基于特异表达基因的癌症诊断标记物筛选

论文摘要

癌症是导致死亡人数最多且死亡率最高的疾病之一,严重威胁了人类的健康。尽管癌症研究近年来有了很大的进展,但由于缺乏特异性强的诊断标记物,尤其是早期诊断标记物,癌症诊断仍然是个难题。TCGA和GTEx等数据平台提供了海量的公开数据让研究者可以综合多种组织的数据进行特异表达基因的筛选。本研究的目的是筛选一批高特异性的癌症诊断及预后标记物并对癌症特异高表达基因的转录调控网络和潜在药物靶点进行研究。首先,使用SEGtool从TCGA和GTEx数据库的表达量数据中筛选了各癌症组织、癌旁组织以及正常组织的特异表达基因(SEGs),并从中筛选了仅在一种癌症特异表达的癌症特异表达基因(cSEGs)。然后在癌症特异表达基因的基础上筛选了灵敏度高的基因作为潜在标记物。这样总共得到了来自15种癌症的283个潜在标记物,其高表达样本比例均大于50%,其中KICH的三个cSEGs(OGDH、MUDENG和ACO2)的高表达样本比例>80%。此外还筛选了13种癌症的245个对早期癌症敏感的潜在标记物,其高表达样本比例均大于50%,其中MUDENG和ACO2在早期KICH的高表达样本比例达到了95%,一致性非常好。双基因标记物的高表达样本比例相对单基因标记物有了显著提高,KICH的双基因高表达样本比例最高达到97%,早期KICH和早期COAD双基因高表达样本比例最高达100%。此外还确定了15个SEG是各种抗癌药物的靶点,其中大约一半的药物可能被重新用于新的癌症类型。部分SEG受相应癌症的特异转录因子调控,还有39个cSEG为7种癌症的预后相关基因。总而言之,本研究从癌症特异表达基因中筛选诊断及预后标记物,能有效弥补现有标记物特异性不强的缺陷。此外还分析了癌症中特异表达的调控网络和潜在药物靶点,为癌症的调控机制提供了新的认知并对癌症的药物研究做出了贡献。

论文目录

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 吕尧

导师: 郭安源,王燕

关键词: 癌症标记物,早期诊断,组织特异基因,药物靶点,转录因子

来源: 华中科技大学

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学,肿瘤学

单位: 华中科技大学

分类号: R730.4;Q811.4

DOI: 10.27157/d.cnki.ghzku.2019.002906

总页数: 73

文件大小: 2645K

下载量: 39

相关论文文献

• [1].应用抑制性消减杂交技术从枳中筛选根特异表达基因[J]. 园艺学报 2014(12)
• [2].2个水稻器官特异表达基因的鉴定及分析[J]. 福建农业学报 2012(10)
• [3].烟草卵细胞特异表达基因的克隆与分析[J]. 浙江农业学报 2017(03)
• [4].基于文献挖掘的雄激素非依赖型前列腺癌特异表达基因的生物信息学分析[J]. 中华男科学杂志 2009(12)
• [5].哺乳动物性腺特异表达基因研究进展[J]. 广西农业科学 2009(09)
• [6].水稻、拟南芥组织特异性启动子的序列特征分析[J]. 中国农学通报 2013(15)
• [7].人类心脏和肌肉组织特异表达基因Smyd1的表达与抗体制备[J]. 生命科学研究 2009(05)
• [8].杨树幼茎特异表达基因及PsnLAC基因的克隆[J]. 东北林业大学学报 2011(04)
• [9].水稻种子特异表达OsEnS58基因的克隆与表达分析[J]. 分子植物育种 2020(16)
• [10].水稻种子特异表达基因OsEnS38的克隆与表达[J]. 湖南农业大学学报(自然科学版) 2018(03)
• [11].杜梨根茎叶特异表达基因的RNA-Seq分析[J]. 园艺学报 2018(10)
• [12].应用基因芯片分析甘蓝型油菜柱头特异表达基因[J]. 植物学报 2014(03)
• [13].红蓝光对草莓转录组特异表达基因密码子使用偏好性的影响[J]. 浙江农业学报 2017(04)
• [14].利用CRISPR/CAS9技术定点编辑水稻花粉特异表达基因OsIPA[J]. 福建农业学报 2017(11)
• [15].南方根结线虫食道腺表达基因7E12影响植物的初步研究[J]. 中国农学通报 2013(27)
• [16].缺血性脑损伤大鼠外周血动态共表达网络分析[J]. 浙江大学学报(医学版) 2019(06)
• [17].家蚕蛹期特异表达基因 BmCP283 鉴定及其启动子的克隆分析[J]. 中国农业科学 2013(11)
• [18].小鼠性腺特异表达基因(GSE)的克隆及初步研究[J]. 西南农业学报 2009(06)
• [19].基于小波的肿瘤基因表达数据聚类分析模型[J]. 上海大学学报(自然科学版) 2011(05)
• [20].水稻胚乳特异表达基因的挖掘及顺式元件分析[J]. 生物信息学 2012(03)
• [21].拟南芥根特异表达基因启动子在烟草中的表达[J]. 西北植物学报 2011(06)
• [22].LDH-C:睾丸重要的特异表达基因[J]. 现代生物医学进展 2011(20)
• [23].花生果种皮特异表达基因AhPSG13的克隆和表达研究[J]. 中国油料作物学报 2010(01)
• [24].芦笋性别决定与性别分化研究进展[J]. 植物遗传资源学报 2010(05)
• [25].大鼠睾丸特异表达基因Ube1的分离鉴定及生物学特征(英文)[J]. 生理学报 2008(03)
• [26].应用cDNA-SRAP研究大黄不同功效组分型特异表达基因[J]. 中国实验方剂学杂志 2013(11)
• [27].结核分枝杆菌体内特异表达基因mshA的克隆表达及免疫组织化学分析[J]. 中华实验和临床感染病杂志(电子版) 2013(01)
• [28].美洲黑杨生长及基因表达差异[J]. 东北林业大学学报 2010(08)
• [29].番茄根特异基因的表达分析[J]. 植物生理学报 2015(06)
• [30].小鼠后肢特异表达基因的筛选及验证[J]. 中国实验动物学报 2019(01)

标签：癌症标记物论文;  早期诊断论文;  组织特异基因论文;  药物靶点论文;  转录因子论文;