导读:本文包含了功能基因芯片论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因芯片,功能,基因,微生物,群落,生物,土壤。
功能基因芯片论文文献综述
朱雨捷,朱湘玉,顾雷雷,张颖,倪梦瑶[1]（2019）在《法洛四联症microRNA差异表达谱与临床胎儿基因芯片结果的功能及通路分析》一文中研究指出目的对法洛四联症胎儿组织差异microRNAs(miRNAs)表达谱进行生物信息学分析,并和我院临床胎儿基因芯片结果进行比对,以期从整体水平揭示miRNAs在法洛四联症中的作用。方法我们从GeneExpressionOmnibus(GEO)数据库上搜索法洛四联症相关的miRNA数据集(GSE35490),并基于R语言limma包筛选特异性miRNAs(P值<0.05,|log2Fold Change(FC)|值>1),利用计算方法预测这些miRNAs作用的靶基因与我院27例法洛四联症胎儿的基因芯片数据进行比较取靶基因交集,将这些靶点在通路数据库中进行富集统计分析。结果数据集筛选出29个差异的miRNAs,和基因芯片的交集筛选出2841个靶基因,最终富集出可能和法洛四联症相关的20条GO功能和11条反应通路。结论法洛四联症是一个复杂疾病,尽管不同的miRNA功能和作用机制不同,在通路层次上我们可以系统地注解它们的功能和作用。(本文来源于《中国优生与遗传杂志》期刊2019年11期）
秦松林,周洋,胡威,刘伯龙,唐正[2]（2019）在《膀胱癌基因芯片生物信息分析及功能探讨》一文中研究指出目的从分子水平探讨膀胱癌的发病机制,为临床诊断及预后评估提供新思路。方法从基因芯片数据库中下载人膀胱癌的相关基因芯片数据GSE31189(包括52例尿路上皮癌和40例正常膀胱组织),使用Morpheus(software.broadinstitute.org/morpheus/)在线工具分析癌症尿路上皮组织和正常尿路上皮组织的差异表达基因,然后使用生物技术信息基因云(GCBI,https://www.GCBI.com.cn)在线分析系统进行差异表达基因信号通路富集以及差异基因之间相互作用的分析,最后选择差异基因通过细胞计数试剂盒8(CCK-8)、侵袭实验和免疫印迹法初步验证其功能。结果按q值进行排序并筛选出差异最大的前20个基因,其中膀胱癌中上调基因18个,下调基因2个。基因分类(GO)分析发现,这些差异基因主要集中在炎症反应、免疫反应,负调控凋亡过程,来自RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录负调控等多个生物学功能。信息通路(Pathway)分析结果显示,这些差异基因主要参与癌症中转录失调、代谢途径、核因子(NF)-κB信号通路等生物学过程。基因网络分析发现,CXC趋化因子受体4(CXCR4)、丝裂原活化蛋白激酶10(MAPK10)是这些基因网络的中心环节。初步体外实验表明,基质金属蛋白酶12(MMP-12)下调后,膀胱癌细胞的增殖明显减少,侵袭能力下降,细胞外调节蛋白激酶(ERK)磷酸化水平下降。结论通过多重生物信息学分析可以找出膀胱肿瘤中关键基因,CXCR4、MAPK10是膀胱基因网络中的关键环节,MMP-12在膀胱癌细胞中高表达,下调MMP-12可抑制膀胱癌细胞增殖和侵袭,它可能通过ERK途径发挥其生物学功能。(本文来源于《解剖学报》期刊2019年03期）
卢慧,赵珩,盛玉钰,丛微,王秀磊[3]（2018）在《基于功能基因芯片技术的高寒草甸土壤微生物功能基因研究》一文中研究指出土壤微生物是陆地生态系统的重要组成部分,在生物地球化学循环和维持生态系统功能等方面发挥着极其重要的作用。研究青藏高原高寒草甸的土壤微生物功能基因及其主要影响因子,对了解青藏高原微生物的功能代谢潜力和预测青藏高原受全球变化的影响具有重要意义。本研究选择叁江源地区高寒沼泽化草甸和高寒草甸这两种草甸类型土壤微生物为对象,利用微生物功能基因芯片(GeoChip4.0)技术开展微生物功能基因多样性研究。结果表明:两种草甸样地共检测到各类型功能基因45818个,涉及到16类微生物介导的关键生物过程;除趋势对应分析和不相似性检验结果均表明,不同草甸类型的微生物功能基因结构有明显差异;检测到土壤微生物参与的所有碳代谢过程和关键的氮循环过程,高寒沼泽化草甸比高寒草甸具有较高的碳降解相关功能基因和氮素基因丰度和代谢潜力,但两种草甸类型的土壤有机碳和全氮含量相对稳定;典范对应分析结果表明,土壤p H值和土壤含水量是影响微生物功能基因结构的主要因素。综上,本研究结果有助于了解环境变化对高寒草地生态系统结构和功能的影响,可为高寒草地生态系统的保护和管理提供科学依据。(本文来源于《生态学杂志》期刊2018年10期）
彭杨,李献清,邱前辉[4]（2017）在《应用功能分类基因芯片检测变应性鼻炎差异性表达基因》一文中研究指出目的:应用功能分类基因芯片技术研究变应性鼻炎差异表达基因。方法:分别提取、检测8例变应性鼻炎及8例正常对照的下鼻甲黏膜组织的总RNA,合成cDNA后进行实时荧光定量PCR芯片扫描,检测出两组间的差异表达基因。结果:通过对84个与过敏及哮喘发病相关基因的分析,发现67个基因表达下调,17个基因表达上调,差异具有统计学意义的差异性表达基因为2个(STAT6、BCL6)。结论:用功能分类基因芯片可检测变应性鼻炎中异常表达的基因。(本文来源于《临床耳鼻咽喉头颈外科杂志》期刊2017年11期）
王萍,赵建龙,胡斌,程祖乐,白亚楠[5]（2016）在《DNA功能化纳米金结合基因芯片可视化检测microRNAs》一文中研究指出开发了一种纳米金探针结合基因芯片用于micro RNAs(mi RNAs)检测的高灵敏度便携式生物传感器.靶标mi RNAs特异性捕获探针固定在芯片上,通过与纳米金探针杂交进行检测,最后利用过氧化氢(H2O2)还原四氯金酸(HAu Cl4)来放大检测信号.利用单个纳米金探针结合基因芯片可以检测到10 pmol/L的靶标mi RNAs,测得mi R-126在胎牛血清中的回收率为81.5%~109.1%.用这种生物传感器检测肺癌组织样本总RNA中的mi R-126,结果与定量PCR结果具有一致性.利用双纳米金探针进一步提高了检测灵敏度,可以检测到1 fmol/L的mi R-125a-5p.整个分析时间不超过1 h,并且实验结果可以用肉眼观察.这个平台可以同时检测肺癌相关mi R-126和mi R-125a-5p,并且具有费用低、快速和便捷的优势,有望用于mi RNAs的超灵敏可视化检测.(本文来源于《中国科学:生命科学》期刊2016年03期）
戚大川[6]（2015）在《应用基因芯片筛选胆管癌相关差异表达基因及对其功能的研究》一文中研究指出背景：胆管癌是最常见的肝胆系统恶性肿瘤之一,肝内外胆管癌占所有肝胆恶性肿瘤的10%-25%,发病率仅次于肝细胞癌位于肝胆系统恶性肿瘤的第二位。胆管癌按照部位可划分为肝内胆管癌,肝门部胆管癌和肝外胆管癌。胆管癌的发病率有相当大的地理和人群差异。其既定的风险因素包括寄生虫感染原发性硬化性胆管炎,胆管囊肿,肝内胆管结石等。本研究通过分析胆管癌相关基因芯片数据筛选与胆管癌发病机制相关的重要基因和通路,并对筛选出的基因进行实验验证,探索这些基因在胆管癌的发生发展中的作用。方法：从GEO数据库中下载数据GSE34166,该数据集共有10个样本(包括4个良性胆管狭窄和6个恶性胆管狭窄样本),采用R软件包做数据预处理和差异表达分析,选取差异表达基因。然后对差异表达基因进行生物信息学分析,首先上传至String 8.3在线分析工具获得差异表达基因的蛋白一蛋白相互作用网络统计网络中各个节点的度,挑选出最关键的hub基因,再筛选hub基因在所有人类基因范围内的互作网络(score>0.9),对网络中的基因进行通路富集分析。利用基于文本挖掘方法的在线免费工(EpiTect ChIP qPCR Primers)搜索hub基因的转录因子。通过RT-PCR方法检测重要差异表达基因在胆管癌细胞中的表达变化。构建GSTA1过表达载体,在胆管癌细胞中瞬时转染载体,过表达GSTA1;用siRNA干扰的方法沉默EPHB2。分别用Annexin V-FITC/PI双染、流式细胞仪和MTT的方法检测GST TA1过表达和EPHB2沉默对胆管癌细胞凋亡、细胞周期和细胞增殖的影响。结果：1.筛选到377个差异表达基因,其中212个上调基因,165个下调基因。研究发现HOXB6,HOXA10和EPHB2等基因上调差异倍数较大,SLC4A4和GSTA1等基因下调差异倍数较大。2.利用GSTA1基因建立的由25个基因(其中包括1个差异表达的基因GSTA3)组成的蛋白质相互作用网络,在网络中hub基因GSTA1和GSTA3,主要与CYP家族基因有密切的相互联系。蛋白质相互作用网络中基因主要富集的信号通路是细胞色素P450外源性物质代谢作用通路,药物代谢作用通路和谷胱甘肽代谢作用通路。调控hub基因G STA1的转录因子主要是：Sp-1, Ap-1, c-Jun和c-Fos。3. RT-PCR实验检测发现：HOXB6、HOXA10和SLC4A4在体外实验中检测得到的表达结果与生物信息学方法得到的结果不完全一致而EPHB2和GSTA1的结果与生信分析的结果是一致的。4.GS TA1过表达对HCCC-9810胆管癌细胞的细胞凋亡、细胞周期和细胞增殖没有明显影响。5.沉默EPHB2基因后,RBE细胞凋亡未受到显着影响,而细胞周期和细胞增殖受到了影响。结论：这些研究结果说明EPHB2和GSTA1基因在胆管癌中确实发生了差异表达,其中EPHB2基因对细胞周期和细胞活性都产生了明显影响。这些重要的基因将有望成为诊断和治疗胆管癌新的生物学标志物。本文的研究为探讨胆管癌发病的分子机制提供了新信息,为研究新的治疗策略提供了理论基础和实验基础。(本文来源于《苏州大学》期刊2015-09-01）
曾伟民,周丹,石丽娟,周洪波,余润兰[7]（2013）在《功能基因芯片技术在生物冶金研究中的应用进展》一文中研究指出功能基因芯片技术可快速、准确、高通量地检测和分析冶金微生物的种群结构、群落动态和功能活性,从而实现微生物生长代谢活动的实时监测和高效浸矿微生物的快速筛选.介绍了冶金微生物功能基因芯片的技术特点,以及在微生物生态学和功能学分析方面的应用情况,分析了该技术目前存在的主要问题及应用前景.(本文来源于《有色金属科学与工程》期刊2013年06期）
卞倩,朱宝立,王心如[8]（2013）在《4-t-辛基酚暴露大鼠睾丸基因芯片分析揭示睾丸功能改变与凋亡信号激活》一文中研究指出目的阐明4-t-辛基酚(OP)暴露后大鼠睾丸功能改变与其相关凋亡信号激活的分子机制。方法 1)将成年雄性SD大鼠随机分成对照组和染毒组(1/90LD_(50),1/30LD_(50)和1/10LD_(50)),染毒剂量为:对照组0 mg·kg~(-1)·d~(-1))、低剂量组50 mg·kg~(-1)·d~(-1)、中剂量组150 mg·kg~(-1)·d~(-1))和高剂量组450 mg·kg~(-1)·d~(-1),每天灌胃染毒,每周染毒6 d。连续染毒4周(2个生精周期)后,处死大鼠,迅速分离睾丸等脏器。2)对照组和OP染毒150 mg·kg~(-1)·d~(-1)组大鼠睾丸组织总RNA提取并纯化后,与约含15 900个大鼠全基因组的Affymetrix Genechip RAT 230A寡核苷酸芯片进行杂交,快速、并行、高效地检测睾丸组织中基因的转录水平,考察基因的应答特征。3)用定量PCR(RT-PCR)法验证差异表达基因,并从中选出与凋亡密切相关的2个基因,用TaqMan-MGB探针技术实时观察对照组和各染毒剂量组凋亡基因mRNA水平的变化。4)用Western blot的方法验证凋亡相关基因的蛋白表达水平变化,以及睾丸组织中细胞色素C(Cyto C)的释放水平、促凋亡基因Bax的表达水平改变以及胱天蛋白酶3的激活状态。结果 1)评估了基因芯片技术分析大鼠睾丸受到OP作用之后mRNA表达水平的改变应答,得到满足差异基因判定标准("Signal LogRatio"一栏中log2值≥0.7或≤-0.7)的1 12个探针组(probe set),其中表达上调的基因19个,表达下调的基因93个。2)用RT-PCR法检测了对照组和各染毒剂量组(50,150和450 mg·kg~(-1)·d~(-1)大鼠睾丸组织的Bcl-x,DED和YWKⅡ基因mRNA水平的表达变化,这3个基因都是在芯片中差异表达的基因,并从中选出与凋亡相关的2个关键基因(Bcl-x和DED),用TaqMan-MGB探针技术实时观察对照组和各染毒剂量组凋亡基因mRNA水平的变化。一方面,基因芯片、RT-PCR、Real time PCR叁种方法得出的基因表达变化在趋势上是一致的;另一方面,所检测的Bcl-x,DED和YWKⅡ基因随染毒剂量的增加,表达水平逐渐下降,且450 mg·kg~(-1)·d~(-1)剂量组显着低于对照组。3)Western Blot结果表明,随着OP染毒剂量的增加,Cyto C的释放随之增加,激活型Bax的表达增加,Bcl-x表达下降,胱天蛋白酶3激活。结论 OP可引起大鼠睾丸组织多种基因mRNA水平表达的改变。凋亡相关基因Bcl-x、DED基因的mRNA表达水平随OP染毒剂量的增高逐渐降低,Cyto C的释放、胱天蛋白酶3的激活、激活型Bax表达增加,提示内源性凋亡通路的激活。(本文来源于《中国毒理学会第六届全国毒理学大会论文摘要》期刊2013-11-12）
刘火旺,孙虹,贺广湘,陈玉[9]（2013）在《用功能分类基因芯片技术研究鼻息肉组织中JAK-STAT、NF-κB和MAPK信号通路中的分子标志物》一文中研究指出目的应用功能分类基因芯片技术研究复发性鼻息肉组织的相关基因,并探讨相关基因在鼻息肉发病和复发中的作用。方法分别抽提检测10例鼻息肉组织、10例复发性鼻息肉组织、10例慢性鼻窦炎组织和10例正常对照鼻黏膜组织的总RNA,合成cDNA,在标准96孔PCR反应仪中进行实时定量PCR实验,用扫描仪扫描芯片荧光信号,用2~(-ΔΔCt)计算JAK-STAT信号通路、MAPK信号通路和NF-κB信号通路中实验组与对照组对应基因的表达差异。为了验证这些发现的可重复性,同时也为了检验我们建立的实验体系的可靠性,我们严格按照第(本文来源于《中华医学会第十叁次全国耳鼻咽喉——头颈外科学术会议论文汇编》期刊2013-10-17）
孙寓姣,张惠淳[10]（2013）在《功能基因芯片在土壤微生态研究中的应用》一文中研究指出功能基因芯片是一项以编码各种微生物生理功能的基因为探针的前沿的微阵列技术,这种技术可以对环境样品进行快速、敏感的高通量检测。近年来,功能基因芯片日臻成熟,并在土壤微生态的研究中得到重视和应用,在有关各种生态系统中以及各种污染压力下的土壤微生物群落的结构和功能的研究中提供了大量信息。功能基因芯片的发展将有助于深入研究土壤微生态细节过程,描述微生物群落的生态功能网络,为预测微生物群落对环境压力的响应变化提供理论基础。(本文来源于《南水北调与水利科技》期刊2013年01期）
功能基因芯片论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的从分子水平探讨膀胱癌的发病机制,为临床诊断及预后评估提供新思路。方法从基因芯片数据库中下载人膀胱癌的相关基因芯片数据GSE31189(包括52例尿路上皮癌和40例正常膀胱组织),使用Morpheus(software.broadinstitute.org/morpheus/)在线工具分析癌症尿路上皮组织和正常尿路上皮组织的差异表达基因,然后使用生物技术信息基因云(GCBI,https://www.GCBI.com.cn)在线分析系统进行差异表达基因信号通路富集以及差异基因之间相互作用的分析,最后选择差异基因通过细胞计数试剂盒8(CCK-8)、侵袭实验和免疫印迹法初步验证其功能。结果按q值进行排序并筛选出差异最大的前20个基因,其中膀胱癌中上调基因18个,下调基因2个。基因分类(GO)分析发现,这些差异基因主要集中在炎症反应、免疫反应,负调控凋亡过程,来自RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录负调控等多个生物学功能。信息通路(Pathway)分析结果显示,这些差异基因主要参与癌症中转录失调、代谢途径、核因子(NF)-κB信号通路等生物学过程。基因网络分析发现,CXC趋化因子受体4(CXCR4)、丝裂原活化蛋白激酶10(MAPK10)是这些基因网络的中心环节。初步体外实验表明,基质金属蛋白酶12(MMP-12)下调后,膀胱癌细胞的增殖明显减少,侵袭能力下降,细胞外调节蛋白激酶(ERK)磷酸化水平下降。结论通过多重生物信息学分析可以找出膀胱肿瘤中关键基因,CXCR4、MAPK10是膀胱基因网络中的关键环节,MMP-12在膀胱癌细胞中高表达,下调MMP-12可抑制膀胱癌细胞增殖和侵袭,它可能通过ERK途径发挥其生物学功能。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
功能基因芯片论文参考文献
[1].朱雨捷,朱湘玉,顾雷雷,张颖,倪梦瑶.法洛四联症microRNA差异表达谱与临床胎儿基因芯片结果的功能及通路分析[J].中国优生与遗传杂志.2019
[2].秦松林,周洋,胡威,刘伯龙,唐正.膀胱癌基因芯片生物信息分析及功能探讨[J].解剖学报.2019
[3].卢慧,赵珩,盛玉钰,丛微,王秀磊.基于功能基因芯片技术的高寒草甸土壤微生物功能基因研究[J].生态学杂志.2018
[4].彭杨,李献清,邱前辉.应用功能分类基因芯片检测变应性鼻炎差异性表达基因[J].临床耳鼻咽喉头颈外科杂志.2017
[5].王萍,赵建龙,胡斌,程祖乐,白亚楠.DNA功能化纳米金结合基因芯片可视化检测microRNAs[J].中国科学:生命科学.2016
[6].戚大川.应用基因芯片筛选胆管癌相关差异表达基因及对其功能的研究[D].苏州大学.2015
[7].曾伟民,周丹,石丽娟,周洪波,余润兰.功能基因芯片技术在生物冶金研究中的应用进展[J].有色金属科学与工程.2013
[8].卞倩,朱宝立,王心如.4-t-辛基酚暴露大鼠睾丸基因芯片分析揭示睾丸功能改变与凋亡信号激活[C].中国毒理学会第六届全国毒理学大会论文摘要.2013
[9].刘火旺,孙虹,贺广湘,陈玉.用功能分类基因芯片技术研究鼻息肉组织中JAK-STAT、NF-κB和MAPK信号通路中的分子标志物[C].中华医学会第十叁次全国耳鼻咽喉——头颈外科学术会议论文汇编.2013
[10].孙寓姣,张惠淳.功能基因芯片在土壤微生态研究中的应用[J].南水北调与水利科技.2013
论文知识图
