基于贝叶斯方法的乳腺癌生存分析

基于贝叶斯方法的乳腺癌生存分析

论文摘要

癌症是一种严重威胁人类生命健康的疾病。在我国,乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤类型;且相比于欧美发达国家,我国乳腺癌患者的总体存活率较低。乳腺癌已经成为目前社会面临的重大公共卫生问题,亟需人们的关注和重视。针对乳腺癌患者的生存分析是目前一个重要的研究方向,它主要研究有哪些因素显著影响乳腺癌患者预后生存情况,并对其生存期进行预测。生存分析能够帮助医师有针对性地选择治疗方案;帮助患者预测疾病的发展方向,以及可能的生存期;帮助研究者判断药物或者治疗方案的有效性。在针对乳腺癌数据的预后生存分析中,越来越多的研究者开始关注阳性淋巴结比率(Lymph Node Ratio,LNR)这一特征对患者预后生存情况的影响。LNR通过计算检验切片上阳性淋巴结个数占淋巴结总数的比率得到。但实际应用中,该特征受到检验观测手法不同等原因的影响,不能准确地反应患者LNR的总体真实情况。因此,本文提出了基于患者的病理特征,通过逻辑回归算法和贝叶斯方法对LNR进行估计,取得了比直接使用其切检值进行预后生存分析更好的效果。此外,在生存分析中,为处理数据集中不满足Cox回归模型比例风险假设的特征,本文分别提出了基于贝叶斯方法的分层和动态Cox回归模型。最后,本文使用LNR的局部切检值、逻辑回归估计值和贝叶斯方法估计值结合其他预后分析特征构建经典Cox回归模型、基于贝叶斯方法的分层Cox回归模型和基于贝叶斯方法的动态Cox回归模型,比较了三种模型在不同输入数据下的性能,并预测了患者的预后生存率。经过比较发现,使用阳性淋巴结比率的估计值的扩展Cox回归模型在一致性指标(Concordance Index)和 ROC/AUC(Receiver Operation Characteristic,ROC;Area Under ROC Curve,AUC)上有更好的表现,同时也能更好地预测患者的预后生存率情况。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 第1章 引言
  •   1.1 研究背景和意义
  •   1.2 研究现状
  •     1.2.1 生存分析
  •     1.2.2 阳性淋巴结比率(LNR)
  •   1.3 本文的主要工作与论文安排
  • 第2章 LNR估计
  •   2.1 LNR估计方法
  •     2.1.1 基于逻辑回归的LNR估计
  •     2.1.2 基于贝叶斯方法的LNR估计
  •   2.2 小结
  • 第3章 生存分析
  •   3.1 比例风险假设检验方法
  •     3.1.1 图像法
  •     3.1.2 Schoenfeld残差
  •     3.1.3 添加时变变量
  •   3.2 分层Cox回归模型
  •     3.2.1 分层Cox回归模型概述
  •     3.2.2 基于贝叶斯方法的分层Cox回归模型
  •   3.3 时变Cox回归模型
  •     3.3.1 时变Cox回归模型
  •     3.3.2 基于贝叶斯方法的动态Cox回归模型
  •   3.4 生存分析模型的评价方法
  •     3.4.1 一致性指数
  •     3.4.2 ROC/AUC曲线
  •   3.5 小结
  • 第4章 LNR估计与生存分析仿真
  •   4.1 数据描述
  •   4.2 LNR估计结果
  •     4.2.1 特征选择
  •     4.2.2 逻辑回归估计LNR
  •     4.2.3 贝叶斯方法估计LNR
  •     4.2.4 过拟合验证
  •   4.3 生存分析仿真
  •     4.3.1 比例风险模型假设
  •     4.3.2 基于贝叶斯方法的分层Cox回归模型
  •     4.3.3 基于贝叶斯方法的动态Cox回归模型
  •   4.4 结果讨论
  •     4.4.1 训练结果比较
  •     4.4.2 预测结果比较
  •   4.5 小结
  • 第5章 总结与展望
  •   5.1 总结
  •   5.2 展望
  • 参考文献
  • 攻读硕士学位期间发表的论文及其它成果
  • 致谢
  • 文章来源

    类型: 硕士论文

    作者: 杜婧

    导师: 滕婧

    关键词: 贝叶斯方法,生存分析,阳性淋巴结比率,回归模型

    来源: 华北电力大学(北京)

    年度: 2019

    分类: 基础科学,医药卫生科技

    专业: 数学,外科学,肿瘤学

    单位: 华北电力大学(北京)

    分类号: R737.9;O212.1

    DOI: 10.27140/d.cnki.ghbbu.2019.001508

    总页数: 60

    文件大小: 4611K

    下载量: 102

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