导读:本文包含了结合靶序列论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:因子,序列,嘌呤,羟基,转录,蛋白,李斯特。
结合靶序列论文文献综述
WANG,Y,ZHAO,Q,WAN,Q,X,孙涛[1]（2019）在《家蚕和斜纹夜蛾中P因子抑制蛋白可以结合dsx前体mRNA的靶序列》一文中研究指出家蚕性别决定基因(Bmdsx)在家蚕性别决定的最后一步中起到双开关基因的作用。西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室的学者研究发现,家蚕P因子抑制(PSI)蛋白能够发挥外显子沉默作用,与Bmdsx前体mRNA顺式作用元件CE1相互作用,促进Bmdsx的雄性特异性剪接。然而,BmPSI蛋白与Bmdsx前体m RNA相互作用的机制尚不清楚。电泳迁移率转移实验(EMSA)结果表明,BmPSI中4个KH_1基序都是结合的关键,尤其是前两个KH_1基序。通过EMSA、圆二色性(CD)光谱学和等温滴定量热法(ITC)实验,发现KH_1基序中的3个活性位点(I116、L127和IGGI)是结合所必需的。作者纯化了斜纹夜蛾的PSI同源蛋白(SlPSI),并验证了SlPSI与顺式作用元件CE1的结合。与BmPSI相比,I116和IGGI突变的SlPSI蛋白失去了与顺式作用元件CE1结合的能力。综上所述,PSI和dsx前体mRNA的结合在家蚕和斜纹夜蛾中是保守的,这些发现为鳞翅目昆虫的性别鉴定提供了线索。(本文来源于《广西蚕业》期刊2019年02期）
潘浪[2]（2017）在《DNA糖基化酶OGG1促进NF-κB结合其DNA靶序列的机制研究》一文中研究指出有氧呼吸的有机体时刻都在面临自身代谢产生的,或外界环境因子造成的活性氧(Reactive Oxygen Species,ROS)的侵袭。细胞内ROS水平超过清除酶系统处理能力的氧化状态被称为氧化应激(oxidative stress)。氧化应激会导致各种细胞内生物大分子(包括蛋白质、脂质及核酸)的氧化。ROS在DNA上造成的氧化性碱基的主要类型是8-羟基鸟嘌呤(8-oxoG)。8-羟基鸟嘌呤DNA糖基化酶1(OGG1)是特异性修复8-oxoG的修复蛋白,通过OGG1起始的碱基切除修复途径(OGG1-BER)将8-oxoG识别出来并更正为正确的碱基。为了研究8-oxoG在DNA中积累的效应和OGG1在病理生理过程中的作用,研究人员培育出Ogg1敲除(Ogg1-/-)的小鼠。出乎意料的是,基因组上异常过量的8-oxoG并不影响胚胎发育或小鼠的寿命;而且,Ogg1-/-的小鼠对炎症没有明显的反应,表现为细胞内促炎因子的表达降低和炎症细胞浸润不足。由于OGG1的功能受到影响时,促炎基因的表达降低,因此我们假设:氧化应激时,OGG1结合到到转录因子识别位点内或邻近部位的8-oxoG时,能够调节转录因子的结合和基因的表达。基因启动子区域的损伤碱基,尤其通过氧化反应产生的损伤碱基,能够改变DNA-蛋白质之间的相互作用,从而调节基因表达的效应。我们认为这种损伤本身,以及DNA损伤修复的过程,能够影响基因表达的模式;研究这一过程所涉及的分子机制有助于我们清楚理解DNA损伤修复和转录调节之间的关系。在本研究中,我们用细胞因子(TNFα)处理细胞以模拟氧化应激的状态,结合siRNA介导的基因沉默、染色质免疫沉淀(ChIP)和ChIP-偶联的测序(ChIP-seq)、双报告实验、蛋白质免疫印迹、RT-qPCR和凝胶迁移实验(EMSA)等实验技术探讨基因的启动子区8-oxoG损伤碱基的存在对于转录的影响,以及OGG1修复蛋白参与转录调节的作用机制。本研究的结果表明:(1)氧化应激时,OGG1修复蛋白能够迅速识别染色质中启动子区域的氧化损伤底物,随后招募转录因子募集到结合的保守区域,这不仅有效促进了转录因子的大量结合,同时在时间上大大缩短了转录因子识别染色质中的保守序列所需要的时间,为氧化应激状态下特异性基因的及时表达提供良好的先决条件;(2)OGG1修复蛋白还能够影响NF-κB调节的基因启动子活性,从而直接调节基因的转录水平;(3)活性氧不仅氧化攻击DNA,产生氧化性损伤碱基,蛋白质也会被氧化修饰,OGG1蛋白的半胱氨酸被氧化导致碱基切除活性受到抑制,基因组的完整性为转录的发生提供可能;(4)损伤碱基的存在和DNA修复酶能够特异性地调节基因表达,在一定时间和空间内,DNA损伤和转录调控具有相互促进的作用;(5)通过以上分子机制的作用,OGG1修复蛋白在NF-κB起始的转录调控过程中产生的分子效应是促进基因的表达。我们的研究揭示出DNA损伤修复酶OGG1转录活化的新机制,即OGG1识别启动子区氧化损伤的产物8-oxoG时能够促进并加速NF-κB与DNA的结合,从而有助于基因的表达;机体的组织、细胞在遭受病原物、环境因子的侵袭时ROS迅速升高,先天性免疫反应所需要的促炎细胞因子、趋化因子的表达高度依赖ROS信号,而这类基因的启动子都是高GC含量的,并含有多个NF-κB结合位点,有机体的氧化损伤应答是一种非常重要的先天免疫防御机制,我们的研究表明传统观念上的DNA损伤在特定的时间和空间内具有重要的转录应答功能;氧化应激条件下,OGG1识别损伤的机制可能成为限定NF-κB转录调节的特异性前提条件。(本文来源于《东北师范大学》期刊2017-06-01）
殷倩[3]（2016）在《IRS-2、CDKN1A基因微小RNA靶序列结合区单核苷酸多态性与多囊卵巢综合征的相关性研究》一文中研究指出多囊卵巢综合征(PCOS)是一种常见的以月经紊乱、持续性排卵障碍和卵巢多囊样改变为主要临床特征,常合并高雄激素血症(HA)和胰岛素抵抗(IR)及代偿性的高胰岛素血症(HI)的生殖功能障碍与代谢异常并存的内分泌代谢紊乱综合症。PCOS属于生殖系统和内分泌代谢性疾病,越来越多的研究表明PCOS是一种累及全身、危害女性终生健康的基因与环境共同作用的遗传相关性疾病。目前有关PCOS病因和发病机理的研究有诸多报道,但其病因和确切发病机制仍不十分清楚。PCOS发病常常表现为家族聚集性,诸多学者认为遗传因素在PCOS病因学方面起重要作用;但近年PCOS相关遗传候选基因研究仍无突破性进展。目前普遍认为PCOS是遗传基因与环境因素相互作用的结果,近年的研究关注点在表观遗传学方面领域,研究的方法集中在DNA甲基化方面。随着分子生物技术的发展,尤其是生物信息学的广泛应用,研究的关注点开始转向非编码微小RNA(miRNA)与PCOS发生发展中的关系,已有研究表明miRNA在PCOS发生过程中参与调控作用。miRNA是一种微小片段非编码RNA,主要通过与靶信使RNA(mRNA)的3’UTR区域特异性结合,在靶目标mRNA的降解、翻译抑制和脱腺苷化等转录后水平调控细胞基因的转录及表达,进而参与了生命或疾病的发生过程。尽管其不参与基因的编码,但是通过与靶RNA结合来降低其稳定性或下调它们的转录,进而参与到细胞生长、分化发育、凋亡等生物学过程中。而miRNA与其靶基因结合区域单核苷酸多态性(SNPs)与多种疾病易感性密切相关。胰岛素抵抗是PCOS的基本病理生理特征之一,研究认为IRS-2基因多态在胰岛素抵抗中扮演了重要作用,PCOS患者卵泡液中miR-135a表达上调,而潜在的miRNA目标基因IRS-2的表达下调。PCOS发生的另一个重要机制是卵巢局部微环境的改变,研究发现,miR-93以及其靶基因CDKN1A共同调节PCOS卵巢颗粒细胞的生理功能通过调节卵巢局部细胞因子,参与多囊卵巢的形成。目前,关于miRNA下游靶基因胰岛素受体底物2基因(IRS2)和周期蛋白依赖激酶抑制因子1A基因(CDKN1A/P21)结合区域SNPs与PCOS病变在人群中的关联研究报道暂时未见。基于传统的分子遗传学原理,结合表观遗传学的研究手段,本研究根据现有的相关基因的研究成果,从生物医学文献数据库筛选,采用生物信息学方法分析和预测PCOS相关的mi RNA靶结合区域内的单核苷酸多态性位点,运用先进的高通量基因测序技术进行测序,比较分析所研究对象的单核苷酸多态性位点、基因型等差异,探讨IRS2、CDKN1A基因3’UTR区域特异性结合单核苷酸多态性与PCOS相关病变的高度异质性、家族聚集现象之间的相关性,为进一步阐明pcos的发病机制、预测其发生风险,以及为pcos的临床早期防治、诊断和病情评估及预后判断提供新的参考依据。本研究采用病例-对照研究方法,通过临床上收集pcos患者及对照组的临床信息资料及外周血样本,描述临床上的基本特征及生活习惯,分析临床特征与基因多态性、基因型的关系。研究目的1.通过收集pcos患者和对照组临床基本信息以及辅助检查的数据资料,描述和分析pcos在人群当中的临床基本特征。2.通过筛选irs2、cdkn1a基因的mirnas靶结合区域内的单核苷酸多态性位点,探讨遗传多态性位点、基因型与pcos病变的相关性,从分子水平发现pcos的易感因素及潜在的危险因素。3.利用生物信息学方法,从表观遗传学角度分析基因-基因以及基因-环境之间的联合作用,阐明基因-基因以及基因-环境之间的相互作用,探讨单核苷酸多态性与pcos临床特征、异质性和家族聚集现象的关系。研究方法1.采用病例对照研究设计,选取2014年08月—2015年10月在广东省计划生育专科医院门诊就诊及住院的共188例pcos患者及对照组为研究对象,部分收集5mledta抗凝血,抽提全基因组dna,进行snps基因型检测。2.运用问卷调查方法收集调查对象基本信息及相关暴露因素。填写调查问卷,对其一般特征及临床资料进行回顾性分层对照分析,采用elisa法检测生殖相关激素,并计算卵泡刺激素/黄体生成素(fsh/lh)比值;测定空腹胰岛素(fins)及空腹血糖(fpg)值,并计算homa-ir指数;测定抗苗勒管激素;并予以阴道b超等辅助检查。3.运用spss13.0软件比较分析mir-135a、mir-93靶基因irs-2、cdkn1a结合区单核苷酸多态性与pcos及其临床特征相关性。研究结果1.临床资料回顾性分析1)pcos患者的bmi、基础lh、基础t、amh、homa-ir显着高与对照组(p<0.05)。2)高雄激素血症组fins水平显着高于非高雄激素血症组(p<0.05);hi组bmi、prl、fins显着高于非hi组(p<0.05);肥胖组homa-ir水平显着高于非肥胖组,差异有统计学意义(p<0.05);月经稀发组amh、homa-ir显着高于月经正常组,差异有统计学意义(p<0.05)。2.共筛选了miRNA相关的2个靶基因7个单核苷酸多态性位点,其中IRS2基因两个位点:rs2289046和rs1865434;CDKN1A基因5个位点:rs1059234、rs3176366、rs3176337、rs3176359和rs74801436。对照组中的基因型rs2289046、rs1865434、rs1059234、rs3176337分布符合哈温平衡。另外3个单核苷酸多态性位点在本样本群体中不是多态的。3.IRS2基因2个单核苷酸多态性位点与CDKN1A基因2个单核苷酸多态性位点的叁种基因型和两种等位基因频率分布在PCOS组和对照组以及PCOS组内的分层比较中的差异无统计学意义(P>0.05)。研究结论1.PCOS患者临床特征多样化,符合PCOS临床诊断标准,表现异质性;胰岛素抵抗的发生与月经稀发和肥胖有关。2.暂未发现筛选的IRS2基因、CDKN1A基因miRNA靶结合区域的单核苷酸多态性位点与PCOS病变的遗传易感性具有显着相关性;调整年龄、BMI、FINS等因素后,两组之间仍未见显着相关性。(本文来源于《暨南大学》期刊2016-04-01）
刘忠梅,曾繁华,罗佳,徐义刚,曲敏[4]（2015）在《靶序列富集多重PCR结合DHPLC同时检测5种食源性致病菌》一文中研究指出目的建立同时检测沙门氏菌、单核细胞增生李斯特氏菌、大肠埃希氏菌O157、金黄色葡萄球菌和志贺氏菌5种食源性致病菌的简便、灵敏的高通量方法。方法根据GenBank公布的5种致病菌的特异性靶基因序列,设计5对特异性引物,与通用引物连接构成复合引物。经过反应条件的优化,建立了5种致病菌的靶序列富集多重PCR(target enriched multiplex PCR,Tem-PCR)扩增方法,扩增产物采用变性高效液相色谱(denaturing high-performance liquid chromatography,DHPLC)技术进行检测。结果采用Tem-PCR-DHPLC方法,检测48株试验菌株,未发现非特异性结果。对5种致病菌检测灵敏度,除金黄色葡萄球菌为620 cfu/mL外,其余都小于100 cfu/mL。对4种样品的检测结果与国家标准方法相符合。结论 Tem-PCR-DHPLC检测方法,相比传统多重PCR方法,能有效地解决引物扩增效率不均衡的问题,不需优化引物浓度,方法特异性强,灵敏度高,具有较好的实用性。(本文来源于《食品安全质量检测学报》期刊2015年06期）
仇润祥,刘丽,朱兴国,唐国敏[5]（2002）在《黑曲霉T21 glaA 5’上游调控区的两个蛋白结合因子及其靶序列》一文中研究指出采用凝胶阻滞法从糖化酶高产株黑曲霉(Aspergillus niger)T21部分纯化的蛋白提取液中检测到与糖化酶基因(glaA)5＇cis调控区特异结合的两个蛋白因子,其一的靶DNA定位在glaA翻译起始点(ATG)上游-580～-509及-318～-254bp两个区域,另一蛋白因子的靶DNA定位在-809～-580区域.-580～-509序列含有“TATA”的重复结构,-318～-254序列富含“GC”以及-809～-580序列含有CCAAT的特点暗示此3片段及其所结合的蛋白因子在A.niger T21 glaA的表达调控中可能有重要作用.(本文来源于《自然科学进展》期刊2002年01期）
结合靶序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
有氧呼吸的有机体时刻都在面临自身代谢产生的,或外界环境因子造成的活性氧(Reactive Oxygen Species,ROS)的侵袭。细胞内ROS水平超过清除酶系统处理能力的氧化状态被称为氧化应激(oxidative stress)。氧化应激会导致各种细胞内生物大分子(包括蛋白质、脂质及核酸)的氧化。ROS在DNA上造成的氧化性碱基的主要类型是8-羟基鸟嘌呤(8-oxoG)。8-羟基鸟嘌呤DNA糖基化酶1(OGG1)是特异性修复8-oxoG的修复蛋白,通过OGG1起始的碱基切除修复途径(OGG1-BER)将8-oxoG识别出来并更正为正确的碱基。为了研究8-oxoG在DNA中积累的效应和OGG1在病理生理过程中的作用,研究人员培育出Ogg1敲除(Ogg1-/-)的小鼠。出乎意料的是,基因组上异常过量的8-oxoG并不影响胚胎发育或小鼠的寿命;而且,Ogg1-/-的小鼠对炎症没有明显的反应,表现为细胞内促炎因子的表达降低和炎症细胞浸润不足。由于OGG1的功能受到影响时,促炎基因的表达降低,因此我们假设:氧化应激时,OGG1结合到到转录因子识别位点内或邻近部位的8-oxoG时,能够调节转录因子的结合和基因的表达。基因启动子区域的损伤碱基,尤其通过氧化反应产生的损伤碱基,能够改变DNA-蛋白质之间的相互作用,从而调节基因表达的效应。我们认为这种损伤本身,以及DNA损伤修复的过程,能够影响基因表达的模式;研究这一过程所涉及的分子机制有助于我们清楚理解DNA损伤修复和转录调节之间的关系。在本研究中,我们用细胞因子(TNFα)处理细胞以模拟氧化应激的状态,结合siRNA介导的基因沉默、染色质免疫沉淀(ChIP)和ChIP-偶联的测序(ChIP-seq)、双报告实验、蛋白质免疫印迹、RT-qPCR和凝胶迁移实验(EMSA)等实验技术探讨基因的启动子区8-oxoG损伤碱基的存在对于转录的影响,以及OGG1修复蛋白参与转录调节的作用机制。本研究的结果表明:(1)氧化应激时,OGG1修复蛋白能够迅速识别染色质中启动子区域的氧化损伤底物,随后招募转录因子募集到结合的保守区域,这不仅有效促进了转录因子的大量结合,同时在时间上大大缩短了转录因子识别染色质中的保守序列所需要的时间,为氧化应激状态下特异性基因的及时表达提供良好的先决条件;(2)OGG1修复蛋白还能够影响NF-κB调节的基因启动子活性,从而直接调节基因的转录水平;(3)活性氧不仅氧化攻击DNA,产生氧化性损伤碱基,蛋白质也会被氧化修饰,OGG1蛋白的半胱氨酸被氧化导致碱基切除活性受到抑制,基因组的完整性为转录的发生提供可能;(4)损伤碱基的存在和DNA修复酶能够特异性地调节基因表达,在一定时间和空间内,DNA损伤和转录调控具有相互促进的作用;(5)通过以上分子机制的作用,OGG1修复蛋白在NF-κB起始的转录调控过程中产生的分子效应是促进基因的表达。我们的研究揭示出DNA损伤修复酶OGG1转录活化的新机制,即OGG1识别启动子区氧化损伤的产物8-oxoG时能够促进并加速NF-κB与DNA的结合,从而有助于基因的表达;机体的组织、细胞在遭受病原物、环境因子的侵袭时ROS迅速升高,先天性免疫反应所需要的促炎细胞因子、趋化因子的表达高度依赖ROS信号,而这类基因的启动子都是高GC含量的,并含有多个NF-κB结合位点,有机体的氧化损伤应答是一种非常重要的先天免疫防御机制,我们的研究表明传统观念上的DNA损伤在特定的时间和空间内具有重要的转录应答功能;氧化应激条件下,OGG1识别损伤的机制可能成为限定NF-κB转录调节的特异性前提条件。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
结合靶序列论文参考文献
[1].WANG,Y,ZHAO,Q,WAN,Q,X,孙涛.家蚕和斜纹夜蛾中P因子抑制蛋白可以结合dsx前体mRNA的靶序列[J].广西蚕业.2019
[2].潘浪.DNA糖基化酶OGG1促进NF-κB结合其DNA靶序列的机制研究[D].东北师范大学.2017
[3].殷倩.IRS-2、CDKN1A基因微小RNA靶序列结合区单核苷酸多态性与多囊卵巢综合征的相关性研究[D].暨南大学.2016
[4].刘忠梅,曾繁华,罗佳,徐义刚,曲敏.靶序列富集多重PCR结合DHPLC同时检测5种食源性致病菌[J].食品安全质量检测学报.2015
[5].仇润祥,刘丽,朱兴国,唐国敏.黑曲霉T21glaA5’上游调控区的两个蛋白结合因子及其靶序列[J].自然科学进展.2002
论文知识图
