导读:本文包含了系统地理学论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:多样性,地理学,系统,线粒体,基因组,结构,喀斯特。
系统地理学论文文献综述
白薇[1]（2019）在《东北地区远东鼩鼱（Sorex isodon）遗传多样性与分子系统地理学分析》一文中研究指出远东鼩鼱(Sorex isodon)隶属鼩鼱目(Soricomorpha)鼩鼱科(Soricidae)鼩鼱属(Sorex)的小型哺乳动物。本文采用Cyt b基因全序列分子标记的方法,对中国东北部地区的远东鼩鼱(Sorex isodon)的遗传多样性和分子系统地理学进行了研究。对遗传多样性的研究表明:(1)将获得的中国东北地区3个种群(大兴安岭、小兴安岭和长白山山脉)的远东鼩鼱77个样本进行测序,分析得到的Cyt b基因全序列,共获得64个单倍型。整体单倍型多态性(h)为0.9920,核苷酸差异平均数(i)为11.9490,核苷酸多态性(π)为0.0105,可见中国东北地区分布的远东鼩鼱整体具有较丰富的遗传多样性。从3个种群遗传多样性参数来看,长白山山脉种群具有最高的遗传多样性(h=0.9890、i=12.5810、π=0.0110),暗示长白山山脉可能是远东鼩鼱末次冰期避难所。(2)对中国东北地区远东鼩鼱的3个种群进行分析,种群间的遗传距离的范围是0.0062-0.0154,采样点之间的遗传距离的则在0.0039-0.0152之间,东北地区远东鼩鼱3个种群的遗传距离与地理分布程正相关关系。(3)中国东北地区远东鼩鼱种群间的F-统计量与遗传相似系数的实验结果是一致的,并且与种群间的地理距离完全相符。(4)系统发生树显示远东鼩鼱样本首先分为两大支。一大支主要是由大兴安岭样本和小兴安岭样本构成,这个大分支中还存在一个由4个长白山山脉样本(YDFH1、YDHD11、YDHD21、YDHD26)构成的小分支,进一步暗示长白山山脉可能是冰期避难所。另一大支主要是由长白山山脉样本构成的;来自于南韩的样本存在于该大分支上,值得关注的大兴安岭的1个样本(YDHZ3)和小兴安岭1个样本(YDLB7)与长白山山脉1样本(YDHD25),以及来自于芬兰和俄罗斯贝加尔湖地区的样本共同构成一个小分支,这个小分支也存在于该大分支上,进一步暗示长白山山脉可能是冰期避难所。(5)中性检验及构建错配分布图的分析均显示东北地区远东鼩鼱整体未历史过种群扩张。对分子系统地理学的研究表明:将获得的中国东北地区远东鼩鼱单倍型和来自于GenBank地区的远东鼩鼱单倍型构建中介网络图,结果显示中介网络图存在3个部分,一个部分主要是由中国东北地区大兴安岭和小兴安岭的样本具有的单倍型构成,同时也具有长白山山脉4个单倍型(3个黄色来自于横道河子地区,1个紫色来自于凤凰山地区);另一部分完全是由中国东北地区长白山山脉单倍型构成;第叁部分包括中国东北地区3个种群的单倍型,还包括俄罗斯贝加尔湖单倍型和芬兰单倍型。3个分支都具有长白山山脉单倍型,该中介网格分析结果暗示中国长白山山脉为远东鼩鼱末次冰期避难所。(本文来源于《牡丹江师范学院》期刊2019-06-08）
李媛媛[2]（2019）在《中国沿海红条毛肤石鳖（Acanthochitona rubrolineatus）系统地理学研究》一文中研究指出海洋生物多样性是生物多样性的重要组成部分之一。现今海洋生物的遗传结构是更新世冰期、洋流、长江冲淡水、海表温度及生态环境因子等因素的综合作用结果,目前海洋生物的研究热点集中于揭示生物种群的生态遗传及系统地理学研究。本论文以红条毛肤石鳖(Acanthochitona rubrolineatus,Lischke,1873)为研究对象,隶属多板纲(Polyplacophora)毛肤石鳖科(Acanthochitonidae)毛肤石鳖属(Acanthochitona)。红条毛肤石鳖主要栖息于潮间带,具有狭温性、狭盐性、有限的扩散能力以及较快的突变速度等特征,使得该物种成为系统地理学研究的理想对象。本论文以线粒体细胞色素氧化酶亚基I(mitochondrial cytochrome oxidase subunit I,mt COI)和16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)的基因作为分子标记,通过构建中国潮间带红条毛肤石鳖现有种群的系统地理分布格局,试图探讨更新世冰期及物种生态环境等因素对潮间带物种进化及地理分布格局形成机制的影响。本研究共选取了16个地理种群,采集199个样本。红条毛肤石鳖mt COI基因的654 bp进行分析,碱基含量分别为:A:28.83;T:29.35;C:8.96;G:32.86,共界定51个单倍型且占样本量的25.63%。单倍型最多的样地是大连、长岛、砣矶,单倍型H2出现的频率最高。总体单倍型多样性为0.9125±0.0109,总体核苷酸多样性为0.2340±0.1146。对样本的16S rRNA基因的480 bp进行分析,碱基含量分别为:A:23.88;T:48.58;C:12.53;G:15.00,共界定28个单倍型且占样本量的0.14%。单倍型最多的样地是长岛,单倍型H9出现的频率最高。总体单倍型多样性为0.8968±0.0083,总体核苷酸多样性为0.1198±0.0639。AMOVA的分析表明红条毛肤石鳖的遗传变异主要来源于种群间。红条毛肤石鳖种群生态遗传分析。综合mt COI和16S rRNA基因的生态遗传研究分析,核苷酸多样性、平均核苷酸差异数与年平均降水量变异系数、日照百分率、日照时数呈显着正相关,与年平均气温、年平均降水量及年平均水汽压呈显着负相关或存在相关趋势;单倍型多样性与年平均降水量趋向显着负相关。数据表明红条毛肤石鳖种群的进化受环境因子影响显着,其中温度和降水量是影响该物种生存及分布的主要环境因子,且遗传多样性与温度和降水量呈负相关。又因为红条毛肤石鳖物种具有狭温性和狭盐性,推测该物种适宜生存的温度和盐度条件更接近黄渤海潮间带的现存环境。红条毛肤石鳖种群的系统地理学研究。中国边缘海分为两个谱系且存在显着的遗传分化:黄渤海谱系和东海谱系。遗传分化指数Fst值、基因流Nm的数据分析表明红条毛肤石鳖种群间存在显着的遗传结构;IBD的分析表明,种群间的遗传距离与种群间实际地理距离之间存在显着的距离遗传模式(COI:R~2=0.810,P<0.001;16S rRNA:R~2=0.859,P<0.001)。分子钟估算结果,黄渤海谱系与东海谱系大约在216.987Mya(COI)~204.371Mya(16S rRNA)开始分化,对应地质时间中的叁迭纪。种群历史动态分析发现总体样本、黄渤海谱系及东海谱系的核苷酸不配对分布均呈现单峰分布,与群体突然扩张模型下的预期分布基本吻合。黄渤海谱系和东海谱系的中性检验说明谱系均偏离中性但是不显着,种群扩张估计值的θ_1远高于θ_0,表明红条毛肤石鳖两谱系在近期历经了显着的种群扩张。根据公式τ=2μkt计算红条毛肤石鳖种群的扩张时间,黄渤海谱系的扩张时间约在0.772Mya~0.406Mya,对应中国第四纪间冰期的大姑-庐山间冰期,东海谱系种群扩张时间约在0.194Mya~0.061Mya,对应末次间冰期。(本文来源于《烟台大学》期刊2019-06-05）
许姝歆[3]（2019）在《中国西南喀斯特地域淡水蟹类的物种多样性及分子系统地理学研究》一文中研究指出目的:1.基于16S rRNA基因建立分布于中国西南喀斯特地域淡水蟹物种的系统发生树,探讨与确立中国淡水蟹类地理区划分区单元与西南喀斯特地貌的关系。2.基于作者采集和南昌大学基础医学院淡水十足目甲壳动物与并殖吸虫研究室标本库所保藏的西南八省区的31属129物种合计640个淡水蟹类个体,由此构建西南喀斯特地域淡水蟹类地理信息系统(GIS),旨在寻找喀斯特地貌与淡水蟹类物种的分布方式及物种多样性间可能存在的内在规律。3.测定中国西南喀斯特地貌溪蟹科下7属7种淡水蟹线粒体基因组,并进行系统发生分析以及比较线粒体基因组学研究,尝试厘清中国西南喀斯特地貌淡水蟹类的分子系统发育关系,推演该地域淡水蟹类属、种可能的分化年代。方法:1.基于对西南喀斯特地域淡水蟹类形态分类及其分子亲缘的初步研究,样点的选择以淡水蟹类“种”为基准,依据喀斯特地貌特征来确定标本的具体采集地点,作者与研究团队按照课题计划前往拟定的地点进行标本采集,并统计研究室标本库历年已在西南喀斯特地域采集保存的淡水蟹类标本一同用于本项目研究。对所选取的标本在与模式标本比对的基础上进行形态学鉴定,记录标本采集样点的经纬度等,并对其是否处于喀斯特地貌加以区分。2.对样本进行DNA的提取与16S基因的扩增及测定,并检索NCBI数据库,下载分布于西南八省区且具有16S基因的物种序列,联合本实验测得的序列建立基于16S基因的系统发生分析树。3.基于喀斯特科学数据中心(www.karstdata.cn)提供的中国南方喀斯特空间分布数据,通过地理信息系统(GIS)构建中国西南喀斯特地域八省区淡水蟹类物种分布图。4.获取中国西南喀斯特地域下7属7种淡水蟹线粒体全基因组,分析其基因组组成、基因排列顺序、tRNA结构及密码子使用情况等,并联合其他短尾下目物种的13个蛋白质编码基因进行系统发生分析以及分歧时间估算。结论:1.中国大陆现有淡水蟹类共计2科48属324种,其中85.42%的属和60.49%的种集中分布在西南八省区。2.基于16S基因序列进行的系统发生分析结果显示所有淡水蟹基本以属为单位形成了各自的分支,且分布于云南省的物种形成了一条独立的进化支,且其中的大部分物种仅为云南省特有。3.对于基于16S基因构建的系统发育树,基因间隔消失的现象时有出现,尤其龙溪蟹属下物种的种间分类情况较不理想。4.通过对西南各八省区内淡水蟹地理信息系统的分析表明,以省/市/自治区为单位淡水蟹物种的分布及多样性与喀斯特地貌无显着关联。5.气候、纬度及喀斯特地形在淡水蟹的形成、生存和分化过程中均具有重要作用。其中,气候和纬度决定了淡水蟹是否具有适宜生存的环境,而喀斯特地形则在淡水蟹的物种分化过程中起到了重要作用。6.分布于中国西南喀斯特地域下7属7种溪蟹科淡水蟹类的线粒体基因组全长在19,236 bp(相似非拟溪蟹)至16,547 bp(镜头华石蟹)之间。所有物种均包含后生动物线粒体基因组典型的37个基因和一个控制区,且核苷酸组成均表现出明显的AT偏向性。7.在本次测序的7个物种中,兴安内陆溪蟹和灵川博特溪蟹的线粒体全基因组出现的了异常的tRNA基因(tRNA-Ile和tRNA-Met)。8.与泛甲壳动物原始排列顺序及其他淡水蟹类的基因排列顺序相比,在兴安内陆溪蟹和灵川博特溪蟹中发现了一种全新的基因排列方式,其中包含了两个蛋白质编码基因包括COX1基因的重排,这在短尾下目物种中是非常罕见的。9.基于短尾下目物种线粒体基因组的13个编码蛋白基因建立的ML树和BI树表现出相似的拓扑结构,具有较高的置信度,分析结果与当前主流的物种分类体系趋于一致。10.基于13个编码蛋白基因的分歧时间估算结果显示淡水蟹的分化时间为113.3008 Ma,拟地蟹总科与溪蟹总科分化于74.8013 Ma。11.墨脱近溪蟹与相似非拟溪蟹的分化时间与青藏高原和云贵高原形成的时间相吻合,提示墨脱近溪蟹与相似非拟溪蟹可能来自共同祖先,由于横断山脉的发育造成的地理隔离从而促成了物种的分化。12.分布于中国西南喀斯特地貌下的7个物种的分化时间基本均早于其余地区的淡水蟹物种,表明分布于喀斯特区域的淡水蟹有着更为古老的历史,可能为中国大陆部分淡水蟹类的祖先,而中国西南喀斯特地区,尤其以云贵高原区域为主的喀斯特区域可能是为中国大陆部分淡水蟹的发源地。(本文来源于《南昌大学》期刊2019-05-01）
祁玥[4]（2019）在《南疆沙蜥分子系统地理学》一文中研究指出南疆沙蜥隶属于鬣蜥科(Agamida)沙蜥属(Phrynocephalus)。主要分布在我国塔里木盆地内,垂直分布从海拔872m到3100m,栖息地类型主要是荒漠中的固定、半固定灌丛或戈壁。南疆沙蜥是沙蜥属胎生类群中最早分化出的物种,对其进化历史的研究有助于我们加深对卵胎生类群进化的认识。针对南疆沙蜥进化历史的研究不多,却存在两种不同的结论:一是南疆沙蜥起源于焉耆盆地,二是起源于青藏高原。此外,全球气候变化已经成为威胁沙蜥生存的重要因素之一,南疆沙蜥的保护工作刻不容缓。综上所述,对南疆沙蜥进行一次更为全面的分子系统地理学研究,并探究环境对其进化历史的影响,具有一定的科学意义和应用价值。本文利用线粒体基因(Cyt-b基因、ND2基因和ND4基因)串联序列和核基因(SNP)作为分子标记,对分布在塔里木盆地周边15个种群的南疆沙蜥进行研究,拟解决以下问题:(1)南疆沙蜥种内系统地理结构及分歧时间;(2)南疆沙蜥各地理种群的遗传多样性与环境的关系;(3)第四纪冰期间冰期冷暖气候交替的环境变化对南疆沙蜥进化历史的影响。本文的研究结果表明:(1)南疆沙蜥的所有地理种群分为叁个主要支系:民丰支系最先分化,其余种群沿盆地分成南部支系和北部支系,且两个分支均为盆地最西侧的种群最先分化。民丰支系分化时间是5.38Ma,与塔里木盆地内最早出现沙漠的时间和地点相一致;南部支系和北部支系的分化时间是4.15Ma,这一时期盆地内河流和灌木的出现促使南疆沙蜥得以扩散进化。(2)南疆沙蜥整体的遗传多样性表现出较低的水平,暗示南疆沙蜥可能处于较大的环境选择压力之下,同时遗传多样性与环境因子相关性分析表明这种选择压力来源于较高的环境温度。此外,栖息地环境的破碎化也是导致南疆沙蜥种群遗传多样性降低的原因。(3)中性检验和错配分布结果表明种群在历史上没有发生过快速扩张,这可能与所处环境有关。不适宜的环境使得南疆沙蜥存活率低,种群大小难以增加。BSP结果表明民丰支系在第四纪第叁次和第四次冰期的间冰期有缓慢上升,可能与间冰期气候温暖湿润,栖息地适宜有关。与之相反的是南部支系和北部支系在第叁次冰期都发生过振荡。综上,南疆沙蜥在进化的过程中,环境变化始终扮演重要角色。首先青藏高原隆升、帕米尔-天山会和导致的盆地干旱促使了南疆沙蜥的形成,同时伴随着盆地内环境的变化,适宜南疆沙蜥生存的栖息地环境逐渐增多促使其扩散。其次,南疆沙蜥起源于寒冷环境,盆地干热气候不利于其生存,从而导致较低的遗传多样性水平。最后,栖息地环境的碎片化阻碍了南疆沙蜥各地理种群间的基因交流,进一步降低了群体的遗传多样性。(本文来源于《兰州大学》期刊2019-05-01）
杨茜[5]（2018）在《东北地区中鼩鼱（Sorex caecutiens）遗传多样性与分子系统地理学分析》一文中研究指出中鼩鼱(Sorex caecutiens)隶属于食虫目(Insectivora)鼩鼱科(Soricidae)鼩鼱属(Sorex)的小型哺乳动物。本文主要利用陷阱法,配有铗捕法,对我国东北地区的3个种群(大兴安岭、小兴安岭和长白山山脉)9个采样点进行采样,用Cyt b基因分子标记的方法,研究了中国东北部地区的中鼩鼱的遗传多样性与分子系统地理学。遗传多样性结果表明:(1)测序得到Cyt b基因的全序列1140 bp,99个样本共获得81个单倍型,单倍型多态性为0.9940,核苷酸平均差异数为5.3290,核苷酸多态性为0.0047,3个种群核苷酸多态性范围为0.0036-0.0058,说明我国东北部地区的中鼩鼱遗传多样性较高,种群之间的遗传多样性的差异不明显。(2)通过Cyt b基因数据得到,3个种群的遗传距离在0.0043-0.0053之间,9个采样点间的遗传距离在0.0030-0.0061之间;采用邻接法、最大似然法和最大简约法对获得的单倍型构建系统发生树,均未产生明显的分化支,中鼩鼱都聚类在一个大支上;说明中国东北地区的中鼩鼱没有明显的遗传结构,没有明显的进一步遗传分化。(3)中性检验计算遗传分化系数:3个种群间的的F-统计量的范围是0.0145-0.0382,3个种群间的遗传相似系数范围是13.0983-34.4250,说明3个种群之间的基因程度相似,种群之间的遗传分化不明显。Tajima’s D中性检测结果显示:东北地区种群整体D=-2.6151,P<0.001,差异不显着,说明东北地区中鼩鼱不存在非中性进化;3个种群结果均表现为不显着负值,说明不存在非中性进化,存在历史扩张的可能性。Fu's FS中性检测结果显示:种群整体Fs=-124.8540,P<0.001,表现为差异显着负值,说明对东北地区中鼩鼱整体经历了历史扩张;3个种群均表现为显着负值,证明东北地区3个种群存在历史扩张的过程。分子变异方差分析显示3个种群之间的分化占总分化的2.48%,种群内采样点间的分化占总分化的0.34%,采样点内部遗传分化占总分化的97.19%。构建错配分布图对样本数据进行分析,结果显示中鼩鼱整体进化过程中经历了典型的种群扩张,大兴安岭种群经历了复杂的历史,小兴安岭种群与长白山山脉种群都经历了种群扩张。分子系统地理学结果表明:结合Genbank下载欧亚其它地区中鼩鼱Cyt b基因全序列,遗传距离在0.0038-0.0227之间;构建3种系统发生树(NJ、ML、MP)均显示同样的结果,日本北海道、韩国济州岛分别聚类在1个小分化支,其他的中鼩鼱构成1个大分支,在这个大支上未显现明显进一步分化的遗传结构;构建中介网格图显示,我国东北地区具有一个主要的单倍型(由2个小兴安岭样本和2个长白山山脉样本构成)位于谱系的近中心位置,中介网络图中存在3个分化较远的分支,最远的分支是日本北海道分支,其次较远的分支是韩国济州岛分支,再者是俄罗斯乌苏里地区和纳戈尔诺的部分样本构成的分支;中介网络分析与系统发生树均说明除日本北海道和韩国济州岛外,欧亚大陆分布的中鼩鼱未显现明显的地理系统分化。(本文来源于《牡丹江师范学院》期刊2018-06-13）
杨坤[6]（2018）在《舟山群岛两种蛙类比较分子系统地理学研究》一文中研究指出舟山群岛独特的地理环境使其成为动物进化与生物地理学研究的理想平台;它自更新世以来历经地质抬升与多次海侵、海退,这些地理事件对分布在岛屿上各种动物祖先种群的迁徙、隔离与进化可能产生重要影响。两栖类在群岛上广泛分布,对环境变迁、气候变化十分敏感,它们是开展分子系统地理学研究的理想材料。本研究以泽陆蛙和镇海林蛙为研究对象,分析舟山群岛与大陆种群的遗传分化及历史种群动态,阐明岛屿种群的起源;通过分歧时间估算,分析祖先种群的隔离与扩散模式,揭示影响其遗传多样性形成与种群进化的重要生物地理事件。主要结果如下:(1)泽陆蛙种群分子系统地理学我们对中国大陆11个样点的87个样本与舟山群岛及其沿海大陆35个样点的183个样本测定2个线粒体基因片段(ND1-ND2、Cytb-CR)和8个核基因片段(CXCR4,Tyr,Rhod,3RAG-1,5RAG-1,BDNF,NCX1,RAG-2)以研究舟山群岛与大陆泽陆蛙种群的隔离与分化及历史种群动态。系统发育分析表明我国泽陆蛙种群形成了两大线粒体进化分支,包含12个亚分支,分支拓扑结构支持泽陆蛙祖先起源于我国东南部不同地区。受东沙运动的影响(10-5百万年前),泽陆蛙祖先在约5.86百万年前最早分歧,分歧可能发生在我国南部地区。舟山群岛亚分支(D)与舟山群岛沿海大陆亚分支(L),分别位于系统树两大主分支的顶端,表明舟山群岛与沿海大陆种群具有不同的起源祖先。舟山群岛祖先种群沿着中国近海古大陆向北扩散,受喜马拉雅构造事件的影响(2.2-1.8百万年前),其与中国南方祖先种群在约1.89百万年前开始分化。2.5万年前假轮虫海侵结束之后的海退过程引起舟山群岛分支(D)与大陆分支(L)祖先种群的快速扩张,但沿海大陆种群祖先仅向离大陆较近的少量岛屿轻微扩散。受江镇海侵事件(62-56万年前)影响,海南岛泽陆蛙祖先种群与大陆种群开始分歧。系统发育与单倍型网络图分析表明舟山群岛泽陆蛙种群与日本分布的种群亲缘关系较近,而与中国大陆种群显着分歧,在遗传上应该视舟山群岛分支为“隐存”的地理进化显着单元或遗传保护单元。(2)镇海林蛙分子系统地理学测定中国大陆15个样点70个样本与舟山群岛及其沿海大陆9个样点48个样本的线粒体ND2片段和Cytb片段来研究镇海林蛙舟山群岛与大陆种群的隔离与分化,及历史种群动态。结果表明镇海林蛙形成了两大线粒体进化分支,包含7个亚分支,分支拓扑结构支持镇海林蛙起源于我国西南部,舟山群岛及附近沿海地区与我国北部和南部部分地区的镇海林蛙共同起源于同一祖先。受雪峰隆起,武陵隆起等同一时期地质事件影响(约在1.8-0.73百万年前),镇海林蛙祖先在我国西南部地区开始最早分歧(约0.95百万年前)。受62-56万年前江镇海侵事件影响,我国西南部地区镇海林蛙祖先与北方和南方祖先种群之间开始分化。州沙海侵(6.5-5.35万年前)结束之后的海退过程引起群岛分支(G)与大陆分支(C)祖先种群约在5万年前快速扩张。受盘旋虫海侵事件(30-20万年前)影响,舟山群岛及附近沿海大陆与我国中部地区镇海林蛙祖先产生分歧。(3)基于MAXENT模型泽陆蛙与镇海林蛙潜在地理适生区评价根据实地调查和查阅文献共获得泽陆蛙116个样点信息和镇海林蛙55个样点信息,并引入19个环境气候变量因子。采用MAXENT生态位模型分析泽陆蛙四个进化分支和镇海林蛙的历史适生区分布,研究模型预测可信度较高(AUC值大于0.95)。应用刀切法(Jackknife)检验不同变量因子对不同种群适生区的贡献度,结果显示与降水量相关的变量主要影响泽陆蛙和镇海林蛙种群在不同历史时期的适生区分布。泽陆蛙四个分支适生区在末次盛冰期共同经历了不同程度的显着扩张,在末次盛冰期后经历一个退缩过程,至全新世与近代分布范围相对稳定。但在末次盛冰期镇海林蛙并没有发生显着扩张。模型对泽陆蛙四个分支与镇海林蛙预测得到的适生区分布范围与现今已知种群地理分布较为吻合。(本文来源于《中国计量大学》期刊2018-06-01）
杨新英[7]（2018）在《内蒙古入侵植物光梗蒺藜草遗传多样性与分子系统地理学研究》一文中研究指出光梗蒺藜草是禾本科蒺藜草属,一年生旱生植物,原产于北美洲沿海热带地区,现分布于在我国辽宁、广东、海南和内蒙古等地。在内蒙古通辽市和赤峰地区,光梗蒺藜草已演变为入侵植物,对当地的生态环境、农业和畜牧业生产构成了较大的危害。本研究以光梗蒺藜草为研究对象,利用ISSR技术和叶绿体间隔区测序研究其种群的遗传分化特点和遗传结构,推测其入侵起源地,为光梗蒺藜草防除提供科学依据。采用ISSR技术分析了14个光梗蒺藜草种群的遗传多样性,发现其Nei's基因多样性指数为0.3450,Shannon's信息多样性指数为0.5177,说明光梗蒺藜草在物种水平上具有较高的遗传多样性。Popgene得到遗传分化系数Gst为0.3600,表明36%遗传变异分布于种群间,种群内的遗传变异大于种群间的遗传变异。种群间基因流Nm为0.8889。cpDNA序列AMOVA分析结果显示光梗蒺藜草种群内的变异大于种群间,其中来源于种群内的变异81.89%,来源于种群间的变异分别是18.11%。结合遗传多样性特点和TCS单倍型网状图揭示了光梗蒺藜草种群是由少数个体或种群扩张后形成,在扩张过程中保留了原始单倍型,可能的入侵地点为通辽科左后旗哈仑胡顿,随牛羊反复向周边旗县扩散和入侵。(本文来源于《内蒙古农业大学》期刊2018-06-01）
李寒玉[8]（2018）在《基于微卫星标记的大绿臭蛙复合体系统地理学研究》一文中研究指出基于线粒体12S、16S基因构建的系统关系和形态学研究显示,中国境内的大绿臭蛙不是单一的物种,而是包含卢氏臭蛙(O.chloronota)、大绿臭蛙(O.graminea)和龙头山臭蛙(O.leporipes)3个有效种的大绿臭蛙复合体(Odorrana graminea species complex),分别对应A(西部)、B(南部)、C(东部)3大支持率很高的支系。而基于16个核基因构建的大绿臭蛙复合体的系统关系与线粒体基因的不一致,要澄清大绿臭蛙复合体物种组成和分类界限,有必要检测大绿臭蛙复合体各支系、种群及个体间的基因流和渐渗杂交,探讨各支系(物种)的形成和演化历史。本研究经广泛的野外采样,获得大绿臭蛙22个地理种群268号样本,基于大绿臭蛙复合体安徽黄山种群转录组序列筛选7对特异微卫星引物,选取其中2对微卫星引物和文献中的4对微卫星引物研究大绿臭蛙复合体的系统地理格局,经Popgene计算遗传分化系数、基因流,Structure聚类分析遗传结构、Bottleneck检测种群瓶颈效应,明确大绿臭蛙复合体的物种组成、遗传分化、基因流及种群动态。结果显示:(1)筛选的7对微卫星引物可用于大绿臭蛙复合体种群遗传多样性和遗传结构研究。(2)大绿臭蛙复合体22个地理种群的平均多态信息含量(PIC)为0.510>0.5,PIC值>0.5的地理种群占63.64%,具有较高的遗传多样性。(3)大绿臭蛙复合体两两地理种群间遗传分化系数(FST)的平均值为0.1818,种群间FST值>0.25的则占80.09%,存在高度的遗传分化。(4)大绿臭蛙复合体分为A、B、C 3个支系。A支系主要分布于四川东南部及广西东北部;B支系主要位于广东省、福建省及湖南省南部,囊括了龙头山臭蛙的模式产地广东韶关;C支系主要分布于云贵高原东缘、广西西南部及海南,涵盖大绿臭蛙的模式产地海南五指山。(5)Bottleneck检测采用显示,广东梅县、广西金秀、贵州兴义种群经历了显着的瓶颈效应(P<0.05),广西武鸣种群经历了显着的瓶颈或极显着的瓶颈效应,湖南双牌种群极显着的瓶颈效应(P<0.01)。结论:(1)基于微卫星标记,大绿臭蛙复合体包括3个支系。(2)大绿臭蛙复合体3个支系缺乏明显的地理阻隔,支系间存在较大的基因流。(3)大绿臭蛙复合体具有高的遗传多样性,同一支系种群间、不同支系间种群的遗传分化呈现中等程度分化、高度分化以及不分化共存的多态现象。(4)广西金秀、广东梅县、贵州兴义、广西武鸣以及湖南双牌种群经历了显着或极显着的瓶颈效应。(本文来源于《河南师范大学》期刊2018-05-01）
史博洋[9]（2018）在《中国沿海矮拟帽贝（Patelloida pygmaea）系统地理学研究》一文中研究指出海洋生物的表型多样性、遗传多样性与遗传分化是历史冰期、自然屏障和环境气候因子在不同地理尺度下自然应力作用结果,目前揭示海洋生物种群生态遗传研究和系统地理学研究已成为全球海洋热区的研究热点。本研究以中国沿海潮间带广布性腹足类矮拟帽贝Patelloida pygmaea(Dunker,1860)为研究对象,通过分子生态学、分子系统地理学和种群遗传学等分析方法,以线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(mt DNA COI)和核基因序列间隔区I(nr DNA ITS-1)为分子标记,结合中国海古地理历史事件、现今环境气候因素探讨中国海矮拟帽贝的地理分布格局及形成机制,揭示种群遗传结构,分析环境、气候对矮拟帽贝种群遗传分化、形态变异的影响。137个矮拟帽贝个体测量10个绝对形态量度并转换为9个相对值(相对值=绝对值/干重),形态变异分析表明相对形态量度变异更加稳定,且各样地形态量度变异一致;ANOVA分析所有形态量度F值远大于1且P值显着,表明所选形态量度的变异对总形态变异贡献较大;最大方差法进行旋转,通过方差累积度确定各形态量度对总形态变异的贡献程度,并选取的形态变异主成分:L/DM(92.209%)、W/DM(5.726%)、H/DM(1.604%);聚类分析将中国沿海矮拟帽贝分为叁支:BYSC、ECSC、SCSC。矮拟帽贝mt DNA COI部分序列(601 bp),C:15.30%、T:31.80%、A:30.94%、G:21.96%,共发现多态位点217个,转换139、颠换110,界定30种单倍型(占样本总数的21.89%),种群总单倍型多样性0.856±0.020,核苷酸多样性0.1882±0.0860;nr DNA ITS-1部分序列(475 bp),C:29.34%、T:26.72%、A:21.86%、G:22.08%,共发现多态位点237个,转换122、颠换108,界定54种单倍型(占样本总数的39.42%),单倍型最多的样地是ST和MM(各8个单倍型),总体单倍型多样性0.971±0.005,核苷酸多样性0.2727±0.1785;AMOVA结果表明两个基因变异主要来源于种群间。种群生态遗传研究表明,形态变异主成分L/DM、W/DM、H/DM与年平均降水量变异系数呈显着负相关(P=0.006~0.024);COI基因h、π、k、D、S与AAT、AAVR呈显着正相关(P=0.012~0.043),与LA、VAAT、SP、SS呈显着负相关性(P=0.001~0.044);h、π、k、D与AAPR呈显着正相关(P=0.004~0.032)且S与AAPR有显着正相关趋势(P=0.062);h、π、k与VAAT呈显着负相关(P=0.021~0.045)且D存在负相关趋势(P=0.065);ITS-1基因的h、π、k与VAAP呈显着正相关(P=0.002~0.037),k与VCSS、VCSP呈显着负相关(P=0.019~0.025),形态、遗传等指标与环境相关性趋势基本一致;分析气温、降水是影响中国海矮拟帽贝形态变异、遗传多样性的主要环境因素,低纬度、高温、降水多、日照低及气候稳定的环境下,矮拟帽贝遗传多样性更高,且降水量越稳定,矮拟帽贝形态变异越大。系统地理学研究表明叁个边缘海种群间由不同的谱系主导且遗传分化显着:黄渤海谱系(BYSC)、南海谱系(SCSC)、东海谱系(ECSC),AMOVA结果表明各海区谱系遗传分化显着(P<0.001);分子钟估算结果显示叁个谱系的分化时间发生在更新世,COI基因估算分化时间:BYSC约1.338 Mya,SCSC约2.659 Mya。ITS-1基因显示BYSC在1.414 Mya产生分化,SCSC与其他种群在2.406 Mya产生分化;种群历史动态分析显示各谱系经历了显着的历史扩张。说明中国海沿岸矮拟帽贝的系统地理格局主要原因为更新世冰期海盆隔离、长江冲淡水和海水表面温度阻碍种群基因流。与mt DNA COI基因不同的是nr DNA ITS-1基因研究发现BYSC分化成2个亚支(~0.923 Mya):NBYSC、SBYSC,推测山东半岛可能限制BYSC基因流;BYSC、ECSC和SCSC存在近期扩张,通过计算扩张时间发现矮拟帽贝历史扩张主要发生在晚更新世里斯-玉木间冰期(SCSC:0.108~0.127 Mya,ECSC:0.082~0.166 Mya,BYSC:0.033~0.103 Mya)。(本文来源于《烟台大学》期刊2018-04-01）
高骏[10]（2017）在《中国东方田鼠分子系统地理学及种群遗传结构研究》一文中研究指出东方田鼠(Microtus fortis)具有独特的天然抗血吸虫感染特性,是一种极具前景的实验动物资源。但对于该物种的基因组序列、近缘物种及亚种间的系统进化关系、种群内与种群间的遗传结构都未见有系统报道。本研究首先从东方田鼠母系遗传结构的角度,利用传统和长距离PCR结合的策略,首次完成了东方田鼠指名亚种(M.f.fortis)的线粒体基因组测序。在此基础上,优化了16对引物对中国六个地区(湖南、宁夏、福建、黑龙江、吉林、广西)的东方田鼠样本线粒体全基因组进行了PCR扩增和重测序。研究表明所测的六个不同地区的东方田鼠的线粒体全基因组长度在16303~16312 bp之间。并首次将东方田鼠宁夏指名亚种(M.f.fortis)和东方田鼠湖南长江亚种(M.f.calamorum)的线粒体全长基因组序列,提交至Gen Bank,获得了相应的序列号(Gen Bank:JF261174/JF261175)。东方田鼠指名亚种线粒体基因组具有与其它脊椎动物线粒体基因组相同的一些特征,都含有13个蛋白质编码基因、2个r RNA基因和22个t RNA基因。在东方田鼠线粒体非编码控制区(Control Region,CR)序列上,分别发现了中央保守区1(CSB1)序列、终止序列区(EATS1、EATS2)、和一个Poly(C)n区段,通过种间比对发现这个Poly(C)n区段只在亚洲谱系田鼠群(Asian lineage)中被发现,该结构可能是亚洲谱系田鼠所特有的,可以进一步佐证田鼠亚洲谱系(Asian lineage)的存在以及其明显的单系类群(monophyletic lineage)特征。利用线粒体全基因组构建的系统进化树表明,在中国分布的东方田鼠主要分为3个主要的分支:1)广西样本、2)北方样本(包括宁夏、黑龙江、吉林)、3)湖南和福建样本。东方田鼠南方样本(广西、湖南、福建)与北方样本(宁夏、黑龙江、吉林)在线粒体基因组轻链复制区(OL区)的二级结构茎环上有一个3碱基(CCC→TTT)的突变。该突变可以作为区分南北不同来源的东方田鼠样本的重要分子遗传标记。对六个不同地区来源的东方田鼠样本线粒体全基因组序列比对后,共发现种内的简约信息位点(Parsimony informative sites)157个,自裔突变位点(Singleton variable sites)450个,统计发现南方样本的线粒体基因组多态性明显高于北方样本。本研究进一步对中国6个地区的84个东方田鼠野生样本的线粒体细胞色素b(cyt b)基因以及非编码控制区序列(Control Region,CR)进行了重测序(cyt b和CR序列的Gen Bank登录号分别为KJ081871~KJ081954和KJ207290~KJ207373),进一步探讨了东方田鼠各地理种群内与种群间的系统进化关系及母系遗传结构。在拼接后的84个东方田鼠样本序列片段(cyt b+CR),共得到49种单倍型(haplotype),不同的地理种群间无共享单倍型。较高的种群间FST值表明,斑块化的栖息地可能是造成这种地理种群分化程度较大的主要原因。通过贝叶斯系统发育推断(Bayesian inference)和最大似然法(maximum likelihood)构建了东方田鼠的系统进化树,再次证实了东方田鼠各地理种群形成叁个主要的分支:(1)北方种群;(2)南方的湖南福建种群;(3)广西种群。研究表明,东方田鼠与分布于俄罗斯、蒙古以及中国东北部的叁种田鼠:米氏田鼠(M.middendorffii)、蒙古田鼠(M.mongolicus)以及莫氏田鼠(M.maximowiczii)有着最近的系统进化关系,该四种田鼠在系统进化树上形成单系类群的特征,它们应该是由共同的祖先分化而来。分析认为,中国的秦岭淮河一线(Qinling Mountains-Huaihe river line)是我国重要的南北地理分界线,该地理屏障的南北地区气候以及环境差异较大,可能是造成东方田鼠南北群体遗传分化的重要原因之一。此外,来自中国西南地区的东方田鼠广西群体可能是物种在冰期避难所内避难的一种典型例子。根据分子钟推算中国东方田鼠最初的分歧时间在64~77万年前,位于中国倒数第二次冰期与末次冰期之间的间冰期。贝叶斯Skyline图表明东方田鼠的有效种群大小,在过去的30~40年经历了明显的下降趋势,分析认为这与栖息地的丧失和环境恶化存在一定关系。另一方面,本研究利用20个东方田鼠微卫星位点从常染色体遗传多样性的角度,利用荧光多重PCR和微卫星(STR)分型技术,对4个野生东方田鼠种群(福建、湖南、宁夏、广西)的63个样本进行了常染色体角度的遗传结构分析。其中19个微卫星位点显示出高度多态性(PIC=0.83>0.5),平均等位基因数、位点杂合度均显示4个地区野生东方田鼠的遗传多样性丰富。遗传距离与UPGMA聚类分析均表明,宁夏种群与广西种群间的遗传分化程度相对最大,而湖南种群与广西种群间的遗传分化程度相对最小,这一点在STRUCTURE聚类图(K=2)分析时,同样得到提示。分析认为,湖南与广西种群间由于较近的地理距离关系,在核基因组水平存在一定的基因交流。本研究通过大量比对,统计了东方田鼠线粒体细胞色素b(cyt b)基因以及非编码控制区序列(CR)上的种间和种内的单核苷酸多态性(SNP)位点。在与近缘田鼠物种的同源序列比对后,共在cyt b基因和控制区(CR)区段序列上分别找到13个和12个东方田鼠特有的SNP位点。这些特异性的种间SNP位点可以作为今后东方田鼠样本鉴定重要的分子遗传标记。同时,在各地理种群中分别发现了一定数量的种内SNP位点。研究获得的这些线粒体基因组上的SNP位点以及核基因组上的高度多态性的东方田鼠微卫星(STR)信息,都将为今后东方田鼠的亚种分类、样本来源鉴别以及各地理种群的遗传多样性分析提供重要的分子检测标记。(本文来源于《东华大学》期刊2017-06-30）
系统地理学论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
海洋生物多样性是生物多样性的重要组成部分之一。现今海洋生物的遗传结构是更新世冰期、洋流、长江冲淡水、海表温度及生态环境因子等因素的综合作用结果,目前海洋生物的研究热点集中于揭示生物种群的生态遗传及系统地理学研究。本论文以红条毛肤石鳖(Acanthochitona rubrolineatus,Lischke,1873)为研究对象,隶属多板纲(Polyplacophora)毛肤石鳖科(Acanthochitonidae)毛肤石鳖属(Acanthochitona)。红条毛肤石鳖主要栖息于潮间带,具有狭温性、狭盐性、有限的扩散能力以及较快的突变速度等特征,使得该物种成为系统地理学研究的理想对象。本论文以线粒体细胞色素氧化酶亚基I(mitochondrial cytochrome oxidase subunit I,mt COI)和16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)的基因作为分子标记,通过构建中国潮间带红条毛肤石鳖现有种群的系统地理分布格局,试图探讨更新世冰期及物种生态环境等因素对潮间带物种进化及地理分布格局形成机制的影响。本研究共选取了16个地理种群,采集199个样本。红条毛肤石鳖mt COI基因的654 bp进行分析,碱基含量分别为:A:28.83;T:29.35;C:8.96;G:32.86,共界定51个单倍型且占样本量的25.63%。单倍型最多的样地是大连、长岛、砣矶,单倍型H2出现的频率最高。总体单倍型多样性为0.9125±0.0109,总体核苷酸多样性为0.2340±0.1146。对样本的16S rRNA基因的480 bp进行分析,碱基含量分别为:A:23.88;T:48.58;C:12.53;G:15.00,共界定28个单倍型且占样本量的0.14%。单倍型最多的样地是长岛,单倍型H9出现的频率最高。总体单倍型多样性为0.8968±0.0083,总体核苷酸多样性为0.1198±0.0639。AMOVA的分析表明红条毛肤石鳖的遗传变异主要来源于种群间。红条毛肤石鳖种群生态遗传分析。综合mt COI和16S rRNA基因的生态遗传研究分析,核苷酸多样性、平均核苷酸差异数与年平均降水量变异系数、日照百分率、日照时数呈显着正相关,与年平均气温、年平均降水量及年平均水汽压呈显着负相关或存在相关趋势;单倍型多样性与年平均降水量趋向显着负相关。数据表明红条毛肤石鳖种群的进化受环境因子影响显着,其中温度和降水量是影响该物种生存及分布的主要环境因子,且遗传多样性与温度和降水量呈负相关。又因为红条毛肤石鳖物种具有狭温性和狭盐性,推测该物种适宜生存的温度和盐度条件更接近黄渤海潮间带的现存环境。红条毛肤石鳖种群的系统地理学研究。中国边缘海分为两个谱系且存在显着的遗传分化:黄渤海谱系和东海谱系。遗传分化指数Fst值、基因流Nm的数据分析表明红条毛肤石鳖种群间存在显着的遗传结构;IBD的分析表明,种群间的遗传距离与种群间实际地理距离之间存在显着的距离遗传模式(COI:R~2=0.810,P<0.001;16S rRNA:R~2=0.859,P<0.001)。分子钟估算结果,黄渤海谱系与东海谱系大约在216.987Mya(COI)~204.371Mya(16S rRNA)开始分化,对应地质时间中的叁迭纪。种群历史动态分析发现总体样本、黄渤海谱系及东海谱系的核苷酸不配对分布均呈现单峰分布,与群体突然扩张模型下的预期分布基本吻合。黄渤海谱系和东海谱系的中性检验说明谱系均偏离中性但是不显着,种群扩张估计值的θ_1远高于θ_0,表明红条毛肤石鳖两谱系在近期历经了显着的种群扩张。根据公式τ=2μkt计算红条毛肤石鳖种群的扩张时间,黄渤海谱系的扩张时间约在0.772Mya~0.406Mya,对应中国第四纪间冰期的大姑-庐山间冰期,东海谱系种群扩张时间约在0.194Mya~0.061Mya,对应末次间冰期。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
系统地理学论文参考文献
[1].白薇.东北地区远东鼩鼱（Sorexisodon）遗传多样性与分子系统地理学分析[D].牡丹江师范学院.2019
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[5].杨茜.东北地区中鼩鼱（Sorexcaecutiens）遗传多样性与分子系统地理学分析[D].牡丹江师范学院.2018
[6].杨坤.舟山群岛两种蛙类比较分子系统地理学研究[D].中国计量大学.2018
[7].杨新英.内蒙古入侵植物光梗蒺藜草遗传多样性与分子系统地理学研究[D].内蒙古农业大学.2018
[8].李寒玉.基于微卫星标记的大绿臭蛙复合体系统地理学研究[D].河南师范大学.2018
[9].史博洋.中国沿海矮拟帽贝（Patelloidapygmaea）系统地理学研究[D].烟台大学.2018
[10].高骏.中国东方田鼠分子系统地理学及种群遗传结构研究[D].东华大学.2017
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