导读:本文包含了连锁不平衡论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:多态性,不平衡,基因,维吾尔族,隐私,复合物,相容性。
连锁不平衡论文文献综述
李毓,王海霞,胡云华,张向辉,郭恒[1]（2019）在《新疆维吾尔族代谢综合征患者CETP基因单体型和连锁不平衡分析》一文中研究指出目的探索胆固醇酯转运蛋白(CETP)基因多态位点之间的连锁不平衡和单体型对新疆维吾尔族代谢综合征(MS)及其各组分的影响。方法遵从成组匹配原则,经性别匹配后从前期调查的5692名维吾尔族成年人中随机选择280例代谢综合征患者和291例健康对照者,用多重单碱基延伸单核苷酸多态性(SNP)分型技术检测CETP基因六个位点(rs5882、rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272)多态性。结果(1) rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272位点的基因型和等位基因频率分布在对照组和病例组之间差异有统计学意义(P<0. 05)。(2) rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272位点多态性均与维吾尔族MS密切相关(P<0. 05)。(3) rs1800775位点多态性与空腹血糖升高、低高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)血症有关; rs3764261与rs12149545位点多态性均与中心性肥胖、空腹血糖升高、高甘油叁酯(TG)血症、低HDL-C血症有关; rs711752位点多态性与低HDL-C血症有关; rs708272位点多态性与高TG血症、低HDL-C血症有关。(4) rs3764261位点与rs12149545位点(D’=1. 000,r~2=0. 931),rs711752位点与rs708272位点(D’=1. 000,r~2=0. 996)间存在完全连锁不平衡。(5) A-A-T-A-A-T(P<0. 001,OR=0. 435,95%CI=0. 306-0. 620)和G-A-T-A-A-T(P=0. 042,OR=0. 648,95%CI=0. 426-0. 986)单体型在对照组的频率高于病例组。结论 CETP基因位点多态性(rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272)与维吾尔族MS及其各组分间均密切相关; rs3764261位点与rs12149545位点以及rs711752位点与rs708272位点之间存在完全连锁不平衡关系; A-A-T-A-A-T和G-A-T-A-A-T单体型可能是维吾尔族人群中MS的保护因素。(本文来源于《石河子大学学报(自然科学版)》期刊2019年03期）
王东梅,刘娜,王丽君,李伟,张丹[2]（2019）在《北方汉族MICA基因遗传多态性及与HLA-B连锁不平衡研究》一文中研究指出目的了解MICA等位基因在中国北方汉族的分布及与HLA-B基因型的连锁关系。方法用直接测序法对北方汉族224个标本的HLA-B和MICA基因的2—6外显子进行测序。用Arlequin软件统计分析2个位点间的连锁关系。结果发现18个MICA的等位基因,其中MICA~*002(16.07%),MICA~*008(23.21%)和MICA~*010(21.65%)最为常见。MICA~*010-HLA-B~*46∶01,MICA~*045-HLA-B~*13∶01,MICA~*049-HLA-B~*51∶01有明显的连锁关系。结论北方汉族人群呈现特异MICA等位基因库,MICA与HLA-B具有连锁关系。(本文来源于《中国输血杂志》期刊2019年05期）
赖瑞强[3]（2019）在《烟草青枯病抗性的连锁与连锁不平衡联合作图》一文中研究指出烟草青枯病是影响烟草产质量的主要病害之一,该病的发生常造成重大的经济损失。选育优良抗病品种是减少青枯病发生的最佳措施,而运用与抗病相关的分子标记辅助抗病材料的筛选能加速品种选育的进程。因此,了解青枯病抗病遗传特性,探测和发掘与青枯病抗性密切相关的优异等位基因,辅助烟草抗病材料的筛选,对提高烟草抗青枯病的能力至关重要。现阶段,青枯病抗病遗传分析主要采用连锁分析或关联分析;然而,烟草青枯病抗性属于数量性状遗传,单纯利用连锁分析或关联分析对其进行研究,探测到的信息有限。因此,本研究利用一个包含133份F_7单粒传重组自交系(Recombinant inbred lines,RILs)群体和一个包含94份种质的自然群体分别进行连锁分析和关联分析,并利用共同的分子标记开展联合作图,探讨烟草青枯病的抗病遗传。主要研究结果如下:1、应用R语言对RIL群体和自然群体多年多点的青枯病病情指数进行主效可加互作可乘(Additive main effects and multiplicative interaction,AMMI)模型分析,获悉基因型和环境对供试烟草表型的作用力。结果发现环境因子对两个群体的烟草青枯病抗性的影响最大,其次为基因型,而基因型与环境的交互作用的影响效应最小。对各株系和各种质材料对青枯病抗性的稳定性进行评价,发现RIL群体的稳定性较自然群体的高;其中,RIL群体各株系的稳定性参数在0.007~0.798之间,平均为0.510,株系稳定性具有明显差异,稳定性最好的材料为株系48;而自然群体各材料的稳定性参数在0.532~0.619之间,平均为0.605,材料间稳定性差异不明显,稳定性最好的种质为“丰字6号”。2、利用253个SSRs和293个InDels共546个分子标记对133份RILs进行基因分型,继而构建了一张包含192个SSRs和271个InDels共463个标记的遗传连锁图谱。该图谱覆盖基因组总长度为1230.73 cM,标记平均间距为2.66 cM。据此,利用4个环境中RIL群体各株系的病情指数数据进行QTL定位,探测到4个QTLs,即qTBWR-6-E4、qTBWR-11-E3、qTBWR-17-E1和qTBWR-18-E2。这些QTLs的LOD值均大于3,且青枯病病情指数的表型变异解释率均超过10%,分别位于连锁群6、连锁群11、连锁群17和连锁群18。该结果丰富了青枯病抗性的QTL位点,为分子标记辅助育种积累了理论基础。3、利用546个分子标记对94份烟草种质组成的自然群体进行基因分型和群体结构分析,开展基于连锁不平衡的关联分析探测与青枯病抗性相关的分子标记。结果表明546个标记在94份烟草种质中检测到1503个等位变异位点,平均每个标记为2.75个位点;这些标记的多态性信息量(PIC)值在0.1007~0.8760之间,平均为0.4584。基于等位变异位点信息,构建了376个单倍型;在此基础上进行群体结构分析,将94份种质划分为2个类群,表明本研究烟草种质的群体结构简单,有利于减少伪关联。二年田间鉴定数据分别与376个单倍型和1503个标记位点进行关联分析,发现8个单倍型和17个等位位点对青枯病病情指数的表现变异解释率分别达到8.21%~11.42%和7.91%~23.31%。4、利用RIL群体和自然群体进行连锁与连锁不平衡联合作图分析,在平行作图分析中发现单倍型Hap227与qTBWR-18-E2在连锁群LG18上的距离仅1.14cM,而单倍型Hap363与qTBWR-17-E1在连锁群LG17的距离为3.15 cM,因此这两个区段可能存在青枯病抗性的相关基因。在整合作图中共发现到8个单倍型和10个等位变异与烟草青枯病抗病性相关,对青枯病病情指数的表现变异解释率分别在4.95%~7.06%和3.49%~6.27%之间。另外,在连锁分析中检测到的QTL qTBWR-6-E4其左翼标记RAD-66中的两个变异位点(亦为单倍型Hap’159)在整合作图分析中被探测到与抗病性相关;还有单倍型Hap’545、Hap’546(亦为单倍型Hap363)和变异位点S’1及S’3在94份材料的关联分析和整合作图分析中均被探测到与抗病性相关。5、检测经连锁分析、关联分析和整合作图分析其中两种或以上方法共同发现的与抗病性相关的4个单倍型(Hap’159、Hap’545、Hap’546、Hap227)和2个变异位点(S’1和S’3)的效应,发现Hap’159和Hap’546对青枯病病情指数具有减效效应,而Hap’545、Hap227、S’1和S’3为增效效应。利用这些单倍型和位点共同评价烟草材料,发现减效效应可达到-12.91,远高于单一单倍型或位点或它们间的其他不同组合评价的平均效应值,且其载体材料全部表现出抗性。通过分子标记结合稳定性参数,发现1个具有高抗且较稳定的重组自交系株系106,其稳定性参数为0.094,两年多点环境下的平均病情指数仅为5.56。研究结果可为烟草青枯病抗病材料的分子标记辅助筛选提供参考。(本文来源于《广州大学》期刊2019-05-01）
刘海,吴振强,彭长根,雷秀娟[4]（2019）在《SNP连锁不平衡下的基因隐私保护模型》一文中研究指出人类基因测序技术的快速发展,测序成本大幅降低,使基因数据得到广泛的应用,在全基因组的单核苷酸多态性与疾病关联研究中,单核苷酸多态性与患者的身份、表型和血缘关系等敏感信息相关联,单核苷酸多态性连锁不平衡容易导致患者的隐私信息泄露.为此,基于单核苷酸多态性连锁不平衡相关系数,提出矩阵差分隐私保护模型以实现基因数据和单核苷酸多态性连锁不平衡的隐私保护,同时确保基因数据具有一定的效用.该模型可以实现单核苷酸多态性连锁不平衡下全基因组关联研究中基因数据隐私与效用的权衡,并对单核苷酸多态性连锁不平衡下的基因隐私保护具有促进作用.(本文来源于《软件学报》期刊2019年04期）
何悦洋,李江峰,聂亚莉,张弛,马亚楠[5]（2019）在《CYP3A4 rs4646440与rs2242480及CYP3A5 rs776746连锁不平衡分析及其对肝组织CYP3A4表达及活性的影响》一文中研究指出目的:研究CYP3A4 rs4646440与rs2242480、CYP3A5 rs776746之间的连锁不平衡关系及其对肝组织中CYP3A4表达及活性的影响。方法:收集54例成人正常肝组织样本,PCR扩增后直接测序,对肝组织上述位点的基因多态性进行分析,并用qRT-PCR、高效液相色谱法检测22例样品中CYP3A4 mRNA表达及活性。结果与结论:rs4646440 T、rs2242480 A和rs776746 G等位基因频率分别为16. 7%、18. 5%和70. 4%;叁者之间存在较强的连锁不平衡,其中rs4646440与rs2242480的连锁关系强于与rs776746的连锁关系,而rs4646440与rs776746的连锁关系弱于rs2242480与rs776746。在正常肝组织中rs4646440基因多态性与CYP3A4 mRNA表达水平及活性无关。(本文来源于《郑州大学学报(医学版)》期刊2019年02期）
胡蓉,谢骊,王彦,程君,李真真[6]（2019）在《VKORC1及CYP2C9基因多态性和连锁不平衡 对华法林临床应用的影响》一文中研究指出目的调查维生素K环氧化物还原酶复合物亚基1(VKORC1)、细胞色素P450(CYP)2C9和CYP2C19的等位基因分布,不同等位基因变异的贡献和可能的基因-基因相互作用对华法林治疗的影响。方法共纳入492名患者,并对VKORC1、CYP2C9和CYP2C19的单核苷酸多态性进行基因分型。结果 CYP2C9*1等位基因与CYP2C19*2和CYP2C19*17(D'=1)完全连锁不平衡。表达为VKORC1 GA、VKORC1 AA、CYP2C9*2和CYP2C9*3的等位基因变异患者需要比表达为VKORC1 GG或CYP2C9*1的野生型患者更低的华法林剂量。华法林稳定剂量和INR> 5事件的CYP2C19等位基因各种变异之间差异无统计学意义。表达为CYP2C19*2/*2、CYP2C19*2/*17和CYP2C19*17/*17基因型患者倾向于比CYP2C19*1/*1基因型患者需要更高的华法林剂量。逐步回归分析显示,年龄和性别是华法林剂量的显着影响因素。在单变量一般线性模型分析中检测到CYP2C9和VKORC1对华法林剂量和INR> 5事件没有统计学意义上的相互作用。结论 VKORC1和CYP2C9的基因多态变体独立影响华法林剂量,而CYP2C19不影响华法林治疗。(本文来源于《中南药学》期刊2019年02期）
王宋兴,徐筠娉,何柳媚,洪文旭,高素青[7]（2018）在《深圳地区汉族献血人群MICA等位基因多态性及其与HLA-B基因的连锁不平衡分析》一文中研究指出目的研究主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A位点(Major Histocompatibility Complex ClassⅠChain-related Gene A,MICA)在深圳地区汉族献血人群中的分布特点及其与人类白细胞抗原B位点(Human Leukocyte Antigen Locus B,HLA-B)基因的连锁不平衡关系。方法采用基于聚合酶链反应-碱基序列直接测序(PCR-SBT)方法对143名随机深圳地区汉族献血者进行MICA和HLA-B基因高分辨分型,并采用Pypop软件分析等位基因频率、单倍型频率和连锁不平(本文来源于《中国输血协会第九届输血大会论文专辑》期刊2018-11-01）
苗百更[8]（2018）在《寒地水稻种质品质特性及其连锁不平衡分析》一文中研究指出寒地水稻素来以品质优良着称,随着人们生活水平的提高,对稻米品质需求也越来越高。对寒地水稻种质资源品质进行分析,并对控制水稻各品质的基因位点进行定位研究,对促进寒地水稻优质米分子辅助选育具有重要意义。连锁不平衡分析是获得与目标性状紧密连锁位点的有效方法。本研究以158份寒地水稻种质为材料,对糙米率、精米率、整精米率、粒长、粒宽、长宽比、垩白率和蛋白质含量8个品质性状进行变异分析、相关分析和聚类分析,以期明晰寒地水稻种质资源品质性状特征,为优质品种培育的亲本选择提供理论依据;利用分布于水稻全部12条染色体上的267对SSR引物对以上8种性状进行连锁不平衡分析,以期获得与寒地水稻品质紧密相关的SSR标记,为寒地水稻分子辅助育种提供选择工具。本研究主要得出以下结果:(1)对158份寒地水稻种质资源品质性状测定结果显示,供试寒地水稻的8个品质特性中,垩白率的变异系数最大,为73.56%,其次是长宽比,为12.44%,其余各指标变异系数均小于10%,其中变异系数最小的是糙米率,为1.93%。(2)对158份供试材料各品质性状进行相关分析,结果表明,糙米率与精米率、垩白率之间呈极显着正相关;精米率与整精米率之间呈极显着正相关,与垩白率之间呈极显着负相关;整精米率与蛋白质含量之间呈显着负相关;粒长与粒宽、长宽比之间呈极显着正相关;粒宽与长宽比之间呈极显着负相关。(3)以品质性状特征值进行聚类分析,将158份供试材料分为7个类群,第I类水稻糙米率、精米率和整精米率平均表现最好;第V类群长宽比最高,第II类群长宽比最低;第V类垩白率平均值最低,仅为4.34%;第VII类水稻蛋白质含量最高。(4)使用267对SSR标记与158份供试寒地水稻种质资源的品质性状进行连锁不平衡分析,结果显示:与糙米率显着相关的SSR位点有7个,分布在水稻第1、3、4、5、10染色体上,可以解释7.07%~11.83%的表型变异;与精米率显着相关的SSR位点有7个,分布在水稻第1、2、3、5、9、10染色体上,可以解释8.49%~16.87%的表型变异;与整精米率显着相关的SSR位点有10个,分布在水稻第1、4、5、9、10染色体上,可以解释7.42%~16.19%的表型变异;与粒长显着相关的SSR位点有9个,分布在水稻第3、5、6、7、8染色体上,可以解释6.89%~23.07%的表型变异;与粒宽显着相关的SSR位点有5个,分布在水稻第1、7、9、12染色体上,可以解释7.26%~19.94%的表型变异;与长宽比显着相关的SSR位点共有10个,位于水稻第3、4、5、8、9、11染色体上,可以解释6.87%~17.24%的表型变异;与垩白率显着相关的SSR位点共有5个,分布于水稻第1、6、8、11染色体上,可以解释6.42%~21.45%的表型变异;与蛋白质含量显着相关的SSR位点只有2个,分别位于水稻第6和第7染色体上,分别解释8.62%和12.43%的表型变异。(本文来源于《佳木斯大学》期刊2018-06-01）
魏利斌,苗红梅,李春,段迎辉,徐芳芳[9]（2017）在《芝麻SNP和InDel标记遗传多样性、群体结构及连锁不平衡分析》一文中研究指出为了利用关联分析发掘芝麻种质资源中所携带的优异等位基因,并了解其对目标性状的贡献值。本研究利用随机分布于芝麻基因组中的206对多态性分子标记(167对SNP标记和39对In Del标记),对101份来自国内外的芝麻材料进行遗传多样性、亲缘关系、群体结构及连锁不平衡分析。206对标记共检测到413个等位基因;标记位点的基因多样性范围在0.01~0.53,平均为0.35;多态性信息含量(PIC)变幅为0.01~0.46,平均为0.28。供试芝麻材料间的遗传距离变幅为0.08~0.88,平均为0.43。聚类结果显示101份芝麻材料被划分为两大亚群:中国绝大部分(93.42%)芝麻材料被划分为第一大亚群,国外绝大部分(80.0%)芝麻材料被划分为第二大亚群。中国北方区(NR)与美洲区(AMR)的材料遗传距离最远(0.36);中国北方区(NR)与中部区(CR)的遗传距离最近(0.04)。群体结构分析显示供试芝麻群体由2个亚群组成,该结果与聚类分析以及主坐标分析结果一致。另外,绝大多数芝麻材料(>84%)间的亲缘关系较远(亲缘关系值<0.2)。连锁不平衡分析显示不同位点组合间存在一定程度的LD。利用SNP和InDel标记成功分析了101份芝麻品种的遗传多样性、亲缘关系、群体结构和连锁不平衡程度,本研究结果为后期芝麻杂交组合的配置以及利用关联分析准确挖掘芝麻有利基因提供了依据。(本文来源于《分子植物育种》期刊2017年08期）
宋远方,夏腾飞,徐金青,王寒冬,沈裕虎[10]（2017）在《334份青藏高原野生大麦群体结构及连锁不平衡水平分析》一文中研究指出利用1 389个DArT标记对334份青藏高原西藏野生大麦材料进行遗传多样性、群体结构和连锁不平衡水平分析。结果显示,参试群体DArT标记的多态性信息含量(PIC)值为0.005 6~0.500 0,平均值为0.248 9。运用贝叶斯、主坐标分析2种方法对野生大麦的群体结构进行研究。结果显示参试材料存在明显的群体分层,各个亚群中的个体不同来源、不同棱形、不同皮裸性混杂分布。以标记位点间的相关系数平方(r~2)作为衡量连锁不平衡(LD)水平的参数,在整体上,LD水平随着遗传距离的增加递减,各个染色体内也有相同的趋势,不同染色体的LD水平不同。以r~2=0.2为阈值统计,大于0.2的位点组合中,P<0.001的位点组合比例为3.31%,r~2的平均值为0.454;群体的LD衰减距离为0.3cM,衰减较快。青藏高原地区野生大麦群体结构和连锁不平衡水平的研究为杂交育种和关联图谱的构建奠定了良好的基础。(本文来源于《西北农业学报》期刊2017年02期）
连锁不平衡论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的了解MICA等位基因在中国北方汉族的分布及与HLA-B基因型的连锁关系。方法用直接测序法对北方汉族224个标本的HLA-B和MICA基因的2—6外显子进行测序。用Arlequin软件统计分析2个位点间的连锁关系。结果发现18个MICA的等位基因,其中MICA~*002(16.07%),MICA~*008(23.21%)和MICA~*010(21.65%)最为常见。MICA~*010-HLA-B~*46∶01,MICA~*045-HLA-B~*13∶01,MICA~*049-HLA-B~*51∶01有明显的连锁关系。结论北方汉族人群呈现特异MICA等位基因库,MICA与HLA-B具有连锁关系。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
连锁不平衡论文参考文献
[1].李毓,王海霞,胡云华,张向辉,郭恒.新疆维吾尔族代谢综合征患者CETP基因单体型和连锁不平衡分析[J].石河子大学学报(自然科学版).2019
[2].王东梅,刘娜,王丽君,李伟,张丹.北方汉族MICA基因遗传多态性及与HLA-B连锁不平衡研究[J].中国输血杂志.2019
[3].赖瑞强.烟草青枯病抗性的连锁与连锁不平衡联合作图[D].广州大学.2019
[4].刘海,吴振强,彭长根,雷秀娟.SNP连锁不平衡下的基因隐私保护模型[J].软件学报.2019
[5].何悦洋,李江峰,聂亚莉,张弛,马亚楠.CYP3A4rs4646440与rs2242480及CYP3A5rs776746连锁不平衡分析及其对肝组织CYP3A4表达及活性的影响[J].郑州大学学报(医学版).2019
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[7].王宋兴,徐筠娉,何柳媚,洪文旭,高素青.深圳地区汉族献血人群MICA等位基因多态性及其与HLA-B基因的连锁不平衡分析[C].中国输血协会第九届输血大会论文专辑.2018
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[9].魏利斌,苗红梅,李春,段迎辉,徐芳芳.芝麻SNP和InDel标记遗传多样性、群体结构及连锁不平衡分析[J].分子植物育种.2017
[10].宋远方,夏腾飞,徐金青,王寒冬,沈裕虎.334份青藏高原野生大麦群体结构及连锁不平衡水平分析[J].西北农业学报.2017
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