全序列分析论文_刘洪玉,孙子豪,李保华,王彩霞

导读:本文包含了全序列分析论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:线粒体,病毒,多样性,序列,绵羊,基因,基因组。

全序列分析论文文献综述

刘洪玉,孙子豪,李保华,王彩霞^[1]（2019）在《侵染‘舞美’苹果的苹果锈果类病毒检测与全序列分析》一文中研究指出2017年9月,在山东胶州调查苹果病毒病时发现‘舞美’果实表现出明显的花脸症状,取发病树体芽组织嫁接于健康‘富士’苹果幼树上,采用RT-PCR技术对其是否含有苹果锈果类病毒进行了检测,并利用DNAMAN、MEGA 5.1等软件对其全序列进行了分析。结果表明,显症‘舞美’果实、发病树体枝条及嫁接‘富士’枝条中均可检测出ASSVd,无症状‘舞美’果实和相应树体枝条中均未检测到ASSVd。‘舞美’分离物基因组主流序列为333 nt (登录号MG745387),与GenBank中已报道的ASSVd序列一致性为92%～99%。序列多重比对及系统进化树分析发现,该分离物的末端保守区和中央保守区与ASSVd参考序列一致,且与不同来源的ASSVd分离物亲缘关系较近。这是首次在‘舞美’苹果上发现和鉴定出苹果锈果类病毒。(本文来源于《植物保护》期刊2019年04期）

尹潇潇,李燕方,古江,廖艳,谢跃^[2]（2019）在《基于线粒体ATP6基因全序列分析中国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性》一文中研究指出为进一步了解我国绵羊痒螨(兔亚种)种群的遗传变异情况和分类情况,采用PCR技术扩增绵羊痒螨(兔亚种)虫株的线粒体ATP6基因全序列,并分析所得序列,旨在探讨中国华北、华东、华中、西北、西南地区绵羊痒螨(兔亚种)种群的遗传多样性和种群结构。本研究成功获得88条序列,长度均为672 bp,包含41个单倍型,表现出较高的遗传多样性(π=0.014 94)和单倍型多样性(Hd=0.925 81),且以种群内部的遗传变异为主(97.92%)。进一步分析发现,5个种群间遗传分化程度较弱(F_(st)=0.020 81),基因交流频繁(Nm=11.763 5),中性检验值(Tajima's D=0.937 98,Fu's Fs=0.522 06)为不显着的正值,结合错配分布曲线呈现多峰,表明我国绵羊痒螨(兔亚种)种群在进化过程中比较稳定,无种群扩张事件。从单倍型网络图和NJ树可知,中国绵羊痒螨(兔亚种)没有形成基于兔品种、温度带或地理分布的遗传结构。中国绵羊痒螨(兔亚种)种群遗传多样性高,但种群间无明显分化,未形成基于兔品种、温度带或地理分布的遗传结构。(本文来源于《浙江农业学报》期刊2019年08期）

李义书,侯冠彧,曹婷,施力光,周汉林^[3]（2019）在《基于线粒体DNA D-loop区全序列分析儋州鸡遗传多样性及其起源进化关系》一文中研究指出为了研究儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系,本研究对36只儋州鸡样品的线粒体DNA(mtDNA) D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的部分品种鸡的mtDNA D-loop区全序列,利用生物信息学方法进行数据处理,分析儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系。结果显示,儋州鸡mtDNA D-loop区扩增片段长度为1 210 bp,A+T含量为59.9%,C+G含量为40.1%,变异区在167～1 215 bp之间,高变区主要集中在167～367 bp之间,存在6种单倍型,共有20个变异位点,单倍型变异度(Hd)为0.571,平均核苷酸差异(k)为6.449,核苷酸多样度(Pi)为0.00537,中性检验的Tajima’s D值为1.61643,6种单倍型可分为A、B、C 3个世系,以B世系为主。研究结果表明,儋州鸡群体遗传多样性和单倍型多样性相对偏低,结合群体构建的系统进化树发现,儋州鸡的遗传组成来自3个母系祖先,缅甸红原鸡、爪哇红原鸡及红原鸡海南亚种均是其潜在的祖先,受外来鸡种影响较小,是一个较为封闭的原始鸡种。(本文来源于《中国畜牧兽医》期刊2019年05期）

赵亚男^[4]（2019）在《甜果螨的饲养及其线粒体基因组测序与全序列分析》一文中研究指出目的:探讨甜果螨(Carpoglyphus lactis)的饲养条件并对甜果螨进行纯培养,扩大甜果螨的样本量,保证后续实验顺利进行;测定甜果螨线粒体基因组全序列,完成全序列的注释和分析,并与部分无气门亚目螨类线粒体基因组进行比较分析。方法:(1)采集干果商店的储藏干果,分离其中孳生的粉螨。(2)制备3种不同配方的甜果螨饲养料,各挑入上述分离所得的200只甜果螨,于同一人工气候箱内进行人工饲养,4周后统计甜果螨增殖倍数。选择其中1种饲养料,设置33种温湿度条件,观察每种温湿度条件下甜果螨雌成螨6天时存活率及6天日均产卵量。(3)将上述饲养所得的甜果螨,用传统的酚氯仿抽提法和试剂盒提取法提取甜果螨基因组DNA,采用节肢动物和螨类线粒体基因的通用引物,PCR扩增出线粒体cox1、cob、rrnS和nad4-nad5目的基因的部分序列,克隆纯化后送至生物公司进行双向测序,得到目的基因序列,再分别设计种特异性上、下游引物进行Long-PCR扩增和步移法测序,直至测出线粒体基因组全序列。应用Seqman、SEQUIN 9.0、tRNAscan等生物信息学软件,对甜果螨线粒体基因组的基因结构和排列、碱基含量、PCGs基因、密码子的使用、核糖体RNA基因、转运RNA基因和非编码基因进行注释及二级结构的预测分析。最后与GenBank数据库中其他已测的4种无气门亚目螨线粒体基因组全序列进行无气门亚目螨类线粒体基因组的比较分析。结果:(1)从61种储藏干果样本中共分离出粉螨19种,隶属于6科16属,孳生的干果种类最多的螨种为甜果螨,其次为害嗜鳞螨、家食甜螨和腐食酪螨。(2)培养4周后,3种不同配方饲养料中甜果螨的平均孳生密度分别为5598.62只/g、2013.15只/g、411.23只/g,增殖倍数分别约为1400倍、500倍、100倍。甜果螨雌成螨在相对湿度低于66%水平时,各温度梯度下的存活率皆为0,在15~35℃,湿度与甜果螨存活率和日均产卵量呈正相关性。(3)甜果螨(C.lactis)线粒体基因组总长为14060bp,为典型的闭合双链DNA分子,共由37个基因组成,包括13个蛋白质编码基因(PCGs)、22个转运RNA基因和2个核糖体RNA基因,甜果螨线粒体基因组还包括1个最大的非编码区(large non-coding region,LNR)。与粉螨科的椭圆食粉螨和伯氏嗜木螨以及麦食螨科的粉尘螨和屋尘螨比对分析发现,果螨科的甜果螨线粒体基因组没有出现基因的缺失与重排,基因排序与上述4种螨完全一致。结论:(1)本研究筛选出了快速培养甜果螨的适宜配方,探究了甜果螨纯培养的实验室条件,为粉螨的饲养提供了参考,也为干果储藏及粉螨防治提供了依据。(2)本研究获得并注释分析了甜果螨线粒体基因组全序列,是果螨科螨类线粒体基因组全序列的首次报道。为推进无气门亚目物种线粒体基因组的测序与注释以及无气门亚目分子系统学的发展积累了资料。(本文来源于《皖南医学院》期刊2019-05-01）

李燕方,古江,袁媛,谢跃,赖为民^[5]（2018）在《基于线粒体12S基因全序列分析我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性》一文中研究指出为了探讨我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传变异情况及群体遗传结构,采用PCR测序技术测定我国5个地区(华北、华东、华中、西北、西南)绵羊痒螨(兔亚种)线粒体12S基因的全序列,并进行遗传多样性分析。结果共获得89条序列,长度均为657bp,核苷酸变异位点76个,单倍型50个(H1～H50),单倍型多样性(Hd)与核苷酸多样性(π)分别为0.931 05和0.005 59。进一步分析发现5个地理种群遗传分化程度较弱(Fst=0.042 322),基因交流非常频繁(Nm=5.657 372)。中性检验结果均为负值(Tajima’s D=-0.928 31,Fu’s Fs=-7.066 71),并且差异性不显着(P<0.05)。构建的NJ树和单倍型网络图均显示绵羊痒螨(兔亚种)5个地理种群的50个单倍型散在分布于不同的支系内,未形成明显的地理分布格局。我国绵羊痒螨(兔亚种)具有较高的遗传多样性,且有一定的遗传分化,基因交流频繁,但未形成以兔品种、温度带和地域来源划分的种群遗传结构。(本文来源于《畜牧兽医学报》期刊2018年11期）

刘洪玉,李保华,王彩霞^[6]（2018）在《侵染‘舞美’苹果锈果类病毒的鉴定与全序列分析》一文中研究指出苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd),隶属于马铃薯纺锤块茎类病毒科(Pospiviroidae)苹果锈果类病毒属(Apscarviroid),是一种通过嫁接、带病毒苗木等传播的单链环状RNA病毒。侵染苹果时,可在不同品种果实表面产生锈状斑、花脸、畸形等症状,已在世界多地造成了严重危害。2017年9月,在山东胶州调查苹果病毒病时,发现‘舞美’果实表现出明显的花脸症状。利用RT-PCR技术对苹果锈果类病毒进行了检测,通过DNAMAN、MEGA5.1等软件对其全序列进行了分析,结果表明,显症‘舞美’果实及发病树体枝条中均可检测出ASSVd,而无症状‘舞美’果实和相应树体枝条中均未检测到ASSVd。‘舞美’分离物基因组主流序列为333 bp(登录号MG745387),与GenBank中已报道的ASSVd序列一致性为92%～99%。经序列多重比对及系统进化树分析,发现该分离物的末端保守区和中央保守区与ASSVd参考序列一致,且与不同来源的ASSVd分离物亲缘关系较近。本研究首次在‘舞美’苹果上发现和鉴定苹果锈果类病毒,对ASSVd侵染不同苹果品种提供了新的数据。(本文来源于《中国植物病理学会2018年学术年会论文集》期刊2018-08-24）

刘娴^[7]（2018）在《莲藕中一种马铃薯Y病毒属病毒的鉴定与全序列分析》一文中研究指出莲藕(Nelumbo nucifera Gaertn.)是睡莲科(Nymphaeaceae)莲属多年生水生草本植物,生产上依据用途分为藕莲、籽莲和花莲。莲藕是中国栽培面积最大的水生蔬菜,栽培历史悠久,其产品富含淀粉、蛋白质、维生素和矿物质等营养成分,深受国内外消费者喜爱。莲藕多采用根状茎进行无性繁殖,容易导致病害积累,引起种性退化。目前,已报道的莲藕病害以腐败病、褐斑病等真菌性病害为主,而有关病毒病仅见有莲藕线条病毒(Lotus streak virus)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)和芋花叶病毒(Dasheenmosaic virus,DsMV)的报道。“僵藕”是发生在莲藕主产区的一个普遍现象,藕身瘦小僵硬,表面布有黑褐色点斑、条斑,且深入表皮以下,严重影响莲藕的产量和品质。前期研究表明,“僵藕”可能是由植物病毒引起的,但其症状与上述叁种病毒症状不一致。为进一步研究“僵藕”发病病因与致病机制,我们在“僵藕”中检测鉴定到一种马铃薯Y病毒属病毒,并就该病毒的寄主范围、发生分布、基因组结构、分类地位及遗传多样性进行了研究。主要结果如下:1、采用高通量测序及RT-PCR技术,在“僵藕”中发现一种马铃薯Y病毒属病毒(potyviruses),扩增片段为854 bp,经BLAST比对分析发现,该病毒与甘薯潜隐病毒(Sweet potato latent virus,SPLV)的核苷酸相似性较高。该病毒能有效侵染豆科(Fabaceae)、藜科(Chenopodiaceae)、葫芦科(Cueurbitaceae)、茄科(Solanaceae)中的植物,但未见明显的症状表现。发生分布调查结果显示,在江苏省莲藕主产区采集的43份莲藕样品中,该病毒的检出率达48.8%,其中12份“僵藕”样品的检出率为75%,表明该病毒在江苏省莲藕产区发生分布广泛。2、莲藕中检出的马铃薯Y病毒属病毒的全基因组序列具有10 081核苷酸(nucleotide,nt),包括143 nt的5'端非编码区、194 nt的3'端非编码区和9 741 nt的开放阅读框(Open reading frame,ORF),共编码3 247个氨基酸(amino acid,aa)。该病毒与SPLV的多聚蛋白均含有9 741 nt,与SPLV核苷酸相似性在76.28%-76.60%之间,与最新的国际病毒分类委员会(International Committee on Taxonomy ofViruses,ICTV)制定的马铃薯 Y 病毒科病毒的分种标准相同,且该病毒与SPLV有四个蛋白酶水解切隔识别位点存在差异,其编码的PIPO的长度差异较大。综上,我们在莲藕上分离的马铃薯Y病毒属病毒可能是一种新的病毒种,暂定名为莲藕潜隐病毒(Lotus latent virus,LLV)。3、对LLV的外壳蛋白(Coatprotein,CP)和第一蛋白(Firstprotein,P1)编码区序列的系统发育和遗传多样性分析可知:LLV遗传差异较小,可分为LLV-1和LLV-2两组,其中大部分分离物聚集在LLV-2组。通过选择压力分析发现:LLV在CP和P1编码蛋白中处于较强的负向选择压力下,这与其他已报道的马铃薯Y病毒属病毒相似,可能与这两个蛋白保守的功能域相关。(本文来源于《扬州大学》期刊2018-06-01）

古江,李燕芳,赵习彬,谢跃,赖为民^[8]（2018）在《基于线粒体16S rRNA全序列分析我国绵羊痒螨兔亚种的遗传多样性》一文中研究指出为了探讨我国绵羊痒螨兔亚种的遗传变异特征和种群结构,利用PCR技术对我国5个地理区域(华北、华东、华中、西南、西北)的83个绵羊痒螨兔亚种株的线粒体16SrRNA全序列进行扩增和遗传多样性分析。结果显示,83个样品的16SrRNA全序列长度均为1 025bp,共存在83个变异位点和52个单倍型;样品所代表的5个地理区域种群间的Fst值为-0.037 59~0.587 63,基因流值为-6.900 7~31.117 62;进一步用NJ树和单倍型网络图分析显示,52个单倍型构成2个大的分支,但却呈现出杂乱的分布格局,即地理区域、温度带和兔的品种特征性种群结构不显着。我国绵羊痒螨兔亚种的遗传多样性较高,遗传分化不明显,尚未形成地理种群结构。(本文来源于《畜牧兽医学报》期刊2018年05期）

孙丽冉,齐迎菊,田晓轩^[9]（2018）在《哈氏蜈蚣线粒体基因组全序列分析》一文中研究指出[目的]获取哈氏蜈蚣线粒体基因组全序列。[方法]应用差速离心以及滚环扩增的方法得到纯度较高的线粒体DNA,采用Illumina HiSeq X Ten技术对扩增得到的哈氏蜈蚣线粒体DNA进行测序,采用从头组装和mapping近缘种的方法拼接组装线粒体基因组,应用MITOS在线注释及与近缘种进行本地注释等方法注释线粒体基因组。[结果]获得14 538 bp哈氏蜈蚣线粒体基因组全序列。其共有20个tRNA及13个蛋白基因,2个rRNA(16S rRNA、12S rRNA)。[结论]获取哈氏蜈蚣线粒体基因组全序列,并可用于药用蜈蚣的资源调查与保护研究。(本文来源于《天津中医药》期刊2018年03期）

付晶晶,杨彩霞,韩彤,廖一鸣,王昕^[10]（2018）在《西瓜花叶病毒辽宁臭椿分离物的鉴定与全序列分析》一文中研究指出2015年10月,在辽宁省盖州市采集到表现花叶的臭椿样品。应用电子显微镜负染色技术检测到线状病毒粒子(800 nm×18 nm)。利用Potyvirus通用引物PVY-Legpoty-F/PVY-Legpoty-R对叁株代表样品进行RTPCR扩增,得到750 bp阳性片段。经Blast搜索,与西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus,WMV)高度同源。利用WMV-5NF/WMV-5NR、WMV-MNF/WMV-MNR和WMV-3NF/WMV-3NR叁对引物扩增WMV全基因组,确定为10070核苷酸(MF418043)。基于cp基因进行同源性分析和系统进化关系分析,发现盖州臭椿分离物与北京臭椿分离物的关系最近。这是辽宁臭椿上WMV分子特征的首次报道。(本文来源于《江西农业大学学报》期刊2018年01期）

全序列分析论文开题报告

（1）论文研究背景及目的

此处内容要求：

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例：

为进一步了解我国绵羊痒螨(兔亚种)种群的遗传变异情况和分类情况,采用PCR技术扩增绵羊痒螨(兔亚种)虫株的线粒体ATP6基因全序列,并分析所得序列,旨在探讨中国华北、华东、华中、西北、西南地区绵羊痒螨(兔亚种)种群的遗传多样性和种群结构。本研究成功获得88条序列,长度均为672 bp,包含41个单倍型,表现出较高的遗传多样性(π=0.014 94)和单倍型多样性(Hd=0.925 81),且以种群内部的遗传变异为主(97.92%)。进一步分析发现,5个种群间遗传分化程度较弱(F_(st)=0.020 81),基因交流频繁(Nm=11.763 5),中性检验值(Tajima's D=0.937 98,Fu's Fs=0.522 06)为不显着的正值,结合错配分布曲线呈现多峰,表明我国绵羊痒螨(兔亚种)种群在进化过程中比较稳定,无种群扩张事件。从单倍型网络图和NJ树可知,中国绵羊痒螨(兔亚种)没有形成基于兔品种、温度带或地理分布的遗传结构。中国绵羊痒螨(兔亚种)种群遗传多样性高,但种群间无明显分化,未形成基于兔品种、温度带或地理分布的遗传结构。

（2）本文研究方法

调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

全序列分析论文参考文献

[1].刘洪玉,孙子豪,李保华,王彩霞.侵染‘舞美’苹果的苹果锈果类病毒检测与全序列分析[J].植物保护.2019

[2].尹潇潇,李燕方,古江,廖艳,谢跃.基于线粒体ATP6基因全序列分析中国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性[J].浙江农业学报.2019

[3].李义书,侯冠彧,曹婷,施力光,周汉林.基于线粒体DNAD-loop区全序列分析儋州鸡遗传多样性及其起源进化关系[J].中国畜牧兽医.2019

[4].赵亚男.甜果螨的饲养及其线粒体基因组测序与全序列分析[D].皖南医学院.2019

[5].李燕方,古江,袁媛,谢跃,赖为民.基于线粒体12S基因全序列分析我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性[J].畜牧兽医学报.2018

[6].刘洪玉,李保华,王彩霞.侵染‘舞美’苹果锈果类病毒的鉴定与全序列分析[C].中国植物病理学会2018年学术年会论文集.2018

[7].刘娴.莲藕中一种马铃薯Y病毒属病毒的鉴定与全序列分析[D].扬州大学.2018

[8].古江,李燕芳,赵习彬,谢跃,赖为民.基于线粒体16SrRNA全序列分析我国绵羊痒螨兔亚种的遗传多样性[J].畜牧兽医学报.2018

[9].孙丽冉,齐迎菊,田晓轩.哈氏蜈蚣线粒体基因组全序列分析[J].天津中医药.2018

[10].付晶晶,杨彩霞,韩彤,廖一鸣,王昕.西瓜花叶病毒辽宁臭椿分离物的鉴定与全序列分析[J].江西农业大学学报.2018

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