猪圆环病毒2型四川分离株全基因组进化分析

论文摘要

为了调查四川地区猪圆环病毒2型（PCV-2）流行毒株的遗传多样性,试验对2017年于四川省12个地区分离的28株PCV-2进行全基因组扩增和测序分析,应用Lasergene 7.0和MEGA 6.0软件对分离株的全基因组序列进行比对并构建系统进化树,使用Clustal W方法对ORF2核苷酸和Cap蛋白氨基酸进行比对,并对Cap蛋白型特异性基序及抗原表位的突变情况进行比较分析。结果表明:28株PCV-2四川分离株与参考株之间的同源性为93.9%～99.9%;在进化关系上,3株为PCV-2b基因亚型,24株为PCV-2d基因亚型,1株为重组毒株;PCV-2四川分离株ORF2核苷酸与参考株之间同源性为88.6%～100%,氨基酸同源性为85.9%～100%;PCV-2四川分离株的Cap蛋白型特异性基序及抗原表位在各自亚型内较为保守,在B细胞表位和T细胞表位分别发现9处、2处氨基酸替换,其中位于122 aa和169 aa处的突变值得注意。说明2017年四川省流行的PCV-2以PCV-2d亚型为主,也存在少数的PCV-2b亚型毒株,各亚型毒株变异程度较小,但也存在少量关键位置的氨基酸替换,另外还发现四川省存在PCV-2重组毒株。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张毅,陈斌,梁璐琪,邵靓,邓飞,丁梦蝶,陈弟诗,谢嘉宾

关键词: 猪圆环病毒型,四川分离株,全基因组,遗传进化分析,重组

来源: 黑龙江畜牧兽医 2019年13期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 四川省动物疫病预防控制中心

基金: 四川省科技厅应用基础研究项目(2018JY0252)

分类号: S852.651

DOI: 10.13881/j.cnki.hljxmsy.2018.08.0321

页码: 79-84

总页数: 6

文件大小: 579K

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标签：猪圆环病毒型论文;  四川分离株论文;  全基因组论文;  遗传进化分析论文;  重组论文;