王翔[1]2004年在《鸟类线粒体tRNA基因及调控区序列比较研究》文中研究说明线粒体DNA是研究鸟类分子进化的理想的分子标记,鸟类线粒体DNA的研究在种群遗传学和进化遗传学方面越来越显示出重要的作用。利用PCR方法扩增雀科15种鸟类以及猛禽类13种鸟类线粒体基因组中3个主要的tRNA基因簇:IQM (tRNAIle-tRNAGln-tRNAMet)、WANCY(tRNATrp-tRNAAla- tRNAAsn- tRNACys-tRNATyr)和HSL(tRNAHis-tRNASer(AGY)-tRNALeu(CUN)),测序后分别探讨雀科和猛禽类(结合GenBank已登陆的游隼和普通鵟相应序列)鸟类的分子系统进化。通过比较这些tRNA基因序列和二级结构差异,发现核苷酸变异主要出现在环区,且存在插入缺失。茎区相对保守,其中一些变异如双链的互补性碱基突变、G-U配对等对于维系tRNA二级结构的稳定性非常重要。利用11种线粒体tRNA基因全序列和茎区序列分别构建了的雀科和猛禽类物种的 NJ树和MP树,其中基于全序列的系统发育树分支具有较高的自引导值, 因此该数据集所反映的系统发育关系可能更接近真实水平。比较物种间tRNA基因二级结构发现,部分tRNA基因中的核苷酸插入和缺失特征在科水平具有共同衍征,提示这些特征对于猛禽类科间系统发育关系具有较高的参考价值。此外,本研究测定了鸻形目17种鸟类线粒体调控区序列,发现在碱基组成和进化速率上与其它鸟类相似,但其3’末端的串联重复序列导致domain III长度且A含量显着增加;利用调控区序列未能较好的解决鸻形目属以上水平的分类,但对于解决属内物种间的进化关系具有一定的参考价值。
孙毅[2]2005年在《鸮形目两种鸟类线粒体基因组比较研究》文中提出本论文主要测定了鹗形目两种鸟类的线粒体基因组全序列,从比较基因组学的角度对鹗形目鸟类的线粒体基因组结构进行了研究分析,并对鸟类线粒体调控区的结构特征,起源进化和生理意义等进行了比较和探讨。 利用Long-PCR和Primer Walking结合克隆测序法对短耳鹗和长耳鹗线粒体基因组进行了全序列测定。结果表明:短耳鹗mtDNA序列全长为18,858bp,长耳鹗mtDNA全长为18,493bp,其中短耳鹗mtDNA是目前世界上已知最大的鸟类线粒体基因组。两种鹗类的基因组结构和基因排列顺序与家鸡相同,无假调控区,在ND3基因174位点都存在一个额外插入的胞苷酸(C),碱基组成表现出较明显的AT偏向。其基因间的间隔和重迭碱基数目,编码蛋白基因的起始和终止密码子使用偏好等均具有一定的种属特性。调控区序列异常增大是造成这两种鸟类mtDNA异常增大的主要原因,短耳鹗调控区长度为3,288bp,长耳鹗为2,926bp,这是目前已知的脊椎动物线粒体基因组中仅次于盲鳗的最大的调控区。 两种鹗类调控区的碱基组成和基本结构与其它鸟类相似,其可分为叁个区:domainⅠ—Ⅲ。domain Ⅰ和domainⅢ区碱基变异程度较大,domainⅡ区则相对保守。叁个区内均存在一些序列保守的功能框,有些是在脊椎动物中普遍存在的,有些则是鸟类所特有的。在两种鹗类调控区3’端存在大量的串联重复序列,短耳鹗中为126bp单元重复7次和78 bp单元重复14次,两段重复区之间有99bp间隔,;长耳鹗中为127bp单元重复8次和78bp单元重复7次,重复区之间有55bp间隔。两种鹗类间相应单元重复区的序列相似性较高,可能有着共同的起源。分析发现这两种鹗类的重复序列和Mt5调控元件有较高的序列相似性,且能形成热力学稳定的多重茎环二级结构。重复序列的产生机制,可能是由于链的滑动错配所导致,与mtDNA复制过程中聚合酶的活动受到阻碍有关。通过对脊椎动物线粒体调控区中的串联重复序列进行比较分析,认为重复序列并非完全是冗余序列,而可能具有特定的生物学功能,影响线粒体基因组的复制或转录表
郭新红[3]2004年在《不同倍性鱼类mtDNA及叁倍体湘云鲫Sox基因研究》文中指出线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)作为一种核外遗传系统,具有小型性、自主性和多态性等特点。对mtDNA的研究除能揭示mtDNA的结构、基因表达及其功能外,还在核质互作、分子进化规律、物种的起源与分化以及线粒体的起源等方面具有重要意义。世界上首次培育成功的两性可育异源四倍体鲫鲤新种群的获得为我们创建四倍体、叁倍体及二倍体的不同倍性体系奠定了非常重要的基础,系统地研究四倍体、叁倍体及二倍体mtDNA的分子遗传关系在世界上尚是首例。本文通过研究四倍体、叁倍体及二倍体mtDNA的分子结构,探讨了这些不同倍性鱼类mtDNA的分子遗传关系及这些不同倍性鱼类与其它相关鱼类的分子遗传关系。用异源四倍体鲫鲤与二倍体日本白鲫交配,大规模制备了生长快、抗逆性强、肉味鲜美的不育叁倍体鲫鱼—湘云鲫。Sox家族是一类以SRY/Sry为基本成员的控制发育的基因,在不育叁倍体湘云鲫中的Sox基因情况怎样?这也是值得我们研究的课题。本论文的主要研究内容如下: 1.对红鲫、叁倍体湘云鲫和异源四倍体鲫鲤的mtDNA全序列进行了测序,阐明了这些不同倍性鱼类mtDNA的分子结构、基因组成和基因排列等特点。通过对异源四倍体鲫鲤与母本红鲫和父本鲤鱼的mtDNA全序列比较发现:经过9代(F_3-F_(11))的繁育后,异源四倍体鲫鲤(F_(11))在mtDNA上具有严格的母性遗传特征。说明了新的异源四倍体基因库在mtDNA上拥有稳定的遗传特性。另一方面,通过对以鲤鱼为父本和异源四倍体鲫鲤为母本交配得到的新型叁倍体鲤鱼(T_3)的部分mtDNA进行了遗传变异分析,发现叁倍体鲤鱼(T_3)在mtDNA上也呈现严格的母性遗传特征。但是,对以日本白鲫为母本和异源四倍体鲫鲤为父本交配得到的叁倍体湘云鲫的mtDNA进行分析后发现:叁倍体湘云鲫mtDNA存在父性遗传现象,并且推测在tRNA-Val→NADH 5基因这一区间,叁倍体湘云鲫的母本日本白鲫和父本异源四倍体鲫鲤的mtDNA之间发生了遗传重组。上述结果表明,在不同倍性鱼类中,mtDNA既有严格的母性遗传现象,同时也存在父性遗传的特殊情况。
肖冰[4]2006年在《鸮形目鸟类线粒体调控区序列的测定与比较研究》文中进行了进一步梳理本论文主要测定了鸮形目四种鸟类的线粒体调控区全序列，从比较基因组学和生物信息学的角度对鸮形目鸟类线粒体调控区的结构进行了研究分析，并对鸟类线粒体调控区的起源、进化、生理功能等进行了探讨，进而研究串联重复序列的起源和进化及形成的机制和生理功能等问题。 利用Long-PCR和Primer Walking的方法对鸮形目的短耳鸮、长耳鸮、纵纹腹小鸮、灰林鸮四种鸟类的线粒体调控区进行了全序列测定。实验结果表明：短耳鸮的调控区长度为3290bp；长耳鸮为2848bp；纵纹腹小鸮为2444bp；灰林鸮为1771bp。短耳鸮的调控区长度是四种鸮中最大的，并且是目前已知最大的鸟类线粒体调控区。这四种鸮类调控区的基本结构和其它鸟类相似，按照碱基变化速率的不同可以分为叁个区：碱基变化速率较快的外围区域Ⅰ、Ⅲ和保守的中间区域Ⅱ。在这叁个区中均存在一些序列保守的功能框，有些是脊椎动物所共有的，有些是鸟类所特有的。这四种鸟类调控区的3'端均存在大量的串联重复序列，短耳鸮为126bp单元重复7次和78bp单元重复14次，两段重复区之问有99bp间隔；长耳鸮为127bp单元重复8次和78bp单元重复6次，重复区之间有55bp间隔；纵纹腹小鸮有3个重复单元，分别为89bp单元重复3次、77bp单元重复4次和71bp单元重复6次，89bp的重复单元与77bp重复单元之间仅有2bp间隔，77bp重复区与71bp重复区之间有64bp的间隔序列；灰林鸮仅有1个单元的串联重复为78bp重复5次。分析表明调控区中串联重复序列可能是由链的滑动错配产生，与线粒体基因组复制过程中聚合酶的活动受到阻碍有关。另外这些重复序列都能形成热力学稳定的多重茎环二级结构，而且在重复序列中还发现一些保守基序，这说明重复序列并非完全是冗余序列，它们可能具有一定的生理功能，影响调控区的调控功能从而影响线粒体基因组的复制和转录。
王继文[5]2003年在《中国主要家鹅品种分子系统进化研究》文中研究表明本研究测定了15个中国家鹅品种、2个欧洲家鹅品种96个个体线粒体DNA控制区部分序列(1042bp)和44个个体细胞色素b基因全序列(1143bp)。17个家鹅品种96条控制区序列和GenBank中相关序列分析结果表明： 检测到94个多态位点，核苷酸多样度为0.015490，20种单倍型，H6是鸿雁家鹅的共享单倍型，鸿雁和灰雁家鹅没有共享单倍型，表现为两种不同的母系起源(细胞色素b基因全序列分析也得到了同样的结果)，支持灰雁和鸿雁家鹅为两种不同起源的结论。中国的伊犁鹅和欧洲的朗德鹅、莱茵鹅起源于灰雁，其他中国家鹅起源于鸿雁，不支持灰雁家鹅和鸿雁家鹅来源于灰雁西方亚种和灰雁东方亚种的观点。 不同家鹅品种的核苷酸多样度表现出较大的差异(0～0.135)，灰雁鹅种的核苷酸多样度(1.179)明显高于鸿雁鹅种(0.088)。豁眼鹅与其它中国鸿雁品种间的核苷酸分歧度(0.211～0.272)明显高于其它鸿雁鹅品种间的核苷酸分歧度(0.000～0.094)。较低的核苷酸多态度表明，同一起源的家鹅mtDNA群体分化程度较低，它们拥有较近的共同祖先，且可能是在不同的时间多个中心由鸿雁野生种驯化而成。推测广东的汕头地区(狮头鹅)、四川(四川白鹅)、江苏(太湖鹅)、湖南(溆浦鹅)、安徽的六安地区(雁鹅)、山东的莱阳地区(豁眼鹅)等是中国鸿雁鹅的主要驯养驯化地。 在中国鸿雁家鹅品种的形成过程中，家鹅的遗传分化式样与品种的地理分布型式有很大的相关性，表现为地理分化的物种形成模型。豁眼鹅的遗传分化程度高于中国其它鸿雁家鹅，其他鸿雁家鹅品种间的遗传分化不明显。 家鹅控制区部分序列(1042bp)的保守元件F-box(265～293)、D-box(371～395)和C-box(419～445)位于控制区Ⅱ，CSB-1(719～745)位于控制区Ⅲ。灰雁和鸿雁家鹅控制区序列的F-box、D-box、C-box和CSB-1四个序列保守元件在雁属鹅种间或种内品种间均表现出了高度的保守性。控制区Ⅰ和控制区Ⅲ是家鹅线粒体DNA控制区序列的高变区，尽管控制区Ⅰ只测定了246bp，但控制区Ⅰ的转换值(S)、颠换值(V)和分歧百分比(P)均明显高于控制区Ⅲ，控制区Ⅱ最为保守。灰雁和鸿雁mtDNA控制区序列转换数远大于颠换数，表明家鹅线粒体控制区序列在种间、控制区区域间表现出不同的变异模式。用控制区序列研究近缘鹅种的系统进化关系比细胞色素b基因更适合。 用最大似然法(ML)、最大简约法(MP)和最小进化法(ME)基于鹅线粒体DNA控制区1042bP序列构建的系统进化树拓扑结构相似，雁属鹅种聚积在一起形成雁属鹅种进化枝，黑雁属的黑雁、红胸黑雁、加拿大黑雁、白颊黑雁和天鹅属的黑天鹅以及埃及雁、斑胁草雁、扁嘴天鹅及澳洲灰雁聚积在一个进化分枝上，形成两大进化分枝，且ML、MP和ME分析的支持率均为100%。在雁属鹅种的系统进化关系中，形成了4个进化枝，即:(l)细嘴雁、雪雁、帝雁和斑头雁，(2)小白额雁、豆雁、白额雁以及粉脚雁，(3)14个中国鸿雁家鹅品种，(4)灰雁东方亚种、灰雁西方亚种和灰雁家鹅(朗德鹅、莱茵鹅和伊犁鹅)。中国鸿雁家鹅形成一单源进化枝，豁眼鹅与其他家鹅品种形成两个分枝，MP、ML和ME分析的BP值均为100%。豁眼鹅与其他家鹅品种间的遗传距离均为0.0029，除豁眼鹅外的中国家鹅品种间的距离值均为0，表明豁眼鹅的分化时间早于其他家鹅品种，其它中国鹅品种亲缘关系极近，在进化分枝上的支序和分组不明显，BootstraP检验的BP值较低(ML为55%，MP为53%，ME为51%)。 豁眼鹅与其它13个鸿雁家鹅品种间的基因流很小(Nm=0 .02~0.54)，遗传漂变是豁眼鹅与其他鸿雁家鹅间遗传分化的主要因素;另外13个鸿雁家鹅品种的地理分布是邻域或同域分布，品种间存在较强的基因交流(Nm=12.0一“.33)，因此，基因流是这13个鸿雁鹅品种遗传分化程度低的主要因素。
李雪娟[6]2011年在《高原山鹑、藏雪鸡和藏马鸡全线粒体基因组序列的测定和系统发生分析》文中提出雉科作为鸡形目最大的科具有重要的经济和理论研究价值。随分子生物学技术和理论的应用,雉科各类群的系统发生研究有了长足进展,同时对一些传统分类观点提出了新的挑战。现生雉科鸟类经历了一次快速辐射进化事件,这造成了系统树重建工作的困难,而雉科内部的一些属的分类关系仍然有争议。参照近缘物种线粒体基因组序列设计了6对引物,采用L-PCR方法扩增产物,采取引物步移法测得高原山鹑(Perdix hodgsoniae)、藏雪鸡(Tetraogallus tibetanus)和藏马鸡(Crossoptilon harmani)叁种雉科鸟类的线粒体全基因组序列,并比较了叁种雉科鸟类的基因排布顺序、碱基组成偏向性以及蛋白质编码基因的密码子使用情况。同时结合GenBank收录的23条雉科鸟类线粒体的全基因组序列,以珠鸡(Numida meleagris, NC_006382)为外群,分别采用最大似然法、贝叶斯推论法以及简约法对雉科鸟类的系统发生关系进行了研究。主要结论如下：1.高原山鹑、藏雪鸡和藏马鸡线粒体基因组全长分别为16698bp、16686bp和16682bp,均包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码调控区。与多数鸟类线粒体基因组一样,Cytb和12SrRNA之间的基因顺序为Cytb/tRNAThr/tRNAPro/ND6/ tRNAGlu/D-loop/tRNAphe/12SrRNA。2. 13个编码蛋白基因最常用的起始密码子是ATG,但COI基因均为GTG,最常用的终止密码子是TAA、TAG,其中TAA居多,此外COI终止密码子为AGG,藏马鸡ND6终止密码子也为AGG, COⅢ和ND4中为不完全终止密码子T。3.高原山鹑、藏雪鸡和藏马鸡12SrRNA序列长度分别为964bp、974bp以及964bp,16SrRNA序列长度分别为1609bp、1605bp以及1609bp。12SrRNA和16SrRNA基因位于tRNAPhe和tRNALeu(UUR)之间,由tRNAVal基因分开。4.高原山鹑、藏雪鸡和藏马鸡1ntDNA能够编码22种tRNA,除tRNASer(AGY)以外,所有tRNA二级结构均能形成典型的叁叶草结构,茎区序列中存在许多G-U错配,这种错配方式对于tRAN二级结构的稳定性非常重要。控制区位于tRNAPhe和tRNAGlu之间,序列长度分别为1150bp、1155bp以及1146bp,AT含量分别为58.8%、59.7%以及58.3%。5.利用最大简约法、最大似然法和贝叶斯法对26种雉科鸟类不同的数据集进行了系统发生分析。结果显示：雉科内部的分类关系为((Coturnix+Tetraogallus)+((((((Lophura+Crossoptilon)+ Phasianus)+Syrmaticus)+Perdix)+(Lophophorus+Tragopan))+((Gallus+Bambusicola)+ Francolinus))),而山鹧鸪属却远离其他雉科鸟类。灰孔雀雉属和孔雀属的分支地位难确定。6.传统分类将雉科鸟类分为鹑亚科和雉亚科两大支,而本研究不支持传统的分类系统。线粒体基因组核苷酸和氨基酸序列的分析均有力支持鹇属、鹑属、长尾雉属、原鸡属的单系性。鹇属、马鸡属、雉属亲缘关系较近；虹雉属和角雉属亲缘关系较近；原鸡属、竹鸡属、鹧鸪属亲缘关系较近；鹑属和雪鸡属亲缘关系较近。7. PCG、rRNA、D-loop、A11、PCG1+2以及H-chain数据集系统发生树的KH、SH检验中显示P>0.05,即树之间并没有显着差异,表明这些树的拓扑结构很好的解释了研究数据。评价基因功效方面,种间水平上,ND5和ATP6的核苷酸和氨基酸序列较好；属间水平上,ND4和ND5的核苷酸和氨基酸序列较好,而Cytb和ND4L较差。综合种和属水平的研究,ND4和ND5的核苷酸序列和氨基酸序列性能最好。8.对原鸡属、竹鸡属和鹧鸪属作了分子测年计算,ND5基因以及Cytb基因在1+2Ts核苷酸替代模型下所计算的原鸡属/竹鸡属的分歧时间分别为(33.9579±4.5277)*106aBP以及(36.2350±7.8771)*106aBP,ND5基因在1+2+3Ts核苷酸替代模型下所计算的鹧鸪属/竹鸡属+原鸡属的分歧时间为(40.9843±8.6145)*106aBP。
陈晓芳, 李爽, 王黎, 袁晓东, 汤敏谦[7]2002年在《鸟类线粒体DNA研究概述》文中研究指明线粒体DNA作为理想的分子标记已被广泛用于鸟类种群遗传学和进化遗传学的研究 ,并取得了许多有意义的结果。本文介绍鸟类线粒体DNA的组成、结构特点及多态性的研究 ,综述近年来有关鸟类分子进化研究的进展情况 ,对今后的发展进行了初步的探讨。
张永德[8]2004年在《朱鹮人工饲养种群的DNA多态性研究》文中研究指明朱鹮是世界极濒危鸟类，被称为我国的四大国宝之一。1981年在陕西洋县发现的朱鹮种群数量只有7只，目前洋县人工饲养朱鹮种群就是由这7只发展而来的。较小的群体和频繁的近交，导致朱鹮后代遗传多态性的进一步丧失，利用现代分子生物学方法对这一濒危物种遗传多态性和遗传背景进行研究，对于科学地指导朱鹮的保护和扩繁工作具有重要的意义。本研究首次利用mtDNA序列分析技术、微卫星DNA标记以及RMAPD标记技术对洋县43只人工饲养种群的遗传多态性进行了分析，其结果如下：1. 测定其中42只朱鹮的mtDNA D-loop区298 bp的序列，序列分析表明，42个个体共有4种单倍型，其中单倍型Ⅰ有9个个体，占群体的21.43％；单倍型Ⅱ有8个个体，占群体的19.05％；单倍型Ⅲ有2个个体，占群体的4.76％；单倍型Ⅳ有23个个体，占群体的54.76％。42个个体有2处发生突变，突变的形式为颠换（G?C、A?C）。提示这一朱鹮种群具有较近的母系起源，这与其祖先来自7只野生朱鹮的事实基本吻合。2. 测定了5只朱鹮的mtDNA Cyt b基因的部分序列共303 bp，没有发现突变位点。暗示朱鹮mtDNA Cyt b基因具有较强的保守性和朱鹮个体间较近的亲缘关系，也暗示了朱鹮的起源比较单一。3．将朱鹮mtDNA Cyt b基因序列与鹮科、鹳科、红鹳科、鹭科、鹤科共18个个体的mtDNA Cyt b基因进行同源序列分析，并计算了mtDNA Cyt b基因的碱基相似率和遗传距离。序列的同源分析揭示了科间mtDNA Cyt b基因序列由17种单倍型组成，朱鹮与非洲琵鹭的遗传距离最小，为0.0932；与黄苇鳽的遗传距离最大，为0.1665。利用NJ法对18个个体的mtDNA Cyt b基因序列进行聚类，结果表明朱鹮与非洲琵鹭和彩鹳具有较近的亲缘关系（分别为0.0932，0.1170～0.1249），与形态学的观察相一致。4. 利用27对其它物种的微卫星引物对43只人工饲养的朱鹮DNA进行扩增，发现只有4对微卫星引物扩增产物具有多态性，说明其它物种的微卫星引物可以用于朱鹮遗传多态性研究，但引物的通用性不强。4个基因座的平均杂合度为0.3491，平均多态信息含量为0.3036，平均有效等位基因数为1.773，均显示朱鹮人工饲养种群的遗传多态性较低。5. 本研究首次使用RMAPD技术对朱鹮人工饲养种群进行研究。实验结果表明，RMAPD的稳定性比RAPD效果好，对朱鹮群体的分析发现：RAPD的遗传多样性指数为1.474，
郭玎玎[9]2004年在《四种鹅线粒体细胞色素B基因与调控区序列的克隆测序及进化分析》文中研究表明本试验首次测定了豁眼鹅、籽鹅、朗德鹅和莱茵鹅线粒体细胞色素基因(mitochondrion cytochrome b gene)与线粒体调控区(mitochondrial control region)全序列，在此基础上进行了不同品种鹅的序列分析。以这四个品种鹅的线粒体细胞色素b基因序列和调控区序列与其它鸟类进行了系统进化分析。 线粒体细胞色素b基因在四个品种中均为1143bp，共发现29个多态位点，单一信息位点23个，简约信息位点6个。核苷酸的变异类型为转换和颠换，没有插入和缺失。其中朗德鹅没有检测到颠换，只有转换。豁眼鹅、籽鹅和莱茵鹅均发生了转换和颠换，均以转换为主。 四种鹅的Cytb序列中，不同位点碱基含量不同，均为密码子的第一位点和第叁位点富含碱基C，第二位点富含碱基T。同一碱基在不同的密码子位点含量不同，T在第二位点最高，C、A在第叁位点最高，G在第一位点最高，有相同的变化规律。 将Cytb基因序列翻译成氨基酸序列，豁眼鹅、籽鹅、郎德鹅和莱茵鹅都含有20种氨基酸，共380个氨基酸。籽鹅在163、267、275、370检测到4个氨基酸变异，豁眼鹅在370检测到一个氨基酸变异，朗德鹅和莱茵鹅没有检测到氨基酸变异。 比较豁眼鹅、籽鹅、郎德鹅和莱茵鹅的密码子使用频率，不同密码子在同一种鹅中使用频率不同，同一密码子在不同的鹅中使用频率不同；同义密码子在同一种鹅中和不同鹅中使用频率不平衡，结果表明，密码子使用频率存在偏倚性。 线粒体调控区序列在豁眼鹅和朗德鹅中为1175bp，在籽鹅和莱茵鹅中为1176bp。T、C、A、G含量差异较大，C含量最高，然后分别为A、T、G。四种碱基含量在四种鹅中具有相同的变化规律。 以豁眼鹅、籽鹅、郎德鹅和莱茵鹅的线粒体DNA细胞色素b全序列，调控区全序列，及Genebank中相关序列为基础，利用MEGA2.1软件构建豁眼鹅、籽鹅、郎德鹅和莱茵鹅线粒体Cytb基因全序列的NJ树和MP树；构建豁眼鹅、籽鹅、郎德鹅和莱茵鹅线粒体调控区全序列的NJ树和MP树。不同系统发育树的拓扑结构相似。 本研究为鹅品种的种系发生和起源的研究提供了分子水平的证据，对于我国鹅品种资源的遗传评估和进一步的保护利用提供了分子基础。
王晨[10]2011年在《内蒙古12种雀形目鸟类线粒体12SrRNA和COI基因序列分析及系统发育研究》文中进行了进一步梳理雀形目是鸟类中最高等的类群,在整个进化史上出现晚而分化强烈。我国拥有雀形目鸟类661种,约占我国鸟种总数的55.7%。由于雀形目鸟类种类繁多,行为和形态十分复杂,许多科、属、种间的分类与系统发育关系还存在不少问题。尤其是长尾山雀科、山雀科与燕雀科的系统发育关系一直存在分歧。以分子分类系统和以形态学和生态学为基础建立的传统分类系统差异尤为明显。本文通过对采自内蒙古地区的3科12种雀形目鸟类的线粒体12SrRNA基因和COI基因部分序列进行测序分析。结果发现所测得的12SrRNA部分序列中,山雀科鸟类的GC含量高于AT。多序列比对这436个碱基序列得到保守位点348个,转换位点36个,颠换位点33个,转换与颠换之比为1.08。COI基因部分序列中山雀科鸟类的GC含量高于AT。比对这1336个碱基序列后得到保守位点1157个,转换位点99个,颠换位点72个,转换与颠换之比为1.37。在对线粒体12SrRNA基因和COI基因分别比对的基础上,利用ME、NJ、ML、贝叶斯等多种方法重建系统发育树(包括联合两种基因)。结果为ML贝叶斯等部分系统树显示银喉长尾山雀(Aegithαlos cαudαtus)与大山雀(Pαrus mαjor)、沼泽山雀(Pαrus pαlustris)、黄腹山雀(Pαrus venustulus)聚为一支,建议把长尾山雀科鸟类作为属归入山雀科。另外,在燕雀科鸟类中,本实验支持了锡嘴雀(Coccothrαustes coccothrαustes)与蜡嘴雀(Eophonαmigrαtoriα)、蒙古沙雀(Rhodopechys mongolicα)与普通朱雀(Cαrpodαcus erythrinus)较近的亲缘关系,白翅交嘴雀(Loxiαleucopterα)与金翅雀属聚为一支,且证明了白翅交嘴雀与白腰朱顶雀(Cαrduelis flαmmeα)的亲缘关系。通过对比基于12SrRNA基因、COI基因与联合两种基因所建立起来的系统发育关系,结合其序列特点,可知COI基因比12SrRNA基因稳定,保守程度高,联合两种基因的系统树能获得更高的置信值。
参考文献：
[1]. 鸟类线粒体tRNA基因及调控区序列比较研究[D]. 王翔. 辽宁师范大学. 2004
[2]. 鸮形目两种鸟类线粒体基因组比较研究[D]. 孙毅. 辽宁师范大学. 2005
[3]. 不同倍性鱼类mtDNA及叁倍体湘云鲫Sox基因研究[D]. 郭新红. 湖南师范大学. 2004
[4]. 鸮形目鸟类线粒体调控区序列的测定与比较研究[D]. 肖冰. 辽宁师范大学. 2006
[5]. 中国主要家鹅品种分子系统进化研究[D]. 王继文. 四川农业大学. 2003
[6]. 高原山鹑、藏雪鸡和藏马鸡全线粒体基因组序列的测定和系统发生分析[D]. 李雪娟. 陕西师范大学. 2011
[7]. 鸟类线粒体DNA研究概述[J]. 陈晓芳, 李爽, 王黎, 袁晓东, 汤敏谦. 遗传. 2002
[8]. 朱鹮人工饲养种群的DNA多态性研究[D]. 张永德. 西北农林科技大学. 2004
[9]. 四种鹅线粒体细胞色素B基因与调控区序列的克隆测序及进化分析[D]. 郭玎玎. 延边大学. 2004
[10]. 内蒙古12种雀形目鸟类线粒体12SrRNA和COI基因序列分析及系统发育研究[D]. 王晨. 内蒙古大学. 2011
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