导读:本文包含了乙型肝炎病毒基因组论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:肺结核,乙型肝炎病毒,全基因组关联分析,单核苷酸多态性
乙型肝炎病毒基因组论文文献综述
杨旭洁,焦琳,白浩,陈捷,吴茜[1]（2019）在《肺结核患者发生乙型肝炎病毒共感染遗传易感性的全基因组关联分析》一文中研究指出目的在中国汉族肺结核患者中进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),以探究与肺结核患者发生乙型肝炎(乙肝)病毒共感染密切相关的单基因位点突变。方法利用Illumina Human Omni Express基因芯片分型实验平台对2013年3月—2018年3月间纳入的946例肺结核患者进行全基因组基因分型。经质量控制后共703例单一结核感染患者和53例结核乙肝合并感染患者的389 972个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)纳入后续关联分析。结果统计学关联信号最强的SNP是位于8p23.1染色体上的rs118122819(P=2.923×10-12,比值比=7.933),其他潜在的易感基因还包括CDH4(rs73309833)、MARCH1(rs3797020)和DNER(rs13393112)等。rs118122819与rs4840365之间存在强连锁不平衡关系(D’=0.88,r2=0.76),而rs4840365则位于MFHAS1基因区域。结论该研究为结核患者发生乙肝共感染的易感基因位点的存在提供了证据,可为结核乙肝共感染的机制研究、疾病预防和治疗对策提供重要线索。但必须在更大规模的研究中复制和验证这些关联。(本文来源于《华西医学》期刊2019年08期）
王静,许鑫,李宛玉,王雪雨,吴倩倩[2]（2019）在《3株鸭乙型肝炎病毒全基因组克隆与序列分析》一文中研究指出对河南南阳、安徽亳州、湖北潜江叁地鸭血清样本用PCR进行鸭乙型肝炎病毒(DHBV)检测,并从叁地经检测为DHBV阳性的样本中各挑选1份进行DHBV全基因的扩增、克隆、测序及序列分析。结果显示,河南南阳、安徽亳州、湖北潜江叁地的鸭乙型肝炎自然感染率分别为17.6%、13.6%、16.1%,差异不显着(P>0.05)。河南南阳、安徽亳州、湖北潜江3株DHBV基因组全长分别为3 024、3 027、3 024 bp,均含有编码P、S和C蛋白的3个开放阅读框。通过各开放阅读框氨基酸同源性比较,发现编码P蛋白的区域差异较大。全基因序列分析显示,3株DHBV核苷酸同源性为95.1%～97.4%,与选取的25株参考株同源性为90.3%～96.2%。遗传进化分析及P蛋白关键位点分析结果表明,3株均为类中国基因型,湖北潜江的DHBV毒株P蛋白3位-345位关键氨基酸残基位点与中国毒株基因型相同,在367位-771位关键氨基酸残基位点与西方毒株基因型相同,推测其产生了重组。结果表明,成功克隆了华中地区的3株鸭DHBV全基因序列,为DHBV的分子流行病学调查提供参考。(本文来源于《动物医学进展》期刊2019年08期）
杨晓雪[3]（2019）在《鸭乙型肝炎病毒的流行病学调查与全基因组序列分析》一文中研究指出近年来我国临床上鸭乙型肝炎(Duck hepatitis B virus,DHBV)的危害日益加重。由于鸭乙型肝炎病毒呈垂直传播,其在种鸭中的持续性感染可能对种蛋孵化和雏鸭造成较大的危害。本研究建立了检测DHBV的核酸探针杂交检测方法,并选取不同区域病死种鸭、肉鸭、死胚和弱雏进行流行病学调查,在此基础上随机选择部分DHBV野毒株进行全基因组测序及序列分析,以期为养鸭业生产中DHBV的科学防控提供参考依据。本研究共分为四部分:1.DHBV在山东、江苏两地发病鸭群的PCR检测从山东、江苏两个省份10个鸭群采集的临床有发病症状的150只病死鸭的心、肝、脾、肺、肾五种脏器。以提取的组织DNA为模板用普通PCR方法检测DHBV的感染情况并统计每个鸭群及各个内脏器官的检出率。结果表明DHBV的群体阳性率为100%,个体阳性率为41.3%。被检测的器官中,肝脏的阳性检出率达100%,其他器官阳性检出率从高到低依次是心脏、脾脏、肺脏和肾脏,分别为77.4%、71.0%、67.7%和66.1%。2.DHBV核酸探针的制备与应用将PCR扩增后测序正确的DHBV C区的一段长423bp的高度保守序列克隆制备成地高辛(DIG)标记核酸探针。特异性试验结果表明,制备的核酸探针只与DHBV的DNA杂交呈阳性,与其他常见病原微生物的DNA杂交呈阴性。敏感性试验结果表明,该探针对DHBV的最低检出量约为3pg DHBV的DNA。应用该探针对从山东、江苏和安徽叁个省份16个鸭群采集的150个死胚,150只弱雏以及临床有发病症状的350只病死肉鸭和360只病死种鸭进行检测,结果个体阳性率分别为52%、50.7%、46.9%和45.3%。同时对弱雏的12种内脏器官以及成年鸭的5种器官组织DNA进行检测,结果在被检测的器官中,肝脏的DHBV阳性检出率最高,达100%。将检测结果与上述样品的PCR检测结果进行比较,发现两种检测方法的阳性个体检出符合率为100%,而核酸探针检测的各种器官检出率略低于PCR检测。结果表明,制备的DIG标记的核酸探针特异性强,灵敏度较高,适合对DHBV进行大批量的诊断和流行病学调查。3.DHBV野毒全基因组测序及基因进化分析用普通PCR方法对发病最为严重的6个鸭群随机选取的6株DHBV野毒进行全基因组扩增并测序,随后与其他15株GenBank已发表的全基因组序列进行同源性分析和进化树构建。序列分析结果表明,6株野毒全基因组序列之间的同源性在89.8~99.8%,与其他15株已发表的序列同源性在89.5~99.8%。进化树分析发现6株野毒与中国分离株同属一个分支。6株野毒之间的C蛋白氨基酸同源性在96.6~100%,与其他15株参考毒株同源性在96.2~100%;S蛋白氨基酸同源性在89.7~99.7%,与其他15株同源性在84.8~100%;P蛋白氨基酸同源性在85.3~99.6%,与其他15株同源性在84.8~99.5%。结合进化树分析可以发现,C蛋白与其他毒株最相似,高度保守,S蛋白与P蛋白则异质性较高。4.动物试验对100只3日龄的雏鸭肌肉注射6.6×10~5拷贝/μL的DHBV基因组的阳性血清200μL,置于SPF隔离罩中饲养,每次随机抽取6只采血,采样时间为攻毒后第2天、第3天、第4天、第5天、第7天、第9天、第12天,此后每隔一周采血一次,用SYBR GreenⅠ荧光定量方法检测血液中DHBV病毒载量。检测结果显示在血液中第5天检测出病毒,第12天病毒载量达到峰值,随后逐渐下降,但试验期内无自然转阴现象。剖检可见花斑脾,肝脏出血。(本文来源于《山东农业大学》期刊2019-03-27）
王静[4]（2018）在《鸭乙型肝炎病毒环介导等温扩增检测系统的建立及其基因组序列分析》一文中研究指出鸭乙型肝炎病毒与人乙肝病毒同属嗜肝DNA病毒科,它们在病毒的结构、病毒的复制过程、感染宿主机制和致病机制等方面比较类似,因而以鸭乙型肝炎病毒为动物感染模型对研究嗜肝病毒的复制周期并抑制病毒复制大有助益,DHBV体外感染原代鸭肝细胞模型和体内感染动物模型还可用来研究病毒基因的作用以及筛选治疗药物。本研究通过建立一种新型的环介导等温扩增检测系统,利用其特异性强、灵敏度高、快速简便的特点,优化构建出一套即能简化操作流程,又能满足快速检测需要的适用于基层单位及实地现场检测的检测系统。并通过不断地优化LAMP体系各组分配比和反应条件,建立一个最佳的能够特异检测鸭乙型肝炎病毒的LAMP反应体系,使鸭乙型肝炎病毒可以在基层环境大规模大批量被检测出来。经过大量的实验,得到了鸭乙型肝炎LAMP检测系统的最优化条件为:1.酚红和甲酚红混合染色液作为显色试剂,阳性结果显示为亮黄色,阴性结果显示为紫红色。颜色差别大,利于观察判定结果;2.通过设置梯度实验选择最佳Mg离子浓度,发现体系中Mg离子浓度为6mM时,扩增效果最好;3.通过调节dNTPs浓度发现,当dNTPs浓度为1.2 mM时,扩增效果最好;4.对LAMP体系进行时间梯度实验时,可观察到反应时间为50 min的电泳图条带最为明亮,扩增效果最好,因此选择反应50 min为最佳反应时间;5.进行LAMP温度梯度实验时,发现反应温度为63℃、64℃、65℃时,电泳胶图泳带都较为明亮,扩增效果较好,最后选择Bst DNA聚合酶的最佳酶活温度65℃作为反应的最优温度。利用优化好的LAPM检测系统批量检测河南南阳、安徽亳州、湖北潜江叁地鸭场采集的鸭血清样本,筛选出携带DHBV病毒的阳性样本。结果显示,河南南阳、安徽亳州、湖北潜江叁地的鸭乙型肝炎感染率分别为17.6%、13.6%、16.1%,差异统计学不显着(P>0.05)。从叁地的DHBV阳性样本中各挑选1份进行DHBV全基因的克隆、测序和序列分析,河南南阳、安徽亳州、湖北潜江3株DHBV分离株基因组全长分别为3024、3027、3024 bp。序列分析数据显示3株DHBV间核苷酸同源性为95.1%~97.4%,与选取的25株参考株同源性为90.3%~96.2%。遗传进化树和P蛋白氨基酸关键位点分析证明,河南南阳、安徽亳州2株分离株为类中方基因型,湖北潜江分离株不属于中方型和西方型两大分支,属于独立小分支,可能产生了病毒重组。(本文来源于《南阳师范学院》期刊2018-12-01）
杨晓雪[5]（2018）在《鸭乙型肝炎病毒核酸探针的制备与应用以及全基因组序列分析》一文中研究指出近年来我国临床上鸭乙型肝炎的危害日益加重。为了了解鸭乙型肝炎病毒在我国鸭群中的感染状态,建立一种特异性好、灵敏度高的适合大批量样本检测的方法,本试验将鸭乙型肝炎病毒(DHBV)C区的高度保守区域一段长423bp的序列克隆制成核酸探针。核酸探针的特异性试验结果表明,制备的核酸探针只与DHBV的DNA杂交成阳性,特异性高,敏感性试验结果表明,该探针对DHBV的最低检出(本文来源于《中国畜牧兽医学会2018年学术年会禽病学分会第十九次学术研讨会论文集》期刊2018-11-21）
杨晓雪,王玉,王敬谕,薛文湘,张瑞华[6]（2018）在《鸭乙型肝炎病毒的流行病学调查与全基因组序列分析》一文中研究指出为了解鸭乙型肝炎病毒(duck hepatitis B virus,DHBV)在我国鸭群中的感染状态,从我国养鸭业比较集中的山东、江苏2个省份10个鸭群采集临床有发病症状的150只病死鸭的心、肝、脾、肺、肾等5种脏器,以提取的组织DNA为模板通过PCR方法检测DHBV的感染情况,并进行了2株DHBV野毒SD-01和SD-02的全基因组序列测定及同源性和进化树的分析。结果显示,DHBV的群体阳性率为100.0%,个体阳性率为41.3%。被检测的器官中,肝脏的阳性率达100.0%,其他器官从高到低依次是心脏、脾脏、肺脏和肾脏,分别为77.4%,71.0%,67.7%,66.1%。SD-01和SD-02的全基因组全长分别为3 027bp和3 021bp,与其他15株GenBank已发表的全基因组序列同源性在89.6%～99.2%;全基因组核苷酸序列及S蛋白氨基酸序列进化树分析表明,SD01株与4株中国分离株位于同一进化分支上,而SD-02则与中国分离株DHBV-XY株以及9株美国、加拿大、德国、南非以及印度分离毒株处于同一分支。结果表明,我国目前樱桃谷鸭群中携带的DHBV毒株可能有不同的来源。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2018年10期）
唐光敏,周威龙[7]（2017）在《CRISPR/Cas9技术在乙型肝炎病毒基因组抑制中的应用》一文中研究指出目前世界范围内约有2.4亿慢性乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染者,HBV感染是世界性的重大公共卫生难题。随着分子生物学工具的不断发展,目前第3代基因定点编辑技术CRISPR/Cas9作为热点已经广泛地应用于多种病毒的研究与实验性治疗中。该文简要回顾了HBV基因组的特点、基因编辑技术的发展及原理和CRISPR/Cas9在HBV基因组抑制中的研究现状及局限性。相对于锌指核糖核酸酶和转录激活因子样效应物核酸酶其他两种基因编辑技术,CRISPR/Cas9技术极大地提高了基因编辑的能力。虽然目前仍属于概念证明阶段,但多数基础研究均证实了CRISPR/Cas9技术在体内外对HBV基因组具有编辑能力并能降低其DNA复制与病毒蛋白的表达能力。在潜在安全风险及基因编辑载体的输送效率等问题得到解决后,CRISPR/Cas9技术联合逆转录抑制药物的治疗将为HBV感染的临床治愈带来曙光。(本文来源于《华西医学》期刊2017年12期）
王文,揣侠,谭心怡,邓瑶,谭文杰[8]（2017）在《应用慢病毒载体携带HBV基因组DNA制备乙型肝炎病毒感染小鼠模型的影响因素分析》一文中研究指出应用慢病毒载体构建不同HBV转导质粒,通过高压水动力法尾静脉注射小鼠,比较不同HBV转导质粒、剂量(5μg和10μg)、小鼠品系(Balb/c和C57BL/6)及鼠龄(6周龄和18周龄)对建立HBV感染模型的影响。不同的时间点尾静脉采血,ELISA检测血清HBsAg、HBeAg的表达水平及动力变化,Real-time PCR检测血清及肝组织病毒载量;免疫组织化学法检测肝组织HBcAg的定位与表达。1.3倍HBV基因组慢病毒载体转导质粒(pCSHBV1.3)优于1.1倍与1.2倍HBV基因组转导质粒(pCS-HBV1.1or pCS-HBV1.2);pCS-HBV1.3注射Balb/c小鼠后抗原表达维持时间短,抗体出现早;pCS-HBV1.3注射C57BL/6小鼠后,HBsAg、HBeAg抗原表达及血清HBV DNA水平维持时间长;且注射5μg质粒相对于10μg质粒注射小鼠后抗原表达维持时间更长;而6周龄和18周龄小鼠血清均可在较长时间内检测到HBsAg、HBeAg及HBV DNA的表达,但在注射后35周内,前者的表达量均高于后者;所有注射质粒的小鼠肝组织中均可检测到HBcAg的表达,且在血清HBV感染标志转阴时均可检测到肝内HBV DNA的存在。注射质粒的HBV基因组长度、剂量以及宿主的遗传背景均对建立乙肝成体转基因小鼠模型有影响,且发现以5μg含1.3倍HBV基因组的转导质粒pCS-HBV1.3注射6周龄C57BL/6小鼠,HBV抗原表达和HBV DNA水平维持时间长,更适合建立HBV持续感染模型。(本文来源于《病毒学报》期刊2017年05期）
束毅,王伟,代鹏,张文涛,成珊[9]（2017）在《肝癌患者体内乙型肝炎病毒基因组BCP/Pre C区基因突变多样性分析》一文中研究指出为研究肝癌患者组织样本中HBV DNA核心启动子区(BCP区)和前C区(Pre C区)的基因突变多样性及其突变规律。收集第四军医大学附属西京医院2015年收治的192例HBV阳性的肝癌患者组织样本,PCR扩增HBV BCP/Pre C区DNA片段并进行测序分析,从测序失败的样本中随机抽取21例,采用构建单克隆文库后测序的方法进行分析。结果显示37.89%(72/190)的HBV阳性肝癌患者体内HBV病毒因呈现多种突变株混合感染的特点而导致PCR产物直接测序失败,经单克隆测序揭示,每一例失败样本的HBV DNA准种池中至少有2~11种突变株共同存在;突变株中缺失突变和插入突变的发生率高达80.95%;其它突变形式按照频率从高到低分别为A1762T/G1764A双突变90.48%,G1756C/T1803A/Δ(1 757~1 765)/Δ(1 824~1 832)四联突变80.95%,T1753C/A1762T/G1764A叁联突变57.14%,A1762T/G1764A/G1896A叁联突变42.86%,G1756C/Δ(1 757~1 765)双突变28.57%,T1753C/A1762T/G1764A/G1896A四联突变23.81%。由此可见,肝癌患者体内HBV病毒具有BCP/Pre C区DNA突变的多样性,这些缺失与插入突变是导致序列移码与PCR产物测序失败的直接原因。研究结果为HBV持续感染及基因突变检测、相关机制研究和个体化防治奠定了基础。(本文来源于《病毒学报》期刊2017年01期）
赵建华,陆仁飞[10]（2016）在《乙型肝炎病毒B、C基因型全基因组序列的克隆》一文中研究指出目的构建乙型肝炎病毒(HBV)B、C基因型全基因组序列克隆。方法从HBV无症状慢性携带者中筛选B、C基因型,提取病毒核酸,设计引物,应用高保真酶对3 200bp的HBV DNA进行全序列扩增,通过克隆技术构建pGEM-HBV重组质粒,测序后进行序列分析。结果获得HBV B基因型和HBV C基因型重组质粒各1株。结论成功构建HBV B基因型和HBV C基因型的全基因组序列克隆,可为进一步研究HBV分子流行病学和基础研究提供工具。(本文来源于《国际检验医学杂志》期刊2016年22期）
乙型肝炎病毒基因组论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
对河南南阳、安徽亳州、湖北潜江叁地鸭血清样本用PCR进行鸭乙型肝炎病毒(DHBV)检测,并从叁地经检测为DHBV阳性的样本中各挑选1份进行DHBV全基因的扩增、克隆、测序及序列分析。结果显示,河南南阳、安徽亳州、湖北潜江叁地的鸭乙型肝炎自然感染率分别为17.6%、13.6%、16.1%,差异不显着(P>0.05)。河南南阳、安徽亳州、湖北潜江3株DHBV基因组全长分别为3 024、3 027、3 024 bp,均含有编码P、S和C蛋白的3个开放阅读框。通过各开放阅读框氨基酸同源性比较,发现编码P蛋白的区域差异较大。全基因序列分析显示,3株DHBV核苷酸同源性为95.1%～97.4%,与选取的25株参考株同源性为90.3%～96.2%。遗传进化分析及P蛋白关键位点分析结果表明,3株均为类中国基因型,湖北潜江的DHBV毒株P蛋白3位-345位关键氨基酸残基位点与中国毒株基因型相同,在367位-771位关键氨基酸残基位点与西方毒株基因型相同,推测其产生了重组。结果表明,成功克隆了华中地区的3株鸭DHBV全基因序列,为DHBV的分子流行病学调查提供参考。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
乙型肝炎病毒基因组论文参考文献
[1].杨旭洁,焦琳,白浩,陈捷,吴茜.肺结核患者发生乙型肝炎病毒共感染遗传易感性的全基因组关联分析[J].华西医学.2019
[2].王静,许鑫,李宛玉,王雪雨,吴倩倩.3株鸭乙型肝炎病毒全基因组克隆与序列分析[J].动物医学进展.2019
[3].杨晓雪.鸭乙型肝炎病毒的流行病学调查与全基因组序列分析[D].山东农业大学.2019
[4].王静.鸭乙型肝炎病毒环介导等温扩增检测系统的建立及其基因组序列分析[D].南阳师范学院.2018
[5].杨晓雪.鸭乙型肝炎病毒核酸探针的制备与应用以及全基因组序列分析[C].中国畜牧兽医学会2018年学术年会禽病学分会第十九次学术研讨会论文集.2018
[6].杨晓雪,王玉,王敬谕,薛文湘,张瑞华.鸭乙型肝炎病毒的流行病学调查与全基因组序列分析[J].中国兽医学报.2018
[7].唐光敏,周威龙.CRISPR/Cas9技术在乙型肝炎病毒基因组抑制中的应用[J].华西医学.2017
[8].王文,揣侠,谭心怡,邓瑶,谭文杰.应用慢病毒载体携带HBV基因组DNA制备乙型肝炎病毒感染小鼠模型的影响因素分析[J].病毒学报.2017
[9].束毅,王伟,代鹏,张文涛,成珊.肝癌患者体内乙型肝炎病毒基因组BCP/PreC区基因突变多样性分析[J].病毒学报.2017
[10].赵建华,陆仁飞.乙型肝炎病毒B、C基因型全基因组序列的克隆[J].国际检验医学杂志.2016