导读:本文包含了动力学抑制剂论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:抑制剂,动力学,分子,吲哚,激酶,酪氨酸,精子。
动力学抑制剂论文文献综述
邓培渊,孔庆寒,袁伟,李长看[1]（2019）在《吲哚胺2,3-双加氧化酶Ⅰ与抑制剂INCB024360作用的分子动力学研究》一文中研究指出INCB024360是进入临床试验的吲哚胺2,3-双加氧化酶Ⅰ(IDO1)抑制剂之一,但其结合机理尚不明晰。本文运用分子对接、分子动力学、自由能计算和丙氨酸突变扫描方法研究了IDO1和INCB024360的结合模式。结果表明,IDO1和INCB024360的复合物形成了6个氢键,结合自由能为-70. 82 k J/mol,静电作用力是主要驱动力,极性溶剂化能是主要抑制力;丙氨酸突变扫描发现,Ser263和Glu171是两者结合的关键氨基酸,ΔΔGbind值分别为15. 35和54. 39 k J/mol。本文的结果可为阐明IDO1和INCB02436结合的分子机制提供重要依据。(本文来源于《化学通报》期刊2019年12期）
许剑锋,王晓尉,张林媛,傅龙龙,梁小薇[2]（2019）在《线粒体氧化磷酸化抑制剂FCCP体外对人精子动力学和线粒体功能的影响》一文中研究指出目的通过线粒体氧化磷酸化(OXPHOS)特异性抑制剂FCCP对人精子活动力及其线粒体功能影响的研究,探讨氧化磷酸化在精子能量代谢中的作用。方法选择来自捐精志愿者的正常精液8份,优选后制备精子悬液,将每份精子悬液分为4组,分别与终浓度为0μmol/L(对照组)、2.5μmol/L、5μmol/L和10μmol/L的FCCP共孵育1h、3h、5h,以精子动力学参数、线粒体膜电位、精子细胞内ATP含量、精子质膜完整性作为评价指标,分析比较各组间的差异。结果 (1)各组精子活动率和其他各项运动参数随着FCCP浓度增高呈下降趋势:孵育1h后,与对照组相比,仅10μmol/L组的精子活动率、前向运动百分率和精子头侧摆幅度(ALH)显着下降(P<0.05),其余指标无显着性变化,而其余浓度处理组的各指标变化均无统计学意义(P>0.05);孵育3h后,10μmol/L组的精子活动率、前向运动百分率、平均路径速率(VAP)、直线速率(VSL)、曲线速率(VCL)、ALH和鞭打频率(BCF)均显着降低(P<0.05),5μmol/L组的ALH和BCF指标显着下降(P<0.05);孵育5h后,与对照组相比,10μmol/L组的前述指标继续显着性下降(P<0.05),5μmol/L组的精子活动率和前向运动百分率也出现显着降低(P<0.05),而2.5μmol/L组各指标差异均无统计学意义(P>0.05)。(2)精子线粒体膜电位(MMP)和ATP含量随FCCP浓度增加逐渐降低,10μmol/L组的MMP和ATP含量显着低于对照组(P<0.05)。(3)质膜完整性比较中,10μmol/L组比对照组显着降低(73.94%vs.84.53%)(P<0.05)。(4)随着FCCP孵育时间延长,各组精子活动率和前向运动百分率呈下降趋势。结论不同浓度的FCCP体外处理精子后,精子活动率和其他各项运动参数,以及反映线粒体活性的线粒体膜电位和ATP含量呈浓度依赖性下降,FCCP所抑制的线粒体氧化磷酸化是精子能量代谢的重要途径。(本文来源于《生殖医学杂志》期刊2019年10期）
牛洪波,于政廉,孙菁,徐加放[3]（2019）在《天然气水合物动力学抑制剂与水分子相互作用研究》一文中研究指出为了解天然气水合物动力学抑制剂的分子结构对其抑制性能的影响,分析了不同结构动力学抑制剂与水分子之间的相互作用规律。采用分子模拟方法,分别研究了含有环状结构的动力学抑制剂PVP和PVCap,含有链状结构的动力学抑制剂PMC,以及同时含有环状结构和链状结构的新型动力学抑制剂YZ与水分子之间的相互作用。研究发现,动力学抑制剂与水分子间的相互作用与动力学抑制剂结构密切相关:具有环状结构的动力学抑制剂可以有效降低溶液中水分子的扩散系数,具有链状结构的动力学抑制剂可以与水分子形成更多的氢键,同时具有环状结构与链状结构的动力学抑制剂其抑制性更强。研究结果进一步明确了动力学抑制剂分子结构对其抑制性能影响的机理,对研制天然气水合物动力学抑制剂具有指导意义。(本文来源于《石油钻探技术》期刊2019年04期）
刘冬琳,刘鹰翔,李耿,马玉卓,曾巧玲[4]（2019）在《HIV-1整合酶链转移抑制剂的3D-QSAR、分子对接和分子动力学模拟研究》一文中研究指出为了获得高活性、结构新颖的整合酶链转移(INST)抑制剂,本文采用Co MFA和Co MSIA两种方法对32个萘啶类INST抑制剂进行了叁维定量构效关系研究,并建立了相关模型,其交叉验证系数分别为q~2=0. 809和q~2=0. 816,拟合验证系数分别为r~2=0. 998和r~2=0. 981,表明所建立的模型是可靠的且具有一定的预测能力。利用分子对接探讨小分子化合物与INST蛋白的相互作用模式,结果表明,萘啶类化合物主要通过疏水作用和氢键作用与INSTIs蛋白结合。最后通过分子动力学模拟进一步验证对接结果发现,对接的结合模式与分子动力学模拟得到的结果是一致的。本研究获得的综合模型和推论可以为开发有效的HIV INSTIs提供重要的理论信息。(本文来源于《化学通报》期刊2019年07期）
冯学珍,覃慧逢,赵丽婷,冯书珍,廖彭莹[5]（2019）在《食用海藻中α-葡萄糖苷酶抑制剂的筛选及抑制动力学》一文中研究指出为探讨广西食用海藻不同极性部位提取物对α-葡萄糖苷酶活性的影响及抑制作用动力学。采用萃取法制得食用海藻(海带、裙带菜、紫菜)的甲醇部位、石油醚部位、乙酸乙酯部位、正丁醇部位及水部位,采用体外筛选(PNPG)法筛选抑制α-葡萄糖苷酶活性的部位。通过酶促反应动力学研究高抑制活性部位的反应动力学,绘制Lineweaver-Burk曲线,判断抑制剂与酶作用的抑制类型。结果表明,广西北部湾食用海藻(海带、裙带菜、紫菜)的不同极性部位均有一定的α-葡萄糖苷酶抑制活性,其中紫菜的乙酸乙酯部位抑制活性相对较高,其半数抑制浓度(IC_(50))为7.89 mg/mL,其抑制活性高于阳性对照阿卡波糖(IC_(50)=11.45 mg/mL)。食用海藻(海带、裙带菜、紫菜)的乙酸乙酯部位的抑制动力学研究结果表明对α-葡萄糖苷酶抑制作用属于混合型抑制类型。广西食用海藻的不同极性部位均具有一定的α-葡萄糖苷酶抑制活性,有望开发为新型α-葡萄糖苷酶抑制剂。(本文来源于《食品工业》期刊2019年06期）
战久宇[6]（2019）在《非受体酪氨酸激酶及醛糖还原酶与抑制剂作用机制的分子动力学模拟研究》一文中研究指出酶在生物体的生命活动中起着重要的作用,它能够在温和的生理条件下催化反应的进行。酶的异常表达与活化通常与疾病相关,利用抑制剂来抑制疾病相关酶的活性可以达到治疗这些疾病的效果。研究酶与抑制剂相互作用机制可以为药物改造和新药研发提供必要的理论支持。目前,实验技术手段可以在一定程度上揭示酶与抑制剂相互作用机制,但是单纯利用实验手段研究蛋白质与抑制剂的相互作用仍然存在着局限性,例如无法得到生理状态下的蛋白质结构动态变化信息。而分子动力学模拟技术却能够克服这些局限性,不但能够探究蛋白质构象动态变化过程,而且可以获得蛋白质构象变化过程中的能量信息。随着计算机硬件性能的发展和软件水平的提高,分子动力学模拟方法在计算尺度、精度、广度方面得到了前所未有的发展。分子动力学模拟也随之越来越受到广大研究学者的重视,它已发展成为生物化学、材料科学等科技领域的一种重要研究手段。本论文利用分子动力学模拟的方法分别对癌症相关的非受体酪氨酸激酶(黏着斑激酶FAK、BCR-ABL激酶)、醛糖还原酶与抑制剂的相互作用机制进行了系统的理论研究。主要内容如下:1.黏着斑激酶(Focal Adhesion Kinase,FAK)与抑制剂相互作用的分子动力学模拟研究FAK是一种非受体酪氨酸激酶,属于FAK亚家族,主要存在于细胞黏着斑部位。该酶在癌细胞(例如乳腺癌、甲状腺癌、卵巢癌等)生长的过程中起到至关重要的作用,所以它被视为一种抗癌药物靶标蛋白。因此,研究FAK与其抑制剂之间的相互作用,对于抗癌药物的理性设计具有重要意义。我们利用分子动力学模拟与MM-GB/SA自由能计算相结合的方法来研究FAK与叁种抑制剂分子PHM16、TAE226和7PY的相互作用特点。从分析结果中可以发现,Glu500和Cys502是参与抑制剂结合的两个至关重要的残基,它们能够与抑制剂分子形成氢键,将抑制剂锚定在结合位点处。Asp564不但能够锚定抑制剂的位置,而且拉近了抑制剂分子与Asp564附近氨基酸残基的距离,进而强化了这些残基与抑制剂分子间的相互作用。Arg426更倾向于抑制剂头部基团的间位甲氧基形成静电相互作用,与邻位的甲氧基形成较弱静电作用。另外,Ile428、Val436、Ala452、Val484、Leu501、Glu505、Glu506、Leu553、Gly563、Leu567和Ser568与抑制剂分子之间可以形成疏水相互作用,它们也有利于FAK与抑制剂分子的结合。本研究指出了一些能够稳定抑制剂结合的关键氨基酸残基,这能够为将来的FAK抑制剂的合理设计提供理论支持,也为与FAK相关的癌症研究提供帮助。2.BCR-ABL突变影响抑制剂结合的理论研究BCR-ABL是一种由于染色体易位而产生的融合蛋白,属于一种非受体酪氨酸激酶。BCR-ABL蛋白的表达与持续活化能够引发慢性粒细胞白血病。因此,它被视为治疗慢性粒细胞白血病的药物设计靶标。Asciminib是一种BCR-ABL的非ATP竞争性抑制剂,它具有结合能力强,选择性高的特点。但是在临床实验中发现豆蔻酰基结合位点附近的突变(I502L和V468F)导致BCR-ABL对Asciminib产生耐药性。为了探究这两种突变影响Asciminib结合的分子机制,我们选取野生型以及I502L和V468F两种突变体与Asciminib的复合物作为研究对象,采用分子动力学模拟和结合自由能计算的方法,在原子层面上来解释这两种突变产生耐药性的机制。研究结果表明,突变导致Asciminib与BCR-ABL的结合能力下降,这主要源于两者之间非极性相互作用的减弱。结构分析表明,I502L突变引起螺旋I’远离由螺旋E、螺旋F和螺旋H所形成的螺旋束,从而导致螺旋I’与Asciminib之间的距离增大,最终导致Asciminib与蛋白的结合能力减弱。而在V468F突变体中,突变后的苯丙氨酸的卞基侧链占据了原来结合位点的底部空间,使得Asciminib分子朝向结合位点的外部移动,从而导致Asciminib与附近氨基酸残基形成的相互作用减弱甚至消失。本项研究阐明了I502L和V468F突变引起BCR-ABL对Asciminib产生耐药性的分子机制,为以后的抑制剂设计提供了一定的理论支持。3.醛糖还原酶和抑制剂分子3-巯基-5氢-1,2,4-叁嗪[5,6-b]吲哚-5乙酸相互作用细节的分子动力学模拟研究醛糖还原酶(Aldose Reductase,AKR1B1)能够将人体内的葡萄糖转化为山梨醇。在高血糖浓度的状态下,醛糖还原酶会过量表达,从而导致山梨醇在细胞内积累,并大量消耗还原型辅酶Ⅱ(NADPH),从而引发一系列糖尿病并发症或者癌症,威胁人的生命安全。幸运的是,以醛糖还原酶为治疗学靶点的抑制剂能够有效缓解由醛糖还原酶过表达引发的各种糖尿病并发症症状。最近Stefek等人报道了一种抑制剂分子3-巯基-5氢-1,2,4-叁嗪[5,6-b]吲哚-5乙酸(在此简称为Mtia),它在水溶液中具有叁种互变异构体构象(Mtia1、Mtia2和Mtia3),然而在蛋白环境中,哪种构型优先与靶标蛋白AKR1B1结合却没有定论。我们采用分子动力学模拟与自由能计算相结合的方法对其复合物进行了研究。初步的研究结果表明,无论是复合物整体的稳定性、蛋白与异构体之间的相互作用强弱、还是叁种异构体分子在pH中性环境中的结构稳定性,都表明Mtia1和Mtia2比Mtia3异构体构型要具有优势。而后的结构分析表明,虽然Mtia1和Mtia2与蛋白之间的疏水相互作用差别很小,但是Mtia2构型在氢键和静电相互作用中比Mita1表现出优势。同时,自由能全景图分析结果也表明Mtia2结合后比Mtia1具有更高的稳定性。基于此,可以判断出Mtia2异构体构型比Mtia1要更优先的与靶标蛋白结合。我们的工作从原子水平上提供了AKR1B1与抑制剂Mtia相互作用的细节信息,也为将来AKR1B1抑制剂设计提供理论线索。(本文来源于《吉林大学》期刊2019-06-01）
李春杏,纪立伟[7]（2019）在《5种DPP-4抑制剂分子结构差异及药代动力学特性》一文中研究指出二肽基肽酶-4 (Dipeptidyl peptidase-4,DPP-4)抑制剂是近年上市的治疗2型糖尿病的新型口服降糖药,其作用机制独特,以葡萄糖依赖性促进胰岛B细胞分泌胰岛素,同时抑制胰岛α细胞分泌胰高血糖素,可有效降低血糖,减少低血糖发作,同时不增加体重,被临床广泛应用。本文将对常见的5种DPP-4抑制剂的化学结构、亲和力、选择性差异、药代动力学特性及特殊人群用药逐项进行分析,因为尽管都是口服小分子化合物,但其化学结构、对DPP-4的亲和力、选择性、吸收、分布、代谢和排泄等药代动力学特性各异,以便为临床合理用药提供参考。(本文来源于《药品评价》期刊2019年08期）
王宇,罗勇锋[8]（2019）在《VEGFR-2蛋白与其抑制剂的分子动力学模拟以及结合自由能计算》一文中研究指出VEGFR2蛋白是抗肿瘤治疗中的一个重要靶点,针对该靶点设计新型抑制剂是具有重要的生理意义。本文采用了分子动力学模拟取样,结合MM/GBSA方法计算了小分子900和VEGFR-2之间的结合自由能,并进一步进行了能量分解。研究结果表明,体系范德华作用是驱动小分子900和VEGFR-2蛋白结合的主要驱动力。能量分解结果表明,结合过程中的关键氨基酸大多数都是疏水性氨基酸。期望我们的研究可以为设计具有潜力的VEGFR-2抑制剂提供帮助。(本文来源于《中国新通信》期刊2019年06期）
孙鲁艳,苏静,闫芳芳,刘新国,张少龙[9]（2019）在《抑制剂RVX08、SF2535、RVXOH与BRD4蛋白第一结构域结合模式的分子动力学研究》一文中研究指出该工作采用分子动力学模拟和主成分分析等方法研究了抑制剂SF2535、RVX08和RVXOH与BRD4蛋白第一结构域(BRD4-1)的结合对BRD4-1蛋白构象的影响.此外,为进一步研究叁个抑制剂与BRD4-1蛋白的结合能力,采用分子力学泊松-玻尔兹曼表面积(MM-PBSA)方法计算了抑制剂与BRD4-1蛋白的结合自由能.结果表明SF2535与BRD4-1蛋白的结合能力最强.本研究不仅有助于更好的了解BRD4-1的功能和内在动力学,而且还可为以BRD4-1为靶标的有效抗癌药物的研发提供理论基础.(本文来源于《山东师范大学学报(自然科学版)》期刊2019年01期）
郑晓杰,马少杰,吴文娟,郑康成[10]（2019）在《吲哚类Src/IGF-1R激酶双靶点抑制剂的分子对接和分子动力学研究》一文中研究指出目的研究吲哚类双靶点Src/IGF-1R抑制剂与两个受体的作用机制。方法用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法确定化合物与两个激酶的结合模式和相互作用的关键氨基酸,并用MM-PBSA法计算化合物与受体的结合自由能。结果通过对接发现抑制剂在两个激酶中的结合模式非常相似,化合物的对接能量打分与它们的抑制活性具有良好的相关性(Src的R=0.800;IGF-1R的R=0.891),两个激酶蛋白结构迭合的均方根偏差和标准分数分别为0.18 nm和7.02 nm,蛋白序列36.00%是相同的,表明Src与IGF-1R两蛋白链相似度较高。分子动力学模拟进一步验证对接结果的稳定性和合理性,化合物的结合自由能与实验活性有很好的相关性。MM-GBSA能量分解表明,疏水相互作用是化合物与Src和IGF-1R结合的主要驱动力。配体与Ser345和Asp404残基之间的氢键相互作用有助于稳定配体在Src结合袋的构象。结论吲哚类衍生物与Src和IGF-1R的结合位点信息可很好地阐释化合物的作用机制,为新型Src/IGF-1R双靶点抑制剂的设计提供实验依据。(本文来源于《广东药科大学学报》期刊2019年01期）
动力学抑制剂论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的通过线粒体氧化磷酸化(OXPHOS)特异性抑制剂FCCP对人精子活动力及其线粒体功能影响的研究,探讨氧化磷酸化在精子能量代谢中的作用。方法选择来自捐精志愿者的正常精液8份,优选后制备精子悬液,将每份精子悬液分为4组,分别与终浓度为0μmol/L(对照组)、2.5μmol/L、5μmol/L和10μmol/L的FCCP共孵育1h、3h、5h,以精子动力学参数、线粒体膜电位、精子细胞内ATP含量、精子质膜完整性作为评价指标,分析比较各组间的差异。结果 (1)各组精子活动率和其他各项运动参数随着FCCP浓度增高呈下降趋势:孵育1h后,与对照组相比,仅10μmol/L组的精子活动率、前向运动百分率和精子头侧摆幅度(ALH)显着下降(P<0.05),其余指标无显着性变化,而其余浓度处理组的各指标变化均无统计学意义(P>0.05);孵育3h后,10μmol/L组的精子活动率、前向运动百分率、平均路径速率(VAP)、直线速率(VSL)、曲线速率(VCL)、ALH和鞭打频率(BCF)均显着降低(P<0.05),5μmol/L组的ALH和BCF指标显着下降(P<0.05);孵育5h后,与对照组相比,10μmol/L组的前述指标继续显着性下降(P<0.05),5μmol/L组的精子活动率和前向运动百分率也出现显着降低(P<0.05),而2.5μmol/L组各指标差异均无统计学意义(P>0.05)。(2)精子线粒体膜电位(MMP)和ATP含量随FCCP浓度增加逐渐降低,10μmol/L组的MMP和ATP含量显着低于对照组(P<0.05)。(3)质膜完整性比较中,10μmol/L组比对照组显着降低(73.94%vs.84.53%)(P<0.05)。(4)随着FCCP孵育时间延长,各组精子活动率和前向运动百分率呈下降趋势。结论不同浓度的FCCP体外处理精子后,精子活动率和其他各项运动参数,以及反映线粒体活性的线粒体膜电位和ATP含量呈浓度依赖性下降,FCCP所抑制的线粒体氧化磷酸化是精子能量代谢的重要途径。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
动力学抑制剂论文参考文献
[1].邓培渊,孔庆寒,袁伟,李长看.吲哚胺2,3-双加氧化酶Ⅰ与抑制剂INCB024360作用的分子动力学研究[J].化学通报.2019
[2].许剑锋,王晓尉,张林媛,傅龙龙,梁小薇.线粒体氧化磷酸化抑制剂FCCP体外对人精子动力学和线粒体功能的影响[J].生殖医学杂志.2019
[3].牛洪波,于政廉,孙菁,徐加放.天然气水合物动力学抑制剂与水分子相互作用研究[J].石油钻探技术.2019
[4].刘冬琳,刘鹰翔,李耿,马玉卓,曾巧玲.HIV-1整合酶链转移抑制剂的3D-QSAR、分子对接和分子动力学模拟研究[J].化学通报.2019
[5].冯学珍,覃慧逢,赵丽婷,冯书珍,廖彭莹.食用海藻中α-葡萄糖苷酶抑制剂的筛选及抑制动力学[J].食品工业.2019
[6].战久宇.非受体酪氨酸激酶及醛糖还原酶与抑制剂作用机制的分子动力学模拟研究[D].吉林大学.2019
[7].李春杏,纪立伟.5种DPP-4抑制剂分子结构差异及药代动力学特性[J].药品评价.2019
[8].王宇,罗勇锋.VEGFR-2蛋白与其抑制剂的分子动力学模拟以及结合自由能计算[J].中国新通信.2019
[9].孙鲁艳,苏静,闫芳芳,刘新国,张少龙.抑制剂RVX08、SF2535、RVXOH与BRD4蛋白第一结构域结合模式的分子动力学研究[J].山东师范大学学报(自然科学版).2019
[10].郑晓杰,马少杰,吴文娟,郑康成.吲哚类Src/IGF-1R激酶双靶点抑制剂的分子对接和分子动力学研究[J].广东药科大学学报.2019
论文知识图
