柯萨奇病毒A组2型分离毒株序列及遗传进化分析

论文摘要

目的研究柯萨奇病毒A组2型（CVA2）分离株基因特征和遗传进化规律。方法利用分子信息学软件对GenBank核苷酸数据库收录CVA2分离株进行全长VP1区基因序列分析,构建系统进化树,测算分离毒株核苷酸和氨基酸同源性,计算核苷酸分子进化速率。采用Datamonkey在线软件预测正向选择位点,用Bioedit软件计算氨基酸置换熵值。结果共纳入CVA2分离株108株,主要为基因型D分离株;与原型株Fleetwood相比,各基因型分离株核苷酸和氨基酸同源性为79.3%～83.0%和94.6%～97.3%;基因型D分离株核苷酸进化速率为4×10-3位点/年;选用SLAC模型发现1个正向选择位点,氨基酸置换熵值分析合计6个熵值大于0.6的位点。结论 CVA2分离株VP1区未出现明显的基因变异,与原型株亲缘性关系较远,需加强对CVA2分离毒株的实验室和分子流行特征监测。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 姚学君,张雪峰,姜仁杰,管书慧,刘秀兰,沈进进

关键词: 柯萨奇病毒组型,遗传进化,选择压力,氨基酸置换熵值

来源: 江苏预防医学 2019年02期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学

单位: 盐城市疾病预防控制中心,江苏省疾病预防控制中心

基金: 江苏省重大传染病防控科技示范项目(BE2015714)

分类号: R373

DOI: 10.13668/j.issn.1006-9070.2019.02.013

页码: 153-155

总页数: 3

文件大小: 1189K

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