基于拟比对CNN方法的人类p53癌症基因二级数据库构建及分析

论文摘要

以NCBI维护的一级数据库为数据源建立人类癌症p53核苷酸序列二级数据库,该数据库设计主要包括4个方面:癌症信息、p53序列信息、样本信息和参考文献信息。以XML格式为中间格式保存一级数据库数据,并通过解析提交到二级数据库,初步实现数据的检索、链接和统计分析等功能。本文提出一种拟比对CNN方法对p53癌症基因序列进行比对分析,通过改善传统CNN相似度评估公式,增强两序列全局比对相似度的敏感性和可靠性。结果表明,将改进的序列比对算法应用于乳腺癌和非小细胞肺癌p53外显子基因序列比对,发现外显子5突变后序列比对结果存在较大差异,可以作为区别这两种癌症的参考。此外,通过将一级数据库以XML形式转化成二级数据库,实现了网络数据与本地数据的动态交换。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 王丹丹,李晨鸿,徐海阳,蔡蓉,朱平

关键词: 二级数据库,癌症,基因序列,细胞神经网络,序列比对

来源: 食品与生物技术学报 2019年04期

年度: 2019

分类: 工程科技Ⅰ辑,基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学,肿瘤学

单位: 江南大学理学院

基金: 国家自然科学基金项目(11271163)

分类号: R73;Q811.4

页码: 15-20

总页数: 6

文件大小: 1352K

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标签：二级数据库论文;  癌症论文;  基因序列论文;  细胞神经网络论文;  序列比对论文;