基于454 GS FLX高通量测序的南疆沙蜥微卫星特征分析及其候选引物设计

基于454 GS FLX高通量测序的南疆沙蜥微卫星特征分析及其候选引物设计

论文摘要

南疆沙蜥Phrynocephalus forsythii是我国特有的一种小型爬行动物,分布于塔里木盆地。利用Roche 454 GS FLX高通量测序对该物种基因组测序,获得了55 909条高质量序列。利用Krait搜索并初步统计和分析基因组微卫星序列,共得到1~6个碱基重复类型的完美型微卫星12 109个。不同类型微卫星中,四碱基重复类型数目最多,有4 037个,约占总数的33.34%,其次是二碱基,约占总数的28.09%,再是三碱基、单碱基、五碱基和六碱基,分别约占总数的18.72%、13.91%、4.48%和1.46%。单碱基微卫星中C最多,二碱基微卫星中AC最多,三碱基、四碱基、五碱基和六碱基中最多的分别是AAC、AAAT、AAAAT和AACCCT。AC、AAAT、C、AG、A、AAC、AAT、AAAC、ACC和ACG是数量最多的10种重复拷贝类别。挑选部分三、四碱基重复类型的微卫星序列设计了100对可用于后续对南疆沙蜥微卫星标记开发的候选引物。本研究开启了对南疆沙蜥基因组微卫星特征的了解,为利用微卫星标记研究南疆沙蜥种群遗传结构奠定了基础。

论文目录

  • 1 材料和方法
  •   1.1 样品收集、基因组DNA提取及Roche 454 GS FLX高通量测序
  •   1.2 微卫星序列的查找及引物设计
  • 2 结果
  •   2.1 测序数据统计及基因组组装
  •   2.2 南疆沙蜥基因组微卫星的数量和分布特点
  •     2.2.1 各种重复拷贝类别的数量和相应的比例
  •     2.2.2 各种重复类型微卫星拷贝数的数量分布
  •     2.2.3 微卫星位点的引物设计及候选引物序列
  • 3 讨论
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 宋琪,郭宪光,陈达丽

    关键词: 南疆沙蜥,基因组,微卫星,分布,引物序列

    来源: 四川动物 2019年05期

    年度: 2019

    分类: 基础科学

    专业: 生物学

    单位: 中国科学院成都生物研究所,中国科学院大学,四川大学华西基础医学与法医学院

    基金: 国家自然科学基金项目(31672270,31872959),科技部重点研发计划项目(2017YFC0505202)

    分类号: Q953

    页码: 512-520

    总页数: 9

    文件大小: 281K

    下载量: 112

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