罗布麻转录组数据的注释和黄酮合成相关基因的挖掘

罗布麻转录组数据的注释和黄酮合成相关基因的挖掘

论文摘要

罗布麻具有生态价值、药用价值和工业价值,但是核酸数据较少,阻碍了罗布麻分子生物学研究。本试验基于罗布麻转录组数据注释挖掘罗布麻中黄酮类化合物合成相关基因,为功能基因的挖掘奠定基础。本研究基于罗布麻转录组数据,通过拼接和组装,对罗布麻转录组进行了功能注释、黄酮合成相关基因的挖掘、查尔酮异构酶的克隆和分析以及SSR预测。通过对罗布麻高通量测序数据进行拼接,共获得64 713条转录本,40 575条Unigene,平均长度720 bp,其中28 063条Unigene能被NR、GO、COG、Uniprot、PFAM和拟南芥蛋白数据库进行注释。注释表明,共有110条Unigene与罗布麻黄酮类化合物合成途径相关。本研究首次对罗布麻转录组进行了注释,鉴定出与黄酮类化合物生物合成有关的基因,为罗布麻的分子生物学研究提供了重要数据。

论文目录

  • 1 结果与分析
  •   1.1 转录组组装统计
  •   1.2 开放阅读框预测和统计
  •   1.3 Unigene功能注释
  •   1.4 罗布麻黄酮类化合物合成相关基因的鉴定
  •   1.5 查尔酮异构酶基因的同源序列比对与系统进化分析
  •   1.6 EST-SSR分析
  • 2 讨论
  • 3 材料与方法
  •   3.1 材料
  •   3.2 序列组装
  •   3.3 功能注释
  •   3.4 黄酮类化合物合成相关基因的挖掘
  •   3.5 查尔酮异构酶基因克隆及序列分析
  •   3.6 SSR预测
  • 作者贡献
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 马丹丹,周佳熠,马鹏举,孙会改,高飞,周宜君

    关键词: 罗布麻,转录组,功能注释,黄酮类化合物,查尔酮异构酶

    来源: 基因组学与应用生物学 2019年10期

    年度: 2019

    分类: 基础科学,医药卫生科技,农业科技

    专业: 农作物

    单位: 中央民族大学生命与环境科学学院

    基金: 国家自然科学基金项目(31370356,31670335),硕士研究生自主科研项目(182110)共同资助

    分类号: S563.7

    DOI: 10.13417/j.gab.038.004580

    页码: 4580-4587

    总页数: 8

    文件大小: 2896K

    下载量: 278

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