导读:本文包含了转录因子预测论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:玉米,生物学功能,蛋白互作,胁迫
转录因子预测论文文献综述
鲁晓民,曹丽茹,张军,郭金生,张前进[1]（2019）在《玉米转录因子Zmhdz6的表达模式分析及互作功能蛋白预测》一文中研究指出利用RT-PCR方法从玉米基因组中克隆到GRMZM2G056600(Zmhdz6)转录因子的cDNA序列长786 bp,编码261个氨基酸,分子质量为28.46 kD。二级结构显示,编码的蛋白主要以α-螺旋和不规则卷曲为主。亚细胞定位预测显示,Zmhdz6蛋白定位于细胞核。进化树和motifs分析发现,Zmhdz6基因属于HD-Zip-I家族成员且与高粱同源达到99%,单子叶植物亚群含有7个重要的motifs。Zmhdz6蛋白互作预测,发现互作的基因主要参与逆境胁迫、信号传导和植物生长发育过程。荧光定量结果显示,Zmhdz6基因在雌穗和雄穗中高度表达,NaCl、PEG胁迫和外源ABA诱导时均上调表达。结果说明Zmhdz6基因可能参与玉米逆境胁迫的应答和信号传导路径。(本文来源于《玉米科学》期刊2019年06期）
张柳,何晓健,林春,李军营,杨焕文[2]（2019）在《烟草‘云烟87’叶片衰老中WRKY转录因子的表达及功能预测》一文中研究指出WRKY基因家族是一类含有WRKY保守结构域的转录因子(transcription factors, TFs),在植物的生长发育、胁迫应答等过程中起着重要的作用。目前,已在多种植物中鉴定了WRKY基因家族,但是研究烟草中与发育相关的WRKY转录因子功能预测并不多。本研究通过对旺长期(P)、成熟期(M)、衰老1期(M1)、衰老2期(M2)的烟草叶片进行转录组测序,共获得122个WRKY转录因子。利用多种生物信息学软件对家族成员进行了去冗余处理后得到26条WRKY转录因子,进行结构域分析、家族分析、系统进化树分析,结果显示,可将26个候选NtWRKY蛋白分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3个亚家族。通过表达量分析显示,在3个亚家族中与逆境胁迫功能相关的WRKY转录因子多与叶片衰老存在正相关,可以预测为衰老相关基因。本研究不仅为研究普通烟草WRKY转录因子在调控生长发育过程中的作用提供了相关的科学依据,也为进一步分析烟草WRKY基因提供了有价值的信息和表达研究。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年08期）
禹晓童,王震宇,黄琛,吕会斌,张明洲[3]（2019）在《先天性白内障相关基因热休克转录因子4非同义单核苷酸多态性高危致病表型的预测研究》一文中研究指出目的系统整合、收集单核苷酸多态性数据库和文献中热休克转录因子4(HSF4)基因非同义单核苷酸多态性(nsSNP)的信息,筛选具有高危致病的nsSNP位点。方法从单核苷酸多态性数据库、临床变异数据库、人类基因突变数据库、疾病基因网络数据库和已发表文献中,收集整理HSF4基因的nsSNP数据。利用6款突变预测软件,进行致病性预测分析,筛选高危致病nsSNP位点。应用I-变异2.0在线软件、突变所致蛋白质稳定性改变预测软件和非同义突变对蛋白质稳定性的影响软件比较氨基酸替换对蛋白质稳定性的影响,利用氨基酸保守性评估在线软件、带对齐的自优化预测在线软件和蛋白释意软件对nsSNP位点中氨基酸进化保守性、理化性质和突变前后的蛋白结构改变进行预测分析。结果通过以上数据库检索以及基因突变致病性预测软件分析,共获得31个HSF4b(HSF4基因选择性剪切形成的一种亚型)高危致病nsSNP位点。其中,11个nsSNP位点已在文献中报道,并指出与先天性白内障相关;20个nsSNP位点为本研究预测的高危致病性位点。高危致病nsSNP位点可导致25个野生型氨基酸位点被31个突变型氨基酸替换,替换的突变型氨基酸中预测有25个可能导致蛋白质稳定性下降。除了39位色氨酸外,其余24个野生型氨基酸均为高度进化保守性位点。20个位于热休克转录因子脱氧核糖核酸结合域,5个位于疏水重复序列,而成为高危致病nsSNP位点。本研究预测发现这些高危致病性位点氨基酸突变后均可导致氨基酸和蛋白质的理化性质改变,导致蛋白质二级和叁级结构改变、结构域与其他分子之间相互作用的改变,进而影响蛋白功能。结论本研究预测筛选获得的31个HSF4b基因高危致病nsSNP位点,其中20个为首次报道。推测这些高危致病nsSNP位点可能是参与先天性白内障发病的重要位点,将为临床及理论研究提供重要的参考基础。(本文来源于《中华眼科医学杂志(电子版)》期刊2019年02期）
王南宇,杨科,崔申申,张祝琴,刘德培[4]（2018）在《基于转录组学分析预测潜在的γ-和β-珠蛋白基因表达调控因子》一文中研究指出目的预测潜在的γ-和β-珠蛋白表达调控因子,为珠蛋白基因表达调控研究提供新的思路。方法从GEO数据库中下载γ-和β-珠蛋白基因差异表达相关的两组RNA-seq数据,利用分化各时期共同存在的不同组织来源细胞间的差异表达基因及其预测出的上游调控因子,通过STRING数据库、Centiscape软件进行潜在调控因子的预测。结果除预测到BCL11A、NF-E2、YY1和GATA1等已知的γ-和β-珠蛋白基因表达调控因子外,从两组数据共同预测出14个潜在调控因子。结论分析预测出的包括MAPK1、TNF和IFNG等潜在的调控因子可能调控γ-和β-珠蛋白基因表达,需要近一步的分子生物学实验证实。(本文来源于《基础医学与临床》期刊2018年11期）
杜明伦[5]（2018）在《维氏气单胞菌中与smpB启动子互作转录因子的预测及验证》一文中研究指出维氏气单胞菌作为一种人-鱼共患致病菌,严重危害水产业的发展及人类的健康。SmpB(Small Protein B)蛋白是反式翻译系统的重要组成部分,能在维氏气单胞菌翻译过程中起到翻译监控及拯救滞留核糖体的作用,对维氏气单胞菌的生存及毒力因子的调控极为重要。寻找调控smpB启动子的转录因子,将利于深入研究SmpB蛋白与反式翻译系统,阐明维氏气单胞菌的致病机理,为维氏气单胞菌的减毒疫苗开发提供理论基础。本文通过生物信息学中的机器学习方法,构建预测调控smpB启动子的卷积神经网络模型,成功预测出可能与smpB启动子结合的转录因子。通过细菌单杂交、细菌基因敲除、实时定量PCR(Real-time Quantitative PCR)、绿色荧光蛋白报告基因检测等实验,证明转录因子ArgR能直接结合smpB启动子区域,行使负调控smpB启动子的功能,其中转录因子ArgR的N端在与smpB启动子的结合中起到了主要作用,具体结果如下:(1)使用Python语言编写爬虫程序,搜集到已发表论文中的6242条细菌转录因子结合序列的信息。(2)利用爬虫程序搜集到的数据与机器学习技术,构建出可用于预测转录因子与细菌启动子结合的卷积神经网络模型,准确率达到90%。通过输入smpB启动子序列的Fasta文件,计算其结合概率,获得概率最高的五个转录因子分别为ArgR(0.213)、CueR(0.155)、OxyR(0.141)、IscR(0.076)和 OmpR(0.059)。(3)将smpB的启动子构建到pBXcmT载体上,得到了 pBXcmT-PsmpB载体。再将预测到可能与smpB的启动子互作的五个转录因子基因argR、cueR、oxyR、iscR、ompR分别构建到 pTRG 载体上,得到 pTRG-ArgR、pTRG-CueR、pTRG-OxyR、pTRG-IscR、pTRG-OmpR五个载体,测序结果证明载体均构建成功。(4)使用 pBXcmT-PsmpB载体分别与 pTRG-ArgR、pTRG-CueR、pTRG-OxyR、pTRG-IscR、pTRG-OmpR 五个载体共转化到E.coli XLl-Blue MR(Reporter)菌株中,进行细菌单杂交实验。筛选平板结果显示,在12mM3-AT(3-氨基-1,2,4-叁氮唑)的筛选条件下,pTRG-ArgR载体与pBXcmT-PsmpB载体共转化的Reporter菌株能生长,证明了转录因子ArgR可以较强的结合于smpB启动子区域。(5)成功在野生型维氏气单胞菌(WT)基因组中敲除了argR,得到维氏气单胞菌argR敲除型(ΔargR):然后进行了回补实验,得到维氏气单胞菌argR回补型(::argR);敲除型与回补型均进行了测序确认。(6)测定了 WT、AargR及::argR及的生长曲线,结果显示ΔargR相对于WT生长速率更快,而::argR的生长速率缓慢,证明转录因子ArgR对维氏气单胞菌的生长是抑制作用。(7)为了研究转录因子ArgR对smpB启动子的调控方式,利用实时定量PCR技术,分别在LB培养基(Luria-Bertani培养基)、5 mM Mg2+的LB培养基、5 mM Ca2+的LB培养基的条件下,测定了 WT、AargR与::argR在对数期和稳定期的smpB表达量;结果显示,在对数期smpB表达量ΔargR显着高于WT,而稳定期的差异不显着;证明在对数期转录因子ArgR可以直接或间接的负调控smpB启动子。(8)为了检测转录因子ArgR对smpB启动子是否存在直接作用,将smpB启动子与增强型绿色荧光蛋白(eGFP Enhanced Green Fluorescent Protein)构建到pUC19载体上,得到融合荧光载体pUC19-PsmpB-eGFP;再将pUC19-PsmpB-eGFP与含有ArgR全长蛋白的pBT-ArgR载体共转化到Reporter菌株中,观测到荧光值出现显着的下降,证明转录因子ArgR可以直接负调控smpB启动子。(9)为了进一步阐明转录因子ArgR与smpB启动子的作用区域,将ArgR的C端截短体载体pBT-ArgRAC246、N端截短体载体pBT-ArgRAN245,分别与融合荧光载体pUC19-PsmpB-eGFP共转化到Reporter菌株中,均观察到荧光值发生了显着下降,其中ArgR的C端截短体的荧光值下降幅度大于N端截短体,证明转录因子ArgR的N端可能在与smpB启动子序列的结合过程中起到了更重要的作用。(10)为了更深入的考察转录因子ArgR与smpB启动子的作用位点,将smpB启动子与eGFP构建到pACYCDuet-1载体并测序,得到pACYCDuet-1-PsmpB-eGFP载体,分别与 pTRG-ArgR-G134、pTRG-ArgR-D121、pTRG-ArgR-SR54,55(实验室前期已构建)共转化到Reporter菌株,均观察到荧光值没有显着差异,说明这叁个氨基酸突变位点不是关键作用位点。本研究首次在维氏气单胞菌中使用卷积神经网络,预测了能与启动子结合的转录因子并进行了实验验证,避免了传统文库筛选过程中巨大的工作量,对于维氏气单胞菌转录因子调控启动子的后续研究具有一定的理论意义和实践意义。(本文来源于《海南大学》期刊2018-09-01）
王强,李拥军,尹修远,瞿静雯[6]（2018）在《长江叁角洲白山羊优质笔料毛CMTM3基因启动子区甲基化分析及转录因子结合位点的预测》一文中研究指出引言/目的 CMTM3基因是CMTM家族中的一员。研究显示CMTM家族成员的异常表达可以抑制细胞增殖,启动细胞凋亡。CMTM3在免疫系统和雄性生殖系统中均有表达,说明该蛋白在免疫系统和雄性生殖系统中发挥重要的生理、病理作用。前期研究表明CMTM3基因可能参与并调控了长江叁角洲白山羊优质笔料毛性状形成的过程,因此本研究对CMTM3基因(本文来源于《2018年全国养羊生产与学术研讨会论文集》期刊2018-08-16）
孟文静,张家琦,赵康路,马岚,刘立美[7]（2019）在《谷子Dof转录因子家族分析及功能预测》一文中研究指出Dof转录因子是植物所特有的转录因子,在植物生长发育和基因表达调控过程中具有重要的作用,本研究利用一系列生物信息学方法对谷子全基因组Dof基因的保守结构域、系统进化关系、保守motif、基因结构、表达模式和蛋白互作进行了分析。结果表明:谷子中共有35个Dof类型基因,通过Clustal X进行分析后,可以看出这35个基因都含有一个明显的锌指结构。通过MEGA6.0对谷子、高粱、水稻和玉米进行系统进化树的分析表明该家族基因在植物中具有高度同源性。而通过MEME进一步进行分析后,分析结果与聚类分析具有一致性。利用基因结构显示系统GSDS对Dof转录因子家族进行分析,了解其基因结构,进一步验证了之前的分析结果。结合生物芯片数据,在Cluster和Treeview软件中根据在不同组织的表达结果进行Heatmap图示,结果显示部分Dof基因在根、茎、叶和花序组织呈现高表达,推测这些Dof基因可能参与这些特定组织的发育。通过STRING对Dof蛋白互作进行分析,发现大部分Dof蛋白基因的进化速度较快,且与谷子中其他蛋白没有互作关系,只有少数Dof蛋白与谷子中其他蛋白在功能上相关联。本研究为Dof转录因子基因功能进一步的研究提供了经验和基础。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年04期）
付冰[8]（2018）在《枣WRKY转录因子鉴定、响应植原体侵染过程中的表达特性及其功能预测》一文中研究指出枣(Ziziphus jujuba Mill.)是鼠李科(Rhamnaceae)植物,是我国的重要果树树种。枣树的栽培过程中常常伴随着病虫害的发生,其中最为严重的是由植原体侵染而引起的枣疯病,堪称枣树的癌症。为研究WRKY转录因子基因在枣疯病发病过程中可能发挥的作用以及枣与植原体的相互作用机制,利用生物信息学的方法,鉴定出枣WRKY转录因子家族的成员,并对枣疯病发病过程中部分枣WRKY转录因子的转录水平进行分析和荧光定量PCR试验验证,同时分析了水杨酸和茉莉酸甲酯处理后几个枣WRKY转录因子基因的表达量变化。主要结果如下:1、通过嫁接转染植原体,提取植原体侵染后不同时期的枣叶片RNA,进行转录组测序。根据转录组数据并结合NCBI数据库信息,鉴定出69个枣WRKY转录因子,并对其进行系统进化树构建,染色体定位,保守结构域比对及基序分析。结果显示69个枣WRKY转录因子都含有WRKY保守结构域,可分为Group I,Group II以及Group III 3个亚组,分别含有17、41、11个成员,且不均匀的分布在枣树的12条染色体上,在7号染色体上没有匹配到相应的ZjWRKY转录因子。2、从枣疯病发生过程中枣叶片的转录组数据中检测到28个ZjWRKY转录因子的差异表达主要集中在嫁接后38-52 w。对表达量上调的6个基因ZjWRKY5、ZjWRKY8、ZjWRKY42、ZjWRKY52、ZjWRKY61和ZjWRKY69进行荧光定量PCR验证,试验结果显示在枣疯病发病过程中ZjWRKY8、ZjWRKY52、ZjWRKY61、ZjWRKY69基因表达量发生明显变化(上调)。说明这几个基因可能在枣树防御植原体的过程中发挥作用。3、为进一步分析研究枣WRKY转录因子在植原体防御过程中的潜在作用,我们用水杨酸和茉莉酸甲酯处理枣胚培苗,荧光定量PCR检测ZjWRKY5、ZjWRKY8、ZjWRKY42、ZjWRKY52、ZjWRKY61和ZjWRKY69基因在处理不同时间的表达量变化,试验结果显示SA处理后,ZjWRKY42和ZjWRKY52的表达量显着升高;MeJA的积累诱导了ZjWRKY42和ZjWRKY61的表达量发生较明显变化。4、构建了ZjWRKY8、ZjWRKY52、ZjWRKY61基因的过表达载体,通过农杆菌介导转化烟草,分别获得了15个转ZjWRKY8基因的抗性芽,28个转ZjWRKY52基因的抗性芽,16个转ZjWRKY61基因的抗性芽。5、ZjWRKY8、ZjWRKY52、ZjWRKY61基因在烟草叶片中瞬时过量表达后,用0.1 mol·L~(-1)的H_2O_2处理叶片,结果显示ZjWRKY8、ZjWRKY61基因过表达的烟草叶片中CAT的活性水平都高于对照,而SOD活性只在0-12 h高于对照叶片;DAB组织化学染色结果显示ZjWRKY8过表达的烟草叶片中黄色沉淀明显增加。(本文来源于《河南农业大学》期刊2018-06-08）
王飞,冯奇,秦杰,李婉,卢春[9]（2018）在《HMGB2启动子报告基因载体的构建、活性验证及与其结合的转录因子的预测》一文中研究指出目的:构建高迁移率族蛋白B2(high mobility group box2,HMGB2)启动子荧光素酶报告基因载体,并对其进行活性验证,预测可能与HMGB2启动子结合的转录因子。方法:在NCBI Genbank数据库中查询HMGB2基因启动子区域序列,运用PCR扩增HMGB2启动子序列片段,将其克隆至pGL3-Basic载体中,构建重组质粒pGL3-HMGB2-promoter,并通过双酶切和测定核酸序列鉴定。采用虫荧光素酶报告实验验证pGL3-HMGB2-promoter重组质粒的活性,进一步通过在线软件PROMO预测可以与HMGB2启动子序列结合的转录因子。结果:经限制性内切酶酶切鉴定和核酸序列比对,证实pGL3-HMGB2-promoter重组质粒构建成功。虫荧光素酶报告实验结果显示,构建的重组质粒具有启动子活性。PROMO在线软件分析结果表明,有72个转录因子可能与HMGB2启动子序列结合。结论:成功构建了含有HMGB2启动子序列的荧光素酶报告基因重组质粒,该质粒具有启动子活性,且有72个转录因子可能与HMGB2启动子序列结合,促进HMGB2的转录。(本文来源于《江苏大学学报(医学版)》期刊2018年03期）
田树雄[10]（2018）在《临床病理特征及甲状腺转录因子1对非小细胞肺癌表皮生长因子受体突变的预测价值以及与预后的关系》一文中研究指出目的:研究非小细胞肺癌(NSCLC)中临床病理特征及甲状腺转录因子1(TTF-1)等因素联合对表皮生长因子受体(EGFR)突变的预测价值以及这些因素与患者预后的关系。方法:应用突变扩增阻滞系统(ARMS)法和免疫组织化学法对283例NSCLC标本进行EGFR(18、19、20、21外显子)基因突变和TTF-1蛋白表达检测,并分析临床病理特征、TTF-1与EGFR基因突变的关系,探讨二者在预测EGFR突变中的价值。同时应用Kaplan-Meier法和Log-Rank检险对影响患者预后的因素进行分析。结果:283例NSCLC中,EGFR基因突变率为30.0%(85/283),其中3例存在双突变,分别为18、20外显子双突变1例,19、21外显子双突变1例,20、21外显子双突变1例;EGFR基因突变与患者的性别(P<0.001)、组织学类型(P<0.001)、是否有吸烟史(P<0.001)、TTF-1(P<0.001)的表达有关,但与年龄(P=0.785)和肿瘤位置(P=0.138)无关;将突变率高的因素(女性、腺癌、无吸烟史、TTF-1阳性)联合可以使EGFR突变的阳性预测值达到57.6%,将突变率低的因素(男性、非腺癌、有吸烟史、TTF-1阴性)联合EGFR阴性预测值可达到90.3%。通过生存分析发现肿瘤大小(P=0.005)、N分期(P=0.011)、M分期(P=0.001)、临床分期(P=0.003)、TTF-1表达(P=0.044)和EGFR突变(P=0.003)与总生存期有关。结论:NSCLC临床病理特征及TTF-1等因素联合不仅可以预测EGFR的突变状态而且可以判断患者预后,进而为临床治疗决策提供有益参考。(本文来源于《山西医科大学》期刊2018-05-27）
转录因子预测论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
WRKY基因家族是一类含有WRKY保守结构域的转录因子(transcription factors, TFs),在植物的生长发育、胁迫应答等过程中起着重要的作用。目前,已在多种植物中鉴定了WRKY基因家族,但是研究烟草中与发育相关的WRKY转录因子功能预测并不多。本研究通过对旺长期(P)、成熟期(M)、衰老1期(M1)、衰老2期(M2)的烟草叶片进行转录组测序,共获得122个WRKY转录因子。利用多种生物信息学软件对家族成员进行了去冗余处理后得到26条WRKY转录因子,进行结构域分析、家族分析、系统进化树分析,结果显示,可将26个候选NtWRKY蛋白分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3个亚家族。通过表达量分析显示,在3个亚家族中与逆境胁迫功能相关的WRKY转录因子多与叶片衰老存在正相关,可以预测为衰老相关基因。本研究不仅为研究普通烟草WRKY转录因子在调控生长发育过程中的作用提供了相关的科学依据,也为进一步分析烟草WRKY基因提供了有价值的信息和表达研究。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
转录因子预测论文参考文献
[1].鲁晓民,曹丽茹,张军,郭金生,张前进.玉米转录因子Zmhdz6的表达模式分析及互作功能蛋白预测[J].玉米科学.2019
[2].张柳,何晓健,林春,李军营,杨焕文.烟草‘云烟87’叶片衰老中WRKY转录因子的表达及功能预测[J].分子植物育种.2019
[3].禹晓童,王震宇,黄琛,吕会斌,张明洲.先天性白内障相关基因热休克转录因子4非同义单核苷酸多态性高危致病表型的预测研究[J].中华眼科医学杂志(电子版).2019
[4].王南宇,杨科,崔申申,张祝琴,刘德培.基于转录组学分析预测潜在的γ-和β-珠蛋白基因表达调控因子[J].基础医学与临床.2018
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[9].王飞,冯奇,秦杰,李婉,卢春.HMGB2启动子报告基因载体的构建、活性验证及与其结合的转录因子的预测[J].江苏大学学报(医学版).2018
[10].田树雄.临床病理特征及甲状腺转录因子1对非小细胞肺癌表皮生长因子受体突变的预测价值以及与预后的关系[D].山西医科大学.2018