导读:本文包含了细菌人工染色体文库论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:染色体,细菌,文库,阿非利加,基因,抗病性,大分子。
细菌人工染色体文库论文文献综述
武亚磊,王玉红,刘玉玲,王春英,蔡小彦[1]（2016）在《雷蒙德氏棉细菌人工染色体文库的构建》一文中研究指出细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库是开展基因组测序、基因图位克隆、分子标记开发、物理作图等研究的重要基因组资源。本研究以二倍体野生棉雷蒙德氏棉(G.raimondii,D5)为材料,从成株期暗培养的黄化幼嫩叶片中得到纯净、完整和高质量的基因组DNA。经脉冲场凝胶电泳检测,所提取基因组DNA大于700 kb。经酶切、片段选择、连接转化,构建了雷蒙德氏棉的基因组BAC文库,文库共包含26 880个克隆,平均插入片段为127 kb,覆盖该棉种全基因组的3.7倍左右,克隆空载率小于5%。该文库的构建,为雷蒙德氏棉基因组物理图谱的构建、功能基因的定位与克隆、以及比较基因组研究提供了重要的基因组资源。(本文来源于《分子植物育种》期刊2016年08期）
蒋立坤,陈宝华,游伟伟,张晓军,许建[2]（2015）在《杂色鲍细菌人工染色体文库的构建及质量评估》一文中研究指出杂色鲍(Haliotisdiversicolor)为南方亚热带和热带种,是一种适于海峡两岸养殖的优良鲍种。由于两岸养殖的杂色鲍最早均来自台湾野生群体,在随后的几十年间再无其他群体加入近交效应十分显着,造成种质资源退化,从而导致群体遗传多样性下降,隐性有害基因纯合,养殖鲍抗性和生产性能明显下降。因此在现代基因组学和基因组选择育种兴起的背景下深入开展杂色鲍生长性状的遗传学基础研究,以提高生长性状为主要目标、兼顾抗逆性状的杂色鲍优良品种培育研究十分必要。细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文库是一种大片段基因组DNA文库,构建大片段基因组文库是进行基因组学研究的一项重要的基础工作,而且随着克隆载体的不断优化,插入片段的转化率稳定性的不断提高大片段基因组文库逐渐成为真核生物基因组研究的关键平台。本实验将杂色鲍的基因组DNA采用限制性内切酶Hind III部分酶切的办法获取平均分子量在100到300kb的限制性基因组DNA片段,连接入载体p CC1BAC,转化到大肠杆菌DH10B细胞内,接种到含有氯霉素的LB培养基上。最终得到杂色鲍的BAC文库包括92160个平均大小在120kb的BAC克隆,分装在240个384孔板中,空载率为0.55%。文库覆盖杂色鲍全基因组约为7.3倍。利用48个384板的18432个克隆构建了高效的叁维筛选池,筛选得到12个基因的16个阳性克隆,我们利用二代测序平台将其中的8个阳性克隆进行测序,得到928Kb的杂色鲍基因组数据,为杂色鲍基因组序列评估和鉴定提供数据基础。在这8个BAC克隆中我们注释了包括7个目的基因在内的21个基因,表明文库可在目的基因筛选发挥重要作用。此外,我们根据测得的基因组数据还得到了150个微卫星标记。因此我们得到一个高覆盖率高质量的杂色鲍BAC文库,能有效用于目的基因的分离。杂色鲍BAC文库的构建为杂色鲍基因组研究的QTL精确定位、物理图谱构建、全基因组测序、基因结构与功能分析奠定坚实基础,最终为杂色鲍的分子育种提供服务。(本文来源于《2015年中国水产学会学术年会论文摘要集》期刊2015-11-05）
杨煜,杨晓慧,李灿辉,郭晓,单伟伟[3]（2015）在《马铃薯栽培品种‘合作88’细菌人工染色体文库的构建与评价》一文中研究指出以四倍体马铃薯栽培品种‘合作88’培养12~15 d苗龄的幼嫩叶片为试材,提取高分子量基因组DNA,利用限制性内切酶HindⅢ部分酶切后回收100~300 kb片段,连接到载体Copy ControlTM p CC1BACTM的HindⅢ位点上,构建了细菌人工染色体(BAC)文库。该文库约由850 000个克隆组成,空载率约2.08%,保存在1 700个混合池中,克隆插入片段平均大小约为90 kb,覆盖单倍型马铃薯基因组约85倍。随机挑取6个BAC克隆连续培养5 d,提取DNA进行HindⅢ完全酶切检测,确认不同培养时间的BAC克隆的指纹图谱完全一致,表明文库较好的稳定性。BAC文库的构建为马铃薯重要农艺性状基因克隆、基因组测序以及比较基因组研究等奠定了基础。(本文来源于《园艺学报》期刊2015年02期）
邢苗苗,田多成,李海龙,姚丽君,冀瑞琴[4]（2014）在《甘蓝基因组细菌人工染色体文库的构建》一文中研究指出细菌人工染色体(BAC)文库是克隆甘蓝抗病优质重要基因的基础,以抗枯萎病、富含硫代葡萄糖苷的结球甘蓝自交系R4P1为材料,美国Epicentre公司的CopyControlTMpCC1BACTM为载体,构建了甘蓝细菌人工染色体文库。该文库有73 344个克隆,插入片段平均大小约97 kb,空载率<3%,覆盖甘蓝基因组约10.9倍,筛选到甘蓝任一基因的概率为99.99%,这些结果表明,构建的文库质量较好,可用于后续分析。构建的甘蓝BAC文库不仅可用于枯萎病基因的克隆,而且为克隆其他重要的功能基因及基因组学等的研究奠定了基础。(本文来源于《华北农学报》期刊2014年05期）
张浩浩[5]（2014）在《羊巴贝斯虫细菌人工染色体文库构建及物理图谱绘制》一文中研究指出巴贝斯虫病是一种蜱传性血液原虫病,广泛分布于温带、亚热带以及热带地区,对全世界养殖业造成巨大的危害。鉴于巴贝斯虫对畜牧业发展的重大影响,自上个世纪中期,科学家就针对巴贝斯虫的致病机理、病原入侵宿主细胞机制及防治技术和策略等方面,开展了一系列的研究工作。然而由于研究手段的限制,相对于其它顶复门寄生虫(如弓形虫、疟原虫等),研究进展还显缓慢。究其原因,主要是对病原生物学的认知程度不高,尤其是在基因组水平的研究方面。本研究选用在我国广泛分布的羊巴贝斯虫未定种新疆株和莫氏巴贝斯虫临潭株为研究对象,通过体外培养虫体,接种除脾羊,当染虫率达到10～25%时收集羊血液,纯化巴贝斯虫裂殖子阶段虫体。将纯化的虫体包埋于低熔点琼脂糖,用蛋白酶K进行消化处理,得到相对完整的高分子量巴贝斯虫基因组DNA；利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析二者染色体大小及条数；酶切后分离大片段基因组DNA,将其与EPIcentre公司的CopyControl pCC1BAC Cloning-ready Vector进行连接,并转入大肠杆菌TransforMax EPI300,构建二者的细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome, BAC)文库；根据已有的羊巴贝斯虫未定种新疆株基因组测序拼接数据,设计了199对引物,筛选羊巴贝斯虫未定种新疆株细菌人工染色体文库,利用酶切指纹图谱获得阳性克隆之间的重迭关系。核型分析结果表明,两种巴贝斯虫均有4条染色体,但基因组大小不相同,羊巴贝斯虫未定种新疆株和莫氏巴贝斯虫临潭株基因组大小分别约为7.0Mb和11.1Mb(小于测序拼接数据)；成功构建两个巴贝斯虫细菌人工染色体文库,其中羊巴贝斯虫未定种新疆株共装配了19,200个克隆,羊莫氏巴贝斯虫临潭株共装配了34,560个克隆,文库平均插入片段大小约为65kb,两个巴贝斯虫基因组文库对其基因组的覆盖率均在100倍以上。本研究首次构建了两个羊巴贝斯虫细菌人工染色体文库,该文库为进一步绘制二者精细物理图谱、基因序列测定、利用比较基因组学筛选诊断、疫苗抗原基因以及药物靶点等方面的研究奠定了一定基础。通过对羊巴贝斯虫未定种新疆株BAC文库约1.3万个PCR筛选和酶切指纹图谱验证,共获得194个阳性克隆,在已有测序结果的基础了搭建了10条scaffold,总长度约为7.3Mb,这10条scaffold对其基因组覆盖程度达到了93%左右。同时也发现在已有的拼接数据中有3对引物没有筛选到阳性克隆,有2对引物虽然筛选到了阳性克隆,但实际目的片段大小与预期不一致,这也意味着已有数据的拼接结果中存在有错误拼接。该研究初步绘制了羊巴贝斯虫未定种新疆株的基因组物理图谱,同时也是对已有测序数据拼接正确与否的验证,发现了已有测序数据中存在错误拼接的地方,为进一步组装其精细物理图谱以及序列图谱奠定了坚实的基础。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2014-05-01）
李孟军,杨煜,高欣娜,郭晓,何明琦[6]（2014）在《石麦15细菌人工染色体文库构建与鉴定》一文中研究指出为给小麦功能基因研究提供参考信息,以冬小麦栽培品种石麦15(Triticum aestivum L.)为试材,从暗培养7~10d的黄化幼苗地上部提取高分子量基因组DNA,使用载体pCC1BAC的HindⅢ位点构建了六倍体小麦细菌人工染色体文库。该文库由1 000 000个以上克隆组成,保存在1 020个混合池中,克隆插入片段平均大小为85kb,空载率为2.5%;覆盖小麦基因组5倍以上;挑取7个克隆培养5d后,经HindⅢ完全酶切检测,其指纹图谱稳定一致。石麦15细菌人工染色体文库的构建为小麦基因克隆、调控序列克隆以及比较基因组学研究奠定了基础。(本文来源于《麦类作物学报》期刊2014年02期）
穆春华,张发军,杨煜,李文才,鲁守平[7]（2013）在《玉米自交系齐319细菌人工染色体文库的构建及鉴定》一文中研究指出玉米(Zea mays L.)病害的发生和流行一直是影响其生产的限制因素,玉米南方锈病、粗缩病是我国东南玉米区及黄淮海夏玉米区的重要病害。尽管目前已经开展了对两种病害抗性基因的遗传规律、染色体定位等相关研究,但对这些基因的克隆及功能鉴定等研究进展缓慢,构建抗性材料BAC文库并对抗病基因进行克隆是目前较为有效的方法之一。本研究以黄淮海夏玉米区优良抗病玉米自交系齐319为材料,利用CopyControl pCC1为载体,通过高分子量DNA的提取、部分酶切与大片段DNA的选择、连接转化等多个方面的优化,构建了玉米细菌人工染色体文库。该文库包含270 720个克隆,平均插入片段大小约90 kb,空载率为1.3%,约覆盖玉米基因组10.43倍。文库构建为这些重要功能基因的克隆及比较基因组学研究提供了基础资料。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2013年11期）
刘庆丽,王晓明,王革娇,罗朝喜,谭新球[8]（2013）在《稻曲病菌UV-2菌株细菌人工染色体文库构建及分析》一文中研究指出【目的】稻曲病(Rice false smut)是由稻曲病菌[Villosiclava virens(Cooke)Tak.]引起的严重危害水稻的真菌病害。构建稻曲病菌UV-2的大片段DNA细菌人工染色体(Bacterial artificial chromosome,BAC)文库,为致病相关基因的鉴定及在图位克隆、比较基因组学等方面的研究奠定基础。【方法】以幼嫩菌丝为材料制备大分子基因组DNA包埋块,用Hind III部分酶解后经脉冲凝胶电泳筛选,回收大片段DNA并与pIndigoBAC536-S载体连接,连接产物转化大肠杆菌菌株DH10B T1 Phage-Resistant细胞后进行蓝白斑筛选,白色菌落捡入384孔板置于80°C低温保存。【结果】成功构建UV-2菌株的高质量、高覆盖度的BAC文库,该文库共含10 368个克隆,平均插入片段为124.4 kb,空载率小于1%,约覆盖该菌基因组的36.8倍。【结论】克服了真菌大分子基因组DNA制备难控制的技术难题,建立了首个稻曲病菌的BAC文库。该文库已作为一种公共基因组资源向研究者开放(http://GResource.hzau.edu.cn)。(本文来源于《微生物学通报》期刊2013年09期）
高海燕,王省芬,刘方,彭仁海,张艳[9]（2013）在《棉花细菌人工染色体文库构建方法探讨》一文中研究指出细菌人工染色体(Bacterial artificial chromosome,BAC)文库是开展基因组测序、基因图位克隆、分子标记、物理作图等研究的重要基因组资源。本文在构建了二倍体野生棉阿非利加棉(Gossypium herbaceum var.africanum)BAC文库的基础上,就棉花细菌人工染色体基因组文库构建过程中高分子量基因组DNA的提取、部分酶切片段选择、DNA的回收、连接转化以及BAC文库的保存等过程中一些细节和注意事项进行了比较详细的分析比较,希望能为棉花BAC文库的构建提供一些可供借鉴的经验。(本文来源于《棉花学报》期刊2013年01期）
高海燕[10]（2012）在《阿非利加棉细菌人工染色体文库的构建》一文中研究指出阿非利加棉（Gossypium herbaceum var. africanum）是二倍体两个栽培种（草棉G. herbaceum和亚洲棉G. arboreum）唯一的野生类型，是四倍体棉种A亚组的供体种，既有栽培棉的纤维产量，也有野生棉的抗逆、抗病虫等优良特性，其基因组信息对于挖掘抗生物、非生物逆境基因十分重要。但由于此材料稀少，目前对其基因组的研究报道很少。本研究基于已有的四倍体棉种BAC文库构建方法，以阿非利加棉为材料，通过对构建过程中的一些环节进行改进，首次成功构建了A亚组供体种阿非利加棉的BAC文库。在构建此文库的基础上，利用遗传图谱上一些与抗性基因紧密连锁的SSR分子标记，筛选BAC文库，取得的研究结果如下：1.本研究分别用阿非利加棉暗培养幼苗子叶以及暗培养处理的毛棉成株叶片为材料，按照Ma等的方法，比较这两种不同叶片对高分子量DNA的制备效果，结果表明：利用暗培养幼苗子叶制备的胶块较为透明，说明用子叶提取的高分子量DNA较为纯净，几乎没有酚类等杂质的污染；利用暗培养处理的成株叶片制备的胶块颜色发褐，说明成株叶片提取的高分子量DNA有酚类物质的氧化。然而这两种颜色的胶块经脉冲场凝胶电泳分析结果表明：两种胶块所获得的DNA主带明显，大小一致，后期的研究表明，所得到的核DNA均能够被限制性内切酶消化，转化效率较高，检测插入片段也能满足实验所需，说明酚类物质的氧化对构建棉花BAC文库几乎无影响。2.本研究以阿非利加棉为材料，以pIndigoBAC-5(Hind III-Cloning Ready)为载体，构建了阿非利加棉的BAC文库。该文库一共包含75000个克隆，覆盖该棉种全基因组（1667Mb）的5倍左右。插入片段大多数集中在100-150kb，其中100-120kb的克隆占40%，120-150kb的克隆占26.2%，70%的克隆大于或等于100kb，平均插入片段为115kb，空载率小于4%。从文库中找到任意单拷贝序列或筛选到某个基因的概率为99.3%，高于国际通用标准（90%），意味着所构建的BAC文库能符合筛选基因的需要。该文库的构建为目的基因的定位、基因的图位克隆、开展棉属A基因组与其他基因组比较研究以及进行棉种进化和分类提供了重要的基因组资源。3.在BAC文库构建过程中，对第一次选择这一环节进行了改进，即将第一次选择的起始脉冲时间进行了调整，将之前实验过程中使用的起始脉冲时间50s改为了10s，结果回收到了以前实验过程中期望得到，但是一直没有得到的100-200kb范围内的DNA片段，回收到的片段很集中，大大提高了转化效率。4.为了验证该文库对棉花基因组的覆盖情况及利用价值，在构建BAC文库的基础上，以每块384板保存的单克隆混合后为一个一级混合池，共构建了40个一级混合池。用位于A_(1-a)05、A_(1-a)07、A_(1-a)08、A_(1-a)09、A_(1-a)11这几条A染色体组上，与抗黄萎病QTL紧密连锁的9对SSR引物筛选40个BAC一级混合池。每条染色体上都筛到了一些阳性克隆，克隆数介于1-14个之间，这些抗黄萎病相关基因阳性克隆的获得为进一步发掘分子标记、分离抗黄萎病重要性状基因、及其相应调控元件奠定了基础。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2012-06-01）
细菌人工染色体文库论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
杂色鲍(Haliotisdiversicolor)为南方亚热带和热带种,是一种适于海峡两岸养殖的优良鲍种。由于两岸养殖的杂色鲍最早均来自台湾野生群体,在随后的几十年间再无其他群体加入近交效应十分显着,造成种质资源退化,从而导致群体遗传多样性下降,隐性有害基因纯合,养殖鲍抗性和生产性能明显下降。因此在现代基因组学和基因组选择育种兴起的背景下深入开展杂色鲍生长性状的遗传学基础研究,以提高生长性状为主要目标、兼顾抗逆性状的杂色鲍优良品种培育研究十分必要。细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文库是一种大片段基因组DNA文库,构建大片段基因组文库是进行基因组学研究的一项重要的基础工作,而且随着克隆载体的不断优化,插入片段的转化率稳定性的不断提高大片段基因组文库逐渐成为真核生物基因组研究的关键平台。本实验将杂色鲍的基因组DNA采用限制性内切酶Hind III部分酶切的办法获取平均分子量在100到300kb的限制性基因组DNA片段,连接入载体p CC1BAC,转化到大肠杆菌DH10B细胞内,接种到含有氯霉素的LB培养基上。最终得到杂色鲍的BAC文库包括92160个平均大小在120kb的BAC克隆,分装在240个384孔板中,空载率为0.55%。文库覆盖杂色鲍全基因组约为7.3倍。利用48个384板的18432个克隆构建了高效的叁维筛选池,筛选得到12个基因的16个阳性克隆,我们利用二代测序平台将其中的8个阳性克隆进行测序,得到928Kb的杂色鲍基因组数据,为杂色鲍基因组序列评估和鉴定提供数据基础。在这8个BAC克隆中我们注释了包括7个目的基因在内的21个基因,表明文库可在目的基因筛选发挥重要作用。此外,我们根据测得的基因组数据还得到了150个微卫星标记。因此我们得到一个高覆盖率高质量的杂色鲍BAC文库,能有效用于目的基因的分离。杂色鲍BAC文库的构建为杂色鲍基因组研究的QTL精确定位、物理图谱构建、全基因组测序、基因结构与功能分析奠定坚实基础,最终为杂色鲍的分子育种提供服务。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
细菌人工染色体文库论文参考文献
[1].武亚磊,王玉红,刘玉玲,王春英,蔡小彦.雷蒙德氏棉细菌人工染色体文库的构建[J].分子植物育种.2016
[2].蒋立坤,陈宝华,游伟伟,张晓军,许建.杂色鲍细菌人工染色体文库的构建及质量评估[C].2015年中国水产学会学术年会论文摘要集.2015
[3].杨煜,杨晓慧,李灿辉,郭晓,单伟伟.马铃薯栽培品种‘合作88’细菌人工染色体文库的构建与评价[J].园艺学报.2015
[4].邢苗苗,田多成,李海龙,姚丽君,冀瑞琴.甘蓝基因组细菌人工染色体文库的构建[J].华北农学报.2014
[5].张浩浩.羊巴贝斯虫细菌人工染色体文库构建及物理图谱绘制[D].中国农业科学院.2014
[6].李孟军,杨煜,高欣娜,郭晓,何明琦.石麦15细菌人工染色体文库构建与鉴定[J].麦类作物学报.2014
[7].穆春华,张发军,杨煜,李文才,鲁守平.玉米自交系齐319细菌人工染色体文库的构建及鉴定[J].农业生物技术学报.2013
[8].刘庆丽,王晓明,王革娇,罗朝喜,谭新球.稻曲病菌UV-2菌株细菌人工染色体文库构建及分析[J].微生物学通报.2013
[9].高海燕,王省芬,刘方,彭仁海,张艳.棉花细菌人工染色体文库构建方法探讨[J].棉花学报.2013
[10].高海燕.阿非利加棉细菌人工染色体文库的构建[D].中国农业科学院.2012
论文知识图
