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人类Y染色体上微卫星序列特异性聚类分析

2020-12-08阅读(969)

人类Y染色体上微卫星序列特异性聚类分析

论文摘要

自人类全基因组测序完成后,发现人类基因组中即使是单个染色体序列上的碱基总数也有许多,超过1亿对,面对如此巨大的数据量,以往的研究只是做一些粗略的微卫星总数统计,或者仅仅专注于一些局部基因组区域的微卫星研究,缺乏系统分析。Y染色体是较短的一条,本研究以测序区域最全的Y染色体参考序列NC000024.10进行系统分析。本研究以已测序区为基础,总共提取出19万个微卫星序列,研究发现它们在不同区域分布很不均匀,其中有许多相同或者相似的微卫星（或称简单序列重复）会特异性的聚集在一起,有的是几百个相似的聚集在一起,有的是几十个相似的聚集在一起,有的仅是几个相似的聚集在一起,根据这种现象分为微卫星cluster、mini cluster、micro cluster三类。cluster为连续25个以上相似或者相同的微卫星聚集在一起,mini cluster为连续9-25个相似或者相同的微卫星聚集在一起,micro cluster为连续3-8个相似或者相同的微卫星聚集在一起。通过统计还发现了这些微卫星序列特异性聚类的总数达到了8110个,微卫星序列特异性聚类中的微卫星个数占到了已测序区19万个微卫星总数的30%左右,其中cluster的数量为204,mini cluster为354,micro cluster的数量为7552。由于cluster比重最大,实验室接下来的研究也在cluster上,因此分析了cluster在不同区域中的分布,为以后的研究提供数据基础。在本论文研究中我们首先分析了三类微卫星序列特异性聚类在基因组上的分布情况;其次对不同重复类型、不同重复模体和不同片段中的微卫星序列特异性聚类进行数量统计并比较分析;最后对所有微卫星序列特异性聚类的特征值进行统计,这些特征值能明显的反映微卫星特异性聚类的内部情况。以上统计表明特异性聚类可能具有重要的生物学意义,为了解Y染色体的结构打下更深厚的基础,并对微卫星的进化规律提供帮助。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 第1章 绪论
  •   1.1 生物信息学概述
  •     1.1.1 生物信息学的产生背景及内涵
  •     1.1.2 生物信息学的相关研究内容
  •     1.1.3 生物信息学专业的研究趋势
  •   1.2 常用生物信息数据库概述
  •     1.2.1 数据库介绍及了解GenBank数据库
  •     1.2.2 生物信息相关数据库的特点
  •   1.3 微卫星介绍
  •     1.3.1 微卫星的分类
  •     1.3.2 微卫星的功能及特点
  •     1.3.3 微卫星的进化类型
  •   1.4 人类染色体相关知识的简介
  •     1.4.1 人类Y染色体的起源与演化
  •     1.4.2 人类Y染色体的特征
  •   1.5 本研究工作的内容和意义
  • 第2章 微卫星序列特异性聚类在人类Y染色体上的分布研究
  •   2.1 前言
  •   2.2 方法与材料
  • 000024.10 的分析'>    2.2.1 人类Y染色体参考序列NC000024.10 的分析
  •     2.2.2 微卫星的提取
  •     2.2.3 已测序区中micro cluster、mini cluster、cluster三类特异性聚类的划分标准
  •     2.2.4 微卫星micro cluster、mini cluster、cluster在基因组上的分布
  •   2.3 结果与讨论
  •     2.3.1 人类Y染色体已测序区中micro cluster在基因组上的分布
  •     2.3.2 人类Y染色体已测序区中mini cluster在基因组上的分布
  •     2.3.3 人类Y染色体已测序区中cluster在基因组上的分布
  •   2.4 本章小结
  • 第3章 人类Y染色体参考序列中微卫星序列特异性聚类的统计学分析
  •   3.1 前言
  •   3.2 材料与方法
  •     3.2.1 微卫星序列特异性聚类的统计
  •   3.3 结果与分析
  •     3.3.1 各个碱基已确定区域上三类微卫星序列特异性聚类的特征值进行分析统计
  •     3.3.2 所有碱基已确认片段上微卫星序列特异性聚类的数量
  •     3.3.3 各个碱基已确定区域S1-S55 上微卫星序列特异性聚类的统计
  •   3.4 本章小结
  • 结论
  • 参考文献
  • 附录
  • 致谢

    • 文章来源

    类型: 硕士论文

    作者: 张亮

    导师: 谭钟扬,蒋小平

    关键词: 人类基因组,人类染色体参考序列,已测序区域,生物信息学,微卫星,微卫星序列特异性聚类

    来源: 湖南大学

    年度: 2019

    分类: 基础科学,医药卫生科技

    专业: 生物学,基础医学

    单位: 湖南大学

    分类号: R394

    DOI: 10.27135/d.cnki.ghudu.2019.003731

    总页数: 64

    文件大小: 2195K

    下载量: 17

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