贝氏柯克斯体九里株Ⅱ相突变体的克隆与鉴定

贝氏柯克斯体九里株Ⅱ相突变体的克隆与鉴定

论文摘要

目的:克隆分离国内贝氏柯克斯体九里株Ⅱ相突变体,并利用基因组测序方法进行鉴定,为贝氏柯克斯体研究提供参考依据。方法:用半固体平板法克隆分离贝氏柯克斯体,对随机选择的克隆株CB01进行全基因组测序分析,将测序结果与国外贝氏柯克斯体不同克隆株的基因组进行比较分析。结果:CB01的基因组全长2.024 Mb,包含1个1.987 Mb的环状染色体和1个37.321 kb的质粒。与九里株Ⅰ相菌(RSA 493克隆)基因组相比,CB01多出5个重复序列,有1个25 997 bp的删除区,23个单核苷酸多态性位点(SNP)差异。与九里株Ⅱ相菌(RSA 439克隆)基因组相比,CB01同样多出5个重复序列,但仅有6个SNP差异。CB01与RSA 439的CBU0533基因序列完全相同,可解释CB01缺失O抗原从而成为Ⅱ相菌。结论:贝氏柯克斯体九里株Ⅱ相菌克隆CB01与国外Ⅱ相菌RSA 439高度同源,CB01可用做国内贝氏柯克斯体研究用参考菌株。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 九里株Ⅱ相菌的克隆分离与基因组提取
  •   1.2 测序
  •     1.2.1 PacBio数据产出流程
  •     1.2.2 Illumina数据产出流程
  •     1.2.3 测序反应
  •   1.3 测序结果分析
  •   1.4 基因组比对
  • 2 结果
  •   2.1 CB01全基因组测序结果
  •   2.2 与九里株Ⅰ相菌RSA 493基因组的比较分析
  •   2.3 与九里株Ⅱ相菌RSA 439基因组的比较分析
  •   2.4 大片段差异
  • 3 讨论
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 何泽民,孙志会,于永慧,罗声栋,王益清,王景林,姜永强,宋立华

    关键词: 贝氏柯克斯体,全基因组测序,适应性变异

    来源: 生物技术通讯 2019年02期

    年度: 2019

    分类: 基础科学,医药卫生科技

    专业: 生物学,基础医学

    单位: 病原微生物生物安全国家重点实验室军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所,解放军总医院第五医学中心临床研究管理中心

    基金: 病原微生物生物安全国家重点实验室自主课题(SKLPBS1409)

    分类号: Q78;R376.4

    页码: 170-174

    总页数: 5

    文件大小: 3386K

    下载量: 51

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