论文摘要
本研究以常用于动物种属鉴定的12S rRNA基因位点为研究对象,利用所测得的17种常见涉案兽类12S rRNA基因部分片段序列及NCBI数据库中下载的该物种DNA序列及其近缘物种DNA序列,构建系统进化树。根据进化树的聚类情况,判断NCBI数据库中的相关基因序列或物种名称的正确性,并对其中错误序列的登陆号进行标记,以防对后续涉案动物的准确鉴定造成影响。分别从17种常见涉案兽类(共26份样本)中提取线粒体DNA,并利用通用引物扩增线粒体DNA上的12S rRNA基因部分片段并进行测序分析。通过NCBI数据库的Blast比对功能,筛选出与本研究物种同源性由高到低的物种,并从NCBI基因数据库中下载此类近缘物种的12S rRNA基因序列共351条,利用MEGA7.0软件构建该物种及其近缘物种系统进化树。通过比对发现NCBI中登录号为KP202279等3个序列所对应物种拉丁名错误。登录号为AY184436等11个序列所对应物种拉丁名可能存在疑问。GenBank中某些物种拉丁名有同种异名现象。因此,NCBI数据库数据可靠性有待进一步验证,只能作为涉案物种鉴定的参考数据之一,可借助构建系统进化树等方法来确认其结果的准确性。
论文目录
文章来源
类型: 期刊论文
作者: 黄娅琳,侯森林,顾翀实
关键词: 兽类,数据库,系统进化树
来源: 基因组学与应用生物学 2019年05期
年度: 2019
分类: 基础科学,医药卫生科技
专业: 生物学
单位: 南京森林警察学院
基金: 中央高校基本科研业务费专项资金项目(LGZD201707),预研项目(LGY201601)共同资助
分类号: Q953
DOI: 10.13417/j.gab.038.002011
页码: 2011-2016
总页数: 6
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