导读:本文包含了多序列比对分析论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:序列,比对,菌丝,基因组,矩阵,导向,格林。
多序列比对分析论文文献综述
马瑜,韩楠玉,慕悦林,唐湘华,李俊俊[1]（2019）在《基于B因子分析和多重序列比对提高真菌GH11木聚糖酶的耐热性》一文中研究指出木聚糖酶具有水解自然界丰富的木聚糖的能力,在许多工业生产过程中被用作重要的生物催化剂。具有优良性能,特别是热稳定性好的木聚糖酶在工业上有很高的需求。为了达到这一目的,我们在B因子分析的基础上发现了具有显着灵活性的87-QNSS-90残基,并通过多重序列比对了GH11木聚糖酶中高度保守的87-RGHT-90残基,利用定点突变技术直接将87-90残基替换为4个单突变体。结果显示,4个单突变体的耐热性都有很好的提高。4个单突变体在最适温度60℃耐受1h后均保持高于50%的活性,而XyncDBFV在相同条件下的保留活性仅为20.94%。N88G在65℃耐受1h后残留活性大于60%,XyncDBFV的残留活性迅速下降,45分钟后全部丧失活性。通过分子动力学模拟和结构分析,我们探讨了突变体的耐热机制:Cα波动减少,β-片形成倾向增加,发现了新的氢键相互作用,并解释了突变体热稳定性提高的分子机制。本研究证实,结合B因子分析和多重序列比对是获得耐热酶的有效策略。(本文来源于《第十二届中国酶工程学术研讨会论文摘要集》期刊2019-08-08）
陈体强,钟礼义,刘新锐,杨驰,应正河[2]（2019）在《紫芝栽培新品种研究Ⅰ.rRNA基因簇及ITS序列比对分析》一文中研究指出紫芝栽培新品种‘武芝2号’(紫芝S2,英文名:Zizhi S2)是从福建省野生种质资源人工驯化选育而来的,已经形成大规模的栽培(年产量达300吨以上)。基于基因组水平,采用RNAmmer v1.2进行rRNA基因预测分析,发现在‘武芝2号’(紫芝S2)G. duropora_Zizhi S2基因组中第49号支架(Scaffold_49,248,648bp)上4套rRNA基因簇(18s,28s和5s rRNA),而在紫芝基因组G.sinense_ZZ0214-1(GenBank:AYKW00000000.1)上仅比对上部分rRNA基因(5s和28s rRNA)。针对G.duropora_Zizhi S2基因组,采用Barrnap v0.9软件分析证实在Scaffold_49上存在的rRNA基因簇是4套完整的(18s,28s,5.8s和5s rRNA)。‘武芝2号’(紫芝S2)的ITS序列(MG282563.1,649 bp)与已知5个紫芝菌株_ITS序列(voucher Wei 5327_KF494998.1、strain XZ-G-C1_HQ235633.1、strain XZ-G-C2_HQ235634.1和strain GDGM25829_KC415760.1)在线BLAST比对相似度高达99.79%,并与其中的G. sinense strain zizhi(KT906369.1,649pb)完全一致(均包含18S rRNA gene, partial sequence;ITS1, 5.8S rRNA gene, ITS2, complete sequence, 28S rRNA gene, partial sequence);此外,ITS序列聚类分析结果,‘武芝2号’G. duropora_Zizhi S2_MG282563.1与紫芝G. sinense strain Zizhi_KT906369.1的遗传距离相同,在系统进化树上相聚成一类,可以视为同属1个复合种或大种群。(本文来源于《多彩菌物 美丽中国——中国菌物学会2019年学术年会论文摘要》期刊2019-08-03）
宋晓霞,王倩,赵妍,黄建春,宋春艳[3]（2018）在《香菇L808单双核菌丝Cx活性和IGS1序列比对分析》一文中研究指出比对分析由双核菌丝L808制备的两个原生质体单核菌丝L808P65和L808P78与双核菌丝L808之间的内切-β-1,4-葡聚糖酶(Cx)活性和IGS1序列差异。结果表明:L808双核菌丝生长速度快,分泌胞外酶快且含量高,Cx比活居中,拥有两个长度不同的IGS1序列:L808-c1(1003 nt)和L808-c2(1041 nt);L808P65单核菌丝生长速度居中,分泌胞外酶含量和速度居中,Cx比活最低,拥有与L808-c1一样的IGS1序列;L808P78单核菌丝生长速度最慢,分泌胞外酶含量和速度最小,但Cx比活最高,拥有与L808-c2一样的IGS1序列。(本文来源于《上海农业学报》期刊2018年03期）
张燕[4]（2018）在《盐生草着丝粒功能序列分析及其与藜科植物功能序列比对》一文中研究指出藜科(Chenopodiaceae)植物多分布于干旱盐碱地,具有显着的防沙固土,减小水分蒸发及耐盐和抗旱能力,其自身蕴含了很多耐盐有利基因,该类植物的研究对作物农艺性状改良以及培育耐盐作物具有深远的意义。盐生草(Halogeton glomeratus)为藜科(Chenopodiaceae)盐生草属(Halogeton)一年生双子叶植物,是一种典型的盐生植物,具有极强的耐盐性;藜麦(Chenopodium quinoa Willd.)是藜科藜属(Chenopodium)一年生双子叶植物;甜菜(Beta vulgaris L.)是藜科甜菜属(Beta)两年生草本植物,也是抗旱耐贫瘠性作物之一。它们均是获取抗旱、耐盐基因较好的资源,在抗旱耐盐作物新品种培育方面具有很高的利用价值。着丝粒序列在有丝分裂、减数分裂中与姊妹染色体的正确分离、同源染色体识别有直接关系,同时在物种进化中扮演重要的角色。基因组中高度重复序列也和基因组的进化、扩张有关系。分析相关物种的着丝粒与重复序列为深度研究该物种及其利用该物种奠定基础。目前甜菜和藜麦的基因组测序已完成。本研究利用同源克隆着丝粒反转录转座子Beetle和卫星DNA序列pBv,探讨盐生草、甜菜、藜麦这3种藜科植物在着丝粒序列中的异同,以期挖掘藜科植物基因组进化的规律。并通过荧光原位杂交(FISH)分析,研究着丝粒反转录转座子Beetle和卫星DNA序列pBv在盐生草染色体的构成。研究结果如下:1.利用甜菜基因组中发现的着丝粒反转录转座子功能序列Beetle7,根据LTR、Gag、RT等保守区段设计引物,在盐生草和藜麦中进行同源克隆。最终在盐生草中获得了LTR、Gag、RT目标序列,表明Beetle型反转录转座子在盐生草中存在。在藜麦中仅RT扩增出序列,未扩增出着丝粒反转录转座子重要的构成序列LTR、Gag,判断在藜麦中没有此类反转录转座子。2.利用从盐生草同源克隆出的反转录转座子Beetle-H序列质粒做探针,与盐生草根尖细胞中期染色体进行FISH分析,探针信号仅分布在盐生草18条染色体的部分着丝粒上,表明在甜菜中广泛分布于每条染色体的着丝粒功能序列Beetle7,在盐生草中存在但丰度较小,我们将在下一步研究中通过免疫共沉淀(ChIP)方法验证其与盐生草着丝粒功能序列的关系。推测盐生草有其它未知着丝粒功能序列存在,将在下一步研究中挖掘。3.盐生草着丝粒序列杂交信号较弱,分析原因,我们认为盐生草染色体为小染色体,着丝粒区非常小,加之着丝粒序列Beetle-H丰度小,导致杂交信号弱,不易区分。我们拟在今后实验中改进方法,以获得较为理想染色体与较强的杂交信号。4.利用甜菜基因组着丝粒卫星pBv(327bp)在盐生草与藜麦中进行同源克隆。在盐生草中获得了同源序列,藜麦中未获得该同源序列,结合Beetle元件在盐生草和甜菜中均存在,但藜麦中不存在该元件,表明藜科中盐生草与甜菜亲缘关系更近,与藜麦较远。对盐生草中期染色体进行FISH分析,结果显示,卫星DNA序列pBv在盐生草着丝粒中有分布,且在染色体臂上弥散状存在。因此,甜菜着丝粒卫星DNA在盐生草中不再为着丝粒特有的卫星DNA,在染色体臂上均有存在。(本文来源于《甘肃农业大学》期刊2018-05-01）
海玲,刘俊霞,海志民,刘岩,杨嘉鹏[5]（2018）在《基于GPU的BWA序列比对算法分析与加速》一文中研究指出文中实现了GPU平台加速的BWA-MEM算法,将BWA-MEM算法中的两个热点模块:SMEM查找和chain生成模块利用GPU平台进行加速,通过重构算法流程、精简需要向CUDA设备传输的数据结构,采用合理的任务划分方式来提升BWA-MEM在GPU平台的性能。论文对BWA-MEM算法的特点进行了深入分析,总结了BWA-MEM算法在GPU平台加速效果受到限制的原因。(本文来源于《信息技术》期刊2018年03期）
龚琪,曹金璇,芦天亮[6]（2018）在《基于序列比对的勒索病毒同源性分析》一文中研究指出勒索病毒近年来数量呈爆发式增长,但其中真正的新型家族并不多,多数为已有家族变种。通过研究恶意代码行为特征,提出一种基于序列比对的同源性分析方法。使用沙箱提取勒索病毒动态行为特征,抽取API调用类别,并进行编码、去重,结合序列比对算法计算不同恶意代码之间的相似性,从而分析同源性。数据集选取6类勒索家族及其变种。实验结果表明该方法能较好地分析勒索病毒同源性,并能很好地区分正常软件和勒索病毒。(本文来源于《计算机与现代化》期刊2018年02期）
高泽文,范桂芳,赵婷婷,徐守兴,吴斌[7]（2018）在《猪伪狂犬病病毒流行株遗传进化及序列比对分析》一文中研究指出为了了解我国不同地区规模化猪场2014年以来猪伪狂犬病病毒(PRV)流行株的现状、分子生物学特点和遗传演化规律,本试验从我国15个省份不同地区分离得到29株PRV,并对其gB,gC和gE基因进行遗传变异分析。结果显示,这29株PRV分离株主要为PRV变异毒株,与Bartha株等国外经典毒株亲缘关系较远,与Ea株等国内经典毒株亲缘关系较近。氨基酸序列比对发现,29株PRV变异毒株在gB,gC及gE基因上均发生了多个位点的突变:gB氨基酸序列均存在75S、76P和77G的连续缺失,94位点均存在甘氨酸(G)的插入;gC氨基酸序列存在多处改变,其中P87Q和Y142C使gC糖蛋白与宿主细胞表面的硫酸乙酰肝素受体结合功能域发生改变;gE氨基酸序列第48位点均存在天冬氨酸(D)的插入。这些特征性变异位点可作为分子诊断依据,并且从分子水平揭示了临床Bartha-K61株等经典毒株疫苗免疫效果下降的可能原因。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2018年01期）
杨文宁,龙文[8]（2017）在《基于序列比对的沪深指数暴涨暴跌分析》一文中研究指出将生物信息学中的序列比对方法引入金融时间序列分析,可以捕获变量的大尺度特征,抑制噪声,并能从不同角度挖掘系统的隐含模式,且无需过度的前提假设。本文在已有序列比对方法的基础上,提出了两种用于金融序列比对的打分矩阵的构造方法,即相似度导向型矩阵和目的导向型矩阵,前者侧重于反映历史数据信息,可用于发现序列的对应模式,后者考虑对序列进行比对的目的,可用于提取序列的特征片段。应用该方法,本文对上证综指和深证成指的涨跌特征及其相关性进行了实证研究,得到了良好的研究效果,印证了将该方法引入金融领域分析的可行性和有效性。(本文来源于《管理评论》期刊2017年03期）
刘兰兰,郭小芹,吴建勇,郭中敏,陆家海[9]（2017）在《寨卡病毒全基因组多序列比对及遗传进化分析》一文中研究指出目的分析寨卡病毒不同毒株分离的时间、地区以及基因型分布,基因序列的相似性,核苷酸的变异及遗传进化趋势,为寨卡的防控提供生物信息学方面的依据。方法应用Bio Edit Sequence Alignmemt Editor软件,DNAStar 7.1及Mega 7.0软件对NCBI-Nucleotide中收录的85条寨卡病毒全基因组核苷酸序列及遗传进化进行分析,探索寨卡的起源及传播过程。结果寨卡病毒组内核苷酸序列最低相似性为94.5%,最高相似性为100%;65株全基因序列中,共有765处碱基发生变异,组内变异率在0.00%~24.44%;在所有的碱基突变中,碱基转换占84.32%,而碱基颠换占15.68%;分离时间、地区相近的菌株,其遗传距离较近。结论寨卡病毒存在较高变异,这些变异可能在寨卡病毒本身的毒力、致病性及传播方式的改变中发挥重要作用。(本文来源于《热带医学杂志》期刊2017年03期）
钟军华,马羊帅,聂丽,杨慧林[10]（2017）在《基于全基因组序列比对的枯草芽孢杆菌噬菌体侵染能力分析》一文中研究指出目前,在美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库中已报道数量众多的枯草芽孢杆菌及其噬菌体的全基因组序列,这为我们利用全基因组比对手段研究枯草芽孢杆菌噬菌体的侵染能力提供了数据基础。本研究从NCBI基因组数据库中下载具有完整序列的枯草芽孢杆菌及噬菌体的基因组及相应的蛋白质序列,利用BLAST软件进行基因组序列比对,得出枯草芽孢杆菌与噬菌体之间的关系。通过利用R语言等软件对噬菌体侵染枯草芽孢杆菌的能力进行分析。然后利用Clustalx和Treeview软件构建进化树,得出枯草芽孢杆菌之间的亲缘性关系,最后对枯草芽孢杆菌蛋白质进行COG注释。结果表明:在65株枯草芽孢杆菌噬菌体中,Bacillus_phage_SPBc2和Bacillus_phage_ph IS3501的侵染能力最强,而Bacillus_phage_phi AGATE等3株噬菌体的侵染能力较弱。在37株枯草芽孢杆菌中Bacillus subtilis ATCC 49760的易感性较强,Bacillus subtilis RO-NN-1等8株对枯草芽孢杆菌噬菌体的抗性较强。本研究利用基因组比对的方法对枯草芽孢杆菌噬菌体侵染宿主的能力以及枯草芽孢杆的蛋白质功能进行了分析,为后续进一步研究枯草芽孢杆菌噬菌体侵染能力及其蛋白质功能提供参考。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2017年02期）
多序列比对分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
紫芝栽培新品种‘武芝2号’(紫芝S2,英文名:Zizhi S2)是从福建省野生种质资源人工驯化选育而来的,已经形成大规模的栽培(年产量达300吨以上)。基于基因组水平,采用RNAmmer v1.2进行rRNA基因预测分析,发现在‘武芝2号’(紫芝S2)G. duropora_Zizhi S2基因组中第49号支架(Scaffold_49,248,648bp)上4套rRNA基因簇(18s,28s和5s rRNA),而在紫芝基因组G.sinense_ZZ0214-1(GenBank:AYKW00000000.1)上仅比对上部分rRNA基因(5s和28s rRNA)。针对G.duropora_Zizhi S2基因组,采用Barrnap v0.9软件分析证实在Scaffold_49上存在的rRNA基因簇是4套完整的(18s,28s,5.8s和5s rRNA)。‘武芝2号’(紫芝S2)的ITS序列(MG282563.1,649 bp)与已知5个紫芝菌株_ITS序列(voucher Wei 5327_KF494998.1、strain XZ-G-C1_HQ235633.1、strain XZ-G-C2_HQ235634.1和strain GDGM25829_KC415760.1)在线BLAST比对相似度高达99.79%,并与其中的G. sinense strain zizhi(KT906369.1,649pb)完全一致(均包含18S rRNA gene, partial sequence;ITS1, 5.8S rRNA gene, ITS2, complete sequence, 28S rRNA gene, partial sequence);此外,ITS序列聚类分析结果,‘武芝2号’G. duropora_Zizhi S2_MG282563.1与紫芝G. sinense strain Zizhi_KT906369.1的遗传距离相同,在系统进化树上相聚成一类,可以视为同属1个复合种或大种群。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
多序列比对分析论文参考文献
[1].马瑜,韩楠玉,慕悦林,唐湘华,李俊俊.基于B因子分析和多重序列比对提高真菌GH11木聚糖酶的耐热性[C].第十二届中国酶工程学术研讨会论文摘要集.2019
[2].陈体强,钟礼义,刘新锐,杨驰,应正河.紫芝栽培新品种研究Ⅰ.rRNA基因簇及ITS序列比对分析[C].多彩菌物美丽中国——中国菌物学会2019年学术年会论文摘要.2019
[3].宋晓霞,王倩,赵妍,黄建春,宋春艳.香菇L808单双核菌丝Cx活性和IGS1序列比对分析[J].上海农业学报.2018
[4].张燕.盐生草着丝粒功能序列分析及其与藜科植物功能序列比对[D].甘肃农业大学.2018
[5].海玲,刘俊霞,海志民,刘岩,杨嘉鹏.基于GPU的BWA序列比对算法分析与加速[J].信息技术.2018
[6].龚琪,曹金璇,芦天亮.基于序列比对的勒索病毒同源性分析[J].计算机与现代化.2018
[7].高泽文,范桂芳,赵婷婷,徐守兴,吴斌.猪伪狂犬病病毒流行株遗传进化及序列比对分析[J].中国兽医学报.2018
[8].杨文宁,龙文.基于序列比对的沪深指数暴涨暴跌分析[J].管理评论.2017
[9].刘兰兰,郭小芹,吴建勇,郭中敏,陆家海.寨卡病毒全基因组多序列比对及遗传进化分析[J].热带医学杂志.2017
[10].钟军华,马羊帅,聂丽,杨慧林.基于全基因组序列比对的枯草芽孢杆菌噬菌体侵染能力分析[J].基因组学与应用生物学.2017
论文知识图
