论文摘要
为了全面了解珍贵乡土树种火力楠转录组SSR位点的分布及序列特征,为火力楠遗传资源的保存和合理开发利用提供遗传学资料,为同属植物及近缘种SSR标记的开发及遗传研究提供便利。利用Illumina Hiseq2000高通量测序平台对火力楠进行转录组测序,再通过MISA软件对测序所得Unigenes进行SSR位点的发掘和分析。分析的结果显示发现含SSR的序列21 218条,共得到27 379个SSR,出现频率为28.08%,平均约每3 kb出现1个SSR。单碱基和二碱基重复为火力楠SSR主要重复单元类型,分别占SSR总数的42.18%和35.66%,所有重复基元共85种,其中(A/T) n所占比例最高41.65%,然后是(AG/CT)n(29.47%)、(AAG/CTT)n (6.83%)和(AC/GT)n (4.11%)。在SSR和CDS的交集基因中,共发现24 668个SSR位点,其中3 805个位于编码区,出现频率为0.099 SSR/kb,而非编码区为0.287 SSR/kb,在基因编码区中出现频率最高的是三碱基重复(2 030, 53.35%)。在SSR序列长度方面,长度变化范围最大的为单碱基重复SSR,其次是二碱基重复。火力楠转录组SSR位点的出现频率高、分布密度大、基元类型丰富、重复次数较高、长片段较多,具有较高的多态性潜能,用于遗传分析的潜力很大,能满足该物种的保护遗传学研究。
论文目录
文章来源
类型: 期刊论文
作者: 李清莹,仲崇禄,姜清彬,张勇,陈羽,魏永成,陈珍
关键词: 火力楠,转录组,特征,多态性
来源: 基因组学与应用生物学 2019年04期
年度: 2019
分类: 基础科学,医药卫生科技,农业科技
专业: 生物学,林业
单位: 中国林业科学研究院热带林业研究所热带林业研究国家林业局重点实验室
基金: 中央公益性科研院所基金项目(RITFYWZX201506,CAFYBB2016SZ002),“十三五”国家重点研发计划项目任务共同资助
分类号: S792.99;Q943.2
DOI: 10.13417/j.gab.038.001674
页码: 1674-1682
总页数: 9
文件大小: 268K
下载量: 164
相关论文文献
- [1].苦蒿瘦身法 赶走水桶腰[J]. 瘦佳人 2011(06)
- [2].青青苦蒿[J]. 散文选刊(原创版) 2020(06)
- [3].四川谐剧《苦蒿妹妹》[J]. 现代艺术 2018(12)
- [4].你在麦地(外二首)[J]. 星星(上旬刊) 2014(12)
- [5].苦蒿的性状和显微鉴定[J]. 时珍国医国药 2008(05)
- [6].HPLC法测定楚雄本地苦蒿中芦丁的含量[J]. 海峡药学 2018(09)
- [7].HPLC-MS/MS法测定大鼠血浆中苦蒿素质量浓度及药动学研究[J]. 中国新药杂志 2019(24)
- [8].不吃苦就想瘦 发掘减肥潜力 懒人一样暴瘦[J]. 瘦佳人 2010(08)
- [9].金龙胆草药材质量标准研究[J]. 中药材 2010(06)
- [10].都在那里悼念(组诗)[J]. 清明 2012(04)
- [11].毛细管电泳间接激光诱导荧光法测定苦蒿和青蒿中酸性成分[J]. 四川大学学报(工程科学版) 2011(04)
- [12].洛河(外二首)[J]. 青年作家(中外文艺版) 2010(12)