14种陆生植物中DUF4228基因家族的鉴定和表达分析

论文摘要

随着越来越多物种基因组测序的完成,利用生物信息学手段揭示不同家族基因的功能被广泛地应用于动植物等的研究中。本研究通过序列分析、系统进化分析以及表达量检测等方法,对14种代表植物中含有未知功能结构域DUF4228基因家族进行了综合分析,得到以下结果:1.利用Pfam30.0数据库中下载的DUF4228结构域的HMM模型,通过HMMsearch从14种陆生植物以及2种藻类植物基因组中搜索具有DUF4228结构域的基因,发现藻类植物团藻和莱茵衣藻没有含该结构域的基因,其他14种陆生植物共含有489个DUF4228家族基因。2.对上述的489个基因的氨基酸序列进行进化分析发现,可将该家族分为3个组,分别为group Ⅰ,group Ⅱ和groupⅢ。其中group Ⅰ基因数量最少,groupⅢ基因数量最多,groupⅡ为种子植物所特有。3.分析本研究中的489个基因的结构域发现,仅裸子植物火炬松中少数序列存在2-3个DUF4228结构域,其余基因均仅含有一个DUF4228结构域。4.保守基序分析表明,14个陆生物种的489个DUF4228家族基因中均存在motif Ⅰ。5.拟南芥AtDUF4228基因的表达存在组织特异性。6.对ADUF4228家族基因启动子序列顺式作用元件和非生物胁迫下表达量的分析表明,该家族部分基因可能与植物响应非生物胁迫密切相关。蛋白互作分析发现一些基因与已知的抗逆相关基因存在互作。

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文章来源

类型: 硕士论文

作者: 牛肖翠

导师: 王瑞刚

关键词: 家族,基因家族鉴定,系统进化分析,非生物胁迫,陆生植物

来源: 内蒙古农业大学

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学,生物学

单位: 内蒙古农业大学

基金: 内蒙古自治区科技创新引导项目“柠条遗传修饰新种质创制及其在生态修复中的推广应用”(KCBJ2018012),内蒙古自治区科技计划项目“北方防沙带(内蒙古)生态技术集成与产业化示范”,内蒙古自治区科技创新团队建设计划项目“内蒙古自治区抗逆植物遗传资源利用与分子改良科技创新团队(201503004),内蒙古自治区产业创新创业人才团队

分类号: Q943.2

DOI: 10.27229/d.cnki.gnmnu.2019.000292

总页数: 106

文件大小: 12734K

下载量: 103

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标签：家族论文;  基因家族鉴定论文;  系统进化分析论文;  非生物胁迫论文;  陆生植物论文;