导读:本文包含了扩增性片段长度多态性论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:多态性,片段,长度,基因,芽孢,杆菌,林下。
扩增性片段长度多态性论文文献综述
赵莉佩[1]（2017）在《中国不同地区球形孢子丝菌临床分离株的扩增片段长度多态性分析及表型特征研究》一文中研究指出背景:孢子丝菌病是由双相型真菌申克孢子丝菌复合体(Sporothrix schenckii complex)感染引起的常见深部真菌病,在世界各地广泛流行,可累及皮肤甚至造成系统性感染,迁延不愈。最近分子生物学研究发现申克孢子丝菌是由6个亲缘种构成的复合体,包括狭义的申克孢子丝菌(Sporothrix schenckii sensu stricto)、巴西孢子丝菌(Sporothrix brasiliensis)、球形孢子丝菌(Sporothrix globosa)、卢艾里孢子丝菌(Sporothrix luriei)、墨西哥孢子丝菌(Sporothrix mexicana)和苍白球孢子丝菌(Sporothrix pallida)。球形孢子丝菌是我国孢子丝菌病的主要优势菌种,然而我国不同地区来源的临床菌株表型仍存在差异,且部分研究表明存在一定的遗传变异性,因此深入研究球形孢子丝菌是否存在基因型、表型特征、药物敏感性等的差异具有重要意义。目的:对我国不同地区孢子丝菌病的临床分离株进行种系发生分析及表型特征分析,利用扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)研究我国不同地区来源的球形孢子丝菌临床分离株基因多态性,并探讨其与临床分型、地理来源、药物敏感性及菌株生长速度的相关性。方法:1.收集2009年至2013年来自中国8个不同省市孢子丝菌病的225株临床分离株及患者临床资料。对所有临床分离株的钙调蛋白(CAL)基因片段进行扩增并测序,将CAL序列上传至Genbank数据库进行比对,利用MEGA 6.0软件,采用Neighbor-Joining法进行系统进化分析构建种系发生树。2.通过限制性内切酶组合Eco RⅠ和Saq AⅠ,对AFLP分析中各实验步骤进行优化,并用64对引物进行筛选,选取1对DNA多态性较好的引物;采用优化后的AFLP反应体系,对225株临床分离株进行AFLP分析,利用NTSYS-pc version 2.10对结果进行聚类分析。3.将225株临床分离株接种于马铃薯琼脂培养基(PDA)中,分别置于30℃、35℃和37℃温箱中,于7天、14天、21天分别观察菌落直径,计算生长速度;同时将临床分离株进行碳源同化实验。4.参照Clinical and Laboratory Standards Institute(CLSI)颁布的微量液基稀释法M38-A2方案,选用临床分离株的菌丝相,对来源于不同AFLP基因型别,分别包括Ⅰ型(n=10)、Ⅱ型(n=10),Ⅲ型(n=2)、Ⅳ型(n=9)、Ⅴ型(n=4)、Ⅵ型(n=2)、Ⅶ型(n=3)、Ⅷ型(n=3),共43株临床分离株进行体外药物敏感性实验,检测的抗真菌药物包括氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑、特比萘芬、两性霉素B、泊沙康唑、卡泊芬净、阿巴康唑。结果:1.建立球形孢子丝菌AFLP反应的最佳体系:约1000ng模板DNA经限制性内切酶Fast Digest Eco RⅠ与Fast Digest Saq AⅠ(各1U),37℃酶切5min;取8μl酶切液加入1μl Eco RⅠ接头、1μl Saq AⅠ接头、T4DNA连接酶2.5U,25℃连接1h;20μl扩增体系,取稀释20倍的连接产物5μl,加入Mg2+2m M、Taq酶1U、d NTPs 0.2m M each、引物0.1μM;20μl扩增体系,取稀释20倍的预扩增产物5μl,加入Mg2+1m M、Taq酶1.5U、d NTPs 0.15m M each、引物0.06μM。选择性扩增引物采用E4:GACTGCGTACCAATTCACT,M1:GATGAGTCCTGAGTAACAA效果较好。2.通过对225株临床分离株的CAL基因序列鉴定,结果显示所有菌株均为球形孢子丝菌,系统进化树显示各地区的球形孢子丝菌可分为3个Subgroup(命名为globosaⅠ,globosaⅡ,globosaⅢ),globosaⅠ最常见,首次发现globosaⅢ。AFLP聚类分析可得到8个区分明显的型别(命名为I至Ⅷ),其中Ⅰ型(23%)、Ⅱ型(41%)和Ⅳ型(22%)最为常见。来自长春的临床分离株主要分为Ⅱ型(35/60)和Ⅳ型(25/60),四平的临床分离株主要聚类于Ⅱ型(23/31),吉林市的临床分离株(18/20)和白城的临床分离株(12/13)以Ⅰ型为主,Ⅲ型(n=2)和Ⅷ型(n=3)全部为松原的临床分离株。AFLP基因分型和地理来源之间存在一定的相关性,但并未发现与临床分型的相关性。3.所有球形孢子丝菌在PDA上于30℃培养21天后,菌落直径达16~42mm,于35℃培养21天后,菌落直径达3~15mm,而大部分临床分离株(218/225)在37℃呈限制性生长(菌落直径达1.5~5.5mm),少数(7/225)不能生长;所有球形孢子丝菌临床分离株均能同化蔗糖不能同化棉子糖;对于球形孢子丝菌的菌丝相,特比萘芬表现最好的抗真菌活性,MIC值为0.03~8μg/ml,GM值为0.05μg/ml;其次为泊沙康唑、阿巴康唑、卡泊芬净,MIC值分别为0.5~>16μg/ml、4~16μg/ml、0.25~>16μg/ml,GM值分别为2.99μg/ml、8.26μg/ml、9.55μg/ml;而伊曲康唑、伏立康唑、两性霉素B、氟康唑的MIC值均较高,分别为1~>16μg/ml、8~>16μg/ml、>16μg/ml、>64μg/ml。统计学分析显示,每种抗真菌药对不同临床分型、不同基因型别、不同地理来源的球形孢子丝菌的MIC值无明显差异。结论:1.球形孢子丝菌为我国孢子丝菌病的主要致病菌种。2.在种系发生上,球形孢子丝菌可进一步分为3个亚组。我国globosaⅠ最常见,首次发现globosaⅢ。3.采用AFLP方法,利用Eco RⅠ-ACT/Saq AⅠ-CAA引物可将球形孢子丝菌分为8个主要基因型别。孢子丝菌病的临床分型与AFLP基因分型无相关性。4.中国南北区域的球形孢子丝菌AFLP基因分型有明显的地域分布特征,其中吉林省的基因分型与省内城市分布有一定的相关性。5.大部分球形孢子丝菌在37℃呈限制性生长,仅有少数不能生长;球形孢子丝菌能同化蔗糖,不能同化棉子糖;八种抗真菌药物中,特比萘芬的抗真菌活性最高,其次为泊沙康唑、阿巴康唑、卡泊芬净,而伊曲康唑、伏立康唑、两性霉素B、氟康唑的MIC值均较高。球形孢子丝菌对药物的敏感性与孢子丝菌病致病的临床分型、菌株的基因分型、地理来源无关。(本文来源于《吉林大学》期刊2017-11-01）
华愉教,耿超,王胜男,刘训红,谷巍[2]（2016）在《基于反转录双链DNA扩增片段长度多态性技术的不同产地太子参基因差异表达分析》一文中研究指出目的研究不同产地太子参的基因差异表达,分离并鉴定相关差异基因。方法采用反转录双链DNA扩增片段长度多态性技术分析国内4个主产地太子参差异表达基因片段。结果筛选6个引物组合进行扩增,从不同产地太子参中获得34条差异表达转录衍生片段(trivially distributed file system,TDFs),对差异片段进行克隆、序列测定,得到21个TDFs核苷酸序列。经过BLASTX程序比对,15个TDFs有其对应的显着同源序列,其中7个TDFs为已知功能的蛋白,这些蛋白主要参与植物的生长发育、抵御病虫害、提高植物抗非生物胁迫的能力。结论利用c DNA-AFLP技术鉴定出不同产地太子参的差异基因,为揭示太子参药材品质形成的分子机制提供基础资料。(本文来源于《中国药学杂志》期刊2016年04期）
刘雪清,李莎,肖衎,赵珣,郭柏福[3]（2015）在《中华鲟性别相关的扩增片段长度多态性分子标记筛选》一文中研究指出性别鉴定是生产养殖和物种保护中常用的技术。中华鲟Acipenser sinensis是我国特有的一种大型海河洄游性鱼类,已极度濒危。由于中华鲟性成熟时间长,缺乏第二性征,基于外部特征难以进行性别鉴定,因此,筛选中华鲟性别特异性分子标记具有重要意义。利用扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记,用10条Eco R I-ANN引物和8条Mse I-CNN引物组成的80对引物,对9尾雄性和15尾雌性中华鲟个体进行PCR扩增和毛细管电泳荧光分型,检测其基因组DNA多态性,寻找与其性别相关的分子标记。在100~500 bp范围,共获得864个位点,其中具有多态性DNA位点411条,多态性位点比例为48.58%,并未发现雌雄特异性位点。但发现33个位点在雌雄个体中的比例存在较大差异,聚类分析显示大部分雄鱼聚为一支,雌鱼聚为一支,从而推断这些位点可能与中华鲟性别具有密切相关性。该研究首次尝试在中华鲟基因组中寻找性别特异性的AFLP分子标记,尽管未找到特异性标记,但这些数据为进一步研究中华鲟性别相关基因和性别决定机制奠定了基础。(本文来源于《四川动物》期刊2015年05期）
吴正强,万晴姣,刘丽芳,王玉倩,翁庆北[4]（2015）在《贵阳市食源性金黄色葡萄球菌的单酶切扩增片段长度多态性基因分型》一文中研究指出目的建立金黄色葡萄球菌的单酶切扩增片段长度多态性(SE-AFLP)基因分型方法,并对贵阳市食源性金黄色葡萄球菌菌株基因型进行分析。方法于2013年7—8月,采集贵阳市124份食品样品进行金黄色葡萄球菌的分离和鉴定,并利用PCR技术进一步验证。筛选HindⅢ单酶切AFLP扩增引物,对分离菌株进行SE-AFLP扩增分析,并根据扩增后的多态性条带进行聚类分析。结果共检出32株金黄色葡萄球菌,通过筛选扩增H-C引物可将其分为31个AFLP基因型。以Dice系数≥0.69作为分群依据,共分为A~E 5个群,其中A群为优势群,包括15个基因型,占总基因型48.39%,B群占16.13%,C群和D群各占12.90%,E群占9.68%。结论该方法能较好地对金黄色葡萄球菌进行分型,耗时短(1~2 d)且不需特殊的限制性内切酶和仪器设备。贵阳市食源性金黄色葡萄球菌具有丰富的遗传多样性。(本文来源于《环境与健康杂志》期刊2015年05期）
朱启迪,张新钵,Ejaz,M,张改生,车会学[5]（2013）在《叁例小麦细胞质雄性不育系线粒体DNA的扩增片段长度多态性分析》一文中研究指出细胞质雄性不育是小麦杂种优势利用的重要途径,为了鉴定3例小麦雄性不育系的细胞质类型,对其线粒体DNA(mtDNA)进行扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)分析。文中利用差速离心法和不连续蔗糖密度梯度超速离心法提取纯化小麦线粒体。结果表明:通过该提取方法获得的mtDNA,其质量和纯度能够满足PCR反应和遗传学分析。在64对选扩引物中,筛选到了4对特异性引物,其中引物E1/M7在ms(Kots)-90-110不育系扩增出3条特异条带;引物E4/M2在ms(Ven)-90-110不育系扩增出2条特异条带;引物E7/M6在ms(S)-90-110不育系中扩增出2条特异条带;引物E6/M4在ms(Kots)-90-110不育系中扩增出2条特异条带。这些特异引物可以用来作为鉴定具有粘果山羊草Aegilops kotschyi、偏凸山羊草Ae.ventricosa、斯卑尔脱小麦Triticum spelta 3类不育细胞质型小麦雄性不育系的细胞质分子标记,为研究小麦细胞质雄性不育机理奠定了分子基础。(本文来源于《生物工程学报》期刊2013年05期）
王帅,王慧,张丽华,王淼,李明成[6]（2013）在《林下参与栽培参扩增片段长度多态性指纹图谱鉴定》一文中研究指出目的探讨林下参与栽培参DNA直接扩增片段长度多态性(direct amplification of length polymorphisms,DALP)特征,建立林下参与栽培参直接扩增片段长度多态性指纹鉴定图谱。方法采用改进十六烷基叁甲基溴化胺(CTAB)法提取林下参和栽培参基因组DNA,设计6条随机引物,优化直接扩增片段长度多态性体系,进行PCR扩增。结果采用改进的十六烷基叁甲基溴化胺法从人参样品中提取到约为19 kb左右的基因组DNA,其纯度在(1.80±0.23)之间,并获得林下参与栽培参的直接扩增片段长度多态性指纹图谱。结论获得的林下参直接扩增片段长度多态性图谱具有指纹特征,可以作为林下参与栽培参的特异鉴定方法。(本文来源于《中国药学杂志》期刊2013年09期）
王岗,郭云昌,杜春明,付萍,李薇薇[7]（2013）在《椰毒假单胞菌酵米面亚种荧光标记扩增片段长度多态性分型方法的建立》一文中研究指出目的建立椰毒假单胞菌酵米面亚种荧光标记扩增片段长度多态性(FAFLP)分型方法,并对4株模式菌株和19株分离菌株进行分型。方法选用4种低频限制性内切酶(ApaⅠ、EcoRⅠ、HindⅢ和PstⅠ)和2种高频限制性内切酶(MseⅠ和TaqⅠ)进行组合,对FAFLP预扩增和选择性扩增体系进行优化,用BioNumerics软件对分离株的指纹图谱进行聚类分析,并与VITEK 2 GN生化结果和16S rDNA序列分析进行比较。结果 ApaⅠ-G/TaqⅠ-G组合将19株椰毒假单胞菌酵米面亚种分为7个群,菌株间最低相似度为80.85%,最高相似度为98.77%。PstⅠ-T/TaqⅠ-G组合将19株椰毒假单胞菌酵米面亚种分为10个群,菌株间最低相似度为48.68%,最高相似度为99.67%。两种FAFLP组合均能将菌株进行完全区分,而VITEK 2 GN和16S rDNA序列分析无法将菌株进行完全区分。结论 ApaⅠ-G/TaqⅠ-G组合与PstⅠ-T/TaqⅠ-G组合FAFLP对椰毒假单胞菌酵米面亚种具有足够的分辨率,本研究建立的FAFLP分型方法可应用于椰毒假单胞菌酵米面亚种的分子分型和溯源。(本文来源于《中国食品卫生杂志》期刊2013年02期）
王楷宬,Linda,van,der,Graaf,陆承平,黄保续,范伟兴[8]（2012）在《猪链球菌荧光DNA扩增片段长度多态性检测方法的建立》一文中研究指出利用荧光标记技术,采用2对引物初步建立检测猪链球菌荧光DNA扩增片段长度多态性方法,结果表明12株猪链球菌扩增的多态性位点数从51～98条不等,该方法能够检测猪链球菌的多态性,区分不同血清型以及同一血清型不同特性的菌株,可用于菌株鉴定及流行病学研究中细菌源的追踪。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2012年10期）
左庭婷,李岩伟,韩雪莲,何君,端青[9]（2012）在《利用扩增片段长度多态性分析鉴别炭疽和蜡样芽孢杆菌》一文中研究指出目的:利用扩增片段长度多态性(AFLP)分析建立鉴别炭疽芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌的分子生物学方法。方法:3株炭疽芽孢杆菌和3株蜡样芽孢杆菌基因组经限制性内切酶EcoRⅠ和MseⅠ酶切后与对应接头连接,通过预扩增和选择性扩增获得特异性DNA片段,将片段进行毛细管电泳,并利用GeneScan和BioNumerics软件对电泳数据进行分析。结果:选择性扩增最佳引物组合为EcoRⅠ-G/MseⅠ-A,其扩增片段在100~500 bp范围内的有效数量为40~50条;比较炭疽芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌的AFLP特征峰值图和DNA指纹图谱,确定了5个有明显差异的片段区。结论:利用AFLP分析可对芽孢杆菌属中相近的炭疽芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌进行鉴别,该方法可作为炭疽芽孢杆菌传统鉴定方法的补充。(本文来源于《生物技术通讯》期刊2012年04期）
杨锦红,刘洋,王新林,李方去,陶洪群[10]（2012）在《肺炎链球菌的扩增片段长度多态性快速检测方法的建立和应用》一文中研究指出目的建立扩增片段长度多态性(AFLP)快速检测肺炎链球菌。方法针对肺炎链球菌的管家基因16SrRNA基因设计特异引物,优化反应条件,建立肺炎链球菌的AFLP检测方法。通过对20株肺炎链球菌和15株非肺炎链球菌进行检测,检验该方法的灵敏度、特异度和实用性。结果活菌计数方法表明建立的AFLP方法检测肺炎链球菌的灵敏度为1.5×103CFU/ml。检测20株肺炎链球菌均为阳性,15株非肺炎链球菌则全部阴性,特异度为100%。结论建立的AFLP方法检测肺炎链球菌灵敏度、特异度高,可用于肺炎链球菌的检测和流行病学调查。(本文来源于《医学研究杂志》期刊2012年06期）
扩增性片段长度多态性论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的研究不同产地太子参的基因差异表达,分离并鉴定相关差异基因。方法采用反转录双链DNA扩增片段长度多态性技术分析国内4个主产地太子参差异表达基因片段。结果筛选6个引物组合进行扩增,从不同产地太子参中获得34条差异表达转录衍生片段(trivially distributed file system,TDFs),对差异片段进行克隆、序列测定,得到21个TDFs核苷酸序列。经过BLASTX程序比对,15个TDFs有其对应的显着同源序列,其中7个TDFs为已知功能的蛋白,这些蛋白主要参与植物的生长发育、抵御病虫害、提高植物抗非生物胁迫的能力。结论利用c DNA-AFLP技术鉴定出不同产地太子参的差异基因,为揭示太子参药材品质形成的分子机制提供基础资料。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
扩增性片段长度多态性论文参考文献
[1].赵莉佩.中国不同地区球形孢子丝菌临床分离株的扩增片段长度多态性分析及表型特征研究[D].吉林大学.2017
[2].华愉教,耿超,王胜男,刘训红,谷巍.基于反转录双链DNA扩增片段长度多态性技术的不同产地太子参基因差异表达分析[J].中国药学杂志.2016
[3].刘雪清,李莎,肖衎,赵珣,郭柏福.中华鲟性别相关的扩增片段长度多态性分子标记筛选[J].四川动物.2015
[4].吴正强,万晴姣,刘丽芳,王玉倩,翁庆北.贵阳市食源性金黄色葡萄球菌的单酶切扩增片段长度多态性基因分型[J].环境与健康杂志.2015
[5].朱启迪,张新钵,Ejaz,M,张改生,车会学.叁例小麦细胞质雄性不育系线粒体DNA的扩增片段长度多态性分析[J].生物工程学报.2013
[6].王帅,王慧,张丽华,王淼,李明成.林下参与栽培参扩增片段长度多态性指纹图谱鉴定[J].中国药学杂志.2013
[7].王岗,郭云昌,杜春明,付萍,李薇薇.椰毒假单胞菌酵米面亚种荧光标记扩增片段长度多态性分型方法的建立[J].中国食品卫生杂志.2013
[8].王楷宬,Linda,van,der,Graaf,陆承平,黄保续,范伟兴.猪链球菌荧光DNA扩增片段长度多态性检测方法的建立[J].中国兽医学报.2012
[9].左庭婷,李岩伟,韩雪莲,何君,端青.利用扩增片段长度多态性分析鉴别炭疽和蜡样芽孢杆菌[J].生物技术通讯.2012
[10].杨锦红,刘洋,王新林,李方去,陶洪群.肺炎链球菌的扩增片段长度多态性快速检测方法的建立和应用[J].医学研究杂志.2012
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