毛竹CCR基因家族成员生物信息学和表达模式分析

论文摘要

肉桂酰辅酶A还原酶（CCR）是木质素生物合成的关键酶之一,对木质素生物合成途径的碳流具有重要的调控作用。研究毛竹（Phyllostachys edulis） CCR基因的分子特征和表达模式对于揭示影响竹子材性的木质素调控机制具有重要意义。采用同源序列比对的方法在毛竹基因组中获取13个CCR基因同源序列,其中9个具有完整的保守结构域,依次命名为PeCCR1～PeCCR9。PeCCRs基因的内含子数量、长度和位置均存在较大差异,如PeCCR2有5个内含子,而PeCCR5没有内含子;内含子最长的为4 090 bp,最短的仅为89 bp。PeCCRs编码的氨基酸序列长度范围为136～391 aa,推测分子量在14.97～43.05 kD之间,理论等电点介于5.60～8.31之间。PeCCRs的氨基酸序列在N-端和C-端均存在明显的差异,二级、三级结构进一步显示了其差异,但中部序列具有很高的一致性,都含有肉桂酰辅酶A还原酶家族蛋白特有的保守结构域和催化位点,表明其进化上是比较保守的。基于转录组数据的基因组织表达特异性分析表明,PeCCRs在各组织中的表达量差异明显,如PeCCR6在盛花期花序、鞭和笋中均未检测到基因表达,PeCCR9在盛花期花序中的表达是所有PeCCRs最高的,而PeCCR5在50 cm笋中则是所有检测到PeCCRs中最低的。本研究为进一步研究毛竹CCR基因家族成员的功能提供了参考,为利用基因工程调控竹子木质素提供了依据。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 徐浩,孙化雨,王思宁,杨意宏,赵韩生,高志民

关键词: 毛竹,肉桂酰辅酶还原酶,生物信息学,表达模式

来源: 基因组学与应用生物学 2019年03期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技,农业科技

专业: 生物学,林业

单位: 国家林业局竹藤科学与技术重点开放实验室国际竹藤中心竹藤资源基因科学研究所,河北农业大学

基金: 林业公益性行业科研专项经费项目(201504106),农村领域国家科技计划项目(2015BAD04B01)共同资助

分类号: Q943.2;S795.7

DOI: 10.13417/j.gab.038.001168

页码: 1168-1177

总页数: 10

文件大小: 833K

下载量: 220

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