导读:本文包含了蛋白质同源模建论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:蛋白质,结构,半夏,毒素,大团,论文,图论。
蛋白质同源模建论文文献综述
史晓红,刘文斌[1]（2004）在《基于图论算法的蛋白质结构的同源模建》一文中研究指出蛋白质结构相互连接相互作用的性质,对蛋白质结构的同源模建产生较大困难,我们提出一种基于图论的最大团算法来克服这个困难。用氨基酸序列中残基的构象代表图中一个点,根据蛋白质结构中侧链原子与主链原子间的相互作用给每个点赋权,图中每条边连着一对残基,边的权值由两顶点间相互作用决定,由此构建了一个完全图。这样我们提出基于图论的最大团算法,寻找具有最优值的团,它们代表了残基之间的最佳匹配,这种算法可用在同源蛋白质结构的预测中。(本文来源于《’2004系统仿真技术及其应用学术交流会论文集》期刊2004-08-01）
岳俊杰[2]（1999）在《蛋白质结构同源模建方法研究及芋螺毒素与钙通道相互作用的计算机模拟》一文中研究指出电压门控N-型钙离子通道是与神经元中释放的神经信号传递有关的跨细胞膜的特殊蛋白质分子。它由好几个蛋白质亚基组成,其中的α1亚基包含了电压敏感器和钙离子的选择性孔道。该亚基的一级结构已经发表,一般认为α1亚基包含四个重复单位(Ⅰ-Ⅳ),每个重复单位包括6段跨膜区(S1-S6)。跨膜区S4上有很多正电荷,被认为是通道的电压敏感器。S5和S6之间的连接区P区被认为是形成通道的门孔的部分。N-型钙离子通道能够被ω-芋螺毒素特异性的阻断,这些ω-芋螺毒素的叁维结构已经由二维NMR方法测定。尽管还没有被证实,但一般认为ω-芋螺毒素占据了通道的孔道。有实验证明,第叁个重复单位的P区(ⅢP区)是通道和芋螺毒素结合的主要部位。在本文中,我们用分子模拟程序模建了ⅢP区的结构。为了对通道的阻断机理有一个清楚的了解,我们模拟了ⅢP区和叁种芋螺毒素GVIA、MVIIA和SO3作用的理论模型。在我们的模型中,GVIA与钙通道的作用方式可能与MVIIA不同,而MVIIA和SO3与钙通道的作用方式可能相同。我们还讨论了这些芋螺毒素中的关键残基的作用。 半夏蛋白是从一种传统的中草药叁叶半夏中提取的植物蛋白,它的分子量大约为48kd,是一个多亚基的蛋白。半夏蛋白曾作为抗早孕蛋白,用于终止小鼠的早期妊娠。半夏蛋白也是一种植物凝集素,它与兔红血球有专一的凝集活力,浓度低至每毫升2微克时仍有凝集作用。在本文中,我们从半夏中分离了半夏蛋白。X-射线衍射技术至今仍是研究蛋白质结构最有效的手段。为了研究半夏蛋白的叁维结构和阐明其结构功能关系,我们进行了其晶体生长的尝试。在实验中,我们采用的晶体生长方法是汽相悬滴扩散法。在生长时,经过大约一周的时间,半夏蛋白晶体在pH 7.5的PEG-4000的溶液中析出。 目前蛋白质和核酸序列的测定速度很快,另一方面,蛋白质结构的测定速度却比较慢。因为蛋白质序列和结构测定速度之间有一定差距,所以有很多蛋白质只知道其序列而不知道其叁维结构。蛋白质结构模建已经成为当前结构生物学的一个热点。目前蛋白质的结构模建已经发展了多种方法和软件。Homology和Modeler是其中两个比较常用和成熟的软件。Homology是一个帮助人们构建蛋白质结构的程序,它基于蛋白质的序列和其己知结构的参考蛋白的信息,是一个手动的程序。Modeler是一个自动的同源模建程序,它不需要确定结构(本文来源于《中国人民解放军军事医学科学院》期刊1999-10-01）
汤海旭,丁达夫[3]（1996）在《基于结构比较的蛋白质同源模建系统及其评估Ⅱ侧链的安装》一文中研究指出至今，有关蛋白质侧链的同源模建，除了在本体模板上安装侧链和少数限制条件下在同源模板上安装侧链的报道外，系统的研究和实施似乎还未见报道。本软件系统ＰＭＯＤＥＬＩＮＧ采用同源移植和“死端排除“相结合的侧链安装策略，对与模板蛋白相应践基具有相似大小和形状的目标残基采用直接移植的方法。其余铡链则用广义“死端排除定则”安装。经众多蛋白的测试，达到了较好的模建品质。(本文来源于《生物物理学报》期刊1996年01期）
汤海旭,丁达夫[4]（1995）在《用于蛋白质同源模建及叁维结构预测的结构比较方法》一文中研究指出继前面的工作把测试蛋白从叁族扩大到十一族，寻求联配参数的普适“缺省值”；比较不同的主链曲率和挠率的计算方法，进一步确认主链的折线线分几何刻划方法的有效性；寻找有效的可变缺失突变惩罚函数的形式。结果表明，编制的蛋白质多重联配软件系统是满意的，可用于蛋白质叁维结构预测。(本文来源于《生物物理学报》期刊1995年01期）
蛋白质同源模建论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
电压门控N-型钙离子通道是与神经元中释放的神经信号传递有关的跨细胞膜的特殊蛋白质分子。它由好几个蛋白质亚基组成,其中的α1亚基包含了电压敏感器和钙离子的选择性孔道。该亚基的一级结构已经发表,一般认为α1亚基包含四个重复单位(Ⅰ-Ⅳ),每个重复单位包括6段跨膜区(S1-S6)。跨膜区S4上有很多正电荷,被认为是通道的电压敏感器。S5和S6之间的连接区P区被认为是形成通道的门孔的部分。N-型钙离子通道能够被ω-芋螺毒素特异性的阻断,这些ω-芋螺毒素的叁维结构已经由二维NMR方法测定。尽管还没有被证实,但一般认为ω-芋螺毒素占据了通道的孔道。有实验证明,第叁个重复单位的P区(ⅢP区)是通道和芋螺毒素结合的主要部位。在本文中,我们用分子模拟程序模建了ⅢP区的结构。为了对通道的阻断机理有一个清楚的了解,我们模拟了ⅢP区和叁种芋螺毒素GVIA、MVIIA和SO3作用的理论模型。在我们的模型中,GVIA与钙通道的作用方式可能与MVIIA不同,而MVIIA和SO3与钙通道的作用方式可能相同。我们还讨论了这些芋螺毒素中的关键残基的作用。 半夏蛋白是从一种传统的中草药叁叶半夏中提取的植物蛋白,它的分子量大约为48kd,是一个多亚基的蛋白。半夏蛋白曾作为抗早孕蛋白,用于终止小鼠的早期妊娠。半夏蛋白也是一种植物凝集素,它与兔红血球有专一的凝集活力,浓度低至每毫升2微克时仍有凝集作用。在本文中,我们从半夏中分离了半夏蛋白。X-射线衍射技术至今仍是研究蛋白质结构最有效的手段。为了研究半夏蛋白的叁维结构和阐明其结构功能关系,我们进行了其晶体生长的尝试。在实验中,我们采用的晶体生长方法是汽相悬滴扩散法。在生长时,经过大约一周的时间,半夏蛋白晶体在pH 7.5的PEG-4000的溶液中析出。 目前蛋白质和核酸序列的测定速度很快,另一方面,蛋白质结构的测定速度却比较慢。因为蛋白质序列和结构测定速度之间有一定差距,所以有很多蛋白质只知道其序列而不知道其叁维结构。蛋白质结构模建已经成为当前结构生物学的一个热点。目前蛋白质的结构模建已经发展了多种方法和软件。Homology和Modeler是其中两个比较常用和成熟的软件。Homology是一个帮助人们构建蛋白质结构的程序,它基于蛋白质的序列和其己知结构的参考蛋白的信息,是一个手动的程序。Modeler是一个自动的同源模建程序,它不需要确定结构
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
蛋白质同源模建论文参考文献
[1].史晓红,刘文斌.基于图论算法的蛋白质结构的同源模建[C].’2004系统仿真技术及其应用学术交流会论文集.2004
[2].岳俊杰.蛋白质结构同源模建方法研究及芋螺毒素与钙通道相互作用的计算机模拟[D].中国人民解放军军事医学科学院.1999
[3].汤海旭,丁达夫.基于结构比较的蛋白质同源模建系统及其评估Ⅱ侧链的安装[J].生物物理学报.1996
[4].汤海旭,丁达夫.用于蛋白质同源模建及叁维结构预测的结构比较方法[J].生物物理学报.1995
论文知识图
