7个鼻咽癌相关基因单核苷酸多态性的筛查及其与鼻咽癌易感性的关联分析

7个鼻咽癌相关基因单核苷酸多态性的筛查及其与鼻咽癌易感性的关联分析

何英[1]2003年在《7个鼻咽癌相关基因单核苷酸多态性的筛查及其与鼻咽癌易感性的关联分析》文中进行了进一步梳理中国人鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)发病率居世界各民族之首,尤其高发于南方各省。流行病学调查结果表明NPC有显着的种族易感性和家族集聚现象,是一个多基因遗传病,涉及多种瘤基因、抑瘤基因的改变。病因学研究表明遗传因素、环境因素和EB病毒感染与NPC有关。国内外研究结果表明至今还没有发现公认的明确的鼻咽癌特异性致癌基因,但发现了一些与之密切相关的基因。 筛查和验证疾病相关基因的方法不少,而单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs)作为第叁代遗传标记因其分布密度高、遗传稳定性强和易实现分析的自动化的特性,被认为是目前人类遗传性和遗传相关性疾病的诊断以及群体遗传学的研究、药物的开发和应用等方面最佳检测方法。 本实验采用生物信息学方法搜寻筛查在遗传易感、病毒感染和化学促(致)癌等方面与鼻咽癌发病有密切关系的、具有代表性的7个基因进行SNP研究,其中YH1、NAG22、NPCR是鼻咽癌相关的抑瘤基因的侯选基因,CR2是介导EBV进入淋巴细胞的受体,TSG101是肿瘤抑制基因,同时也是体内广泛分布的一种多脏器代谢酶,CYP2E1及GSTml是体内重要的Ⅰ相代谢酶和Ⅱ相代谢酶的代表。这些基因与鼻咽癌发病机理有不同程度的关联,可以促使我们从不同角度来探讨和加深对鼻咽癌发病机理的认识。 用测序的方法从中华民族27个个体和5个pool中共筛查出具有中华民族特征的SNP102个,其中5′Flank46个,5′UTR9个,Coding14个,Intron18个,3′UTR11个,3′Flank14个。在102个多态位点中,有73个为首次发现。14个csNP中7个为中高频位点(罕见等位基因频率为7.40%一32.7%),其中2个位点无氨基酸改变;余5个为低频位点(罕见等位基因频率为1.9%),其中1个位点无氨基酸改变。 对102个SNP多态位点中频率大于0.01、其它数据完整的87个SNP进行连锁不平衡分析,结果表明有83对位点之间呈高度连锁不平衡尤况2l对;11了121对;刀且G221对;TSGI019对;刃尸C尺29对;GS乃nl 13对:CYPZEllZ对。 采用病例一对照的方法在238例鼻咽癌患者和286例正常对照人群中,用RFLP一PCR、tetra一Pri~ARMS一PCR和测序分型方法对6个基因 (K片了、C尺2、刀摊G22、N尸C尺、TSGIOI和G 57初I)eSNP12个位点、YHI基因调控区2个SNP位点以及通过单倍型计算获得的CYPZE13个htSNP位点展开基因分型,用OR值来评估这些基因的基因型与鼻咽癌表型之间的相对危险度,发现: 用K日了、CRZ、入摊G22、刃尸C尺低频SNP位点(延1 .9%)进行群体分型实际意义不大,更不能以此单独作为某一种界标。 Gs乃nl C1270533T为首次发现的多态位点(中国人群罕见等位基因rl,频率为22.2%),其96位氨基酸的第二位密码子发生了碱基颠换(CGT一C竹),使沁g一Leu,导致错义突变。分型结果表明,基因型TT和GT的RR值分别为0.170和0.605,该位点的表型与鼻咽癌无关联。 KHZ调控区2个SNP位点(中国人群罕见等位基因频率分别为37.0%和38.9%),K“2 G199O158A基因型GG携带者患鼻咽癌的危险性是对照人群的2.3倍(95%置信区间为1.458一3.628);K阿2 G1990398T基因型GG携带者发生鼻咽癌的可能性是对照人群的3.166倍(95%置信区间为1 .784一5.619)。 CYPZEI cSNp位点T505228A,其421位氨基酸的第叁位密码子发生了碱基颠换(TTC一TTT),但仍编码同一蛋白Phe(F)一Phe(F),为同义突变。变异基因型TT的相对危险度较低(RR为0.586),与鼻咽癌表型之间关联程度低;非编码区SNP位点C506380A在对照人群和鼻咽癌患者中变异基因型AA的RR值为0.612,与鼻咽癌表型关联程度不大;内含子区SNP位点T49984OC的多态类型与鼻咽癌易感的关联程度较高,基因型Tl,携带者发生鼻咽癌的可能性是是对照人群的4.225倍(95%置信区间为1.873一9.531)。 上述结果提示丫付2调控区SNP位点K泞2G1990158A和丫日2G1990398T的变异与鼻咽癌易感的关联程度较高,是鼻咽癌遗传易感的风险因子。CYPZEI内含子区SNP位点T499840C的变异与鼻咽癌也有关联,是否能成为鼻咽癌易感的标志或能成为寻找其它真正的鼻咽癌易感基因的路标还需进一步探讨。

佚名[2]2005年在《中华医学杂志2005年第85卷主题词索引》文中研究指明(以汉语拼音为序)A阿尔茨海默病阿尔茨海默病患者视觉搜索的功能磁共振成像研究(郝晶,李坤成,王葳等)(33):2349-2353脑老化的异质性:从老年痴呆到成功老年(张明园)(42):2953-2954老年成套神经心理测验的制定和应用(薛海波,肖世富,李

吴园园[3]2017年在《lncRNA CASC9促食管鳞癌生长的功能及机制研究》文中指出食管癌是人类最常见的恶性肿瘤之一。我国是食管癌的高发国家,发病率居全世界之首。在我国食管癌最主要的病理类型是鳞状细胞癌(Esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)。因为早期缺乏明显的临床症状和有效的筛查手段,大多数食管癌患者就诊时已经处于中晚期。目前中晚期食管癌患者的术后5年生存率仅为15-20%,所以研究食管癌的发病机制,寻找早期诊断的分子标志和临床治疗的潜在靶点,对于改善食管癌预后具有重要的意义。长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一类长度大于200核苷酸、不具有蛋白编码能力的转录本,主要由RNA聚合酶II转录,具有和mRNA相似的结构。相较于mRNA,lncRNA在基因组上的转录更广泛并且作用方式更复杂。lncRNA通过碱基互补和二级结构形成的茎环,与RNA、DNA和蛋白相互作用,在表观遗传、RNA转录、转录后加工和剪接等多个层面调控基因表达。随着高通量芯片和测序技术的发展,许多肿瘤相关的lncRNA被鉴定出来,如PCA3、HEIH、MALAT1、GAPLING等,这些lncRNA的表达具有一定的组织特异性,因此常被用作肿瘤早期诊断和提示预后的分子标志物。lncRNA在食管癌中的作用日渐受到重视,目前报道了大量食管鳞癌相关的lncRNA。如血浆中lncRNA POU3F3的表达量有助于食管鳞癌的早期诊断;组织中ENST00000435885.1、XLOC_013014和ENS T00000547963.1——lncRNA表达图谱与食管鳞癌患者的预后相关:表明lncRNA的表达异常与食管鳞癌的发生发展密切相关。但是大多数lncRNA在食管鳞癌中的生物功能和作用机制尚不清楚,需要进一步研究。为了寻找食管鳞癌相关的功能性lncRNA,探索lncRNA在食管鳞癌发生发展中的作用及机制,本课题利用芯片分析食管鳞癌组织中的lncRNA表达谱,找到了在食管鳞癌组织中表达上调最显着的lncRNA——肿瘤易感性候选基因9(Cancer susceptibility candidate 9,CASC9)。目前关于CASC9的研究报道比较少,因此CASC9在食管鳞癌发生发展中具有什么样的生物学功能,作用机制怎样,值得我们深入研究。本课题的主要研究内容和结果如下:1、lncRNA芯片筛查及定量PCR检测结果发现,CASC9在食管鳞癌组织及细胞中高表达,CASC9表达量与食管鳞癌大小、TNM分期正相关,提示预后不良。选择5对食管鳞癌及癌旁组织,进行高通量芯片检测,分析食管鳞癌组织中lncRNA和mRNA的表达谱,并采用定量PCR方法验证芯片结果的可信度。构建lncRNA-mRNA共表达网络,预测表达上调最显着的lncRNA的生物学功能。使用定量PCR方法在91例食管癌组织(87例含有配对的癌旁组织)和常见肿瘤细胞中检测该lncRNA的表达量,分析其表达量与食管鳞癌病理特征之间的关系和表达特异性。食管鳞癌组织的lncRNA芯片筛查结果提示lncRNA CASC9在食管鳞癌组织中表达上调最显着,高达355倍。从芯片中随机挑选了3条表达上调的lncRNA(BC017398、RP5-907D15、RP11-417E7)和3条表达下调的lncRNA(CCAT1、LINC00443、NR_038940),使用定量PCR方法进一步检测它们在食管鳞癌组织中的表达量,定量结果与芯片结果一致,增强了的芯片结果的可信度。lncRNA-mRNA共表达网络发现PLAUR、NR1H3和CTLA4与CASC9的相关性最强。生物信息学分析和文献资料显示PLAUR、NR1H3和CTLA4参与细胞增殖、凋亡和生长的调控,提示CASC9的功能与细胞生长相关。组织定量PCR结果发现,CASC9在90.8%(79/87)的食管鳞癌组织中高表达,并且随着肿瘤体积的增大和临床分期的进展,CASC9的表达量会进一步提高,说明CASC9表达量与食管癌大小、TNM分期正相关。高表达CASC9的食管癌患者预后差,提示CASC9在食管鳞癌中发挥癌基因作用,可作为食管鳞癌预后的分子标志。细胞定量PCR结果发现CASC9在常见肿瘤细胞中的表达量均高于正常食管上皮细胞Het-1A,在食管鳞癌细胞KYSE150和KYSE450中的表达量最高,提示CASC9的表达具有一定的细胞特异性。本部分研究结果表明:lncRNA CASC9在食管鳞癌组织中表达上调最显着并具有一定的细胞特异性。CASC9表达量与食管鳞癌大小、TNM分期正相关,提示预后不良。生物信息学预测CASC9的功能与细胞生长相关。2、干扰CASC9显着抑制食管癌细胞的生长,提示CASC9参与了食管鳞癌细胞生长的调控。利用siRNA和慢病毒shRNA干扰食管鳞癌细胞KYSE450和KYSE150中CASC9的表达量,并采用CCK-8、荷瘤小鼠实验、Edu、流式细胞仪技术,检测CASC9对细胞生长、增殖、周期和凋亡的影响。使用Western Blot技术检测CASC9对细胞周期相关蛋白表达量的影响。体外和体内实验证实,干扰CASC9显着抑制食管鳞癌细胞的生长、抑制裸鼠的肿瘤形成,提示CASC9参与了食管鳞癌细胞生长的调控。对CASC9生物功能的进一步研究发现,干扰CASC9显着抑制细胞增殖、增加细胞G1/S期阻滞,降低细胞周期相关蛋白CDK4、CDK6、CCND1和CCNE2的表达量,但是对细胞凋亡没有显着影响。本部分研究结果表明:CASC9通过影响细胞增殖和周期调控食管鳞癌的生长。3、CASC9通过抑制PDCD4的表达促进食管鳞癌细胞的生长,PDCD4表达量提示患者预后良好。为了明确CASC9促进食管鳞癌细胞生长的作用机制,我们干扰KYSE450中CASC9的表达量,利用芯片检测mRNA表达的变化情况。对差异性表达的mRNA进行GO功能分析,重点关注与细胞生长相关的通路。利用食管鳞癌组织表达谱芯片和定量PCR方法,筛选出受CASC9调控的基因,使用回复实验进一步确认该基因受CASC9调控。统计分析该基因与其他lncRNA表达量的相关性,检测CASC9对该基因的调控是否具有特异性。GO功能分析显示,干扰CASC9显着影响cell cycle arrest、cell proliferation等6个与细胞生长相关的通路。分析组织lncRNA和mRNA表达谱数据,发现上述通路中只有VEGFC、PDCD4、PIK3CA、TMX1、PTHLH 5个基因与CASC9的信号强度线性相关。干扰和过表达KYSE450细胞中CASC9的表达量,使用定量PCR检测这5个基因的表达水平,发现只有程序性死亡基因4(Programmed cell death 4,PDCD4)的表达量变化与CASC9完全一致,提示PDCD4是唯一受CASC9直接调控的基因。定量PCR和Western Blot结果显示PDCD4的mRNA和蛋白在食管鳞癌组织中均低表达,并且随着肿瘤体积的增大和临床分期的进展,PDCD4 mRNA的表达量会进一步降低;PDCD4表达量提示食管鳞癌患者的良好预后。在食管鳞癌组织中PDCD4表达量与CASC9表达量负相关,指示相反的临床病理特征,进一步提示PDCD4受到CASC9的调控。回复实验发现,干扰PDCD4可以部分挽救干扰CASC9引起的细胞G1/S周期阻滞和CDK6、CCNE2表达量下调,说明CASC9通过调控PDCD4表达影响食管鳞癌细胞的周期。统计分析其他在食管鳞癌中差异表达的lncRNA和PDCD4、CASC9表达量的相关性,发现lncRNA CCAT1、LINC00443、NR_038940与PDCD4的表达量正相关,并且与CASC9表达量不相关。lncRNA BC017398、RP11-417E7与CASC9表达量正相关,但是与PDCD4表达量不相关。没有一个lncRNA的表达量与CASC9和PDCD4的表达量同时相关,说明CASC9对PDCD4的调控是特异性的。本部分研究结果表明:PDCD4受到CASC9直接和特异性的调控。在食管鳞癌组织中PDCD4表达量与CASC9表达量负相关,指示相反的临床病理特征。CASC9通过抑制PDCD4的表达促进食管鳞癌的生长。4、细胞核中的CASC9通过招募EZH2至PDCD4启动子,催化PDCD4启动子区域H3K27me3,抑制PDCD4启动子的转录活性,降低PDCD4的表达量。为了研究CASC9调控PDCD4表达的分子机制,我们首先使用生物信息学分析PDCD4可能的调控方式,然后利用RNA-蛋白pull down和RIP实验、FISH和核质分离实验、ChIP和荧光素酶报告基因实验,从CASC9与蛋白相互作用、CASC9细胞亚定位和CASC9对PDCD4启动子转录活性的影响3个方面探索CASC9对PDCD的调控机制。生物信息学分析显示PDCD4启动子富含Zeste2增强子(Enhancer of zeste homolog2,EZH2)的结合位点和H3K27me3信号,提示PDCD4的表达受EZH2调控。在食管鳞癌细胞中干扰EZH2,利用定量PCR和Western Blot检测PDCD4表达量,发现PDCD4mRNA和蛋白的表达量均上调,证实了PDCD4的表达受EZH2调控。RNA-蛋白pull down实验和RIP实验结果发现,CASC9与EZH2存在结合,提示CASC9可能参与EZH2对PDCD4的调控。FISH和核质分离实验结果显示,CASC9在细胞核和细胞质中均有分布,从细胞亚定位角度,提示CASC9可能在表观遗传层面调控PDCD4表达。ChIP实验结果发现,干扰CASC9降低了PDCD4启动子区域EZH2的结合和H3K27me3信号;萤光素酶报告基因结果显示,过表达CASC9显着抑制了PDCD4的转录活性。本部分研究结果表明:CASC9在细胞核和细胞质中均有分布,细胞核中的CASC9通过招募EZH2至PDCD4启动子,催化PDCD4启动子区域H3K27me3,抑制PDCD4启动子的转录活性,从而降低了PDCD4的表达量。综上所述,本课题通过食管鳞癌组织lncRNA表达谱筛查,发现了在食管鳞癌组织中表达上调最显着的lncRNA CASC9。CASC9在食管鳞癌中特异性高表达,与ESCC患者的不良预后相关。过表达的CASC9通过下调PDCD4的表达促进食管鳞癌细胞的生长。CASC9在细胞核与细胞质中均有分布。细胞核中的CASC9通过招募EZH2到PDCD4启动子,催化PDCD4启动子区域H3K27me3,抑制PDCD4基因的转录活性,从而降低了PDCD4的表达量。我们的研究证明了PDCD4的表达受lncRNA调控,并且首次阐明了CASC9调控基因表达的分子机制,为理解lncRNA在食管鳞癌中的生物功能和作用机制提供了新的证据,也为ESCC的早期诊断和预后提供了一个潜在的分子标志物。

佚名[4]2007年在《原来篆刻这么有趣——李岚清与编辑的对话》文中认为问:您是什么时候开始学篆刻的?您为什么会对篆刻感兴趣呢?答:我自幼爱好我国传统文化。记得在初中时上劳作课,老师除要求我们完成规定的作业外,还要我们有自选作业。当时,我就选择在竹片上写字、刻字,还购得两方印石和一把修脚刀,自学篆刻。因无人指导,我只是刻了磨去,磨平再刻,直到自以为可当“作业”上交为止。自那以后,即从升入高中直到退休的五十多年时间,我再未刻过

杨茹[5]2007年在《“当代篆刻艺术大展”综述》文中提出二〇〇七年五月九日,“当代篆刻艺术大展”在北京中国美术馆隆重开幕,全国政协副主席李蒙,中宣部副部长李从军,中国文联党组书记、副主席、书记处书记胡振民,中国文联党组副书记、副主席覃志刚,中国文联党组成员、书记处书记廖奔,中国书协主席张海,中国书协顾问刘艺、张飙,中国书协分党组书记、驻会副主席兼秘书长赵长青,中国书协副主席申万胜、言恭达、邵秉仁,中宣部文艺局副局长汤恒,中宣部文艺局处长李晓

沈鹏[6]2007年在《傅山书学的原创精神——纪念傅山诞辰四百周年》文中研究指明明末清初是中国历史上天崩地坼的时代,也是思想、文化、艺术十分活跃的时期。这一时期有成就的书法家几乎都以强烈的个性和大胆的创造见长,傅山(一六〇七—一六八四)是其中的代表。傅山是我国历史上一流的杰出人物。今天人们通常把傅山只看作一位艺术家,而事实上,他首先是思想家、学者。一般说来,哲学、史学、文学等门类的修养对书画艺术具有显着的影响,特别是对傅山这样个性突出的书法家来说,意义更为重要。

参考文献:

[1]. 7个鼻咽癌相关基因单核苷酸多态性的筛查及其与鼻咽癌易感性的关联分析[D]. 何英. 中国人民解放军第一军医大学. 2003

[2]. 中华医学杂志2005年第85卷主题词索引[J]. 佚名. 中华医学杂志. 2005

[3]. lncRNA CASC9促食管鳞癌生长的功能及机制研究[D]. 吴园园. 第叁军医大学. 2017

[4]. 原来篆刻这么有趣——李岚清与编辑的对话[J]. 佚名. 中国书法. 2007

[5]. “当代篆刻艺术大展”综述[J]. 杨茹. 中国书法. 2007

[6]. 傅山书学的原创精神——纪念傅山诞辰四百周年[J]. 沈鹏. 中国书法. 2007

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7个鼻咽癌相关基因单核苷酸多态性的筛查及其与鼻咽癌易感性的关联分析
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