登革病毒1型Ⅰ～Ⅴ基因亚型的基因组差异分析

论文摘要

目的分析登革病毒1型（Dengue virus type 1,DENV-1）Ⅰ～Ⅴ基因亚型基因组全长核苷酸及氨基酸序列差异。方法通过GenBank搜索DENV-1 5个不同基因亚型的全长基因组序列,获得其相应的氨基酸序列。采用BIOEDIT软件,统计基因亚型间核苷酸突变和氨基酸替代位点,分析其相似度,通过RNA二级结构在线预测网站预测DENV-1不同亚型间3′UTR的二级结构差异,蛋白结构在线预测网站预测主要流行于中国的Ⅰ及ⅤDENV-1基因亚型结构蛋白的二级结构,对其氨基酸组成及编码序列中可能存在的蛋白结合区域等进行差异分析。结果DENV-1 5个基因亚型核苷酸相似性为91. 40%～94. 50%,氨基酸序列相似性为97. 11%～98. 38%,5个基因亚型各自编码3 392个氨基酸,其中共有195个位点有氨基酸的变化。DENV-1不同亚型的3′UTR的二级结构各不相同。DENV-1基因型为Ⅰ、Ⅴ的775个氨基酸中占组成比例最多的均是苏氨酸（T）,Ⅰ型可能的蛋白结合位点有26个,多聚核苷酸结合位点有9个。Ⅴ型可能的蛋白结合位点有24个,多聚核苷酸结合位点有7个。他们均有相同数量的螺旋和跨膜螺旋。结论通过对DENV-1 5个不同的基因亚型的全长核苷酸和氨基酸序列的比较分析,及Ⅰ、Ⅴ基因亚型结构蛋白二级结构的预测,为研究DENV-1不同基因型之间的生物学和致病性差异提供参考。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 文送娇,陈曦,洪珊,席珏敏,王晓丹,陈俊英,潘玥,叶超,管娇琼,林垚,孙强明

关键词: 登革病毒型,基因亚型,基因组,结构蛋白,二级结构

来源: 中国生物制品学杂志 2019年02期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学

单位: 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室

基金: 国家自然科学基金面上项目(81171946),国家十二五重大新药创新科技重大专项(2012ZX09104302),云南自然科学基金项目(2012FB188),云南省科技厅联合支持国家科技计划项目(2013GA018),云南省科技厅应用基础重点项目(2016FA029)

分类号: R373.33

DOI: 10.13200/j.cnki.cjb.002463

页码: 152-156

总页数: 5

文件大小: 324K

下载量: 110

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