导读:本文包含了序列测定论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,序列,线粒体,病毒,呼吸道,松毛虫,鳞翅目。
序列测定论文文献综述
杨剑波,唐文,蒯冬灵,秦虎,吴井生[1]（2019）在《梅山猪线粒体基因组全序列测定与分析》一文中研究指出采用PCR测序技术对梅山猪线粒体基因组进行测序,并对其特征进行分析。结果表明,梅山猪线粒体基因组序列全长16 730 bp,包含13个蛋白编码基因,2个rRNA,22个tRNA和1个非编码控制区(D-loop);蛋白编码基因起始密码子分别为ATA(ND2、ND3和ND5),GTG(ND4L),剩余均为ATG,终止密码子分别为TAG(ND1、ND2)、AGA(CytB)、TAA(COX1、ATP8、ATP6、ND4L、ND5和ND6),其余为不完全密码子T;22个tRNA中除tRNA-Ser(AGY)缺少DHU臂外,其余tRNA均可形成典型叁叶草结构;线粒体控制区全长1 294 bp,包括26个串联重复序列(CGTGCGTACA),以及TAS-3、TAS、OH、CSB-1、CSB-2、CSB-3和LSP等保守框。采用MEGA X最大似然法基于线粒体全序列构建进化树,梅山猪(小型)与陆川猪最为相近。(本文来源于《畜牧与兽医》期刊2019年12期）
张锋,洪波,王远征,李英梅,陈志杰[2]（2019）在《枣食芽象甲线粒体基因组全序列测定与系统发育分析》一文中研究指出【目的】从线粒体基因组水平上探讨枣食芽象甲Scythropus yasumatsui与近缘种的系统发育关系。【方法】利用Illumina MiSeq测序平台对枣食芽象甲线粒体基因组进行测序,对基因组序列进行拼装、注释和特征分析;利用贝叶斯法和最大似然法构建基于象甲科13个物种的线粒体基因组13个蛋白质编码基因核苷酸序列的系统发育树。【结果】结果表明,枣食芽象甲线粒体基因组全长为16 472 bp(GenBank登录号:MF807224),包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个非编码控制区,37个基因的排列顺序与祖先昆虫的线粒体基因排列顺序一致。13个蛋白质编码基因的起始密码子为ATN,其中除了cob和nad1基因的完全终止密码子为TAG外,其余11个基因的完全终止密码子为TA(A)。22个tRNA基因中除了trnS1缺少DHU臂,反密码子由GCT变为TCT外,其余均能形成典型的叁叶草结构。基于13个蛋白质编码基因序列构建的系统发育树结果显示,象甲科8个亚科系统发育关系为:(((隐喙象亚科(Cryptorhynchinae)+(象虫亚科(Curculioninae)+魔喙象亚科(Molytinae)))+长小蠹亚科(Platypodinae))+(粗喙象亚科(Entiminae)+Cyclominae亚科))+隐颏象亚科(Dryophthorinae)+小蠹亚科(Scolytinae))。【结论】在13种象甲科昆虫物种中,同属于粗喙象亚科的枣食芽象甲与南美果树象甲Naupactus xanthographus在系统发育树中聚为同一分支,表明基于线粒体基因组全序列的分子系统发育结果与传统的形态分类结果是一致的。(本文来源于《昆虫学报》期刊2019年11期）
郝文君,马静,陈晓慧,马晓玲,孔伟秀[3]（2019）在《藏羊MIF基因的序列测定与分析》一文中研究指出为了研究藏羊MIF基因核苷酸序列及其蛋白质特性,试验采用RT-PCR方法扩增藏羊MIF基因并测序。结果表明:藏羊MIF基因长度为348 bp,编码115个氨基酸;藏羊MIF基因与参考绵羊、瘤牛、普通牛、水牛和山羊核苷酸序列同源性依次为100%、99.7%、99.7%、99.4%和100%,氨基酸序列同源性均为100%;MIF蛋白无信号肽和跨膜螺旋区,具有N-糖基化位点、蛋白激酶C位点、N-肉豆蔻酰化位点、酪氨酸激酶磷酸化位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和巨噬细胞移动抑制因子家族等修饰位点。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2019年20期）
王瑶,孔祥波,张苏芳,刘福,张真[4]（2019）在《云南松毛虫线粒体基因组全序列测定和分析》一文中研究指出[目的]测定和分析了云南松毛虫线粒体基因组特征,从线粒体基因组水平探究鳞翅目蛾类昆虫高级阶元的系统发育关系。[方法]采用Illumina HiSeq测序方法测定了云南松毛虫线粒体全基因组序列,参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组的全序列对其各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 2.0在线预测云南松毛虫线粒体基因组tRNA基因的二级结构。基于线粒体全基因组的蛋白编码序列构建了鳞翅目13个科32种蛾类昆虫的系统发育树和松毛虫属近缘种间的系统发育树。[结果]结果显示云南松毛虫线粒体基因组全长15 443 bp,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和一段长度为321 bp的A+T富含区,无基因重排,存在较高的A+T含量(80.0%)。13个蛋白编码基因中除了ND2和COX1,其余均以ATN做为起始密码子。9个蛋白编码基因共享相同的终止密码子TAA(ND2、ATP8、ATP6、COX3、ND5、ND4L、ND6、CYTB和ND1),其他4个基因的终止密码子都是残缺的,COX1、COX2、ND4以T为终止密码子,ND3以TA为终止密码子。22个tRNA基因中,除了tRNA~(Ser(AGN))由于缺少DHU臂无法构成叁叶草结构,其余T均为典型的叁叶草结构。整个线粒体结构与鳞翅目中目前已得到的其他昆虫线粒体基因组结构一致。[结论]系统发育分析结果显示,云南松毛虫与思茅松毛虫是完全不同的近缘种,与其他松毛虫亲缘关系也较远,云南松毛虫与6种近缘种的系统发育关系为:(((((油松毛虫+文山松毛虫)+赤松毛虫)+落叶松毛虫)+(思茅松毛虫+云南松毛虫))+家蚕)。鳞翅目蛾类各科之间的系统发育关系为:((((((((毒蛾科+灯蛾科)+夜蛾科)+舟蛾科)+(尺蛾科+(蚕蛾科+(天蛾科+大蚕蛾科))))+枯叶蛾科)+(螟蛾科+草螟科))+卷蛾科)+蝙蝠蛾科)。(本文来源于《林业科学研究》期刊2019年05期）
薛向红,卜研,赵建军,史宁,胡博[5]（2019）在《犬瘟热病毒弱毒和野毒的全基因组扩增及序列测定》一文中研究指出分析比对了GenBank中已公布的23株犬瘟热病毒全基因组序列,针对保守区设计了11对特异性通用引物,用于扩增犬瘟热病毒野毒株和疫苗株全基因组。通过优化11对引物的工作浓度及退火温度等条件,对保存的3株疫苗毒CDV3株、OR12株、CDV/R-20/8株和2株野毒HBF-1株和SD(14)07株进行了全基因组扩增。取5μL扩增产物进行1%琼脂糖凝胶电泳,结果显示11对通用引物对以上5株犬瘟热病毒扩增后,均获得11个特异性目的片段,条带大小与预期相符。选取疫苗毒OR12株和野毒HBF-1株的进行全基因组序列测定,与GenBank中已公布的序列进行比对,同源性均大于99.0%,证实这11对特异性通用引物能够实现对犬瘟热病毒野毒和弱毒全基因组的准确扩增,并获得准确的全基因组序列。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2019年09期）
樊林娟,唐中伟,卫雪红[6]（2019）在《新绛地方发酵食品酵子中酵母菌基因序列测定和分析》一文中研究指出本研究以新绛酵子为材料,通过微生物学方法分离筛选出酵母菌,观察其在PDA培养基上菌落的形态特征,并对其进行美蓝染色鉴定。采用CTAB法提取酵母细胞核中的DNA,再利用ITS引物进行PCR扩增,通过凝胶电泳分析,测定该酵母菌菌株的ITS序列。然后利用Blast与MEGA软件得出:该菌株与酿酒酵母相似度较高,相似度为99.5%,属于酿酒酵母属。本研究为今后该菌株的特性和发酵机理研究奠定了基础。(本文来源于《现代食品》期刊2019年14期）
周旋,林媛,徐炀,游江,方守国[7]（2019）在《稻瘟菌中一种弱毒相关真菌病毒Magnaporthe oryzae polymycovirus 1的基因组序列测定与生物学性状分析》一文中研究指出在分离自湖北省天门市的稻瘟菌菌株TM02中发现了一种新型dsRNA病毒,暂命名为Magnaoporthe oryzae polymycovirus 1 (MoPmV1)。MoPmV1基因组包含四条独立的dsRNA,通过克隆测序获得了四条dsRNA的全长核酸序列信息,并上传至GenBank,其登录号依次为MH231406.1、MH231407.1、MH231408.1和MH231409.1。其中dsRNA1全长2401bp,推测其36～2 334区段编码一个多肽a1,包含一个RNA依赖的RNA聚合酶(RDRP)结构域;dsRNA2全长2 233bp,推测其72—22 163区段编码一个功能未知的假定蛋白b1;dsRNA3全长1 963bp,推测其55～1 891区段编码一个功能未知的假定蛋白c1;dsRNA4全长1 324bp,推测其159～950区段和1 040～1 324区段分别编码两个功能未知的假定蛋白d1和d2。Blast序列比对和系统进化发育分析表明,MoPmV1与一些新近报道的未分类的真菌dsRNA病毒,如Beauveria bassiana polymycovirus 2、Aspergillus fumigatus tetramycovirus-1和Botryosphaeria dothidea virus 1等具有较近的亲缘关系。dsRNA提取克隆和RT-PCR分析在分离自湖南、贵州、云南、海南、浙江、福建、江苏、安徽和湖北等各省的稻瘟菌菌株中都发现了MoPmV1的存在,提示了该病毒在稻瘟菌群体中分布的广泛性。多次的病毒粒体提取实验表明MoPmV1在稻瘟菌细胞中不形成病毒粒子。通过对TM02菌株的药物处理和单分生孢子分离,获得了多个脱除MoPmV1病毒的单孢后代菌株。通过脱毒菌株与TM02和含有MoPmV1的单孢后代菌株的对比发现,MoPmV1可显着降低稻瘟菌的生长速率和分生孢子产量;离体大麦叶片与感病品种水稻叶片接种实验表明,MoPmV1可显着降低病斑大小;活体感病品种水稻接种实验表明,MoPmV1能显着降低病斑形成的数量和大小。综合分析表明,MoPmV1是一种新型的真菌dsRNA病毒,能够在稻瘟菌中造成弱毒现象,具有潜在的生物防治应用价值。(本文来源于《中国植物病理学会2019年学术年会论文集》期刊2019-07-20）
朱传凤,瓦晓霞,傅生芳,马超[8]（2019）在《人呼吸道合胞病毒兰州株全基因组序列测定及分析》一文中研究指出目的为了解人呼吸道合胞病毒(human respiratory syncytium virus,HRSV)兰州株(HRSV LZ01/09)的遗传特征及分子进化规律,进一步丰富RSV基因组数据库,对HRSV LZ01/09的全基因组序列进行测定及分析。方法通过RT-PCR法对HRSV LZ01/09全基因组片段进行扩增及序列测定,利用分子生物学软件对测序结果进行拼接,并与GenBank登录的RSV实验参比株和各基因型代表株进行分子进化分析。结果 HRSV LZ01/09全基因组全长为15 204 bp,基因组的结构为NS1-NS2-N-P-M-SH-G-F-M2-1-M2-2-L,与报道的RSV实验参比株相同;全基因组序列比对分析表明,HRSV LZ01/09兰州株基因组序列与RSV RSS2株的同源性最高,为96. 7%,与其他RSV-A亚型毒株同源性次之,为94. 9%～95. 2%,与RSV-B亚型9320株同源性最低,为80. 9%;依据RSV-G基因的第2个可变区进行系统进化树分析,HRSV LZ01/09兰州株基因组与NA1病毒分离株属于同一个分支。结论 HRSV LZ01/09兰州株病毒基因组具有RSV的遗传特征,属于RSV-A亚型,基因型属于NA1型。(本文来源于《中国生物制品学杂志》期刊2019年07期）
傅生芳,王婉,马超[9]（2019）在《一株B亚型人呼吸道合胞病毒兰州分离株的全基因序列测定及其分子特征分析》一文中研究指出人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)是每年引起婴幼儿和老年人下呼吸道感染的主要病毒性病原,在全球造成了高疾病负担,明确RSV流行毒株的遗传背景是其流行病学研究和预防控制的基础。为了解HRSV兰州分离株RSV B/LZ11/12的全基因组序列、分子结构特征及遗传变异情况,本研究对其全基因组进行扩增克隆和测序后,与GenBank中相关的参考毒株序列构建系统发生树并进行遗传进化及相似性分析。针对其主要蛋白F、G和SH的氨基酸进行了比对和差异分析,并对F蛋白的N-糖基化位点进行分析。结果表明B/LZ11/12与B亚型RSV的核苷酸同源性高达99%以上,其基因组全长15 275bp,具有RSV的所有结构特征。遗传进化分析显示,B/LZ11/12与B/GZ/13-730、B/England138/2016和SC2225同属于一个分支,提示亲缘关系最近。G基因遗传进化树表明该毒株属于RSV B亚型BA9基因型。主要氨基酸位点分析显示该毒株的G基因和F基因均具有一个特有的变化,即Glu87Gly和Val243Ala的氨基酸替换。F蛋白N-糖基化位点分析显示该毒株具有RSV F蛋白的5个共有修饰位点,即27～30(NITE)、70～73(NGTD)、116～119(NYTI)、120～123(NTTK)和126～129(NVSI)。相似性分析表明整个基因组最易变异的区域在SH和G基因,其次是NS1、NS2和L基因的3′端。本研究首次获得了RSV B/LZ11/12兰州分离株全基因组序列,并阐明了其基因组分子结构特征,该结果对RSV病毒的基因及氨基酸数据库进行了数据补充,也为我国RSV流行病学数据进行了补充。(本文来源于《病毒学报》期刊2019年04期）
李雪飞,陆海涛,刘利君,杨宁,马丽娜[10]（2019）在《人IgE Fc基因的克隆、纯化、真核表达载体的构建及序列测定》一文中研究指出目的:构建重组质粒pEGFP-N1/IgE Fc,为建立一种以IgE分子Fc段为佐剂的高效安全的抗肿瘤免疫治疗奠定基础。方法:分离急性荨麻疹病人的外周静脉血淋巴细胞,Trizol一步法提取总RNA,甲醛变性琼脂糖凝胶电泳证实所提RNA没有明显降解后,在AMV逆转录酶作用下进行逆转录反应,Pfu DNA聚合酶作用下进行聚合反应得到目的片断。提取质粒pEGFP-N1,将pEGFP-N1及IgE Fc基因的cDNA分别用限制性内切酶EcoRⅠ、BamHⅠ双酶切,电泳分离,纯化回收试剂盒回收IgE Fc基因cDNA片断和质粒pEGFPN1,T4DNA连接酶连接两片断,连接产物转化感受态细胞Top10,小量提取质粒,限制性内切酶EcoRⅠ、BamHⅠ初步酶切鉴定,重组质粒送大连宝生物工程有限公司测序。结果:酶切及测序结果表明pEGFP-N1/IgE Fc真核表达质粒构建成功。结论:成功构建重组质粒p EGFP-N1/IgE Fc,为进一步研究其功能及探索新的抗肿瘤方向奠定了基础。(本文来源于《现代医学》期刊2019年06期）
序列测定论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
【目的】从线粒体基因组水平上探讨枣食芽象甲Scythropus yasumatsui与近缘种的系统发育关系。【方法】利用Illumina MiSeq测序平台对枣食芽象甲线粒体基因组进行测序,对基因组序列进行拼装、注释和特征分析;利用贝叶斯法和最大似然法构建基于象甲科13个物种的线粒体基因组13个蛋白质编码基因核苷酸序列的系统发育树。【结果】结果表明,枣食芽象甲线粒体基因组全长为16 472 bp(GenBank登录号:MF807224),包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个非编码控制区,37个基因的排列顺序与祖先昆虫的线粒体基因排列顺序一致。13个蛋白质编码基因的起始密码子为ATN,其中除了cob和nad1基因的完全终止密码子为TAG外,其余11个基因的完全终止密码子为TA(A)。22个tRNA基因中除了trnS1缺少DHU臂,反密码子由GCT变为TCT外,其余均能形成典型的叁叶草结构。基于13个蛋白质编码基因序列构建的系统发育树结果显示,象甲科8个亚科系统发育关系为:(((隐喙象亚科(Cryptorhynchinae)+(象虫亚科(Curculioninae)+魔喙象亚科(Molytinae)))+长小蠹亚科(Platypodinae))+(粗喙象亚科(Entiminae)+Cyclominae亚科))+隐颏象亚科(Dryophthorinae)+小蠹亚科(Scolytinae))。【结论】在13种象甲科昆虫物种中,同属于粗喙象亚科的枣食芽象甲与南美果树象甲Naupactus xanthographus在系统发育树中聚为同一分支,表明基于线粒体基因组全序列的分子系统发育结果与传统的形态分类结果是一致的。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
序列测定论文参考文献
[1].杨剑波,唐文,蒯冬灵,秦虎,吴井生.梅山猪线粒体基因组全序列测定与分析[J].畜牧与兽医.2019
[2].张锋,洪波,王远征,李英梅,陈志杰.枣食芽象甲线粒体基因组全序列测定与系统发育分析[J].昆虫学报.2019
[3].郝文君,马静,陈晓慧,马晓玲,孔伟秀.藏羊MIF基因的序列测定与分析[J].黑龙江畜牧兽医.2019
[4].王瑶,孔祥波,张苏芳,刘福,张真.云南松毛虫线粒体基因组全序列测定和分析[J].林业科学研究.2019
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[7].周旋,林媛,徐炀,游江,方守国.稻瘟菌中一种弱毒相关真菌病毒Magnaportheoryzaepolymycovirus1的基因组序列测定与生物学性状分析[C].中国植物病理学会2019年学术年会论文集.2019
[8].朱传凤,瓦晓霞,傅生芳,马超.人呼吸道合胞病毒兰州株全基因组序列测定及分析[J].中国生物制品学杂志.2019
[9].傅生芳,王婉,马超.一株B亚型人呼吸道合胞病毒兰州分离株的全基因序列测定及其分子特征分析[J].病毒学报.2019
[10].李雪飞,陆海涛,刘利君,杨宁,马丽娜.人IgEFc基因的克隆、纯化、真核表达载体的构建及序列测定[J].现代医学.2019
论文知识图
