导读:本文包含了开放阅读框论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:肝炎,基因,地中海,蛋白,抑制,半胱氨酸,病毒。
开放阅读框论文文献综述
丁小林,李天驹,雷青松,秦波[1]（2019）在《乙肝病毒开放阅读框C对促炎因子的影响及其调控机制的研究》一文中研究指出目的:乙肝病毒(HBV)的开放阅读框C(ORFC)同时编码乙肝e抗原(HBeAg)和乙肝核心抗原(HBcAg),已知HBeAg能抑制细菌脂多糖(LPS)诱导的促炎因子白细胞介素1β(IL-1β)的表达,但ORFC整体及其编码的HBcAg的作用还没有被报道。故本实验的目的:是探索ORFC及HBcAg对IL-1β的影响及其可能的调节机制。方法:本实验分别构建能同时表达HBeAg和HBcAg的ORFC重组质粒和仅表达HBcAg的Core重组质粒,并将其导入HepG2细胞后用LPS刺激,采用Westernblot、ELISA、免疫荧光等试验技术评估ORFC和HBcAg对IL-1β的影响及其调控机制。结果:结果:显示Core基因编码的HBcAg能上调LPS诱导的IL-1β及其前体(pro-IL-1β)的表达和激活核转录因子κB(NF-κB)的磷酸,但ORFC基因片段则无此效应。结论:HBcAg可能通过活化NF-κB来上调促炎因子的表达,这可能是HBV感染后肝脏发生炎症的机制之一。(本文来源于《第二十八次全国中西医结合肝病学术会议暨2019年全国中西医结合肝病研究进展继续教育学习班论文汇编》期刊2019-09-20）
张虎,杜欣娜,凌存宝,陈根林,孙海燕[2]（2019）在《基于多组学高通量数据分析乳腺癌中8号染色体开放阅读框33的表达和预后》一文中研究指出目的揭示乳腺癌组织中8号染色体开放阅读框(C8orf)33基因的表达及预后意义。方法利用cBioPortal门户网站分析C8orf33基因突变、拷贝数变化、mRNA水平变化、mRNA差异表达与预后关系,基因拷贝数畸变通过Oncomine分析乳腺癌组织与正常组织中C8orf33表达差异;利用多组学数据分析门户网站LinkedOmics分析浸润性乳腺癌组织中C8orf33基因表达与临床指标相关性及基因拷贝数畸变、甲基化水平与C8orf33表达的相关性。结果 cBioPortal分析结果显示,38%(417/1093)乳腺癌患者发生了C8orf33基因改变,包括基因扩增、缺失、错义突变和mRNA水平改变,其中C8orf33 mRNA水平上调占比34%,且C8orf33高表达不利于患者预后(P<0.01)。Oncomine结果显示乳腺癌组织中C8orf33表达显着高于正常乳腺组织(P<0.01);LinkedOmics结果显示浸润性乳腺癌患者中C8orf33表达水平分别受PAM50分子分型、组织学分型、肿瘤纯度和种族影响(均P<0.01);C8orf33 mRNA水平与其基因拷贝数畸变呈正相关(r=0.800,P<0.001),与其DNA甲基化水平呈负相关(r=-0.109,P<0.01)。结论乳腺癌中C8orf33基因拷贝数增加和低甲基化促进其高表达,C8orf33高表达不利于乳腺癌预后,可作为乳腺癌预后的候选标志物。(本文来源于《中国老年学杂志》期刊2019年11期）
褚衍凯,靳艳飞,邢天宇,马广伟,崔婷婷[3]（2018）在《鸡PPARγ基因转录本3上游开放阅读框转录后的调控作用》一文中研究指出过氧化物酶体增殖物激活受体γ(peroxisome proliferator-activated receptor gamma,PPARγ)是脂肪生成的关键调控因子。本实验室前期研究发现,与人和鼠等哺乳动物PPARγ基因的转录本不同,鸡PPARγ基因的多个转录本5′UTR区存在上游开放阅读框(upstream open reading frames,u ORFs)。为了揭示该u ORF转录后的调控作用,本研究构建了鸡PPARγ基因转录本3(c PPARγ3)野生型5′UTR报告基因载体psi CHECK2-c PPARγ3-5′UTR-WT和u ORF突变(u ATG突变为终止密码子TGA)的5′UTR报告基因载体psi CHECK2-c PPARγ3-5′UTR-Mut。将这两个报告基因载体分别转染永生化鸡前脂肪细胞(immortalized chicken pre-adipocytes,ICPA)和鸡胚成纤维细胞DF1,检测海肾荧光素酶报告基因h Rluc活性及其m RNA表达。荧光素酶报告基因检测结果显示,在ICPA细胞中,psi CHECK2-c PPARγ3-5′UTR-Mut的h Rluc报告基因活性极显着高于psi CHECK2-c PPARγ3-5′UTR-WT(P<0.01);在DF1细胞中,psi CHECK2-c PPARγ3-5′UTR-Mut的h Rluc报告基因活性高于psi CHECK2-c PPARγ3-5′UTR-WT,但差异不显着(P>0.05)。q RT-PCR检测h Rluc基因m RNA表达结果显示,与psi CHECK2-c PPARγ3-5′UTR-WT相比,在ICPA细胞中,psi CHECK2-c PPARγ3-5′UTR-Mut转染细胞的h Rluc基因的m RNA表达水平极显着降低(P<0.01);在DF1细胞中,psi CHECK2-c PPARγ3-5′UTR-Mut转染细胞后,h Rluc基因的m RNA表达水平也降低,但差异不显着(P>0.05)。为进一步分析该u ORF对鸡c PPARγ3的转录后调控作用,本研究又分别构建了野生型c PPARγ3真核表达载体pc DNA3.1-c PPARγ3-WT和u ORF突变的c PPARγ3真核表达载体pc DNA3.1-c PPARγ3-Mut。q RT-PCR检测c PPARγ3的m RNA表达水平,结果显示,在这两种细胞中,pc DNA3.1-c PPARγ3-Mut转染细胞的c PPARγ3 m RNA表达水平均显着低于pc DNA3.1-c PPARγ3-WT转染细胞(P<0.05),但Western blot结果显示,pc DNA3.1-c PPARγ3-Mut转染细胞的PPARγ蛋白表达水平极显著高于pc DNA3.1-c PPARγ3-WT转染细胞(P<0.01)。这些研究结果表明,5′UTR区的u ORF抑制鸡c PPARγ3的翻译。(本文来源于《遗传》期刊2018年08期）
张天昊[4]（2018）在《大蒜X病毒开放阅读框6编码p15蛋白的功能研究》一文中研究指出大蒜属于百合科(Lilicacene)葱属植物(Alliums)。自然情况下大蒜为多种病毒复合侵染,主要包括马铃薯Y病毒属病毒,麝香石竹潜隐病毒属病毒和青葱X病毒属病毒。大蒜X病毒(Garlic virus X,GarVX)是导致大蒜病毒病害的重要病原之一,隶属葱X病毒属(Allexivirus)。Gar VX是单链正义RNA病毒,由8106个核苷酸组成,除去3’末端poly(A)结构外,具有六个开放阅读框(Open Reading Frame,ORF),其中ORF6编码的15kDa(p15)蛋白推测为一个半胱氨酸富集蛋白(cysteine-rich proteins,CRPs)。据报道称,植物病毒编码的CRPs蛋白多为病毒致病的决定因子,同时许多病毒的CRPs具有沉默抑制作用,但p15具体功能未知。本研究中,我们以GarVX ORF6编码的p15蛋白为研究对象。构建p15蛋白的绿色荧光表达载体,通过共聚焦显微镜观察显示p15蛋白定位在细胞外周、细胞核和核仁中。马铃薯X病毒(Potato virus X,PVX)介导p15蛋白过量表达(PVX-p15)与PVX-GFP对比能引起本氏烟矮化,叶片畸形并导致PVX的积聚增加,表明p15为PVX-p15的病毒致病因子。此外,使用农杆菌浸润16c烟草表达和芜菁皱纹病毒(TCV)运动互补测定,证明p15具有弱RNA沉默抑制活性。核定位信号(Nuclear localization sequence,NLS)缺失突变体(p15m)不在细胞核内的积累,其PVX-p15m的致病能力减弱,但是沉默抑制作用没有消失。综上所述,本实验对GarVX p15的功能进行了初步验证,明确了P15能定位到细胞核和核仁中,PVX过量表达p15实验表明p15为PVX-p15的病毒致病因子,同时p15具有沉默抑制子功能,且其核定位突变体与p15的致病性有关,但不影响其抑制子功能。对GarVX p15的功能研究有助于了解该属病毒的致病机制。(本文来源于《沈阳农业大学》期刊2018-06-01）
叶宇华,张倩倩,钟建美,黎倚红,张立[5]（2017）在《人类珠蛋白相关基因上游开放阅读框的变异分析》一文中研究指出β-地中海贫血症是一种珠蛋白生成障碍的常染色体隐性遗传病。而γ珠蛋白基因的开放表达和胎儿血红蛋白的合成,是缓解β地中海贫血病人临床表型的一个重要因素。本研究针对202个血红蛋白相关调控基因或mi RNA,对1802个β-地中海贫血症患者进行了目标区域捕获测序。通过生物信息学的分析,检测出了所有捕获区域内的突变。进一步对位于5′端非编码区(5′untranslated region,5′UTR)的突变进行系统扫描,共计寻找到41个影响u ORF(upstream open reading frame,u ORF)有或无的功能性突变。从中选取了CHTOP基因(chr1:153606541 C>T)和TGFB1基因(chr19:41859418 G>A)的两个突变,通过定点诱变和双荧光素酶报告实验,在体外证实这两个突变均可显着地改变下游基因的表达。该研究结果为β-地中海贫血症临床表型的精确诊断提供了潜在的筛查靶点。(本文来源于《遗传》期刊2017年03期）
蒋爽,骆军,孙永旺,蔡丹英,滕元文[6]（2016）在《梨Ty1-copia类反转录转座子GAG开放阅读框预测和光响应下的表达分析》一文中研究指出基于生物信息学方法,对‘砀山酥梨’基因组中Ty1-copia类型的GAG开放阅读框进行预测,共获得315条GAG序列。通过系统聚类,梨基因组中GAG序列可分为7个支系,第一和第叁支系成员较多且保守性高。序列比对结果显示,不同支系GAG序列具有较高的异质性。在‘美人酥’梨的套袋和摘袋后的果皮中发现了34个gag成员,其中有6个(Ppgag16、Ppgag19、Ppgag23、Ppgag27、Ppgag29和Ppgag30)为高丰度表达成员。遮光条件下,‘美人酥’果皮中有部分gag成员发生表达,说明copia类反转座子不仅仅受光照影响发生表达。在摘袋后,‘美人酥’果皮中有2个成员(Ppgag5和Ppgag23)发生明显上调表达,说明梨中部分反转录转座子的转录受到光照的调控。(本文来源于《园艺学报》期刊2016年08期）
曾航,王玲[7]（2015）在《戊型肝炎病毒开放阅读框3分子生物学特性及其功能研究进展》一文中研究指出戊型肝炎(hepatitis E,HE)是由戊型肝炎病毒(hepatitis E Virus,HEV)引起的病毒性肝炎,多发生在卫生条件较差的地域,主要经粪-口途径传播,以水源性、食源性传播较为多见[1]。目前根据核苷酸同源性分析,HEV至少存在4个基因型,分别为基因1~4型[2]。研究显示,基因1型和2型HEV只感染人,与发展中国家戊型肝炎大的暴发或流行有关,主要由于水源污染导致;基(本文来源于《中国病毒病杂志》期刊2015年03期）
郭莳雨,史巧芸,贾晓晓,朱华培,赵天靖[8]（2015）在《基因Ⅳ型戊型肝炎病毒开放阅读框3表达的蛋白(pORF3)对L02细胞基质金属蛋白酶(MMP)表达的影响》一文中研究指出为了探讨基因Ⅳ型戊型肝炎病毒开放阅读框3(ORF3)表达的蛋白(pORF3)影响靶细胞基质金属蛋白酶(MMP)表达的分子机制,试验运用蛋白芯片技术对比分析了稳定表达pEGFP-ORF3和pEGFP的L02细胞中基质金属蛋白酶表达谱,筛选出表达水平上调/下调的基质金属蛋白酶。结果表明,在稳定表达pEGFP-ORF3的L02细胞中,TIMP-1、TIMP-2和TIMP-4表达水平均降低。本试验结果为戊型肝炎病毒pORF3对L02细胞中基质金属蛋白酶相关蛋白表达影响的分子机制研究提供了理论依据。(本文来源于《中国畜牧兽医》期刊2015年04期）
梁一丹[9]（2015）在《应用双荧光素酶报告载体研究上游开放阅读框的突变对靶基因的影响》一文中研究指出研究背景与目的在真核生物体内,以DNA作为模板合成RNA的过程称为转录。绝大多数细胞体内的RNA主要包括叁大部分：信使RNA (messenger RNA, mRNA)作为翻译的模板,指导蛋白质的生物合成；核糖体RNA(ribosomeal RNA, rRNA),与核糖体蛋白一起形成核糖体在mRNA上进行扫描,成为蛋白质翻译的场所；转运RNA (transfer RNA, tRNA),作为适配器根据mRNA上密码子携带相应的氨基酸进入到核糖体内参与多肽链的组装。此外,还有一些核小RNA(sn RNA)和微小RNA(mi RNA)分别与mRNA的剪切和基因表达调控有关。可见,mRNA在蛋白质生物合成中占据着举足轻重的地位。基因的表达是一个十分复杂过程,一个基因能否表达以及表达量的高低,在很大程度上受到多个层次、多方面水平调控,从DNA的复制,RNA的转录,mRNA的剪接加工,蛋白质的翻译,到翻译后的修饰等均可参与基因的表达调控。其中,转录后的调控机制是研究较为透彻的。刚转录出来的前体mRNA (precursor mRNA)必须完成加工剪接后才能成为成熟mRNA (Mature mRNA)并作为模板指导蛋白质生物合成。在真核细胞中,一个成熟的mRNA包括5’端的7-甲基鸟嘌呤的帽结构,5’端的非翻译区(5'untranslated region,5'UTR),编码蛋白质的翻译序列,3’端的非翻译区(3'untranslated region,,3'UTR)和PolyA尾。作为成熟mRNA的一部分,在5’UTR内存在着一些可以影响下游蛋白编码区—主要开放阅读框(main open reading frame, mORF)翻译的顺式作用元件,例如某些较长的5'UTR序列可能会形成妨碍核糖体在mRNA上扫描的二级结构、与不依赖帽结构(Cap-independent translation initiation)参与翻译相关的内部核糖体进入位点(internal ribosome entry sites, IRESs),发夹结构,某些蛋白结合位点以及上游开放阅读框(upstream open reading frame, uORF)。到目前为止,作为翻译调控元件的uORFs的研究是最为广泛,据文献报道,uORF普遍存在哺乳动物的转录本中,大约49%的人类基因和44%的小鼠基因转录本的5’UTR中至少包含有一个uORF。研究表明,uORF可以通过多种调控机制减低对下游基因翻译起始的效率或是引发mRNA的降解来对蛋白表达产生抑制作用。这些调控机制主要涉及到uORF的长度、个数、序列在物种间的保守性、与5’末端帽结构相对位置、与下游编码序列的距离以及uAUG周围的序列文本。研究还表明,uORFs序列上位点的多态性会影响基因的表达,这可能会与人类疾病表型存在一定的相关性。例如凝血因子Ⅻ,该基因的uORF上存在一个等位基因的C/T的多态性位点,其中含有碱基T的那条等位基因的经体外实验验证蛋白表达降低了大约50%。这说明,自然发生在uORF上多态性似乎能够改变下游基因的表达。此外,已有的文献还报道,来自遗传与生物信息学的研究表明,某些人类疾病的发生与uORFs序列上突变有着密切关系,突变的发生可以导致uORFs的产生或消失,显着影响下游基因的表达。其中已报道的由多态性或突变产生uORFs导致人类疾病共有14种,反之,由多态性或突变致使uORFs消失的引起的人类疾病有2种,此外还包括其他一些间接的因素如uORFs编码的短肽、翻译起始因子的磷酸化等均可围绕uORFs对下游基因表达产生显着的影响。到目前为止,对于人类多种疾病的变化与uORF之间关系尚无系统性的研究,为此,在前期应用生物信息学的手段对几个现有的公共数据库中人类基因转录本上uORF进行研究,通过数据过滤、筛选、GO功能注释和Kozak序列特征的分析,以及ClinVar、TCGA、COSMIC叁个疾病数据库分析的基础上,在多形性胶质母细胞瘤、子宫内膜癌与头颈部鳞状细胞癌病人的突变基因中随机挑选出高度怀疑蛋白表达的改变与uORF密切相关的靶点基因,并进行实验验证。我们希望通过这项研究,让更多的研究者关注人类疾病与uORF的关系,有助于理解疾病的表型与基因型的关系,为研究疾病发生的机制提供新的思路,也为疾病的临床治疗提供新的方向。材料与方法1.在前期生物信息学数据分析的基础上的研究我们利用现有的refGene、Genebank等数据库计算并注释出所有经实验验证的基因的5’UTR的起始和终止坐标并提取其序列,经过一致性校对,筛选出两套数据集中完整性和一致性高的序列条目,然后扫描含有uORF的转录本及其对应的基因名。对遴选出来含有uORF的基因进行GO功能注释与富集,对翻译起始位点(translation initiation site, TIS)和1uAUG周围的序列进行Kozak文本序列分析。最后,通过对ClinVar、TCGA、COSMIC叁个疾病数据库分析随机挑选出GCSAM、PSTPIP1、HIS1H2BD、CEBPB、VAT1、 ERP29六个高度怀疑基因表达与uORF序列突变密切相关的靶点基因,并从蛋白表达与mRNA转录这两个方面来进行细胞功能实验。2.实验验证选择psiCHECKTM-2双荧光素酶报告载体作为细胞功能实验验证的载体,但是该载体只有一个多克隆插入位点位于3’末端,无法满足实验的要求,所以需对该载体进行改造,通过2步PCR法在5’端即海肾萤光素酶报告基因(hRluc)的前面,T7 Promoter之后制造一个多克隆插入位点。随后,以人类基因组DNA为模板扩增出靶点基因的5'UTR序列,在构建好的psiCHECKTM-2双荧光素酶报告载体的5’端多克隆位点的上以双酶切的方式插入,构建成野生型的质粒载体,再以野生型质粒载体为模板通过DpnI定点诱变的方法构建突变型载体。细胞功能实验方面,选择目前转染效率相对较高的HEK293T细胞系,采用脂质体瞬时转染的方式,分别将野生与突变的2种质粒转染进HEK293T细胞中。在Dual-Luciferase(?)报告基因检测系统上测定荧光值反应蛋白表达的情况,荧光定量PCR测定mRNA水平。结果相对于没有uORF的基因来说,含有uORF的基因对下游基因蛋白翻译的影响更显着,而随着uORF个数的增加,对下游蛋白翻译水平的影响亦出现迭加效应.根据这一点,在对ClinVar、TCGA、COSMIC叁个疾病数据库分析后,我们从过滤后TCGA数据库中,在肿瘤病人突变体中挑选了GCSAM, PSTPIP1、 HIS1H2BD、CEBPB、VAT1、ERP29六个靶点基因。其中,野生型的GCSAM, PSTPIP1、HIS1H2BD、VAT1、ERP29这5个靶点的5’UTR不含有uORF, 而野生型的CEBPB的5’UTR则只含有一个uORF,并进行实验验证。在载体的选择,采用psiCHECKTM-2双荧光素酶报告载体,同时根据实验需要,比对载体上的序列与四个靶点基因的5’UTR序列之后,在hRluc之前,T7Promoter之后成功增加了NdeI、AscI、AgeI、PacI、SalI、SadI六个酶切位点,通过双酶切的方式将四个靶点基因的5’UTR序列插入到该载体的5'端处构建野生型质粒DNA。 Dpnl定点诱变之后,GCSAM、PSTPIP1、HIS1H2BD、ERP29的5’UTR序列均产生了一个ATG的起始密码子,并与下游的终止密码子正好形成3的倍数,构成一个uORF。VAT1产生了一个终止密码子与上游起始密码子构成一个uORF。与此相反,突变之后,CEBPB的uORF起始密码子消失,结果也导致uORF的消失。将构建好的野生型与突变型的质粒载体分别转染到HEK293T细胞中,Dual-Luciferase(?)报告基因检测系统检测蛋白表达,结果发现突变后的GCSAM、PSTPIP1、HIS1H2BD由于产生了一个uORF,其蛋白表达的水平与突变之前相比下降了大约50%,尤其是PSTPIP1下降的幅度更为显着,大约为90%。VAT1、ERP29的突变型与野生型无显着性的差异。而CEBPB突变后蛋白表达的水平与野生型相比却升高了近50%。mRNA水平方面的变化,采用荧光定量PCR的方法检测,四个靶点基因的突变型与野生型相比,除了PSTPIP1稍微轻度下降之外,其他均无显着性改变。讨论本项研究的生物信息学数据表明,uORF广泛存在与人类基因的转录本,且是转录后调控基因表达的一种常见机制,但是uORF的突变与人类疾病相关性的报道却非常有限,本项研究分析疾病数据库中各种疾病病人大量的变异序列与uORF突变之间的潜在关系,在分别来自多形性胶质母细胞瘤、子宫内膜癌和头颈部鳞状细胞癌病人基因中挑选四个靶点基因进行验证。根据文献报道,GCSAM与人类淋巴瘤疾病的发生发展有关,它主要在GC B细胞和来源于GC B细胞的淋巴瘤细胞中表达,由于GCSAM基因表达的蛋白能够降低淋巴瘤细胞的迁移运动,所以与疾病的预后有着莫大关系。因此,许多的学者从信号通路、基因小鼠模型,转录因子的抑制作用等方面对其表达调控的各种机制做了深入了研究。PSTPIP1作为一种衔接蛋白,主要在造血干细胞的细胞骨架中表达,该基因与一些罕见的常染色体显性遗传的自身免疫性疾病相关,例如化脓性关节炎,无菌坏疽性脓皮病,RAPA综合症等,据文献报道,PSTPIP1作为一个负性调节因子抑制T-cell的激活,该基因的表达能够抑制几种与免疫细胞功能相关的转录因子的活性,它所编码的蛋白在C末端可以形成一个SH3结构域。该结构越对PSTPIPl的功能十分重要。因此该基因编码区碱基的突变是主要的研究热点。HIST1 H2BD是参与编码真核生物染色质(chromatin)上重要的组蛋白的基因之一,目前对于组蛋白家族成员基因的研究还比较少,而此类基因的表达调控更是少之又少,到目前为止,对HIST1H2BD表达的研究仅限于mRNAs 3'末端的多聚腺苷酸化。在生理条件下,CEBPB参与粒细胞,巨噬细胞,脂肪细胞,破骨细胞,成骨细胞,角化细胞,乳腺上皮细胞,肝细胞等多种类型细胞的增殖与分化,C/EBP转录因子还涉及到机体多种生理病理的调控进程,例如新陈代谢、炎症反应、疾病的恶性转化等。已有文献报道,CEBPB基因上uORF功能失活导致编码的截短亚类蛋白含量增加,与霍奇金淋巴瘤、间叶性大细胞淋巴瘤、侵袭性乳腺癌等恶性肿瘤有关。四个靶点基因除了CEBPB基因是明确已有文献报道对其的uORF介导的翻译调控做过深入研究之外,其他3个靶点基因的表达与人类疾病的关系均未牵涉到uORF介导的翻译调控,我们的实验结果却证实这3个靶点基因的5'UTR突变后所产生的uORF的确对下游基因表达产生显着的抑制作用。基于这一点,有必要对高通量测序数据中uORF变化进行更为详实的注释,便于发现可能导致或促进蛋白表达变化的新的基因组改变。除了uORF之外,在5'UTR内尚存在其他的一些作用元件,这些调控元件是否与uORF协同或拮抗的调控基因表达,还需要更进一步对现有数据的挖掘和更多的实验数据支持。对于VAT1与ERP29阴性结果的解释,可能存在以下几种原因：①并非所有的uORF都能产生阻遏作用,核糖体可以通过遗漏扫描或重新再起始的机制,重新引发翻译。②可能存在一些其他调控机制抵消uORF的阻遏作用。③并非所有含uORF序列特征的基因都存在uORF介导的调控机制,对于VAT1与ERP29突变后产生的uORF可能是一些没有功能的uORF。对于这些分析的合理性,都需要进一步对VTA1、 ERP29序列特征性进行深入研究。此外,希望通过这项研究为其他的研究人员在探索人类疾病与基因表达关系时提供一种新的研究思路,尝试着从这一方面去解释一些发病机制尚不明确的人类疾病。(本文来源于《南方医科大学》期刊2015-04-01）
叶宇华,梁一丹,胡玲玲,喻秋霞,李豪丽[10]（2014）在《基于RefGene和GenBank公共数据集的人类成熟mRNA上游开放阅读框的分析》一文中研究指出上游开放阅读框(uORF)是成熟mRYA的5′UTR中一种转录后调控元件,它能够调控下游主要开放阅读框(mORF)的翻译水平。过去的研究表明,发生于uORF区域的突变,特别是使得起始密码子,终止密码子产生或消失的突变,能够导致mORF翻译水平的显着变化,导致遗传病的发生。目前,还没有系统性的研究,对不同种类疾病的患者DNA测序发现的突变与uORF的状态相联系。这里,我们利用公共数据集:人类RNA GenBank数据和RefGene数据,对人类成熟mRNA的uORF做一个更新性的探索,包括GO的注释和序列特征分析。GO注释表明,含有uORF的基因在功能上通常富集于某些特定的亚集,如癌基因,神经组成,转录因子等。序列特征分析表明,uORF的存在是影响TIS选择的一个因素。一个对人类蛋白质组表达谱数据的二元分析提示,在人类多个组织中,含有一个或多个uORF的基因的表达水平显着低于不含有uORF的基因表达水平。并且,通过结合ClinVar,TCGA和COSMIC叁个数据库,我们共过滤了3,740,227个变异位点,最终筛选得到146个导致uORF改变并且最可能导致基因表达改变的突变。在这些突变所在的基因,有一部分是已知的癌基因或特定疾病的关键调控基因。但是,它们在5′UTR上发生的变异和相应基因的蛋白表达水平的关系,且并未见报道,我们选择了两个含有uORF的靶基因作为实验验证。通过荧光素酶报告载体的实验,我们发现,这两个基因上的5′UTR上导致uORF改变的突变能够对mORF的表达水平产生很大的影响。这些发现可以对已知的突变与疾病的联系提供新的角度。(本文来源于《广东省遗传学会第九届代表大会暨学术研讨会论文及摘要汇编》期刊2014-12-19）
开放阅读框论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的揭示乳腺癌组织中8号染色体开放阅读框(C8orf)33基因的表达及预后意义。方法利用cBioPortal门户网站分析C8orf33基因突变、拷贝数变化、mRNA水平变化、mRNA差异表达与预后关系,基因拷贝数畸变通过Oncomine分析乳腺癌组织与正常组织中C8orf33表达差异;利用多组学数据分析门户网站LinkedOmics分析浸润性乳腺癌组织中C8orf33基因表达与临床指标相关性及基因拷贝数畸变、甲基化水平与C8orf33表达的相关性。结果 cBioPortal分析结果显示,38%(417/1093)乳腺癌患者发生了C8orf33基因改变,包括基因扩增、缺失、错义突变和mRNA水平改变,其中C8orf33 mRNA水平上调占比34%,且C8orf33高表达不利于患者预后(P<0.01)。Oncomine结果显示乳腺癌组织中C8orf33表达显着高于正常乳腺组织(P<0.01);LinkedOmics结果显示浸润性乳腺癌患者中C8orf33表达水平分别受PAM50分子分型、组织学分型、肿瘤纯度和种族影响(均P<0.01);C8orf33 mRNA水平与其基因拷贝数畸变呈正相关(r=0.800,P<0.001),与其DNA甲基化水平呈负相关(r=-0.109,P<0.01)。结论乳腺癌中C8orf33基因拷贝数增加和低甲基化促进其高表达,C8orf33高表达不利于乳腺癌预后,可作为乳腺癌预后的候选标志物。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
开放阅读框论文参考文献
[1].丁小林,李天驹,雷青松,秦波.乙肝病毒开放阅读框C对促炎因子的影响及其调控机制的研究[C].第二十八次全国中西医结合肝病学术会议暨2019年全国中西医结合肝病研究进展继续教育学习班论文汇编.2019
[2].张虎,杜欣娜,凌存宝,陈根林,孙海燕.基于多组学高通量数据分析乳腺癌中8号染色体开放阅读框33的表达和预后[J].中国老年学杂志.2019
[3].褚衍凯,靳艳飞,邢天宇,马广伟,崔婷婷.鸡PPARγ基因转录本3上游开放阅读框转录后的调控作用[J].遗传.2018
[4].张天昊.大蒜X病毒开放阅读框6编码p15蛋白的功能研究[D].沈阳农业大学.2018
[5].叶宇华,张倩倩,钟建美,黎倚红,张立.人类珠蛋白相关基因上游开放阅读框的变异分析[J].遗传.2017
[6].蒋爽,骆军,孙永旺,蔡丹英,滕元文.梨Ty1-copia类反转录转座子GAG开放阅读框预测和光响应下的表达分析[J].园艺学报.2016
[7].曾航,王玲.戊型肝炎病毒开放阅读框3分子生物学特性及其功能研究进展[J].中国病毒病杂志.2015
[8].郭莳雨,史巧芸,贾晓晓,朱华培,赵天靖.基因Ⅳ型戊型肝炎病毒开放阅读框3表达的蛋白(pORF3)对L02细胞基质金属蛋白酶(MMP)表达的影响[J].中国畜牧兽医.2015
[9].梁一丹.应用双荧光素酶报告载体研究上游开放阅读框的突变对靶基因的影响[D].南方医科大学.2015
[10].叶宇华,梁一丹,胡玲玲,喻秋霞,李豪丽.基于RefGene和GenBank公共数据集的人类成熟mRNA上游开放阅读框的分析[C].广东省遗传学会第九届代表大会暨学术研讨会论文及摘要汇编.2014
论文知识图
