导读:本文包含了位氨基酸变异论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:氨基酸,抗原,蛋白,肠道,病毒,位点,禽流感病毒。
位氨基酸变异论文文献综述
张燕,赵广录,石向东,廖清华,赵锦[1]（2019）在《深圳市HIV-1主要流行株外膜蛋白V3环氨基酸变异分析》一文中研究指出目的了解深圳市HIV-1主要流行株膜蛋白V3环氨基酸变异情况。方法收集深圳市1996—2010年HIV确认阳性样本389份,应用巢式聚合酶链反应(Nested-PCR)技术,对样本膜蛋白(Env)基因V3-V4区进行扩增,并对核苷酸序列进行测定,判定亚型结果。对获得的CRF01_AE、CRF_BC、B’和B重组株/亚型的核酸序列进行比对和翻译,分析其V3环氨基酸变异情况。结果 227例CRF01_AE重组株V3环顶端四肽主要为GPGQ(184/227,81.1%),199例(87.7%)可预测使用CCR5辅助受体,12例(5.3%)使用CXCR4辅助受体;55例CRF_BC重组株V3环顶端四肽主要为GPGQ(54/55,98.2%),50例(90.9%)可预测使用CCR5辅助受体,5例(9.1%)不能预测;49例B’亚型毒株V3环顶端四肽主要为GPGR(39/49,79.6%),25例(51.0%)可预测使用CCR5辅助受体,3例(6.1%)使用CXCR4辅助受体,21例(42.9%)不能预测;10例B亚型毒株V3环顶端四肽主要为GPGR(5/10,50.0%),8例(80.0%)可预测使用CCR5辅助受体,2例(20.0%)使用CXCR4辅助受体。CRF01_AE、CRF_BC、B’和B亚型毒株V3环净电荷数分别为3.29±0.97(n=227)、3.11±0.42(n=55)、3.73±0.93(n=49)和3.50±0.97(n=10)。结论深圳市HIV-1 V3环顶端四肽主要为GPGQ和GPGR,病毒辅助受体使用以及表型预测结果表明深圳市HIV-1的流行仍以复制速度较慢的非合胞体诱导型病毒为主。(本文来源于《中国热带医学》期刊2019年07期）
朱颖,翁育伟[2]（2019）在《中国流行的两个进化分支C4亚型EV71病毒3D蛋白氨基酸变异分析》一文中研究指出目的分析不同进化分支肠道病毒71型(EV71)的3D蛋白氨基酸序列的差异,了解潜在毒力相关变异位点。方法从GenBank和实验室收集C4基因亚型EV71全基因序列,以VP1序列做进化分析,统计分析C4a和C4b两进化分支EV71病毒的3D蛋白氨基酸序列。结果共收集病毒序列301株C4型EV71毒株,其中C4a序列293株、C4b序列8株。不同进化分支中3D区有22个氨基酸残基分布有统计学意义。结论两种进化分支C4亚型EV71病毒的3D蛋白,共有22个位点氨基酸变异,其生物学意义有待进一步研究。(本文来源于《海峡预防医学杂志》期刊2019年03期）
李宁,孟祥英,孙誉芳,乔晋娟[3]（2018）在《结核分枝杆菌Rv2029c蛋白抗原表位预测及氨基酸变异分析》一文中研究指出目的预测结核分枝杆菌潜伏感染相关蛋白Rv2029c的B/T细胞抗原表位,分析抗原位点的氨基酸变异。方法 BLAST在线分析Rv2029c与人类蛋白同源性,利用DNAstar软件包中的Protean软件预测Rv2029c潜在B/T细胞抗原表位,通过BioEdit软件比对NCBI数据库中所有结核分枝杆菌复合群Rv2029c氨基酸序列,找出变异位点。结果 Rv2029c与人类蛋白同源性较低。预测该蛋白共含有12个潜在B细胞抗原表位,分别位于5-13、32-49、85-88、97-102、106-113、147-161、165-172、178-183、220-227、262-264、318-326、334-339位氨基酸;含有6个T细胞表位数,分别位于23-36、53-66、135-170、207-223、271-289、307-318位氨基酸。除136和221位氨基酸外,不同地区来源的结核杆菌分离株Rv2029c蛋白氨基酸序列较少发生变异。结论结核分枝杆菌Rv2029c是一个B细胞抗原表位占优势的蛋白抗原,T细胞表位略少,且氨基酸序列较为保守,可作为结核监测、治疗、预防的新靶点。(本文来源于《中国病原生物学杂志》期刊2018年12期）
张雪蕾[4]（2018）在《四种不同的HLA氨基酸变异和两种HLA等位基因在汉族人群中与麻风相关》一文中研究指出研究背景麻风是一种由麻风分枝杆菌感染引起的慢性炎症性皮肤病。它影响皮肤和周围神经,并可造成不可逆的神经功能损害以及后续不可逆的慢性残疾。宿主遗传因素被认为会影响对感染的易感性以及疾病进展。麻风风险与主要组织相容性复合体(MHC)区域内的变异强相关,尤其是人分白细胞抗原HLA-DRβ1。2009年我们对中国汉族人706例麻风患者和1225例对照进行全基因组关联分析(GWAS),发现HLA-DR区域与麻风易感性显着相关,但对于HLA的整个区域目前尚未完全阐明。HLA区域定位于6p21.3,在生物体中发挥着重要的遗传学和免疫学作用,该区域已被确定与超过200种疾病或性状有关联,包括原发性免疫缺陷、自身免疫性疾病、感染、恶性肿瘤和精神疾病。目前一般将其分为叁分,HLA-I分基因、HLA-II分基因、HLA-III分基因,经典的HLA-I分基因包括HLA-A、HLA-B、HLA-C等,经典的HLA-II分基因包括HLA-DP、HLA-DR、HLA-DQ等,HLA区域的遗传学特点包括单倍型遗传、共显性遗传、连锁不平衡性,由于HLA区域的高度复杂性,进一步确定HLA区域与很多疾病之间的具体关联一直是个难以攻克的难题。基因型填充(Imputation)是指运用已知的基因分型数据对没有进行基因分型的和基因分型数据缺失的位点进行预测的技术,是一种目前被广泛应用的精细定位方法。基因型填补能增加GWAS数据中的中单核苷酸多态性(single—nucleotide polymorphism,SNP)的密度,使得我们在已经发现的关联性位点的周围去寻找疾病位点为可能,同时也能提高对于采用了不合适的标签SNP进行标记的SNP位点的检验效能。汉族人MHC参考变异谱(Han-MHC reference panel)是我们研究团队2016年从总的MHC遗传变异数据库中提取最小等位基因频率≥0.5%的变异位点构建的,与既往研究所用的相关变异谱相比,其拥有更深的测序深度、有着更完整精确的变异信息。研究目的1)对既往研究中麻风全基因组关联分析的数据进行基因型填补;2)通过逐步条件回归分析发现麻风相关独立位点;3)发现HLA区域麻风易感基因,进一步阐明HLA区域与麻风的风险关联性。研究方法利用既往GWAS数据,使用SNP2HLA软件,运用汉族人群特异性参考数据可做为参考序列对HLA区域(I分和II分HLA基因和相应的氨基酸位点)进行基因型填补分析。选择区域内有潜在意义HLA位点,进行逐步条件回归分析,以及蛋白质空间构图。研究结果本课题研究利用前期麻风GWAS数据,以汉族人特异性参考序列做为参考平台,通过SNP2HLA对HLA区域进行了基因型填补分析,经过质控后发现了23,508SNP位点,发现总共30个HLA等位基因、184个氨基酸变异位点达到全基因组关联水平,其中P值最显着的等位基因为HLA-DRB1*15(P=1.28×10-42,OR=2.71,95%CI=2.34-3.14),为既往多个研究报道的麻风易感位点。为了进一步确定麻风相关性独立位点,运用逐步条件回归分析对质控后数据进行进一步分析,显示有六个独立信分达到研究范围的显着性阈值(P<1.67×10-6),HLA-DPβ1分子第71位氨基酸残基(P=1.28×10-42,OR=2.71,95%CI=2.34-3.19),HLA-DPβ1分子第35位氨基酸残基(P=1.75×10-14,OR=0.60,95%CI=0.52-0.68),HLA-C分子第116位氨基酸残基(P=5.12×10-11,OR=1.68,95%CI=1.44-1.96),HLA-A分子第152位氨基酸残基(P=1.16×10-11,OR=2.24,95%CI=2.83-6.79),HLA-DRB1*13:02(P=8.58×10-7,OR=2.28,95%CI=1.64-3.17),HLA-B*07:02(P=9.14×10-6,OR=2.40,95%CI=1.61-3.41)。通过对四个氨基酸位点的蛋白质空间构象分析,发现四个HLA分子氨基酸残基都位于抗原结合区域。研究结论本研究对HLA区域进行基因型填充精细定位,发现了6个麻风相关性的独立信分,增加了新的麻风相关位点,为麻风病的预防、诊断、治疗提供了新的方向。(本文来源于《安徽医科大学》期刊2018-03-01）
高凌玉[5]（2017）在《2013~2014年我国大陆麻疹病毒血凝素核苷酸和氨基酸变异变迁研究》一文中研究指出研究背景:麻疹是由麻疹病毒(Measles virus,MeV)引起的一种传染性很强的急性发热出疹性疾病。麻疹是一种疫苗可预防的病毒性传染病,通过接种含麻疹成分的疫苗(Measles Containing Vaccine,MCV),可对麻疹产生有效的预防和保护效果。我国大陆麻疹发病在2012年达到历史最低水平,但于2013～2014年麻疹报告发病率大幅回升,2014年成人麻疹病例比例高达42.78%。研究目的:本研究旨在探讨麻疹野病毒主要中和抗原血凝素(Hemagglutinin,HA)核苷酸和氨基酸的遗传变异在2013-2014年麻疹发病复发中扮演的角色,阐明当前我国流行的绝对优势基因型H1麻疹病毒HA蛋白在麻疹发病大幅回升前后的变异规律和趋势,为评价我国疫苗对我国现流行的麻疹野病毒的保护效果提供科学依据。研究方法:本论文选取我国大陆地区2013～2014年流行的H1基因型麻疹野毒株代表株56株,扩增HA基因编码区序列(1854bp)并进行序列测定和分析。从GenBank上下载63株1993～2012年中国流行代表株、中国疫苗株上海191(S-191)和长春47(C-47)以及24株WHO参考株HA基因编码区序列,使用MEGA5.05构建亲缘关系树和进行氨基酸位点比对,使用BioEdit进行同源性关系分析,分析重要中和抗原位点的变异;构建1993～2014年H1基因型HA基因全长编码序列数据集,使用在线分析软件Datamonkey,采用SLAC、FEL、IFEL叁种方法对HA基因序列进行正负选择位点的分析。结果:结果显示,H1a作为单一基因亚型麻疹病毒在中国持续传播至少21年,并形成了多个传播链。通过构建基因亲缘性关系树分析,H1a基因亚型可分为3个分支(Lineage),分别为分支 1(Lineage 1)、分支 2(Lineage 2)和分支 3(Lineage 3),其中分支 3 又可分为分支 3a(Lineage3a)和分支 3b(Lineage3b);2013～2014年分离的毒株均位于H1a基因亚型Lineage 3b的两个明显的分支上,将其命名为 Lineage 3b-1 和 Lineage 3b-2。这表明 Lineage 3b-1 和 Lineage 3b-2 是麻疹病毒进化过程中的优势分支。成人病例感染的麻疹病毒与其他年龄段病例感染的病毒在HA基因上并无特征性的差异。56株2013～2014年麻疹病毒代表株HA蛋白编码序列的核苷酸和氨基酸之间的同源性分别为97.80%～99.9%和97.5%～100.0%,与H1基因型WHO参考株(MVi/Hunan.CHN/93/7)核苷酸和氨基酸之间的同源性分别为97.6%～98.1%和96.9%～97.8%,与中国疫苗株S-191核苷酸和氨基酸之间同源性分别为94.3%～94.9%和 94.4%～95.6%。与中国疫苗株S-191氨基酸序列比对,分析我国麻疹野病毒HA蛋白重要氨基酸功能位点的差异,结果显示:2013～2014年麻疹病毒的HA蛋白氨基酸序列第240位上由丝氨酸突变成了天冬酰胺(Ser240Asn),导致了一个潜在的糖基化位点NLS238～240的缺失;7个半胱氨酸残基(分别位于第287、300、381、394、494、579、583位)保持高度保守;与受体CD46结合的位点中,所有的H1基因型麻疹病毒在第481位的酪氨酸(Y)均突变成了天冬氨酸(N),其他潜在的与CD46结合位点除第211、243位发生变异外,均保持稳定;与SLAM受体结合的位点以及新发现的受体nectin-4的结合位点均在进化上保持高度保守;第379～410位是血凝素抗原表位,在第397位发生了氨基酸的替换(Pro397Leu),导致一个潜在的抗原表位的丢失;第236～250位氨基酸被证实是B细胞抗原决定簇,除第240和243位发生了突变外,其他位点均保守。结论:本研究系统分析了 2013～2014年我国大陆流行H1基因型麻疹病毒HA蛋白的核苷酸和氨基酸变异特征,阐明了 2013～2014年麻疹报告发病率大幅回升前后,麻疹病毒HA蛋白重要中和抗原位点未发生重要变异,提示我国使用的麻疹疫苗对我国现流行的H1基因型麻疹病毒具有较好的保护效果。我国应继续加强麻疹病毒血凝素核苷酸和氨基酸的动态监测,为我国消除麻疹提供疫苗使用的科学依据。(本文来源于《中国疾病预防控制中心》期刊2017-06-30）
周剑惠,魏雷雷,李可维,王爽,田鑫[6]（2016）在《吉林省手足口病死亡病例EV71型病毒全基因组氨基酸变异分析》一文中研究指出目的研究2011年吉林省手足口病死亡病例肠道病毒71型的全基因组特征,分析核苷酸及氨基酸变异特点,以探讨变异与致病性可能存在的关联。方法采用分段RT-PCR法对2011年吉林省手足口病死亡病例肠道病毒EV71分离株JL2011-56全基因组进行扩增和测序,与Gen Bank参考株进行核苷酸和氨基酸比对分析,并对全基因组序列进行遗传进化分析。结果 JL2011-56分离株全长7 405 bp,腺嘌呤核苷酸和尿嘧啶核苷酸较为丰富,存在多处氨基酸突变位点。结论吉林省分离株JL2011-56的氨基酸突变位点可能与其致病性相关。(本文来源于《中国卫生检验杂志》期刊2016年23期）
孙军峰,刘怀然,韩宗玺,赵雯,刘胜旺[7]（2016）在《城疫病毒HN蛋白氨基酸变异对其抗原性的影响》一文中研究指出研究背景:新城疫病毒(NDV)的HN蛋白在诱导免疫保护反应中起着重要的作用,容易因为免疫压力而发生抗原变异。近年来由于HN抗原位点变异而产生的抗原变异毒株逐渐增多。目的:了解黑龙江地区NDV流行毒株的抗原性特征。实验方法:本研究测定了分离自鹅群的NDV的全基因组序列,进行遗传进化分析,并制备(本文来源于《中国畜牧兽医学会生物技术学分会暨中国免疫学会兽医免疫分会第十二次学术研讨会论文集》期刊2016-10-19）
彭秀明,吴海波,彭晓荣,吴晓鑫,程林芳[8]（2016）在《H5N6禽流感病毒在哺乳动物适应过程中的氨基酸变异》一文中研究指出目的:禽流感病毒通常在禽类间传播,但有一定概率突破物种间屏障而发生跨种间传播的特点已经较明确。H5N6高致病性禽流感病毒对人类健康和家禽业造成了重大威胁。本文通过H5N6在小鼠中传代,找到H5N6在适应小鼠过程中发生的位点变异,这些位点可能对哺乳动物适应起到重要作用。方法:对一株H5N6禽流感病毒(6D2)在BALB/c小鼠中进行了10代连续传代,对野生株(WT-6D2)和小鼠适应株(MA-6D2)进行了一代测序,找出变异位点,并且比较了WT-6D2和MA-6D2的致病力,复制力等特性。结果:我们发现,在MA-6D2组中,小鼠的死亡率和多个器官的病毒滴度都显着高于WT-6D2组。通过序列比对,我们找到了HAA150V,NA(R143K;G147E),PB2 E627K和PAA343T这5个在小鼠适应过程中发生的位点变化。结论:HAA150V影响了H5N6的受体结合特性,NA(R143K;G147E)分别改变了神经氨酸酶的催化效率和亚基间的相互作用,PB2 E627K是在多篇文献报道中提到的位点,能明显改变病毒的致病力和复制力,PAA343T可能改变了核糖核蛋白复合物(RNP)的空间结构从而改变了病毒的复制和转录特性。(本文来源于《浙江省免疫学会第十次学术大会论文集》期刊2016-08-05）
彭秀明,吴海波,彭晓荣,吴晓鑫,程林芳[9]（2016）在《H5N6禽流感病毒在哺乳动物适应过程中的氨基酸变异》一文中研究指出目的:禽流感病毒通常在禽类间传播,但有一定概率突破物种间屏障而发生跨种间传播的特点已经较明确。H5N6高致病性禽流感病毒对人类健康和家禽业造成了重大威胁。本文通过H5N6在小鼠中传代,找到H5N6在适应小鼠过程中发生的位点变异,这些位点可能对哺乳动物适应起到重要作用。方法:对一株H5N6禽流感病毒(6D2)在BALB/c小鼠中进行了10代连续传代,对野生株(WT-6D2)和小鼠适应株(MA-6D2)进行了一代测序,找出变异位点,并且比较了WT-6D2和MA-6D2的致病力,复制力等特性。结果:我们发现,在MA-6D2组中,小鼠的死亡率和多个器官的病毒滴度都显着高于WT-6D2组。通过序列比对,我们找到了HA A150V,NA(R143K;G147E),PB2 E627K和PA A343T这5个在小鼠适应过程中发生的位点变化。结论:HA A150V影响了H5N6的受体结合特性,NA(R143K;G147E)分别改变了神经氨酸酶的催化效率和亚基间的相互作用,PB2E627K是在多篇文献报道中提到的位点,能明显改变病毒的致病力和复制力,PA A343T可能改变了核糖核蛋白复合物(RNP)的空间结构从而改变了病毒的复制和转录特性。(本文来源于《全国寄生虫病高峰论坛暨2016年浙江省热带病与寄生虫病学术年会论文汇编》期刊2016-06-04）
魏朝晖,李宝群[10]（2015）在《Gs蛋白227位氨基酸Gln/Leu基因变异对美托洛尔治疗充血性心力衰竭疗效的影响》一文中研究指出目的:探讨Gs蛋白基因变异对美托洛尔治疗充血性心力衰竭临床疗效的影响。方法:64例心功能为Ⅱ~Ⅳ级的充血性心力衰竭患者(以美国纽约心脏病学会(NYHA)分级)应用限制性片段长度多态性方法进行基因分型后采取美托洛尔以12.5mg/d开始,每1~2周递增6.25mg共计一年,最大剂量为50mg/d。以左室射血分数(LVEF)的变化为指标,分析Gln/Leu基因多态性对美托洛尔临床疗效的影响。结果:美托洛尔治疗12月后,患者心功能分级与LVEF均明显改善(P<0.05)。美托洛尔治疗6月和12月后,变异型患者LVEF的改善程度(P<0.05)和心功能分级变化(P<0.05)更为显着。结论:Gs蛋白α亚基第227位遗传多态性与美托洛尔疗效相关,基因变异携带者疗效更为显着。(本文来源于《河北医学》期刊2015年11期）
位氨基酸变异论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的分析不同进化分支肠道病毒71型(EV71)的3D蛋白氨基酸序列的差异,了解潜在毒力相关变异位点。方法从GenBank和实验室收集C4基因亚型EV71全基因序列,以VP1序列做进化分析,统计分析C4a和C4b两进化分支EV71病毒的3D蛋白氨基酸序列。结果共收集病毒序列301株C4型EV71毒株,其中C4a序列293株、C4b序列8株。不同进化分支中3D区有22个氨基酸残基分布有统计学意义。结论两种进化分支C4亚型EV71病毒的3D蛋白,共有22个位点氨基酸变异,其生物学意义有待进一步研究。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
位氨基酸变异论文参考文献
[1].张燕,赵广录,石向东,廖清华,赵锦.深圳市HIV-1主要流行株外膜蛋白V3环氨基酸变异分析[J].中国热带医学.2019
[2].朱颖,翁育伟.中国流行的两个进化分支C4亚型EV71病毒3D蛋白氨基酸变异分析[J].海峡预防医学杂志.2019
[3].李宁,孟祥英,孙誉芳,乔晋娟.结核分枝杆菌Rv2029c蛋白抗原表位预测及氨基酸变异分析[J].中国病原生物学杂志.2018
[4].张雪蕾.四种不同的HLA氨基酸变异和两种HLA等位基因在汉族人群中与麻风相关[D].安徽医科大学.2018
[5].高凌玉.2013~2014年我国大陆麻疹病毒血凝素核苷酸和氨基酸变异变迁研究[D].中国疾病预防控制中心.2017
[6].周剑惠,魏雷雷,李可维,王爽,田鑫.吉林省手足口病死亡病例EV71型病毒全基因组氨基酸变异分析[J].中国卫生检验杂志.2016
[7].孙军峰,刘怀然,韩宗玺,赵雯,刘胜旺.城疫病毒HN蛋白氨基酸变异对其抗原性的影响[C].中国畜牧兽医学会生物技术学分会暨中国免疫学会兽医免疫分会第十二次学术研讨会论文集.2016
[8].彭秀明,吴海波,彭晓荣,吴晓鑫,程林芳.H5N6禽流感病毒在哺乳动物适应过程中的氨基酸变异[C].浙江省免疫学会第十次学术大会论文集.2016
[9].彭秀明,吴海波,彭晓荣,吴晓鑫,程林芳.H5N6禽流感病毒在哺乳动物适应过程中的氨基酸变异[C].全国寄生虫病高峰论坛暨2016年浙江省热带病与寄生虫病学术年会论文汇编.2016
[10].魏朝晖,李宝群.Gs蛋白227位氨基酸Gln/Leu基因变异对美托洛尔治疗充血性心力衰竭疗效的影响[J].河北医学.2015
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