论文摘要
传统的功能基因多样性研究主要采用PCR扩增片段构建文库及Sanger测序进行的,具有工作量大,耗时长,费用高和覆盖率低的不足。本研究采用基于Illumina HiSeq2500高通量测序平台对大布苏盐碱湖底泥宏基因组中的第10家族木聚糖酶基因多样性进行了研究。对扩增子测序后共获得227,420个读长,总长度约为49.5 Mbp。基于95%的一致性分析共获得467个可操作聚类单元（OTUs）,其中有392个注释为木聚糖酶,比采用构建文库的方法获得的OTU数目要多300多个。这些OTU与GenBank数据库中的一致木聚糖酶蛋白序列的一致性范围为35-99%,其中75%与已知木聚糖酶序列的一致性在80%一下。这些OTU分布于12个不同的门,其中占优势的有Bacteroidetes,Proteobacteria, Actinobacteria,Firmicutes, Verrucomicrobia和Basidiomycota。此外,我们发现条形码序列对于木聚糖酶基因的丰度有很大的影响,但是对于基因多样性的影响较小。与前期采用构建片段文库及Sanger测序的方法研究木聚糖酶基因多样性相比,基于高通量扩增子测序对木聚糖酶基因多样性研究具有覆盖度高、成本低、快速的优点,可为后续的环境中微生物木聚糖酶基因分布、变化规律及生态功能的深入研究奠定基础。
论文目录
文章来源
类型: 国内会议
作者: 任雅馨,罗蒙,林娟,王国增
关键词: 高通量测序,木聚糖酶,宏基因组,基因多样性,盐碱湖
来源: 第十二届中国酶工程学术研讨会 2019-08-08
年度: 2019
分类: 基础科学
专业: 生物学
单位: 福州大学生物科学与工程学院
分类号: Q55
页码: 89
总页数: 1
文件大小: 560k
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