导读:本文包含了粗粒化论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:粗粒化,力场参数,迭代玻尔兹曼反演法(IBI),肽链
粗粒化论文文献综述
陈淑文,崔玉红,吕守芹,潘君,王天浩[1]（2019）在《膜环境下肽链的粗粒化力场研究及开发》一文中研究指出对于粗粒化力场的研究是考察生物大分子微观结构的动力学特征的重要基础,目前已开发的适用于生物体系的粗粒化力场精确度无法确定。本文采用迭代玻尔兹曼反演法(IBI),开发在确定精确度下适用于膜环境中的肽链的粗粒化力场。迭代玻尔兹曼反演法是一种基于分子结构确定势函数参数的方法,通过重现全原子结构动力学,模拟生成分子结构的各项分布函数,通过多次迭代计算,直到达到精确度要求,并同时确定力场参数。本文采用GRO MACS软件建立了肽链KALP在膜环境DPPC下的全原子模型及粗粒化体系,沿用较为成熟的Martini映射方案对体系进行粗粒化。玻尔兹曼反演方法可以确定体系中分布函数与势能之间的对应关系,以此为基础,由稳态下全原子体系的分布函数确定粗粒化体系的初始势能参数,并进行粗粒化模拟。进一步,将模拟结果与全原子体系进行对比,引入误差对势能参数进行修正,不断再次进行粗粒化模拟,获得多次迭代计算结果。直到粗粒化体系与全原子体系的分布函数误差达到精确度要求,最后获得该体系的粗粒化力场的精确结果。本文采用获得的精确的粗粒化力场,对体系进行外力加载下的动力学模拟,重现全原子体系膜环境中肽链的分布函数与静态结构,并检验力场的可靠性。目前迭代玻尔兹曼反演法主要应用于高分子聚合物材料的粗粒化力场开发,未发现其对于蛋白质结构的粗粒化力场探索,本文是第1次采用该方法进行的粗粒化力场开发,只是针对具体的肽链处在膜环境下的粗粒化力场研究。对于结构更复杂的蛋白质分子仍需具体研究其力场参数,由于蛋白质本身分子量大、结构复杂,所处生物环境更是多样,对生物体系的粗粒化力场的开发仍需要进一步的探索。(本文来源于《医用生物力学》期刊2019年S1期）
李佳明[2]（2019）在《屈服应力流体的粗粒化分子动力学模拟研究》一文中研究指出非牛顿屈服应力流体广泛应用于生活和工业生产中,具有很高的研究价值。利用耗散粒子动力学(DPD:Dissipative Particle Dynamics)方法来对屈服应力流体进行模拟研究。首先应用DPD方法构建了一种屈服应力流体模型,并模拟预测了该流体模型具有Herschel-Bulkley流体的流变特性。通过数值模拟验证了模型在剪切和伯肃叶流动特性,符合屈服应力流体的基本特点。(本文来源于《工业控制计算机》期刊2019年06期）
姚汝珊[3]（2019）在《复杂网络上多尺度动力学粗粒化方法综述》一文中研究指出近年来,复杂网络上多尺度动力学粗粒化方法受到了人们的高度关注,取得了较大的发展。研究者基于复杂网络的拓扑结构和动力学时间尺度分离等,建立了一些适用于不同时间尺度或空间尺度的多尺度粗粒化计算模型和模拟方法。本文首先归纳整理了八种粗粒化方法:地理粗粒化、谱粗粒化、格点粗粒化、动力学粗粒化、Equation-free多尺度方法、重整化群方法、度(强度)粗粒化以及杂化多尺度粗粒化方法。然后,我们发展了最近提出的降维粗粒化方法来预测生命网络的临界点的发生,发现降维之后的模型可以预测植物-传粉者互惠网络的临界点,并找到了临界点的发生与自然增长率之间的关系。最后,我们讨论了复杂网络上多尺度粗粒化方法中仍然存在的问题,以及可能解决的设想。本文主要结构分以下四个方面:第一章:介绍复杂网络上多尺度动力学粗粒化方法的产生背景和主要模拟方法;第二章:归纳总结八种复杂网络粗粒化方法;第叁章:用降维粗粒化方法预测生态种群网络的临界点;第四章:讨论粗粒化方法仍然存在的不足,抛出尚待解决的问题。(本文来源于《安庆师范大学》期刊2019-06-01）
杨青林,王立夫,李欢,余牧舟[4]（2019）在《基于相对距离的复杂网络谱粗粒化方法》一文中研究指出复杂网络的同步作为一种重要的网络动态特性,在通信、控制、生物等领域起着重要的作用.谱粗粒化方法是一种在保持原始网络的同步能力尽量不变情况下将大规模网络约简为小规模网络的算法.此方法在对约简节点分类时是以每个节点对应特征向量分量间的绝对距离作为判断标准,在实际运算中计算量大,可执行性较差.本文提出了一种以特征向量分量间相对距离作为分类标准的谱粗粒化改进算法,能够使节点的合并更加合理,从而更好地保持原始网络的同步能力.通过经典的叁种网络模型(BA无标度网络、ER随机网络、NW小世界网络)和27种不同类型实际网络的数值仿真分析表明,本文提出的算法对比原来的算法能够明显改善网络的粗粒化效果,并发现互联网、生物、社交、合作等具有明显聚类结构的网络在采用谱粗粒化算法约简后保持同步的能力要优于电力、化学等模糊聚类结构的网络.(本文来源于《物理学报》期刊2019年10期）
李一君[5]（2019）在《交联环氧树脂及其复合物粗粒化建模与力学性能分析》一文中研究指出分子动力学仿真是用于研究新材料性能和实现新材料设计的有效工具,但往往因受限于计算资源使其无法应用于基于全原子模型的一些新材料的性能分析,尤其是新型复合材料涉及多种原子及其复杂的构型。因此,一种跨尺度的粗粒化建模技术为分子动力学仿真提供了新的解决方案。本文针对碳纳米管/树脂复合材料的力学性能仿真分析需求,基于全原子自由度缩减的粗粒化分子动力学,提出了交联环氧树脂及其复合物的一种粗粒化建模方法,克服了实验中的不可控因素以及全原子模拟尺度受到的限制,并将其应用于碳纳米管/树脂复合材料的力学性能分析。首先,通过改进传统基于形态匹配的粗粒化方法,得到了能同时预测环氧树脂形态特征以及力学性能的粗粒化模型。对于结构形态匹配,运用玻尔兹曼反转迭代的优化方法,得到了与环氧树脂全原子构型分布一致的粗粒化模型。对于力学性能匹配,通过调节分子间结合能强度以及分子内结构刚度,解决了传统的玻尔兹曼迭代法由于软化效应而导致粗粒化体系的力学性能与全原子体系不匹配的现象。同时,通过拉拔拟合界面能的方式获取碳纳米管和树脂界面粗粒化参数,建立了能够准确反映全原子体系的力学性能的粗粒化复合物模型。此外,为了使粗粒化力场更具移植性,本文利用函数表达式对所有势函数进行拟合。其次,采用建立的粗粒化模型,对碳纳米管/环氧树脂复合物的力学性能进行分析,系统研究了碳纳米管形态、体分比以及取向对复合材料力学性能的影响机制。结果表明:1)增加碳纳米管的质量分数以及长度均会增强复合物的力学性能,而且这种增强效果主要体现在轴向方向上;2)为解决碳纳米管因聚集成束而严重降低的增强效果,将其焊接成叁维骨架结构,而且这种骨架结构与树脂基体之间产生的互锁效应可以进一步提高其增强效果;3)纯碳纳米管泡沫的弹性模量很低,但是当填充树脂之后,其力学性能能够得到很大程度的提升。(本文来源于《华中科技大学》期刊2019-05-01）
尚良超,陈晓东,肖杰[6]（2019）在《喷雾干燥颗粒表面形貌形成过程粗粒化模拟》一文中研究指出喷雾干燥制粒有着广泛的应用。颗粒表面形貌的调控对提升颗粒品质起到至关重要的作用。本研究旨在建立分子尺度粗粒化模型,描述蒸发诱导下溶质的自组装行为,预测不同干燥条件下表面形貌的演变过程。文中建立的粗粒化网格Monte Carlo模型可以处理球形固体溶质,并充分考虑各物质之间相互作用及相变过程。开发的分析方法可以定量蒸发过程中液体残留率、颗粒分布与组装形貌。通过初步的二维系统模拟可以发现,溶剂不断蒸发过程中溶质逐渐移动,形成各种自组装结构。溶剂化学势越小,液体残留率越低。随着初始溶质浓度升高,最终溶质组装形貌从点状变为网状结构。不同的物质间相互作用也会导致紧密或松散的溶质分布。(本文来源于《化工学报》期刊2019年06期）
刘飞,刘冬洁,周文静,陈飞,魏进家[7]（2019）在《基于Martini力场的表面活性剂溶液粗粒化分子模拟》一文中研究指出本文采用基于Martini力场的粗粒化分子动力学模拟方法,对表面活性剂水溶液在Couette流动过程中的流变性进行研究。研究结果表明:剪切黏度随着表面活性剂浓度和摩尔比的增加而增加,随着温度和剪切速率的增加而减小;在大剪切率时,溶液中最长胶束的分子数目随温度和剪切速率的增加而减少,对应于剪切黏度的减小;最长胶束的分子数目大小在不同反离子盐溶液中顺序为:N_(CTAC/NamSal)>N_(CTAC/NaSal)>N_(CTAC/NaCl),对应溶液剪切黏度η_(CTAC/NaCl)<η_(CTAC/NaSal)<η_(CTAC/NamSal)。(本文来源于《工程热物理学报》期刊2019年02期）
陈飞国,葛蔚[8]（2019）在《耦合粗粒化离散颗粒法和多相物质点法的气固两相流模拟》一文中研究指出在气固两相流动的模拟中严格处理颗粒运动和颗粒相互作用时,欧拉-拉格朗日(EL)方法比欧拉-欧拉(EE)方法更具优势。但传统的EL方法仅能处理少量颗粒。将颗粒群作为单个计算颗粒处理可扩大模拟规模,粗粒化离散颗粒法(CG-DPM)和多相物质点法(MP-PIC)是其中两种主要方法,分别更适用于稠密和稀疏的颗粒流体系统。将两种方法耦合建立了更通用、准确和有效的EL方法,比较了不同耦合参数下流型、固相分率分布等定量信息,确定了最佳耦合参数。(本文来源于《过程工程学报》期刊2019年04期）
姚凯丽,庄茁[9]（2018）在《基于粗粒化分子动力学方法的聚脲动态力学性能研究》一文中研究指出本论文发展了粗粒化分子动力学(CG-MD)计算模型,探究聚脲分子结构对其微相分离和动态力学性能的影响。通过LAMMPS软件实现模拟,并利用Green-Kubo方法提取模拟体系的动态力学性能。改变高分子链的链长、软硬链段比例等,分析其对聚脲动态力学性能的影响。最后将CG-MD的模拟结果与DMA实验外推结果及超声波实验进行对比,检验了粗粒化模型和计算方法的可靠性。(本文来源于《2018年全国固体力学学术会议摘要集（下）》期刊2018-11-23）
冯剑[10]（2018）在《粗粒化系统的GROMACS模拟》一文中研究指出GROMACS是一款被广泛采用的分子动力学模拟软件。本文从扩展力场出发,使之适用于粗粒化系统的模拟,从而能使用GROMACS标准工具生成拓扑,构建分子系统。同时使用粗粒化的MARTINI势能对两个分子系统进行模拟和验证。最后给出了GROMACS单位到更一般粗粒化系统的映射方法。本文采用的方法对将GROMACS扩展到实际的非生物分子体系也有重要的借鉴作用。(本文来源于《滁州学院学报》期刊2018年05期）
粗粒化论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
非牛顿屈服应力流体广泛应用于生活和工业生产中,具有很高的研究价值。利用耗散粒子动力学(DPD:Dissipative Particle Dynamics)方法来对屈服应力流体进行模拟研究。首先应用DPD方法构建了一种屈服应力流体模型,并模拟预测了该流体模型具有Herschel-Bulkley流体的流变特性。通过数值模拟验证了模型在剪切和伯肃叶流动特性,符合屈服应力流体的基本特点。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
粗粒化论文参考文献
[1].陈淑文,崔玉红,吕守芹,潘君,王天浩.膜环境下肽链的粗粒化力场研究及开发[J].医用生物力学.2019
[2].李佳明.屈服应力流体的粗粒化分子动力学模拟研究[J].工业控制计算机.2019
[3].姚汝珊.复杂网络上多尺度动力学粗粒化方法综述[D].安庆师范大学.2019
[4].杨青林,王立夫,李欢,余牧舟.基于相对距离的复杂网络谱粗粒化方法[J].物理学报.2019
[5].李一君.交联环氧树脂及其复合物粗粒化建模与力学性能分析[D].华中科技大学.2019
[6].尚良超,陈晓东,肖杰.喷雾干燥颗粒表面形貌形成过程粗粒化模拟[J].化工学报.2019
[7].刘飞,刘冬洁,周文静,陈飞,魏进家.基于Martini力场的表面活性剂溶液粗粒化分子模拟[J].工程热物理学报.2019
[8].陈飞国,葛蔚.耦合粗粒化离散颗粒法和多相物质点法的气固两相流模拟[J].过程工程学报.2019
[9].姚凯丽,庄茁.基于粗粒化分子动力学方法的聚脲动态力学性能研究[C].2018年全国固体力学学术会议摘要集（下）.2018
[10].冯剑.粗粒化系统的GROMACS模拟[J].滁州学院学报.2018
标签：粗粒化; 力场参数; 迭代玻尔兹曼反演法(IBI); 肽链;