基于转录组的大头金蝇密码子的偏好性分析

论文摘要

使用Codon W软件分析大头金蝇[Chrysomya megacephala(Fabricius,1794)]转录组10 923条全长转录序列的密码子偏好性。结果表明,大头金蝇转录组中的AT含量(61.81%)远大于GC含量(38.19%);PR2(parity rule 2,即密码子偏好性)绘图结果显示,密码子第3位碱基A的使用频率大于碱基T,碱基G的使用频率大于碱基C;中性绘图结果显示,该序列密码子的使用更多地受到选择压力的影响;有效密码子数(effective number of codons,简称ENC)在25.17～61.00个之间,均值为43.16个;密码子适应指数(codon adaptation index,简称CAI)在0.099～0.554之间,均值为0.215 8。结果共筛选出29个同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,简称RSCU)>1的密码子和28个最优密码子。

论文目录

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张玉波,周正湘,吴小玉,张斌

关键词: 大头金蝇,转录组,密码子偏好性,同义密码子

来源: 江苏农业科学 2019年11期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学

单位: 安顺学院农学院,贵州省昆虫信息系统与资源开发利用重点实验室,内蒙古师范大学生命科学与技术学院

基金: 贵州省教育厅项目(编号:黔教合KY字[2014]271,黔教合人才团队字[2015]71),贵州省科技厅项目(编号:黔科合LH字[2014]7503),内蒙古高等学校科研重点项目(编号:NJZZ17041)

分类号: Q963

DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2019.11.016

页码: 78-81

总页数: 4

文件大小: 489K

下载量: 123

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