导读:本文包含了核心家系论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:家系,基因,多态性,核心,食管癌,病理,核型。
核心家系论文文献综述
澹会芳[1]（2019）在《食管癌核心家系患者临床病理特征及预后分析》一文中研究指出1研究背景和目的食管癌是世界上最常见的六大恶性肿瘤之一,发病率居第7位,死亡率居第6位。中国是世界上食管癌发病率和死亡率最高的国家之一,全球每年新增食管癌约57万例,近一半发生在中国。食管癌预后极差,中晚期患者5年生存率仅15%左右,而早期患者5年生存率可高达90%以上。但由于早期食管癌症状不明显,临床上又缺少有效的检测方法,早期食管癌检出率极低,仅5%左右。因此,阐明食管癌高易感性的分子机制,筛选食管癌易感基因,建立高危人群分子分型和早期发现分子标志物筛查体系,从而提高早期食管癌发现率,延长患者生存时间,降低死亡率至关重要。明显的家族聚集现象是食管癌突出的流行病学特征之一,表现为一个家族中有多名家庭成员患食管癌。上世纪70年代,关于食管癌流行病学的调查发现,一个家族连续五代内有32人患食管癌,各地区连续叁代内发生食管癌≥3例的家族也很常见。食管癌家族聚集现象提示,遗传因素在食管癌的发生中可能起重要作用。食管癌核心家系(连续两代内发生食管癌≥2例)是食管癌家族聚集现象的典型表现,具有肿瘤高易感性和高发病率的特点。家庭成员及样本信息完整的家系是筛选和定位食管癌易感和驱动候选基因的最佳模型,是阐明食管癌变分子机理的绝佳样本。P53是一种常见的抑癌基因,野生型P53通过调控细胞生长、增殖、诱导细胞凋亡等过程发挥抑制肿瘤的作用。众多研究表明,一半以上的恶性肿瘤患者都发生了P53突变,P53表达与食管癌复发率和5年生存率密切相关,但关于P53表达情况对食管癌核心家系患者预后的影响的研究鲜有报告。资料完整的核心家系涉及内容繁多,收集难度大,关于核心家系的研究非常少见,并且样本量小。本研究组历时45年(1973-2018),建立了50万例食管/贲门癌临床诊疗随访信息数据库。在该过程中,通过前瞻性随访研究,积累了大量的食管癌核心家系,并且家系中食管癌先证者和其子代食管癌患者临床诊疗、随访及样本信息完整。因此,本研究在前期工作的基础上,通过大样本量(3,260例)流行病学调查研究,初步探讨食管癌核心家系患者的临床病理特征及其与预后的关系,并进一步分析P53在食管癌核心家系患者中的表达情况和临床意义,为食管癌高危人群预警、早期发现及预后判断和改善提供理论支撑和分子依据。2材料与方法2.1研究对象本研究共纳入3,260例食管鳞癌患者,所有患者信息均来自郑州大学第一附属医院河南省食管癌重点开放实验室50万例食管/贲门癌临床诊疗随访信息数据库。3,260例食管癌患者来自3,260个食管癌核心家系,所有患者临床病理特征完整,且均进行单纯性食管癌根治性切除术治疗。2.2方法(1)通过回顾性分析3,260例食管癌核心家系患者临床诊疗资料,探讨食管癌核心家系患者的临床病理特征,主要包括患者性别、诊断年龄、高低发区、肿瘤部位、长径、分化程度、切缘、TNM分期等,并探讨这些临床特征和食管癌核心家系患者预后的关系。(2)随机选取150例食管癌核心家系患者进行免疫组化染色,检测P53表达情况,并分析P53表达与食管癌核心家系患者临床病理特征及预后的关系。(3)采用SPSS25.0软件进行统计分析。生存期以年为单位,单因素分析采用Kaplan-Meier法和log-rank检验,多因素分析采用Cox比例风险模型,检验水准α=0.05。3结果3.1食管癌核心家系患者临床病理特征3,260例食管癌核心家系患者中男性2,043例,男女比为1.7:1;诊断年龄≥60岁者占53.8%(1,755/3,260),最小年龄32岁,最大年龄85岁,平均诊断年龄60.2±8.1岁;88.8%(2,896例)患者来自食管癌高发区,高低发区患者比为8.0:1;颈段+上段食管癌患者486例,中段+下段2,774例;高、中、低分化食管癌患者分别为376例(11.5%)、2,017例(61.9%)、867例(26.6%);肿瘤长径<4cm者1,552例(47.6%),肿瘤长径≥4cm者708例(52.4%);术后切缘净者3,075例(94.3%),术后切缘为不典型增生或癌者185例(5.7%);TNM分期:0期+Ⅰ期患者494例(15.2%),Ⅱ期1,776例(54.5%),Ⅲ期976例(29.9%),Ⅳ期14例(0.4%)。3.2核心家系食管癌患病情况3,260例食管鳞癌患者来自3,260个食管癌核心家系,其中连续两代内发生食管癌2、3、4及≥5例的家系个数分别为2,527(77.5%)、583(17.9%)、116(3.6%)、34(1.0%),单个食管癌核心家系患者最多有8位。发生食管癌为2例的2,527个核心家系中,父子型患病者687个(27.2%),母子型548个(21.7%),父女型353个(14.0%),母女型365个(14.4%),同胞型574个(22.70%)。3.3预后影响因素分析单因素分析结果显示,性别、诊断年龄、肿瘤部位、分化程度、肿瘤长径和TNM分期与食管癌核心家系患者的预后有关(均P<0.05)。多因素分析结果显示,男性、诊断年龄≥60岁、肿瘤部位颈段+上段、分化程度低、肿瘤长径≥4cm和TNM晚期是影响食管癌核心家系患者预后的独立危险因素(均P<0.05)。3.4 P53在食管癌核心家系患者中的表达情况食管癌核心家系患者P53表达阳性率为56.0%(84/150),其中镶嵌型9例,局灶型8例,弥漫型67例。3.5 P53表达与食管癌核心家系患者临床病理特征的关系食管癌核心家系患者癌组织中P53表达阳性率在性别、年龄、高低发区、肿瘤部位、分化程度、肿瘤切缘与长径、T、N、M及TNM分期分布均无统计学差异(均P>0.050)。3.6 P53表达对食管癌核心家系患者预后影响食管癌核心家系患者P53表达阳性和阴性组生存差异有统计学意义(χ2=10.114,P=0.001)。4结论(1)食管癌核心家系患者中,男性多于女性,诊断年龄≥60岁、高发区、中段和下段、中分化、肿瘤长径≥4cm、术后切缘净者更为常见,TNMⅡ期的患者最多,Ⅳ期最少。(2)食管癌核心家系中以发生2例食管癌最多,其中父子型患病最为常见。(3)性别、诊断年龄、肿瘤部位、分化程度、肿瘤长径及TNM分期是食管癌核心家系患者预后的独立影响因素。(4)食管癌核心家系患者P53表达阳性率与不同临床病理特征无关,P53表达可能是食管癌发生发展过程中的频发分子学事件。(5)食管癌核心家系患者P53表达阴性生存优于阳性患者,P53表达情况可以作为判断食管癌核心家系患者预后的参考指标。(本文来源于《郑州大学》期刊2019-05-01）
李超[2]（2019）在《基于叁联体核心家系测序的F1代基因编辑绒山羊突变研究》一文中研究指出CRISPR/Cas9技术是目前应用最广泛的基因编辑技术,其安全性评估对于该技术未来在动物育种和临床应用具有重要意义。本研究利用课题组前期获得的MSTN和FGF5基因编辑的陕北白绒山羊本交获得其F1群体,通过对基因编辑绒山羊及其后代(F1代)进行全基因组重测序,严格筛选出新发突变,并结合脱靶位点预测和新发突变的分布判断CRISPR/Cas9技术导致的真实变异情况,这些变异包括:单核苷酸变异(Single nucleotide variants,SNVs)、插入或缺失(Insertion-deletion,Indels)和结构变异(Structure variants,SVs)。对MSTN编辑个体的肌肉组织和FGF5编辑个体的皮肤组织及未编辑个体的皮肤和肌肉组织进行全转录组测序,检测其在转录水平的变化;利用免疫荧光和Western Blot量化基因编辑羊p53蛋白的变化,分析CRISPR/Cas9系统在编辑过程中的潜在健康风险。主要结果如下:1、成功获得F1代基因编辑绒山羊。通过本交获得了MSTN和FGF5基因编辑陕北白绒山羊后代;利用Sanger测序检测F1代的基因型,除F1代#P59个体外,其他个体(#P6、#P97、#P8、#P9)均检测到了与父母代相同的编辑位点,证明经基因编辑的位点可传至下一代。2、家系重测序及变异检测。利用全基因组重测序技术对来自四个家系的11个个体进行测序,并基于全基因组SNVs检测亲缘关系,确保家系信息与繁育过程的亲缘关系记录一致。随后,经严格过滤获得了F1代新生SNV,并利用Sanger测序验证新生SNV准确性达到70%,且这些SNVs在基因组上均未出现在编辑位点附近;四个家系中(有两个是双胞胎)共检测到19个新生Indels(10个插入,9个缺失),平均每个后代3.8个;四个家系中共检测到4个拷贝数变异(2个复制,2个缺失),平均每个后代1.5个;这些均与正常家系每代的变异数目相同。3、基因编辑羊全基因组脱靶突变检测。利用Cas-OT和Cas-OFFinder软件预测MSTN和FGF5基因的4个sgRNA对应的脱靶位点,取交集后在4个sgRNA中分别获得340、483、470、442个预测的脱靶位点,编辑个体中新生SNV均未出现在预测的脱靶区域。表明编辑没有引起SNV相关的脱靶突变。4、F1代羊组织表达谱分析。MSTN编辑个体的肌肉组织与未编辑个体比较,共检测到43个差异表达基因,其中23个上调、20个下调,差异基因功能注释显示其主要与肌纤维发育相关;FGF5编辑个体皮肤组织和未编辑个体相比,共检测到140个差异基因,其中74个上调、66个下调,功能注释这些差异基因表明主要与皮肤、毛囊发育相关。5、F1代羊组织中p53蛋白表达量变化。p53表达量的变化可能与肿瘤形成有关,因此,本研究利用免疫荧光和Western blot技术检测MSTN编辑个体肌肉组织中p53基因表达的变化,结果表明编辑个体和未编辑个体间无显着差异。全转录组测序分析显示p53与细胞程序性凋亡相关基因的mRNA表达量在编辑个体和未编辑个体间无显着变化。表明CRISPR/Cas9技术在基因编辑的陕北白绒山羊中未引入潜在风险。综上所述,在基因编辑陕北白绒山羊基因组上未检测到双链断裂诱发的SNVs,同时F1的突变率几乎和正常家系;mRNA差异表达结果表明MSTN编辑个体的肌肉组织的差异基因主要与肌纤维发育相关,FGF5编辑个体的皮肤组织的差异基因主要与皮肤、毛囊发育相关;蛋白结果显示CRISPR/Cas9未诱导p53蛋白差异表达。本研究初步证明了基因编辑技术的可靠性,为CRISPR/Cas9技术在动物育种和生物医学中的应用提供了参考。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2019-05-01）
澹会芳,赵学科,高社干,韩文莉,鲍启德[3]（2019）在《食管癌核心家系患者临床病理特征及术后预后分析》一文中研究指出目的:分析食管癌核心家系患者的临床病理特征及术后预后影响因素。方法:收集3 260例接受食管癌根治性切除手术的、来自于不同食管癌核心家系的患者的临床病理资料和随访信息,分析食管癌核心家系患者的临床病理特征及术后预后影响因素。结果:3 260例食管鳞癌患者男女比例为1. 7∶1,确诊年龄32～85(60. 2±8. 1)岁,≥60岁者占53. 8%; 88. 8%来自食管癌高发区;肿瘤位于食管中段和下段者占82. 5%;低、中、高分化者分别占26. 6%、61. 9%和11. 5%;切缘净占94. 3%;肿瘤长径<4 cm者占47. 6%; TNM分期(0+Ⅰ)期占15. 2%,Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期者分别占54. 5%、29. 9%和0. 4%。Cox分析结果显示,男性、确诊年龄≥60岁、肿瘤位于食管颈段和上段、分化程度低、肿瘤长径≥4 cm和TNM晚期是食管癌核心家系患者术后预后的独立危险因素,HR(95%CI)分别为1. 119(1. 016～1. 231)、1. 302 (1. 185～1. 429)、1. 345 (1. 186～1. 526)、1. 149 (1. 065～1. 238)、1. 269 (1. 151～1. 400)、1. 666(1. 547～1. 795)。结论:性别、确诊年龄、肿瘤部位、分化程度、肿瘤长径及TNM分期是食管癌核心家系患者术后预后的影响因素。(本文来源于《郑州大学学报(医学版)》期刊2019年02期）
李仕良,王洁,黄鹏,古贤君,黄美英[4]（2018）在《TGF-β基因启动子-509C/T位点多态性与桂西壮族IgA肾病核心家系的关联性及其铁皮石斛的治疗效果》一文中研究指出目的探讨IgA肾病(IgAN)患者转化生长因子-β(TGF-β)的启动子-509C/T位点多态性及铁皮石斛处方的疗效。方法采用PCR-RFLP和直接测序法鉴定118例桂西壮族IgA肾病患者,按TGF-β1基因测序情况,分为CC、CT和TT叁种类型,每种类型随机分为试验组和观察组。另外选取入选患者的兄弟姐妹118例作为家系对照组,采用传递不平衡检验和HRR分析的方法观察TGFβ1-509 C/T在患病子代的不平衡传递。随机抽取具有至少1名健康的兄弟姐妹同胞的壮族IgA N患者,检测患者和核心家系成员的TGF-β基因型,在激素联合ACEI/ARB基础上观察铁皮石斛处方的干预效果,并检测患者尿蛋白定量(24 h Upr)、血清白蛋白(ALB)、肌酐(Scr)、尿素氮(BUN)水平的变化情况。结果桂西壮族IgA N患者TGF-β1启动子-509C/T位点基因CC型32例(占27.1%),CT型58例(占49.2%),TT型28例(占23.7%)。而IgAN患者核心家系人群为CC型33例(占28.4%),CT型55例(占46.6%),TT型30例(占25.0%)。治疗前试验组与观察组差异无统计学意义(P>0.05),治疗后,CC型:试验组24h Upr、Scr、BUN水平降低的幅度较观察组高(P<0.01或P<0.05)。ALB水平升高的幅度较观察组高,但其差异无统计学意义(P>0.05);CT型:24 h Upr和BUN水平降低的幅度较观察组高(P<0.01)。Scr水平降低的幅度较观察组高,ALB水平降低的幅度较观察组高,但其差异无统计学意义(P>0.05);TT型:24 h Upr、BUN水平降低的幅度较观察组高(P<0.01或P<0.05)。ALB水平升高的幅度较观察组高(P<0.01)。Scr水平降低的幅度较观察组高,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论桂西壮族居民TGF-β启动子-509C/T位点多态性与IgA N患病无关联性;西药联合铁皮石斛处方治疗可有效提高IgA N的临床疗效;携带TGF-β启动子-509基因位点CC型的患者,不仅对西医治疗敏感,对铁皮石斛处方联合干预效果更敏感。(本文来源于《南方医科大学学报》期刊2018年08期）
史素琴[5]（2018）在《LGR4基因多态性和单倍型与女性峰值骨密度及肥胖表型核心家系的关联分析》一文中研究指出背景与目的:一项冰岛人群的全基因关联研究表明:低骨量、骨质疏松症及骨质疏松骨折的发生风险与富含亮氨酸重复序列的G蛋白偶联受体4(Leucine-rich repeat G-protein-coupled receptors 4,LGR4)基因无义突变(c.376C>T)位点相关。动物试验表明:LGR4促进白色脂肪向棕色脂肪转化,对能量代谢和体重控制有重要作用;还可通过多个信号通路调控骨形成及骨重建。本研究旨在探讨中国青年女性LGR4基因多态性与峰值骨密度及肥胖表型的关系。研究方法:收集汉族女性核心家系390家,包括780个父母双亲和478个20-40岁之间健康女儿,38个儿子,共1296例。使用双能X线吸收仪测定女儿左股骨颈、全髋、腰椎1-4骨密度和躯干脂肪含量(trunk fat mass)、全身瘦组织含量(total lean mass,TLM)、全身脂肪含量(total fat mass,TFM)。TLM和TFM分别除以体重得到瘦组织百分量(PLM)和脂肪百分量(PFM)。同时测量所有研究对象身高和体重,计算体重指数。利用dbSNP数据库和国际人类基因组单倍型图计划数据库(HapMap),选取 LGR4 基因的 21 个标签 SNPs(rs11030016,rs7936621,rs1083518,rs4542364,rs2447995,rs4128868,rs4923447,rs12787344,rs1 102998,rs2219783,rs1531557,rs6484295,rs11030014,rs4923445,rs12796247,rs4074516,rs16917037,rs4514364,rs7927234,rs10835171 和 rs10835173)及 SNP:c.376C>T,核心家系所有成员样本经DNA抽提后,使用imLDRTM多重SNP分型技术鉴定上述22个位点的基因型。根据无亲缘关系的父母的基因型,使用Haploview4.2软件计算得出单倍型区域和相应的单倍型。每个个体的单倍型由PHASE(ver.2.1)软件评估。先后采用协方差和数量性状传递不平衡检测法(QTDT)方法进行统计,分析这些标签SNPs及单倍型与人体峰值骨密度以及肥胖表型变异之间的关系。结果:1.与冰岛人群不同,在我们的研究中C376T位点仅发现一种基因型(GG),rs11029986最小等位基因频率小于0.05,因此未再对这两个位点做进一步统计分析。协方差分析提示rs7936621与股骨颈和全髋骨密度变异相关(P=0.023和P=0.020),AA基因型者股骨颈和全髋骨密度比GA、GG基因型高,该位点对股骨颈和全髋骨密度的贡献率为2.00%。QTDT家系内相关分析发现rs7936621与股骨颈、全髋和腰椎部位骨密度相关(P=0.031,P=0.020,P=0.017),经1000 permutation检验后,显示rs7936621仍与股骨颈、全髋和腰椎部位骨密度相关(P=0.038,P=0.029,P=0.031)。利用 Haploview和 PHASE 软件得出 5 个单倍型区域,rs7936621位于block3中。经协方差分析block2中单倍型GAG与全髋及腰椎骨密度变异有统计学意义(P=0.048,P=0.047),block5中单倍型TACTTC及CGCCTC均与腰椎骨密度变异相关(P=0.047,P=0.033)。QTDT家系内相关分析发现在block3中单倍型AGCGT与全髋骨密度相关(P=0.032),block5中单倍型TGCTCC与股骨颈和全髋骨密度相关(P=0.015、P=0.041),单倍型TACTTC与腰椎骨密度相关(P=0.040);1000次重复排列检验仍发现block3中单倍型AGCGT与全髋骨密度相关(P=0.043),block5中单倍型TGCTCC与股骨颈骨密度相关(P=0.025),单倍型TACTTC与股骨颈和腰椎骨密度相关(P=0.024,P=0.037)。2.协方差分析发现rs2219783位点基因型在PFM、PLM的差异有统计学意义(P=0.022 和 P=0.018)。rs7927234 位点基因型在 TFM、PFM、PLM 的差异有统计学意义(P=0.013、P=0.046和P=0.042)。rs4923445位点基因型在BMI的差异有统计学意义(P=0.012)。QTDT家系内相关分析发现rs2447995、rs10835173、rs7936621、rs4128868与rs11030014位点多态性均和躯干脂肪相关(P=6.00E-29,P=6.00E-29,8.00E-29,P=7.00E-29,P=1.00E-28)。经 1000 次重复排列检验后发现 rs10835171 与躯干脂肪相关(P=0.045),rs6484295 与 BMI 相关(P=0.043)。Haploview软件计算出rs10835171和rs6484295均位于block2中。使用协方差的方法对单倍型进行分析发现block2中GAA单倍型与TFM、BMI、躯干脂肪显着相关(P=0.033,P=0.014,P=0.012),block4 中 TTG单倍型与 TFM、TLM、BMI、躯干脂肪显着相关(P=0.017,P=0.029,P=0.016,P=0.011)。QTDT 家系内相关分析发现block1中单倍型CC、CT及TC均与躯干脂肪相关(P=1.OOE-28、7.00E-29、5.00E-29),block1 中单倍型 CT还与 TFM 相关(P=0.033),block2中单倍型GAA与躯干脂肪及BMI相关(P=0.043,P=0.031),block3中单倍型GACCC 与躯干脂肪(P=0.049),block4 中单倍型 TTA 与 TFM 相关(P=0.033);经1000次重复排列检验发现block2中单倍型GAA与躯干脂肪及BMI相关(P=0.027,P=0.019)。研究结论:1.LGR4基因rs7936621位点与股骨颈、全髋和腰椎部位骨密度相关,rs7936621位于block3中,LGR4基因block3单倍型AGCGT与全髋骨密度相关,rs7936621是峰值骨密度的数量性状位点。2.LGR4基因rs10835171与躯干脂肪相关,rs6484295与BMI相关。rs10835171和rs6484295均位于block2中,block2单倍型GAA与躯干脂肪及BMI相关,rs10835171及rs6484295是肥胖症的数量性状位点。3.LGR4基因是中国汉族女性骨质疏松症及肥胖症的候选基因。(本文来源于《郑州大学》期刊2018-05-01）
陈建山,周婷,关力杰,郝小玉,李烜[6]（2018）在《双相障碍Ⅰ型核心家系认知功能遗传度研究》一文中研究指出目的通过核心家系探讨双相障碍Ⅰ型(bipolar I disorder,BD-I)认知功能的遗传性以及与BD可能相关的认知内表型。方法纳入79例稳定期BD-Ⅰ型患者及其健康父母组成的核心家系,以及正常对照140名。采用数字符号测验、数字广度、视觉再生、连线测验(trail making test,TMT)A和B、威斯康星卡片分类测验、言语流畅性、汉诺塔(tower of Hanoi,TOH)评估被试的注意力、处理速率、工作记忆和执行功能等认知功能,采用亲代和子代数量性状回归系数计算家系中各认知指标的遗传度(h~2),并与对照组比较,筛选BD组受损的认知指标。结果控制年龄和受教育年限的混杂影响后,TMT-A错误数(h~2=0.54)、TOH总分(h~2=0.37)、完成任务数(h~2=0.35)的遗传性有统计学意义(均P<0.05)。与对照组比较,患者组上述有遗传性的认知指标中TOH总分、完成任务数指标受损有统计学意义(P<0.05)。结论认知功能中处理速率和执行功能在BD核心家系中可能有遗传性,执行功能指标中TOH总分和完成任务数损害与BD疾病可能相关,可作为BD的内表型。(本文来源于《中国神经精神疾病杂志》期刊2018年02期）
张梅虹,王慧君,张萍,龚敬宇,王建设[7]（2016）在《磷酸化酶激酶α亚单位新突变所致的糖原累积症Ⅸ型及核心家系研究》一文中研究指出目的:报告1例PHKA2基因突变引起的糖原累积症Ⅸ型的临床表现及其治疗结果。方法:患儿临床病史特点如下:肝脏肿大,身材略小于同龄儿,生化检查肝酶升高、轻度酮性低血糖。父母及姐姐正常。使用糖原累积症深度测序panel检测发现可疑致病突变后使用Sanger测序法在先证者及其父母和姐姐标本中验证。Clustal X软件和Polyphen2软件分别预测突变保守性和突变性质。随访并观察(本文来源于《第十叁届江浙沪儿科学术会议暨2016年浙江省医学会儿科学学术年会论文汇编》期刊2016-07-21）
赵菲[8]（2016）在《METTL21C基因SNP和单倍型与男性峰值骨密度及体成分变异的核心家系关联分析》一文中研究指出目的:骨密度和体成分是复杂性状,内在互为联系。近期研究发现甲基转移酶-21C(methyltransferase-like 21C,METTL21C),又名C13orf39,位于13q33.1,有264个氨基酸,是7β链甲基转移酶超家族成员之一,能够催化甲基(CH3)从供体转移到热休克蛋白70(Hsp70)受体上。METTL21C主要表达于肌肉中,可以通过调节NF-κB信号通路来促进成肌细胞向肌管分化并调节肌肉内肌浆网钙离子的释放。它还可以减少糖皮质激素诱导的骨细胞的凋亡。因此,本研究主要探讨METTL21C基因单核苷酸多态性(SNP)和单倍型与上海地区男性峰值骨密度(peak BMD)和体成分的关系。方法:我们招募了400家上海市男性核心家系,其中包括400对父母和415个年龄在20-40岁的健康儿子,共1215人。根据国际人类基因组单倍型图计划(Hap Map)数据库,利用Haploview软件,设定连锁不平衡系数r2>0.8,最小等位基因频率MAF>0.05,挑选METTL21C基因全部15个标签SNPs(rs641652、rs660207、rs9585961、rs7988265、rs896000、rs595825、rs9518810、rs7984675、rs654454、rs3858792、rs9514044、rs7981120、rs2390760、rs966724和rs599976),并应用im LDRTM多重SNP分型试剂盒对核心家系所有成员鉴定上述15个位点的基因型。应用双能X线吸收仪(DAX)检测腰椎、股骨颈和全髋部的p BMD,并检测全身脂肪含量(total fat mass,TFM)和瘦组织含量(total lean mass,TLM)等体成分。再运用SPSS和数量性状传递不平衡(QTDT)等方法进行数据分析。结果:应用ANCOVA分析发现rs9518810和rs7984675分别与股骨颈和全髋部BMD变异相关(p分别为0.005、0.032、0.035和0.035);rs7988265、rs2390760和rs599976与BMI变异相关(p分别为0.023、0.005和0.023);rs595825和rs654454与TLM变异相关(p=0.043,p=0.045)。QTDT家系内相关分析发现rs9585961与腰椎和股骨颈BMD变异相关(p=0.035,p=0.015);rs9518810与股骨颈BMD变异相关(p=0.028);rs660207与TFM变异相关(p=0.024);rs7981120与BMI变异相关(p=0.042);rs599976与BMI和TFM变异相关(p=0.012,p=0.022)。最后用1000 permutation结果显示仅有rs9585961与腰椎和股骨颈BMD变异相关(p=0.024,p=0.043);rs9518810与股骨颈BMD变异相关(p=0.029);rs599976与BMI、TFM和PFM变异相关(p分别为0.025、0.043和0.044)。利用Haploview和PHASE软件得出3个单倍型区域,ANCOVA分析结果为block2中单倍型CAA与全髋部BMD变异相关(p=0.039);CGG与股骨颈和全髋部BMD变异相关(p=0.008,p=0.031);block3中单倍型GCTG与BMI变异相关(p=0.029);而QTDT 1000 permutation结果为block1中单倍型AG和GA与TFM变异相关(p=0.009,0.047),block2中单倍型CAG与腰椎BMD变异相关(p=0.031)。结论:本研究首次分析了METTL21C基因SNP和单倍型与男性峰值骨密度和体成分的相关性。研究发现该基因SNP:rs660207、rs7981120和rs599976与BMI和TFM呈显着相关性,而rs9585961和rs9518810与BMD呈显着相关性,提示METTL21C基因常见位点的多态性对骨密度和体成分变异都具有调节作用。(本文来源于《山西医科大学》期刊2016-06-09）
卢天兰,伍智镠,阮燕燕,贾美香,岳伟华[9]（2016）在《孤独症谱系障碍核心家系染色体核型分析研究》一文中研究指出目的分析中国汉族人群孤独症谱系障碍核心家系的染色体核型特征,并筛查染色体畸变,探讨患者染色体畸变区域是否存在拷贝数变异和神经发育相关基因,为寻找孤独症谱系障碍的遗传病因提供线索。方法采用G带显色技术并依据人类细胞遗传学国际命名体制(International System for Human Cytogenetic Nomenclature,ISCN)对632个孤独症谱系障碍核心家系(包括632例患者及其健康生物学父母1264名)进行染色体核型分析,并根据各染色体带型特征筛查染色体数目和结构畸变情况。经与细胞遗传学芯片标准化联盟(International Standards for Cytogenomic Arrays,ISCA)数据库和人类亚微观结构基因组变异和疾病表型数据库(Database of genomic variation and Phenotype in Humans using Ensembl Resource,DECIPHER)比对,探讨检出的染色体畸变区域是否可能存在与孤独症谱系障碍和神经发育相关的致病性拷贝数变异和基因。结果共检出携带染色体畸变的患者22例,占患者3.48%(22/632)。其中5例为新生畸变,在患者中检出率为0.79%(5/632),包括1例重复,1例平衡易位,2例Turner综合征核型,1例21q22区域额外未知来源片段;另外17例染色体畸变为父母遗传,占患者2.69%(17/632)。经数据库比对,检出的染色体1q25和3p24畸变区域可能存在致病性较高的拷贝数变异,并累及TNR、ASTN1、NMNAT2等神经发育相关基因。结论部分孤独症谱系障碍患者存在新生染色体畸变;染色体畸变区域可能存在累及神经发育相关致病基因的拷贝数变异。染色体核型分析可为寻找孤独症谱系障碍的遗传病因提供线索。(本文来源于《中国神经精神疾病杂志》期刊2016年03期）
曾光群,杨季云,张丁丁,陈蓉,李宁[10]（2015）在《脊髓性肌萎缩症2个核心家系SMN1基因分析》一文中研究指出目的联合多重连接依赖探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplication,MLPA)和短串联重复序列(short tandem repeat,STR)基因连锁分析检测SMN1基因,分析父母及患者的遗传关系以提高携带者检出率。方法收集先证者及家系成员的资料,采用MLPA对先证者及其直系亲属SMN1基因的第7外显子及8外显子进行拷贝数检测,并对其家系进行STR分析。结果确诊的2例患儿均为SMN1基因第7和8外显子纯和缺失,母亲为携带者,父亲为"2+0"携带者,家系2胎儿为携带者。结论 MLPA能检测SMN基因外显子突变情况,STR连锁可分析风险染色体的来源,所以STR连锁分析能发现MLPA检测不到的携带情况。将两种方法结合可以减少对携带者的误判,为高危胎儿的受累风险提供准确遗传咨询。(本文来源于《中国实用神经疾病杂志》期刊2015年23期）
核心家系论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
CRISPR/Cas9技术是目前应用最广泛的基因编辑技术,其安全性评估对于该技术未来在动物育种和临床应用具有重要意义。本研究利用课题组前期获得的MSTN和FGF5基因编辑的陕北白绒山羊本交获得其F1群体,通过对基因编辑绒山羊及其后代(F1代)进行全基因组重测序,严格筛选出新发突变,并结合脱靶位点预测和新发突变的分布判断CRISPR/Cas9技术导致的真实变异情况,这些变异包括:单核苷酸变异(Single nucleotide variants,SNVs)、插入或缺失(Insertion-deletion,Indels)和结构变异(Structure variants,SVs)。对MSTN编辑个体的肌肉组织和FGF5编辑个体的皮肤组织及未编辑个体的皮肤和肌肉组织进行全转录组测序,检测其在转录水平的变化;利用免疫荧光和Western Blot量化基因编辑羊p53蛋白的变化,分析CRISPR/Cas9系统在编辑过程中的潜在健康风险。主要结果如下:1、成功获得F1代基因编辑绒山羊。通过本交获得了MSTN和FGF5基因编辑陕北白绒山羊后代;利用Sanger测序检测F1代的基因型,除F1代#P59个体外,其他个体(#P6、#P97、#P8、#P9)均检测到了与父母代相同的编辑位点,证明经基因编辑的位点可传至下一代。2、家系重测序及变异检测。利用全基因组重测序技术对来自四个家系的11个个体进行测序,并基于全基因组SNVs检测亲缘关系,确保家系信息与繁育过程的亲缘关系记录一致。随后,经严格过滤获得了F1代新生SNV,并利用Sanger测序验证新生SNV准确性达到70%,且这些SNVs在基因组上均未出现在编辑位点附近;四个家系中(有两个是双胞胎)共检测到19个新生Indels(10个插入,9个缺失),平均每个后代3.8个;四个家系中共检测到4个拷贝数变异(2个复制,2个缺失),平均每个后代1.5个;这些均与正常家系每代的变异数目相同。3、基因编辑羊全基因组脱靶突变检测。利用Cas-OT和Cas-OFFinder软件预测MSTN和FGF5基因的4个sgRNA对应的脱靶位点,取交集后在4个sgRNA中分别获得340、483、470、442个预测的脱靶位点,编辑个体中新生SNV均未出现在预测的脱靶区域。表明编辑没有引起SNV相关的脱靶突变。4、F1代羊组织表达谱分析。MSTN编辑个体的肌肉组织与未编辑个体比较,共检测到43个差异表达基因,其中23个上调、20个下调,差异基因功能注释显示其主要与肌纤维发育相关;FGF5编辑个体皮肤组织和未编辑个体相比,共检测到140个差异基因,其中74个上调、66个下调,功能注释这些差异基因表明主要与皮肤、毛囊发育相关。5、F1代羊组织中p53蛋白表达量变化。p53表达量的变化可能与肿瘤形成有关,因此,本研究利用免疫荧光和Western blot技术检测MSTN编辑个体肌肉组织中p53基因表达的变化,结果表明编辑个体和未编辑个体间无显着差异。全转录组测序分析显示p53与细胞程序性凋亡相关基因的mRNA表达量在编辑个体和未编辑个体间无显着变化。表明CRISPR/Cas9技术在基因编辑的陕北白绒山羊中未引入潜在风险。综上所述,在基因编辑陕北白绒山羊基因组上未检测到双链断裂诱发的SNVs,同时F1的突变率几乎和正常家系;mRNA差异表达结果表明MSTN编辑个体的肌肉组织的差异基因主要与肌纤维发育相关,FGF5编辑个体的皮肤组织的差异基因主要与皮肤、毛囊发育相关;蛋白结果显示CRISPR/Cas9未诱导p53蛋白差异表达。本研究初步证明了基因编辑技术的可靠性,为CRISPR/Cas9技术在动物育种和生物医学中的应用提供了参考。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
核心家系论文参考文献
[1].澹会芳.食管癌核心家系患者临床病理特征及预后分析[D].郑州大学.2019
[2].李超.基于叁联体核心家系测序的F1代基因编辑绒山羊突变研究[D].西北农林科技大学.2019
[3].澹会芳,赵学科,高社干,韩文莉,鲍启德.食管癌核心家系患者临床病理特征及术后预后分析[J].郑州大学学报(医学版).2019
[4].李仕良,王洁,黄鹏,古贤君,黄美英.TGF-β基因启动子-509C/T位点多态性与桂西壮族IgA肾病核心家系的关联性及其铁皮石斛的治疗效果[J].南方医科大学学报.2018
[5].史素琴.LGR4基因多态性和单倍型与女性峰值骨密度及肥胖表型核心家系的关联分析[D].郑州大学.2018
[6].陈建山,周婷,关力杰,郝小玉,李烜.双相障碍Ⅰ型核心家系认知功能遗传度研究[J].中国神经精神疾病杂志.2018
[7].张梅虹,王慧君,张萍,龚敬宇,王建设.磷酸化酶激酶α亚单位新突变所致的糖原累积症Ⅸ型及核心家系研究[C].第十叁届江浙沪儿科学术会议暨2016年浙江省医学会儿科学学术年会论文汇编.2016
[8].赵菲.METTL21C基因SNP和单倍型与男性峰值骨密度及体成分变异的核心家系关联分析[D].山西医科大学.2016
[9].卢天兰,伍智镠,阮燕燕,贾美香,岳伟华.孤独症谱系障碍核心家系染色体核型分析研究[J].中国神经精神疾病杂志.2016
[10].曾光群,杨季云,张丁丁,陈蓉,李宁.脊髓性肌萎缩症2个核心家系SMN1基因分析[J].中国实用神经疾病杂志.2015
论文知识图
