导读:本文包含了序列表达标签论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:东北虎,生长,表达序列标签(EST),单核苷酸多态性(SNP)
序列表达标签论文文献综述
李倩,杜海荣,元虹懿,张明海[1]（2018）在《基于冗余的序列检测东北虎表达序列标签数据多态性》一文中研究指出以本研究室103测序获得的EST序列(expressed sequence tags)和公共数据库(GenBank)中下载的共29 832条东北虎EST序列为分析内容,利用生物软件DNA star对序列进行拼接,得到3 301个重迭群(contigs),含有4条EST以上的187条contigs (拼接序列)中,共获得489个候选SNP位点,其中颠换型、转换型和单碱基的插入与缺失分别为269个,182个和148个。SNP的平均出现频率为5.2 SNP/contig。采用Quality SNP软件,在22个EST重迭群中检测到90个可信度高的与生长发育相关的SNP。其中包括转换型31个,颠换型26个和缺失型33个。对含有SNP的基因进行了GO注释。共获得了689个注释。KEGG通路分析表明共有357条contigs被注释到了Enzyme commission (EC)号,这些基因参与了68条代谢通路。对所鉴定的SNP进行注释表明,本研究所开发的SNP将促进东北虎生长性状的分子基础研究。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2018年10期）
胡根海,董娜[2]（2016）在《Genbank中陆地棉表达序列标签(EST)与基因组序列(GSS)的SNP特征》一文中研究指出陆地棉基因组精细定位需要更加丰富的分子标记,为了阐明单核苷酸多态性(SNP)标记资源开发利用的前景,对GenBank数据库中陆地棉表达序列标签(EST)和基因组序列(GSS)进行分析。下载GenBank数据库中公布的陆地棉EST序列及GSS序列,利用DNAStar软件进行迭连群构建及其候选SNP位点分析。结果表明:陆地棉EST序列307 414条及GSS序列242 015条,EST序列构建3 737个迭连群,序列累计10 477 241bp。由4条及以上序列组成的迭连群累计序列长度为3 761 800bp,发现候选SNP位点1 007 258个,迭连群平均出现1个SNP位点最低频率为2.32%。GSS序列共构建1 517个迭连群,序列累计1 625 700bp,发现SNP位点574 296个,迭连群平均出现1个SNP位点最低频率为9.18%。陆地棉的EST和GSS均有频率较高SNP位点,GSS出现SNP频率高于EST序列,开发SNP引物3 254对。(本文来源于《贵州农业科学》期刊2016年04期）
钱春仙,高俊,刘林,杨静,李成云[3]（2015）在《茶树表达序列标签中的微卫星特征分析》一文中研究指出从NCBI数据库中下载到50776条茶树表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列,利用Tandem Repeats Finder程序,对≧24 bp的微卫星(简单重复序列)进行系统分析。结果表明,在所分析的茶树EST序列中,搜索到长度大于或等于24 bp,基序匹配值大于80%的微卫星序列5299个,在这些微卫星中,单核甘酸的最多,数量达3283个,占SSR总数的61.96%,其次为2核甘酸微卫星序列,共1113个,占微卫星总数的21%。4核苷酸微卫星数量最少,仅39个,占总数的0.74%,搜索到6核苷酸471个,其基序组成可分为83类,优势基序为AAAACT(130个)。以上结果说明茶树EST序列中含有丰富的微卫星,这非常有利于开发表达序列中的微卫星标记,为含有微卫星的基因的标识、表达提供了很好的基础。(本文来源于《西南农业学报》期刊2015年03期）
李骞[4]（2014）在《博落回叶cDNA文库表达序列标签分析和防御素重组表达》一文中研究指出博落回属于罂粟科草本植物,是我国传统中草药,具有抑菌杀虫的功效。由于博落回和其他罂粟科植物都富含生物碱,因此目前关于罂粟科植物的研究主要集中在生物碱。为了更好的开发利用博落回,阐明博落回中分子多样性是很重要的。我们团队前期开展了博落回叶转录组研究,通过Illumina测序获得的叶cDNA文库数据为博落回分子生物学研究建立了良好的基础。我们分析了博落回叶cDNA文库,获得了511条高质量的的表达序列标签(ESTs)并归纳为78个序列簇和286条单一序列。通过搜索NCBI的非冗余蛋白序列数据库,以及利用Gene Ontology(GO), Cluster of Orthologous Groups (COGs), Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)将非冗余序列注释和分类。有多条EST序列推导的编码蛋白为植物病程相关蛋白(PR proteins),其中包括几丁质酶、(S)-去甲乌药碱合酶、过敏原蛋白、防御素和非特异性脂质转移蛋白,分属于PR-3、PR-10、PR-12和PR-14等几个家族。说明除其生物碱外,博落回还含有大量与植物抗病作用相关的分子。对所预测的分子进行了生物信息学分析,共鉴别出了5个博落回防御素蛋白,分别命名为McDef1、 McDef2、、McDef3、McDef4和McDef5。根据氨基酸序列同源性,我们揭示了植物防御性肽的主要是以α/β防御素和脂质转移蛋白为代表。本研究阐述了博落回叶转录组情况,提供了关于博落回抗菌成分的新的见解。其结果为博落回在农业,医药业和工业提供了应用前景。根据推测的博落回防御素氨基酸序列,在NCBI中搜索罂粟科ESTs数据库推测出了31条尚未注视的罂粟科植物防御素。对这些防御素的分子质量、pI值、净电荷、疏水性平均值、蛋白结合能力、信号肽、亚细胞定位及其叁级结构进行了预测和分析,并总结了罂粟科防御素的性质特点,初步分析了其遗传进化的关系,提供新的视角来研究罂粟科植物中的抗菌物质。为了进一步了解博落回防御素的性质和功能,本研究还开展了防御素的人工重组表达。采用酵母表达载体pGAPZα A和pPICZa A,分别建立组成型和诱导型真核表达载体,在酵母中非融合方式进行博落回防御素的直接表达；同样利用大肠杆菌表达载体pET-22b、pET-28a和pET-32a,构建成融合表达载体,以诱导表达方式进行博落回防御素的诱导表达。通过原核表达载体pET-32a有效表达出了博落回防御素的融合蛋白,初步建立了博落回防御素重组表达的方法。(本文来源于《湖南农业大学》期刊2014-12-01）
陈华,蔡铁城,张冲,邓烨,熊发前[5]（2014）在《花生叶全长cDNA文库的构建和部分表达序列标签分析》一文中研究指出以‘闽花6号’品种为材料,利用SMART技术成功构建了花生叶不同生育时期混合的全长c DNA文库,并对文库的部分序列进行测序及分析.结果表明,该文库原始库容为2.25×106cfu·m L-1,重组率达100%,插入片段大小为750-2000bp,平均插入片段大小为1000 bp,达到文库质量要求.随机挑选50个单克隆进行5'端测序,共获得50条有效序列.通过与NCBI非冗余蛋白质数据库进行比对和注释,获得已知功能基因或具推测功能的基因25个,未知功能基因14个,新基因11个,其中49个(98%)基因为花生未报道的基因.参与代谢过程和胁迫响应的基因表达量较高.(本文来源于《福建农林大学学报(自然科学版)》期刊2014年06期）
谌苗苗[6]（2014）在《野蚕基因组研究Ⅰ》一文中研究指出本学位论文的内容属于野蚕基因组研究的范畴,研究工作包括两个部分：1)柞蚕基因表达序列标签(EST)的研究,论文鉴定了EST中的SSR位点,并利用EST信息克隆了2个功能基因；2)乌桕大蚕蛾线粒体基因组的测定。论文对实验室获得的1500条柞蚕EST序列中的简单重复序列(SSR)进行了挖掘和鉴定。共鉴定了71个SSR位点,平均5.2kb出现一个位点。1-6个碱基的重复基元中,以3和4个核苷酸重复为主导类型。从合成的29对EST-SSR引物中,鉴定出8对具有多态性的引物,进一步的测序结果表明其中的4对为真实的SSR标记。开发的EST-SSR标记可用于柞蚕遗传与进化研究。论文从获得的柞蚕EST资源中,鉴定了柞蚕KK-42结合蛋白基因(KK-42BP)。蛋白序列的同源比较、功能域检测和进化分析均支持KK-42结合蛋白是一种新的微卵黄蛋白。但是,该基因在柞蚕的4个发育阶段、所检测的10种组织以及雌雄间均有表达。滞育期的表达模式说明,KK-42BP的减少与蛹的滞育相关。论文认为,KK-42BP基因除了具有卵黄蛋白的作用外,或许还具有另一种未知的功能。论文从柞蚕EST资源中,鉴定出了柞蚕真核细胞翻译起始因子4A基因(eIF-4A).eIF-4A基因在柞蚕的4个发育阶段和所有检测的组织都表达,说明该基因在柞蚕发育全过程起重要作用。同源比较表明,该基因在真核生物进化过程中高度保守。系统进化分析结果与经典分类学一致,表明该基因在真核生物的系统进化推断上具有潜在价值。论文还测定了乌桕大蚕蛾的线粒体基因组。该环状线粒体基因组长15282bp,包括13个蛋白编码基因(PCGs)、2个核糖体RNA基因(rRNAs)、22个转移RNA基因(tRNAs)和1个A+T富集区。该基因组的AT skew为正值,这和其它的大蚕蛾科的昆虫不同。基于线粒体基因组构建的系统进化树很好勾勒出了已被广泛认可的大蚕蛾科的进化框架。(本文来源于《沈阳农业大学》期刊2014-06-01）
王书珍,张传进,程华,方元平,项俊[7]（2014）在《杜鹃花表达序列标签资源中的微卫星信息分析》一文中研究指出从NCBI数据库下载杜鹃花表达序列标签序列1 323条,去冗余后得到912条EST。采用Tandem repeat finder软件分析,最终在61条EST序列中找到65个SSR位点,出现频率为7.127 2%。二碱基重复是杜鹃花EST内SSR的主要重复类型,占66.153 8%;单碱基和叁碱基重复次之,分别占据15.384 6%和9.230 8%。四碱基、五碱基、六碱基类型的SSR相对比较少。多达90.769 2%的SSR位点为完美型微卫星重复。这些富含SSR位点的EST序列将为开发微卫星特异性引物,并用于杜鹃花群体生物多样性和遗传结构分析提供理论依据。(本文来源于《湖北林业科技》期刊2014年02期）
石桃雄,黎瑞源,郭菊卉,李月,李光[8]（2014）在《基于普通荞麦种子表达序列标签微卫星标记的开发》一文中研究指出为丰富普通荞麦(Fagopyrum esculentum Moench)的序列信息,挖掘有效的SSR标记,基于Hiseq 2000测序平台对普通荞麦的种子转录谱进行测序、分析,利用Misa软件进行SSR位点扫描,采用Primer 5.0引物设计程序对其中的300个SSR位点设计引物,随机挑选40对引物对19个普通荞麦品系进行遗传多样性分析。结果表明:测序共产生20 508 824条高质量的短序列(read),总长度为1 889 111 004bp,通过拼接最终获得54 947条转录本(transcript)和36 133个独立基因(unigene)。在2 226个独立基因中发现了2 666个SSR位点。有20对引物(占50%)能扩增出目标产物,其中,12对有多态性,多态性信息量(PIC)范围为0.10~0.93,平均为0.57,多态性程度高。(本文来源于《贵州农业科学》期刊2014年03期）
郭楠,刘春燕,赵盼盼,杨文香,闫红飞[9]（2013）在《小麦抗叶锈病基因Lr45的表达序列标签-酶切扩增多态性(EST-CAPS)分析》一文中研究指出为了获得与小麦(Triticum aestivum L.)抗叶锈基因Lr45更多的分子标记,建立更丰富的遗传连锁图谱,本研究利用表达序列标签-酶切扩增多态性(EST-CAPS)标记技术,选择小麦2A染色体短臂的26对EST引物与4种限制性内切酶共104对组合,对小麦抗叶锈近等基因系(near-isogenic line,NILs)TcLr45和感病对照Thatcher进行了多态性分析。EST引物BE426158与BE442876的PCR产物在亲本间存在差异,多态性检出率为7.7%;104个引物/酶切组合中,CD454036/MspⅠ、CD454036/HaeⅢ、BE406923/MspⅠ和BE425962/RsaⅠ共4组在Thatcher和TcLr45之间呈现多态性,多态性检出率为3.8%。将BE426158标记成功转化为一个更稳定的序列标签位点(sequence tagged site,STS)标记,命名为LR45-1,经在TcLr45×Thatcher F2群体、抗叶锈近等基因系及黑麦品种中验证,LR45-1与Lr45连锁,遗传距离为8.2 cM。研究结果提示,EST-CAPS技术可应用于小麦抗叶锈病基因的多态性分析及分子标记的开发。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2013年06期）
蔡小辉,彭银辉,赵鹏,宋忠魁,张琴[10]（2013）在《副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)诱导拟穴青蟹(Scylla paramamosain)血淋巴cDNA文库构建及表达序列标签初步分析》一文中研究指出利用SMART技术构建副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)诱导的拟穴青蟹(Scylla paramamosain)血淋巴cDNA文库。结果表明,该文库的滴度为1.04×107CFU/mL,文库总容量达1.144×107CFU,克隆子插入片段大小为500—2000bp,重组率达98%。将随机挑选的300个阳性克隆测序,经过质量控制和拼接,共得到141个单基因组簇(UniGenes),75个UniGenes与NCBI非冗余蛋白质数据库中登录的蛋白质序列存在显着相似性,其中20个与免疫防御相关,如kazal-like丝氨酸蛋白酶抑制剂类蛋白、kazal-type蛋白酶抑制剂arasin-like蛋白、抗内毒素因子、抗微生肽、金属硫蛋白、铁蛋白、类70kD热休克蛋白等,达总测序数的6.67%。研究结果证实,构建cDNA文库是获得拟穴青蟹免疫相关基因的可靠途径。(本文来源于《海洋与湖沼》期刊2013年03期）
序列表达标签论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
陆地棉基因组精细定位需要更加丰富的分子标记,为了阐明单核苷酸多态性(SNP)标记资源开发利用的前景,对GenBank数据库中陆地棉表达序列标签(EST)和基因组序列(GSS)进行分析。下载GenBank数据库中公布的陆地棉EST序列及GSS序列,利用DNAStar软件进行迭连群构建及其候选SNP位点分析。结果表明:陆地棉EST序列307 414条及GSS序列242 015条,EST序列构建3 737个迭连群,序列累计10 477 241bp。由4条及以上序列组成的迭连群累计序列长度为3 761 800bp,发现候选SNP位点1 007 258个,迭连群平均出现1个SNP位点最低频率为2.32%。GSS序列共构建1 517个迭连群,序列累计1 625 700bp,发现SNP位点574 296个,迭连群平均出现1个SNP位点最低频率为9.18%。陆地棉的EST和GSS均有频率较高SNP位点,GSS出现SNP频率高于EST序列,开发SNP引物3 254对。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
序列表达标签论文参考文献
[1].李倩,杜海荣,元虹懿,张明海.基于冗余的序列检测东北虎表达序列标签数据多态性[J].基因组学与应用生物学.2018
[2].胡根海,董娜.Genbank中陆地棉表达序列标签(EST)与基因组序列(GSS)的SNP特征[J].贵州农业科学.2016
[3].钱春仙,高俊,刘林,杨静,李成云.茶树表达序列标签中的微卫星特征分析[J].西南农业学报.2015
[4].李骞.博落回叶cDNA文库表达序列标签分析和防御素重组表达[D].湖南农业大学.2014
[5].陈华,蔡铁城,张冲,邓烨,熊发前.花生叶全长cDNA文库的构建和部分表达序列标签分析[J].福建农林大学学报(自然科学版).2014
[6].谌苗苗.野蚕基因组研究Ⅰ[D].沈阳农业大学.2014
[7].王书珍,张传进,程华,方元平,项俊.杜鹃花表达序列标签资源中的微卫星信息分析[J].湖北林业科技.2014
[8].石桃雄,黎瑞源,郭菊卉,李月,李光.基于普通荞麦种子表达序列标签微卫星标记的开发[J].贵州农业科学.2014
[9].郭楠,刘春燕,赵盼盼,杨文香,闫红飞.小麦抗叶锈病基因Lr45的表达序列标签-酶切扩增多态性(EST-CAPS)分析[J].农业生物技术学报.2013
[10].蔡小辉,彭银辉,赵鹏,宋忠魁,张琴.副溶血弧菌(Vibrioparahaemolyticus)诱导拟穴青蟹(Scyllaparamamosain)血淋巴cDNA文库构建及表达序列标签初步分析[J].海洋与湖沼.2013
标签：东北虎; 生长; 表达序列标签(EST); 单核苷酸多态性(SNP);