2017年～2018年四川省猪δ冠状病毒的检测与遗传进化分析

论文摘要

为调查猪δ冠状病毒（PDCoV）在四川省的流行情况,本研究对2017年～2018年采集的141份仔猪腹泻病料样品经RT-PCR检测,并对检测为PDCoV的两株病毒进行全基因扩增与序列分析。结果显示,PDCoV的阳性率为4.96%（7/141）,且PDCoV与猪流行性腹泻病毒的混合感染阳性率为2.84%（4/141）。全基因组序列分析显示两株PDCoV之间的同源性为99.3%,与其它PDCoV病毒株间的同源性为97.6%～99.0%。两株PDCoV均与越南和泰国PDCoV株的同源性最低,而之前发现的四川PDCoVCH/Sichuan/S27株与越南和泰国病毒株有较高的同源性。两株PDCoV的全基因组中均有部分碱基的插入或缺失,包括ORF1ab基因中的9 nt插入和S基因中的3 nt缺失,以及在3’UTR区域的11 nt缺失。遗传进化树分析显示,PDCoV呈现出明显的地域特征,同时中国PDCoV株呈现出4个小分支,其中两个新PDCoV株与CH/Sichuan/S27位于不同分支,表明PDCoV的基因存在多样性。本研究丰富了PDCoV在中国的分子流行特征及其遗传进化规律,为后续PDCoV的病毒学研究提供参考。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 冯宇,殷鑫欢,徐雷,杨晓宇,鲁令华,徐志文,朱玲

关键词: 猪冠状病毒,流行,全基因,遗传进化

来源: 中国预防兽医学报 2019年10期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 四川农业大学动物生物技术中心,四川动物疫病与人类健康四川省重点实验室

基金: 四川省科技支撑计划(2017NZ0038),“十二五”农村领域国家科技计划课题(2015BAD12B04-2.3),十三五育种攻关计划(2016NYZ0052),国家农业产业技术体系四川兽药创新团队专项(CARS-SVDIP)

分类号: S852.651

页码: 1059-1062+1071

总页数: 5

文件大小: 422K

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标签：猪冠状病毒论文;  流行论文;  全基因论文;  遗传进化论文;