导读:本文包含了编码偏好性论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:密码子,线粒体,指数,大肠杆菌,基因组,牦牛,氨基酸。
编码偏好性论文文献综述
曹广勇,张志勇,张志伟,陈淑吟,祝斐[1]（2019）在《黑鲷、真鲷及其杂交子代基因编码区微卫星序列及密码子偏好性分析》一文中研究指出本研究采用生物信息学方法分析比较了黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区(Coding sequence.CDS)中微卫星序列(简单重复序列.SSR)的分布规律及密码子偏好性。结果表明:(1)黑鲷、真鲷及其两种杂交子代微卫星序列均以叁碱基重复类型为主,其次为二碱基重复,片段长度大多数在12—20bp之间。(2)黑鲷与反交(黑鲷♀×真鲷♂)在叁、五碱基中优势基元类型相同,真鲷与正交(真鲷♀×黑鲷♂)在叁碱基中优势基元类型相同,而黑鲷与正交在四碱基中优势基元类型相同。(3) UUC、UAC等28个密码子为黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区的偏好性密码子,偏爱使用以C或G结尾的密码子,且第叁位密码子碱基的GC含量(GC3s)均高于基因编码区平均GC含量。(4)真鲷与正交的密码子使用的偏好性相似,一定程度上说明黑鲷、真鲷杂交子代偏母系遗传。分析结果将为研究鲷科鱼类微卫星标记、研究其群体遗传多样性、构建转基因表达系统和开展分子遗传育种提供理论基础。(本文来源于《海洋与湖沼》期刊2019年05期）
金刚,王丽萍,龙凌云,吴凤,唐玉娟[2]（2019）在《普通野生稻线粒体蛋白质编码基因密码子使用偏好性的分析》一文中研究指出以普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)线粒体基因组为对象,分析其蛋白质编码基因的密码子使用特征及与亚洲栽培稻(O. sativa L.)的差异,探讨其密码子偏性形成的影响因素和进化过程。结果显示:普通野生稻线粒体基因组编码序列第1、第2和第3位碱基的GC含量依次为49.18%、42.67%和40.86%;有效密码子数(Nc)分布于45.32～61.00之间,其密码子偏性较弱; Nc值仅与GC_3呈显着相关,密码子第3位的碱基组成对密码子偏性影响较大;第1向量轴上显示9.91%的差异,其与GC_(3s)、Nc、密码子偏好指数(CBI)和最优密码子使用频率(Fop)的相关性均达到显着水平;而GC_3和GC_(12)的相关性未达到显着水平。因此,普通野生稻线粒体基因组密码子的使用偏性主要受自然选择压力影响而形成。本研究确定了21个普通野生稻线粒体基因组的最优密码子,大多以A或T结尾,与叶绿体密码子具有趋同进化,但是与核基因组具有不同的偏好性。同义密码子相对使用度(RSCU)、PR2偏倚分析和中性绘图分析显示,普通野生稻线粒体基因功能和其密码子使用密切相关,且线粒体密码子使用在普通野生稻、粳稻(O. sativa L. subsp. japonica Kato)和籼稻(O. sativa L. subsp.indica Kato)内具有同质性。(本文来源于《植物科学学报》期刊2019年02期）
马冲[3]（2018）在《基于拟氨基酸编码方法的疾病基因偏好性研究》一文中研究指出疾病基因在药物的研制以及对生物体的结构功能等方面具有重要的作用。科学工作者在研究基因的表达时认识到了密码子偏好性的重要作用。通过对不同物种的密码子偏好性研究,发现不同物种的密码子使用情况并不相同,并且存在明显偏好性。而在同一物种中,不同功能的基因其密码子使用偏性也存在着很大的差异。朱平教授利用氨基酸编码方法提出了拟氨基酸编码方法对78个人类基因进行研究,而利用拟氨基酸编码方法对疾病基因偏好性研究,将有重要意义。本文以疾病基因为研究对象,应用拟氨基酸编码方法对疾病基因进行偏好性研究,并根据欧氏距离对密码子进行聚类分析,得到偏好性结果。本文做了下面几点工作:(1)第二章中,密码子适应指数(codon cdaptation index,CAI)是反映密码子偏好性的一个重要指标。由于物种的差异性,研究密码子偏好性的指标也不断涌现。因此,根据拟氨基酸编码方法提出拟密码子适应指数(quasi-codon adaptation index,Q-CAI)。首先通过CAI模型方法,实验结果发现密码子具有偏好性,其次,利用本章提出的Q-CAI方法运算,实验数据比CAI运算值更高,能更有效的评价密码子偏好性。说明了Q-CAI方法比CAI方法更具有优越性,是衡量密码子偏好性的有效方法,对研究物种的基因突变有重要参考意义。(2)第叁章在拟氨基酸编码方法下研究血凝素基因。血凝素是禽流感病毒发生变异的主要原因,分析禽流感病毒血凝素基因的密码子偏好性及亲缘关系,为流感病毒的预防和疫苗研制提供理论依据。选取70条流感病毒的血凝素序列,分析了碱基组成,运用SPSS软件,并进行中性绘图分析,发现病毒序列受自然选择的影响较大。分别根据RSCU(relative synonymous codon usage)和QRSCU(quasi relative synonymous codon usage)值,对70条流感病毒的血凝素序列进行系统聚类,从两个聚类结果分析出:H7N2和H7N3聚为一类,H2N2和H2N9聚为一类,H7N1和H7N9聚为一类,表明这些血凝素基因的亲缘关系较近,这对研究流感病毒血凝素的进化起到重要作用,为研究流感疫苗提供重要参考数据。(3)第四章运用密码子偏好性理论知识,进一步对p53家族偏好性研究。主要以p53家族基因编码序列和氨基酸为研究对象,利用Markov模型的转移概率矩阵分析p53家族碱基的偏好性,然后利用状态空间合并映射的概念,对氨基酸连接进行分类,对p53家族氨基酸连接偏好性进行了研究。最后,对第叁位碱基相连接的偏好性分析。(本文来源于《江南大学》期刊2018-06-01）
刘慧玲[4]（2016）在《分泌蛋白基因编码区5’端密码子使用偏好性研究》一文中研究指出密码子使用偏好性现象普遍存在于基因组之间和基因组内部。在细菌中密码子偏好性和基因组的核苷酸组成密切相关,但真核生物中这种相关性并不强。密码子偏好性影响翻译调控的多个阶段。一般将基因组使用频率较高的密码子称为通用密码子,反之为稀有密码子。研究表明,稀有密码子在蛋白质编码区(CDS,Coding sequence)5’端使用更多,可帮助调控早期翻译速率和协助共翻译过程。此外,稀有密码子在不同基因中的分布规律也很不相同。分泌蛋白是细胞中一大类特殊的蛋白,其CDS 5’末端编码信号肽序列,引导蛋白质定位到真核生物的内质网膜或原核生物的细胞膜。信号肽区域及其下游区域都存在稀有密码子的聚集。稀有密码子在分泌蛋白基因编码区5’端除了调控翻译速度以外,可能存在更加复杂的生物学功能。目前关于分泌蛋白基因的密码子偏好性研究主要集中在末端信号肽区域,而较少涉及下游区域。同时除了大肠杆菌和酿酒酵母,缺少对其他物种中分泌蛋白基因密码子偏好性的全面研究。本论文在六个真核物种(黑腹果蝇、秀丽隐杆线虫、小鼠、人类、拟南芥和酿酒酵母)中研究了具有信号肽序列的分泌蛋白基因中的密码子使用偏好性。结果发现,分泌蛋白基因在编码区5’端的稀有密码子使用频率比非分泌蛋白基因5’端更高。对编码区5’端稀有密码子聚集区域的分析表明,分泌蛋白基因的稀有密码子存在两个不同的聚集区域,起始密码下游前20个密码子和第75–100个密码子。在不同区域内出现稀有密码子聚集的分泌蛋白基因参与不同的生理过程。分泌蛋白基因编码区5’端的稀有密码子偏好性部分来自于信号肽疏水区域的氨基酸偏好性影响。虽然分泌蛋白基因更容易在某些区域出现稀有密码子的聚集,但稀有密码子串联出现的情况依然少有发生。我们认为翻译早期过多的连续稀有密码子出现会增加核糖体碰撞、掉落事件发生的可能性,严重阻碍翻译延伸的正常进行。因此,连续稀有密码子并不会频繁出现。核糖体密度数据分析结果发现稀有密码子和通用密码子的平均翻译速率没有显着差异。不过分泌蛋白基因中存在两个容易出现核糖体强停顿的区域。一个是起始密码子附近,另一个是起始密码子下游20–30个密码子区域,两个区域的核糖体停顿可能具有不同的调控功能。综上,分泌蛋白基因编码区5’端偏好使用稀有密码子,具有不同生物学功能的基因倾向于在不同的局部区域出现稀有密码子聚集,然而又不会选择在相邻位置频繁使用稀有密码子;同时稀有密码子的翻译速度并没有显着地低于通用密码子。本论文的结果进一步揭示了真核生物分泌蛋白基因中的密码子使用规律,为今后研究稀有密码子和其他翻译调控因素如mRNA二级结构、tRNA丰度等的协同作用提供了理论支持。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2016-05-01）
徐利娟,钟金城,杨万远,马志杰,穆松[5]（2010）在《牦牛mtDNA编码蛋白质的基因密码子偏好性研究及聚类分析》一文中研究指出对牦牛线粒体DNA(mtDNA)编码蛋白质的基因序列进行分析,探讨基因序列密码子的使用模式和特性,并根据基因序列和密码子的偏好性对牦牛与其他物种间的进化关系进行聚类分析。结果表明,牦牛mtDNA编码蛋白质的基因偏爱使用碱基A以及以A结尾的密码子,UUC、UAC、CAC、CAA等28个密码子为牦牛mtDNA编码蛋白质基因的偏好性密码子。家牦牛与野牦牛亲缘关系最近,首先聚为一类,然后依次与其他牛、山羊、绵羊等物种相聚。(本文来源于《西北农业学报》期刊2010年06期）
朱平,高雷,徐振源[6]（2009）在《基于拟氨基酸编码方法的同义密码子的偏好性与结合强度的相关性研究》一文中研究指出计算了基于拟氨基酸编码方法下的同义密码子的相对使用度,分析了78个人类基因(19967个密码子)中基于拟氨基酸编码方法下的同义密码子的偏好使用情况.石秀凡等的研究结果显示了人类基因中基于基因组基因编码方法下,对同义密码子的选择在所有密码子家族中仍都呈现明显一致的偏好.即偏好使用密码子-反密码子结合作用强的密码子,恰好是以c结尾的密码子;且避免使用结合作用中度的密码子.依据结果和数据分析,推测人类基因对密码子的选择除了受基因组结构中isochore和基因签名的影响外,还和密码子-反密码子结合强度密切相关.这些因素共同作用于人类基因,从而在所有密码子家族中都呈现出对同义密码子明显一致的偏好现象.文中则是展示了上述性质在拟氨基酸编码方法下,这些特征不但存在,而且更为明显.(本文来源于《物理学报》期刊2009年06期）
王侃,刘次全,曹槐,陈雪峰[7]（2006）在《大肠杆菌mRNA编码区长度、形成二级结构倾向与密码子偏好性的关系》一文中研究指出从GenBank获得大肠杆菌K-12MG1655株的全基因组序列,计算了与基因密码子偏好性相关的多个参数(Nc、CAI、GC、GC3s),对其mRNA编码区长度、形成二级结构倾向与密码子偏好性之间的关系进行了统计学分析,发现虽然翻译效率(包括翻译速度和翻译精度)是制约大肠杆菌高表达基因的密码子偏好性的主要因素,同时,mRNA编码区长度及其形成二级结构的倾向也是形成这种偏好性的不可忽略的原因,而且对偏好性有一定程度的削弱。另外对mRNA编码区形成二级结构倾向的生物学意义进行了讨论分析。(本文来源于《微生物学报》期刊2006年06期）
编码偏好性论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
以普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)线粒体基因组为对象,分析其蛋白质编码基因的密码子使用特征及与亚洲栽培稻(O. sativa L.)的差异,探讨其密码子偏性形成的影响因素和进化过程。结果显示:普通野生稻线粒体基因组编码序列第1、第2和第3位碱基的GC含量依次为49.18%、42.67%和40.86%;有效密码子数(Nc)分布于45.32～61.00之间,其密码子偏性较弱; Nc值仅与GC_3呈显着相关,密码子第3位的碱基组成对密码子偏性影响较大;第1向量轴上显示9.91%的差异,其与GC_(3s)、Nc、密码子偏好指数(CBI)和最优密码子使用频率(Fop)的相关性均达到显着水平;而GC_3和GC_(12)的相关性未达到显着水平。因此,普通野生稻线粒体基因组密码子的使用偏性主要受自然选择压力影响而形成。本研究确定了21个普通野生稻线粒体基因组的最优密码子,大多以A或T结尾,与叶绿体密码子具有趋同进化,但是与核基因组具有不同的偏好性。同义密码子相对使用度(RSCU)、PR2偏倚分析和中性绘图分析显示,普通野生稻线粒体基因功能和其密码子使用密切相关,且线粒体密码子使用在普通野生稻、粳稻(O. sativa L. subsp. japonica Kato)和籼稻(O. sativa L. subsp.indica Kato)内具有同质性。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
编码偏好性论文参考文献
[1].曹广勇,张志勇,张志伟,陈淑吟,祝斐.黑鲷、真鲷及其杂交子代基因编码区微卫星序列及密码子偏好性分析[J].海洋与湖沼.2019
[2].金刚,王丽萍,龙凌云,吴凤,唐玉娟.普通野生稻线粒体蛋白质编码基因密码子使用偏好性的分析[J].植物科学学报.2019
[3].马冲.基于拟氨基酸编码方法的疾病基因偏好性研究[D].江南大学.2018
[4].刘慧玲.分泌蛋白基因编码区5’端密码子使用偏好性研究[D].西北农林科技大学.2016
[5].徐利娟,钟金城,杨万远,马志杰,穆松.牦牛mtDNA编码蛋白质的基因密码子偏好性研究及聚类分析[J].西北农业学报.2010
[6].朱平,高雷,徐振源.基于拟氨基酸编码方法的同义密码子的偏好性与结合强度的相关性研究[J].物理学报.2009
[7].王侃,刘次全,曹槐,陈雪峰.大肠杆菌mRNA编码区长度、形成二级结构倾向与密码子偏好性的关系[J].微生物学报.2006
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