测对象的正向消减文库和以子实体原基为检测对象的反向消减文库。经菌落PCR检测,正、反向文库插入片段的大小在250 bp-1000 bp之间,有效重组率分别达到了85.4%和83.0%。经过反式Northern杂交对其进行初步的筛选后,分别从正向文库和反向文库中选取200个颜色有明显差异的克隆进行测序。将测序所得序列在GenBank数据库中进行同源性比较,对其基因功能进行注释,再用GO (Gene Ontology)基因功能分类系统对其进行分类。结果显示,正、反向文库中分别有69.5%和66.5%的基因获得功能注释,涉及到了催化活性、调节酶活性、结合、运输、信号转导、调控翻译、分子伴侣、细胞途径、生物学途径、发育、细胞内组分、膜等多个方面。选取比对后得到的线粒体加工肽酶(mitochondrial-processing peptidase, MPP)、电压依赖性离子选择通道(voltage-dependent anion channel, VDAC)设计引物,利用RT-PCR对其进行半定量分析,证明其在M739和P739中的确为差异表达。

参考文献:

[1]. 糙皮侧耳的AFLP分析及多态性片段的鉴定[D]. 孟宇. 四川大学. 2003

[2]. 侧耳属栽培菌株遗传多样性及其附生菌对生态因子响应[D]. 吴丹丹. 安徽农业大学. 2012

[3]. DNA分子标记在侧耳属真菌研究中的应用[J]. 高山, 张金霞, 边银丙. 浙江食用菌. 2008

[4]. 糙皮侧耳菌丝体与子实体原基抑制消减文库的构建及分析[D]. 刘鑫. 华中农业大学. 2011

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