DNA序列匹配算法研究与优化

DNA序列匹配算法研究与优化

论文摘要

DNA比对是生物信息学中最基本的问题,在生物信息学中发挥了至关重要的作用。利用计算机研究DNA比对是一个热点问题。笔者讨论的实现最佳DNA序列匹配的基本方法有两种,分别是利用分置算法和动态规划算法进行DNA序列对齐匹配。利用这两种算法,可以得到最优匹配代价。改进后的动态规划算法具有更好的性能,可以得到最优的DNA匹配序列。

论文目录

  • 0 引言
  • 1 DNA序列匹配算法
  •   1.1 代价分析
  •   1.2 分置算法
  •     1.2.1 算法代码
  •     1.2.2 传统算法的缺点
  •   1.3 动态规划算法
  •     1.3.1 以空间换时间
  •     1.3.2 算法代码示例
  •     1.3.3 时间复杂度对比
  •   1.4 获得最佳序列
  •     1.4.1 增加结构体和指针
  •     1.4.2 遍历矩阵
  • 2 结语
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 熊坦

    关键词: 序列,最优匹配,动态规划算法

    来源: 信息与电脑(理论版) 2019年10期

    年度: 2019

    分类: 信息科技,基础科学

    专业: 数学,生物学

    单位: 四川大学软件学院

    分类号: O221.3;Q811.4

    页码: 30-31+35

    总页数: 3

    文件大小: 1430K

    下载量: 61

    相关论文文献

    • [1].基于科学思维的“DNA是主要的遗传物质”教学设计[J]. 教育观察 2019(30)
    • [2].基于粪便DNA的贺兰山岩羊亲权鉴定和婚配制研究[J]. 生态学报 2019(22)
    • [3].通过调节蛋白酶K消化时长优化DNA提取方法[J]. 生物化工 2019(06)
    • [4].蛹虫草线粒体DNA与细胞核DNA进化关系的比较[J]. 微生物学报 2019(12)
    • [5].有毒有机物影响DNA酶解和抗生素抗性基因横向迁移[J]. 农业环境科学学报 2020(01)
    • [6].蓝莓栽培品种的DNA条形码[J]. 林业科学 2019(12)
    • [7].应用于多个沉香属物种鉴定的DNA条形码序列筛选[J]. 中国药学杂志 2019(23)
    • [8].抗核抗体和抗双链DNA检测在系统性红斑狼疮诊断中的意义[J]. 中国医疗器械信息 2019(23)
    • [9].幽门螺旋杆菌诱导的胃腺癌DNA甲基化基因修饰研究进展[J]. 中国老年保健医学 2019(06)
    • [10].DNA分析技术在法医物证鉴定中的应用[J]. 法制博览 2020(03)
    • [11].磁性纳米颗粒负载质粒DNA的研究[J]. 华南农业大学学报 2020(01)
    • [12].DNA智慧扶贫工作室教育扶贫策略与实践[J]. 科技风 2020(06)
    • [13].家畜冷冻精液DNA的纯化及影响因素分析[J]. 南京农业大学学报 2020(02)
    • [14].蝙蝠蛾拟青霉及金水宝胶囊的DNA条形码鉴定[J]. 中国实验方剂学杂志 2020(08)
    • [15].3种DNA分子标记法联合鉴别草珊瑚及其混伪品[J]. 中草药 2020(03)
    • [16].探讨无创DNA检测和羊水细胞染色体检查的意义[J]. 中国卫生标准管理 2020(03)
    • [17].乳头状甲状腺癌中线粒体DNA突变的研究[J]. 中国细胞生物学学报 2020(01)
    • [18].非标记表面增强拉曼光谱在DNA检测中的应用[J]. 激光生物学报 2020(01)
    • [19].彗星电泳检测草胺磷对蚯蚓体腔细胞DNA的损伤[J]. 广东农业科学 2020(01)
    • [20].基于DNA检测的肉制品鉴伪技术研究进展[J]. 食品工业科技 2020(08)
    • [21].绵羊血液中布氏杆菌DNA提取方法的比较研究[J]. 畜牧与兽医 2020(03)
    • [22].环境DNA在水体中存留时间的检测研究——以中国对虾为例[J]. 渔业科学进展 2020(01)
    • [23].云斑白条天牛成虫不同组织部位DNA提取方法比较[J]. 滨州学院学报 2019(06)
    • [24].三七片DNA条形码分子鉴定及方法学考察[J]. 中草药 2020(07)
    • [25].DNA倍体分析系统在脱落细胞学及术中病理诊断中的应用[J]. 中国农村卫生 2020(03)
    • [26].DNA免疫吸附治疗重度活动性系统性红斑狼疮的疗效观察[J]. 中国社区医师 2020(07)
    • [27].红肉猕猴桃再生体系的建立及DNA条形码鉴定[J]. 植物生理学报 2020(03)
    • [28].蛋白质精氨酸甲基转移酶1调控DNA损伤修复和细胞凋亡[J]. 海洋科学 2020(03)
    • [29].基于密度梯度离心技术分离稳定同位素DNA的方法研究[J]. 实验科学与技术 2020(02)
    • [30].基于DNA链置换的可满足性问题的计算模型[J]. 阜阳师范学院学报(自然科学版) 2020(01)

    标签:;  ;  ;  

    DNA序列匹配算法研究与优化
    下载Doc文档

    猜你喜欢