计算机辅助分子模拟论文_张孝刚,朱秋劲,王一波,孙涛

导读:本文包含了计算机辅助分子模拟论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:分子,印迹,药物,关系,聚合物,辅助设计,机理。

计算机辅助分子模拟论文文献综述

张孝刚,朱秋劲,王一波,孙涛^[1]（2016）在《计算机分子模拟辅助设计分子印迹聚合物及其机理研究》一文中研究指出对叁聚氰胺(MEL)为模板,丙烯酰胺(AM)为功能单体,乙二醇二甲基丙烯酸酯(EGDMA)为交联剂的分子印迹组装体系分子模拟分析,辅助设计了叁聚氰胺分子印迹聚合物,分析其印迹机理。结果表明:组装体系中发生相互作用的基团主要为MEL分子的叁个氨基氢和叁嗪环上的叁个氮,AM中的氨基氢和羰基氧,EGDMA中羰基氧。AM的羰基氧比EGDMA对质子的亲和力强,易于形成氢键。AM中两个氨基氢靠近羰基的氨基质子形成氢键能力强。AM与EGDMA形成复合物的AVG△E均高于对应模板复合物体系,EGDMA比模板更有利于竞争单体。MEL与AM、EGDMA相互作用主要形成MEL-AM-EGDMA复合物,其次为MEL-3AM。最终MIPs中对MEL具有特异性识别的作用位点为AM的氨基氢和羰基氧和EGDMA中的羰基氧。选定c(MEL)∶c(AM)∶c(EGDMA)=1∶1∶10,即浓度分别为:c(MEL)=4 mmol/L,c(AM)=4 mmol/L,c(EGDMA)=40 mmol/L作为最优MEL-MIPs制备基础浓度。(本文来源于《化学研究与应用》期刊2016年09期）

李佩祯^[2]（2014）在《计算机辅助酶抑制剂的分子设计与分子模拟研究》一文中研究指出计算机辅助药物设计(computer aided drug design, CADD)是形成于计算机技术、分子生物学以及分子药理学等多学科交叉发展的基础上的一种药物研发新技术。将CADD方法应用于药物设计,这在很大程度上加快了药物设计和开发的速度。CADD中被广泛应用且很成功的方法包括叁维定量构效关系(3D-QSAR)方法和分子对接(molecular docking)方法。本论文以计算机辅助药物设计的方法研究了非嘌呤类黄嘌呤氧化酶抑制剂的活性、吡唑类衍生物作为EGFR激酶抑制剂的抑制活性以及C6-取代苯酞类与单胺氧化酶的结合模式。本论文共分4章：第一章：对计算机辅助药物设计的基本方法作了简述,详细介绍了定量构效关系(叁维定量构效关系)和分子对接方法。第二章：采用叁维定量构效关系(3D-QSAR)和分子对接方法研究了非嘌呤类黄嘌呤氧化酶抑制剂结构与活性的关系及其与酶的结合模式。本工作以黄嘌呤氧化酶抑制剂分子为研究对象,运用叁维定量构效关系方法在抑制剂分子结构与活性之间的关系方面建立了模型,获得了对活性产生影响的主要结构因素信息,并借助分子对接做了印证。最后由所得结论对该类抑制剂进行结构修饰,设计出了一系列具有更高预测抑制活性的分子。第叁章：应用叁维定量构效关系(3D-QSAR)方法对46个EGFR激酶抑制剂进行了研究,通过分析建立了结构和活性之间的关系模型,根据所得影响活性的重要结构因素信息设计了新的抑制剂分子并对其活性进行了预测,预测结果显示新设计的抑制剂分子活性有所提高。第四章：采用分子对接软件AUTODOCK4.2对C6-取代苯酞类与单胺氧化酶进行了分子对接研究,分别从苯酞和C6-取代苯酞类与MAO-A和MAO-B的结合力、对接所得预测结合能与实验生物活性值的关系、C6-取代苯酞代表物与MAO-A和MAO-B的结合模式等方面来分析该类化合物与单胺氧化酶的结合作用情况。通过结合模式的分析我们可以得出有用的信息,对已有结构进行修饰,从而可以设计一系列新的高活性的抑制剂分子,另外可以利用已有的对接方法研究新的抑制剂分子的对接结合模式以及对其结合能力进行预测。(本文来源于《兰州大学》期刊2014-05-01）

蔡惠明,俞正威^[3]（1990）在《药物设计中的计算机辅助分子模拟法》一文中研究指出本文介绍计算机辅助分子模拟法(CAMM)在药物设计中的应用,基本配置,软件包Polygen.Chen-X和Biograph的主要功能,以及计算机辅助药物设计(CADD)的一般途径和国内应用现状。(本文来源于《药学进展》期刊1990年01期）

计算机辅助分子模拟论文开题报告

（1）论文研究背景及目的

此处内容要求：

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例：

计算机辅助药物设计(computer aided drug design, CADD)是形成于计算机技术、分子生物学以及分子药理学等多学科交叉发展的基础上的一种药物研发新技术。将CADD方法应用于药物设计,这在很大程度上加快了药物设计和开发的速度。CADD中被广泛应用且很成功的方法包括叁维定量构效关系(3D-QSAR)方法和分子对接(molecular docking)方法。本论文以计算机辅助药物设计的方法研究了非嘌呤类黄嘌呤氧化酶抑制剂的活性、吡唑类衍生物作为EGFR激酶抑制剂的抑制活性以及C6-取代苯酞类与单胺氧化酶的结合模式。本论文共分4章：第一章：对计算机辅助药物设计的基本方法作了简述,详细介绍了定量构效关系(叁维定量构效关系)和分子对接方法。第二章：采用叁维定量构效关系(3D-QSAR)和分子对接方法研究了非嘌呤类黄嘌呤氧化酶抑制剂结构与活性的关系及其与酶的结合模式。本工作以黄嘌呤氧化酶抑制剂分子为研究对象,运用叁维定量构效关系方法在抑制剂分子结构与活性之间的关系方面建立了模型,获得了对活性产生影响的主要结构因素信息,并借助分子对接做了印证。最后由所得结论对该类抑制剂进行结构修饰,设计出了一系列具有更高预测抑制活性的分子。第叁章：应用叁维定量构效关系(3D-QSAR)方法对46个EGFR激酶抑制剂进行了研究,通过分析建立了结构和活性之间的关系模型,根据所得影响活性的重要结构因素信息设计了新的抑制剂分子并对其活性进行了预测,预测结果显示新设计的抑制剂分子活性有所提高。第四章：采用分子对接软件AUTODOCK4.2对C6-取代苯酞类与单胺氧化酶进行了分子对接研究,分别从苯酞和C6-取代苯酞类与MAO-A和MAO-B的结合力、对接所得预测结合能与实验生物活性值的关系、C6-取代苯酞代表物与MAO-A和MAO-B的结合模式等方面来分析该类化合物与单胺氧化酶的结合作用情况。通过结合模式的分析我们可以得出有用的信息,对已有结构进行修饰,从而可以设计一系列新的高活性的抑制剂分子,另外可以利用已有的对接方法研究新的抑制剂分子的对接结合模式以及对其结合能力进行预测。

（2）本文研究方法

调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。