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基于网络药理学的小檗碱治疗肝细胞癌的系统性研究（英文）

2020-11-24阅读(1019)

基于网络药理学的小檗碱治疗肝细胞癌的系统性研究（英文）

论文摘要

目的肝癌是全世界癌症死亡的第四大原因,肝细胞癌（HCC）在这些死亡中所占比例最大。小檗碱是从黄连、黄柏等植物中提取的季胺类化合物,被认为是治疗肝细胞癌的潜在候选药物。本文采用网络药理学方法,揭示小檗碱治疗HCC的核心作用机制,明确小檗碱抗肿瘤效应机制的定位和识别产生协同效应的潜在蛋白靶点。方法在Pub Chem数据库获得小檗碱的化合物结构信息;在TCMSP数据库检索小檗碱的ADME参数;在symmap、STITCH、Target Net数据库收集小檗碱预测靶点;在Onco DB.HCC、 Liverome数据库检索肝癌相关靶点;在STRING数据库建立PPI网络,并通过基因映射获得小檗碱治疗HCC的预测靶点;通过拓扑分析、富集分析,预测小檗碱治疗HCC的核心靶点、通路,及其涉及的生物过程（BP）、细胞成分（CC）、分子功能（MF）;应用Cytoscape软件建立小檗碱治疗HCC的可视化"靶点-通路"网络图。结果通过Pub Chem、TCMSP数据库检索明确了小檗碱良好的成药性;在symmap、STITCH、Target Net数据库共收集了小檗碱的32个预测靶点;通过Onco DB.HCC、Liverome数据库检索收集了肝癌的566个相关靶点;通过基因映射预测了小檗碱治疗HCC的10个靶点,并建立了一个10个节点,34条边的PPI网络;通过拓扑分析、富集分析获得了小檗碱治疗HCC的6个具有拓扑重要性的靶点、6条相关通路及其涉及的16个BP、6个CC、7个MF。结论小檗碱的抗癌作用主要通过作用于Hub节点TP52、MAPK1、CCND1、PTGS2、ESR1,及其相关的6条作用通路的复杂交互作用,参与调节肝癌细胞的细胞周期及免疫炎症反应相关,包括了肝癌细胞的增殖、凋亡等生物过程。

论文目录

  • 1 Introduction
  • 2 Materials and Methods
  •   2.1 Obtaining berberine structural information
  •   2.2 Berberine target prediction
  •   2.3 HCC significant targets
  •   2.4 HCC PPI data
  •   2.5 Gene mapping to obtain target protein for berberine treatment of HCC
  •   2.6 Topological analysis and enrichment analysis of berberine in the treatment of HCC predicted targets
  •     2.6.1 Topological analysis
  •     2.6.2 Enrichment analysis
  •   2.7 PPI data establishing predicted targets of berberine in the treatment of HCC and targetpathway network
  • 3 Results
  •   3.1 Berberine structural information
  •   3.2 Predicted target of berberine and HCC
  •   3.3 HCC PPI data and gene mapping results and topological analysis results
  •   3.4 PPI data and target-path network establishment of the enrichment analysis of predictive targets of berberine in the enrichment analysis of HCC
  •     3.4.1 Enrichment analysis of predicted targets of ber-berine in the treatment of HCC
  •     3.4.2 PPI data and target-path network establishment of predicted targets of berberine in the treat-ment of HCC
  •     3.4.3 Establishment of pathway visualization net-work mechanism map of berberine in the treatmentof HCC
  • 4 Discussion
  • 5 Conclusions

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 穆杰,刘海霞,汤菲菲,刘姝伶,冯天意,王雪茜,王庆国,程发峰

    关键词: 小檗碱,肝细胞癌,网络药理学,免疫,细胞凋亡,抗肿瘤

    来源: Digital Chinese Medicine 2019年03期

    年度: 2019

    分类: 医药卫生科技

    专业: 中药学

    单位: 北京中医药大学教育部证候及方剂基础研究重点实验室,北京中医药大学基础医学院中医临床基础金匮教研室

    基金: funding support from the General Program of National Natural Science Foundation of China (No. 81774122),College Level Project of Beijing University of Chinese Medicine (No. 2019-JYB-XS002)

    分类号: R285

    页码: 127-135

    总页数: 9

    文件大小: 914K

    下载量: 145

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