基于转录组测序技术的黄唇鱼SSR分子标记筛选

论文摘要

【目的】筛选出可用于黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)遗传资源评价及亲缘鉴定的SSR分子标记,为开展其保护遗传学研究打下基础。【方法】利用Illumina HiSeq 4000测序平台对野生黄唇鱼样本进行转录组测序,采用TGICL对转录组数据进行聚类去冗余以获得Unigene,并通过生物信息学方法进行功能注释分类、代谢通路和SSR特征分析等。【结果】黄唇鱼混合组织的转录组测序共获得13.43 Gb数据,经组装并去冗余后获得65047条Unigenes。采用BLAST对组装获得的Unigenes进行七大功能数据库(NR、NT、GO、COG、KEGG、Swissprot和Interpro)注释,结果共有55583条Unigenes被注释(占85.45%)。通过MISA对黄唇鱼的Unigene进行SSR搜索,共检测到29797个SSR位点分布于19664条Unigenes中。SSR位点分布类型及其特征分析结果显示,最主要的重复类型为二核苷酸重复基元(11855个,占39.79%),其次是单核苷酸重复基元(9695个,占32.54%)和三核苷酸重复基元(6663个,22.36%),而四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基元的数量相对较少。二核苷酸重复基元类型中重复最多的基序是AC/GT(8355条),在三核苷酸重复基元类型中重复最多的基序是AGG/CCT(1866条)。从随机选取的186对SSR引物中,最终筛选出47对扩增稳定性好且具有多态性的SSR引物,以二核苷酸和四核苷酸重复基元的扩增结果居多。【结论】通过转录组测序能有效筛选出具有多样性的黄唇鱼SSR分子标记,可为黄唇鱼的遗传多样性分析、亲缘鉴定和遗传图谱构建等后续研究提供基础资料。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 赵彦花,区又君,温久福,李加儿,周慧

关键词: 黄唇鱼,分子标记,转录组测序,功能注释,多态性

来源: 南方农业学报 2019年09期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,水产和渔业

单位: 中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室,上海海洋大学水产与生命学院/水产科学国家级实验教学示范中心

基金: 国家重点研发计划项目（2018YFD0900200）,广东省“扬帆计划”引进创新创业团队项目（2016YT03H038）,广州市科技计划项目（201604020088）

分类号: S917.4

页码: 2078-2087

总页数: 10

文件大小: 7552K

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