黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶与柚皮苷分子动力模拟研究

黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶与柚皮苷分子动力模拟研究

论文摘要

L-鼠李糖苷酶能够水解柚皮苷生产普鲁宁和L-鼠李糖,可用于柑橘类果汁的脱苦处理。对柚皮苷和黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶进行分子对接,采用分子动力模拟和MM-PBSA结合的方法计算对接复合物的结合自由能,并分析了分子间相互作用以及各个残基对结合自由能的贡献。结果表明范德华作用力是黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶与柚皮苷结合的主要驱动力,库伦电荷作用和非极性溶剂化能对结合贡献较小。Trp236、Ala340、Ile462、Phe461、Tyr516、Val522、Trp528等是黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶和柚皮苷结合过程中形成疏水作用的重要氨基酸残基。在分子动力模拟平衡后的氢键分析中,黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶Ser286、Phe465、Pro520残基和柚皮苷共形成了3个稳定的氢键。本研究分析了黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶与柚皮苷结合的驱动力,以及结合过程中重要氢键及疏水性残基,为蛋白质工程改造α-L-鼠李糖苷酶提供了靶位。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 模型构建及分子对接
  •   1.2 柚皮苷与黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶复合物分子动力模拟
  •   1.3 柚皮苷与黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶复合物MM-PBSA结合自由能计算
  •   1.4 柚皮苷与黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶复合物疏水作用及氢键分析
  • 2 结果与讨论
  •   2.1 柚皮苷与黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶分子对接
  •   2.2 柚皮苷与α-L-鼠李糖苷酶复合物分子动力模拟
  •   2.3 柚皮苷与黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶MM-PBSA总结合自由能
  •   2.4 柚皮苷与黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶MM-PBSA结合自由能分解
  •   2.5 柚皮苷与黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶疏水作用分析
  •   2.6 柚皮苷与黑曲霉α-L-鼠李糖苷酶氢键作用分析
  • 3 结语
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 巩建业,吴喆瑜,刘嘉男,廖辉,李利君,倪辉

    关键词: 鼠李糖苷酶,柚皮苷,分子对接,分子动力模拟

    来源: 食品与生物技术学报 2019年12期

    年度: 2019

    分类: 工程科技Ⅰ辑

    专业: 轻工业手工业

    单位: 集美大学食品与生物工程学院,福建省食品微生物与酶工程重点实验室

    基金: 国家自然科学基金项目(31371751),福建省农业高校产学研合作重大项目(2014N5010)

    分类号: TS201.2

    页码: 66-72

    总页数: 7

    文件大小: 2279K

    下载量: 68

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