骨关节炎关键基因与治疗药物的生物信息学筛选

论文摘要

目的:利用生物信息学方法探寻骨关节炎（OA）关键基因及潜在治疗药物。方法:利用基因表达大棚车（GEO）下载GSE55235芯片数据,R语言3.5.0筛选差异表达基因,David在线数据库对差异表达基因进行基因本体（GO）富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析,String 10.5在线数据库构建分析蛋白质之间的相互作用,Cytoscape v3.6.1软件进行可视化编辑,MCODE插件进行子网络模块分析,筛选出OA发生过程中的核心基因。最后根据关联性图谱（CMap）分析具有潜在治疗OA的小分子药物。结果:筛选出556个差异基因,其中上调252个,下调304个,这些差异基因主要参与细胞外基质组织、炎症反应、细胞黏附、免疫应答以及胶原结合等方面;KEGG通路分析发现差异基因主要参与细胞外基质受体相互作用,磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路及破骨细胞分化;蛋白质相互作用发现白细胞介素-6（IL-6）,JUN,血管内皮生长因子α（VEGFA）,FOS,MYC和早期生长反应蛋白-1（EGR-1）,转录激活因子-3（ATF-3）等关键基因;筛选出了一些潜在治疗OA的小分子药物,如石蒜碱和茴香霉素等。结论:所筛选的关键基因可能成为诊断OA的标志物或潜在治疗OA的靶点;筛选出来的小分子药物可作为治疗OA的关键药物进行研发。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 丁晓,史晨辉,孟德峰,王海英,韩飞,蒲沛东,王梦雨,王维山

关键词: 骨关节炎,生物信息学,基因芯片,关联性图谱,石蒜碱,茴香霉素,差异表达

来源: 中国实验方剂学杂志 2019年09期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,外科学

单位: 石河子大学医学院第一附属医院骨科中心

基金: 国家自然科学基金项目(81660374,81760404)

分类号: R684.3;Q811.4

DOI: 10.13422/j.cnki.syfjx.20190304

页码: 189-196

总页数: 8

文件大小: 864K

下载量: 499

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标签：骨关节炎论文;  生物信息学论文;  基因芯片论文;  关联性图谱论文;  石蒜碱论文;  茴香霉素论文;  差异表达论文;